가. 청구법인OOO은 2011.12.30. OOO 주식회사(2012.3.30. OOO 주식회사로 상호를 변경하였으며, 2013.4.1. OOO를 합병하기 전 OOO 주식회사를 이하 OOO이라 한다)의 주식 4,581,261주(지분율은 20.08%이며, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하는 과정에서 2011년 6월부터 2012년 3월까지의 기간(이하 “쟁점기간”이라 한다) 동안 위 주식의 취득과 관련하여 세무, 법무, 경영 자문료 등을 지급하고, 관련 부가가치세를 매출세액에서 공제하지 아니하였다.

나. 청구법인은 쟁점기간에 대한 부가가치세 신고시 OOO가 매입세액불공제한 쟁점주식 취득 관련 자문료 등(이하 “쟁점자문료 등”이라 한다)에 대한 부가가치세 OOO의 경우 과세사업과 관련된 매입비용에 해당한다 하여 2013.5.3. 처분청에게 이를 환급하여야 한다는 취지로 경정청구하였으나, 처분청은 쟁점부가가치세가 매입세액불공제대상인 타법인 주식 취득과 관련된 자문료 등에 대한 부가가치세에 해당한다 하여 2013.7.29. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.8.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 사실관계에 대하여 보면, 다음과 같다.

OOO는 2011사업연도 중 사업확장을 통하여 OOO 최고 수준의 물류 전문성을 확보하고 기업가치를 증대시킬 목적으로 OOO 주식을 OOO 주식회사OOO 및 주식회사 OOO 등으로부터 취득하였으며, 2013.4.1.을 합병기일로 하여 OOO에 흡수합병되었다.

한편, OOO는 쟁점주식을 취득함에 있어 사전인수실사, 인수가액결정 등의 컨설팅 용역 및 인수 이후 물류사업의 전략방향성 설정, 경영자문 등에 대한 컨설팅 용역을 외부에 위탁하고 동 용역비용 및 용역비용에 대한 부가가치세를 쟁점주식의 취득가액으로 계상하였다.

(2) 쟁점부가가치세는 다음과 같은 이유로 매입세액공제대상에 해당한다.

「부가가치세법」(2013.1.1. 법률 제11608호로 개정되기 전이며, 이하 같다) 제17조 제1항은 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액은 매출세액에서 공제한다고 규정하고 있다.

OOO는「부가가치세법」상 과세사업을 영위하고 있으며, 쟁점주식을 취득한 이유가 OOO과의 합병을 통하여 국내 물류사업 경쟁력을 강화․확대하고, 양사의 역량을 결합하여 신규고객을 확대하는 것인바, 쟁점주식 취득은 OOO의 과세사업을 위한 것이다.

「부가가치세법」제17조 제2항 제6호는 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액을 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액으로 열거하고 있는바, 이는 공제대상에서 제외되는 매입세액은 면세되는 재화 또는 용역 자체를 기준으로 하고 있는 것이 아니라 당해 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 기준으로 하고 있음(토지 관련 매입세액 제외)을 의미한다.

더욱이「부가가치세법」상 매입세액 불공제대상을 허위 세금계산서에 의한 매입세액 등과 같이 과세절차의 편의나 조세정책상의 이유는 물론이고 사업무관 지출에 대한 매입세액 및 면세사업 관련 매입세액 등 전단계세액공제방법에 따른 부가가치세의 원리상 당연한 경우도 일일이 열거하고 있는바, 이는 매입세액의 공제 여부가 부가가치세 납부세액을 결정하는 가장 중요한 요소 중의 하나이기 때문에 그 공제여부를 해석에 맡겨두지 아니하고 제한적으로 규정한 것이다.

따라서, 사업자의 과세사업과 관련된 매입세액은 「부가가치세법」제17조 제2항에서 열거하고 있는 것 이외에는 같은 조 제1항에 따라서 매입세액공제대상에 해당하는 것이 당연하며, 별도의 특별규정 없이는 그 매입세액을 불공제할 수 없는 것은 조세법률주의 원칙상 당연하다.

이를 종합하여 보면, OOO가 공급받은 용역이 면세재화인 쟁점주식을 취득하기 위한 것이라 하더라도 쟁점부가가치세의 매입세액 공제여부는 쟁점주식이 OOO의 과세사업을 위하여 사용되었는지 여부에 따라 판단되어야 하는 것이며, 쟁점주식은 합병을 통하여 OOO의 과세사업의 확장에 사용된 것이므로, 쟁점부가가치세는 매입세액공제대상에 해당된다.

나. 처분청 의견

청구법인은 경영권 취득 목적으로 OOO가 OOO 주식을 취득하였다고 주장하나, OOO는 OOO 주식 20.08%만 취득하여 단독으로 경영권을 행사할 수 없으므로 경영권인수 목적의 주식 취득으로 보기 어렵고, 쟁점자문료 등은 OOO와 OOO 간의 합병을 위해 직접적으로 사용된 비용이라기 보다는 단지 OOO 주식을 취득하기 위해 사용된 자문료 등으로 보아야 하며,「부가가치세법 기본통칙」1-0-4, 관련 예규(법규과-726, 2006.2.27.) 등에 비추어 볼 때, 쟁점자문료 등은 타 법인 주식 취득 관련 비용으로 보아 당초 신고내용대로 쟁점부가가치세를 매입세액불공제함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점주식을 취득한 이유는 사업의 확장을 위한 것이므로, 이와 관련하여 지출된 쟁점자문료 등에 대한 부가가치세는 매입세액공제대상이라는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

(1) 부가가치세법(2013.1.1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것) 제17조(납부세액) ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

다. 사실관계 및 판단

(1) 심판청구서, 처분청 의견서, 경정청구서, 쟁점자문료 관련 용역계약서 등 이 건 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) OOO는 쟁점부가가치세를 매입세액불공제하였으나, 쟁점자문료 등은 과세사업과 관련된 매입비용에 해당한다고 하여 2013.5.3. 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 쟁점자문료 등은 타법인 주식취득과 관련한 자문료에 해당하므로 매입세액공제대상이 아니라고 보아 2013.7.29. 경정청구거부처분을 하였다.

○○○

(나) OOO는 OOO 및 OOO로부터 쟁점주식을 취득하기 위하여 OOO 주식회사OOO와 OOO을 구성하였으며, OOO은 2011.6.29. 쟁점주식 취득에 대한 우선협상대상자로 선정이 되었고, 2011.7.8. 이사회에서 쟁점주식 취득 결의를 거친 후 2011.7.15. 쟁점주식 매매계약을 체결하였으며, 2011.12.30. 주식매입을 완료하였다OOO.

○○○

(다) OOO는 2011.7.8. 쟁점주식 취득을 이사회에서 결의한 후, 전자공시시스템에 ‘타법인 주식 및 출자증권 취득 결정 공시의 건’으로 하여 OOO는 아시아 최고 수준의 물류 전문성 확보 및 기업가치 증대를 위해 OOO 주식 4,290,722주(지분율 18.81%)를 OOO, OOO로부터 OOO원에 현금취득할 것이다’ 라고 공시하였음이 나타난다.

(라) 청구법인은 2013.4.1. 주요사항보고서에 대한 정정신고를 전자공시시스템에 하였으며, 정정신고서에는 ‘합병회사인 OOO과 피합병회사인 OOO는「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」상 OOO 기업집단에 속한 계열회사로서, 2013.4.1. 현재 OOO와 OOO 주식회사는 각각 OOO 발행주식총수의 OOO씩을 보유하고 있다’라고 기재되어 있다.

(마) OOO는 2011.12.30. 쟁점주식 매도자인 OOO 및 OOO과 OOO 임직원의 고용승계를 조건으로 OOO가 OOO과의 합병동의를 요청할 경우, 요청일로부터 3영업일 이내에 합병에 동의한다는 합의서를 작성하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점자문료 등은 경영권 인수목적이 아닌 단지 타법인 주식의 주식취득에 사용된 비용이므로 매입세액공제대상이 아니라고 보아 경정청구를 거부하였으나, OOO는 OOO과 컨소시엄을 구성하여 OOO 주식을 각각 OOO를 취득OOO한 점, 금융감독원 전자공시시스템에 물류 전문성 확보 및 기업가치 증대 목적으로 OOO 주식을 취득한다고 공시한 점, 2011.12.30. 쟁점주식 매도인인 OOO 주식회사 및 OOO 주식회사와 OOO 임직원의 고용승계를 조건으로 OOO가 OOO과의 합병동의에 대한 합의서를 작성한 점 등에 비추어, OOO가 쟁점주식을 취득한 목적은 합병을 하기 위한 것으로 봄이 타당하다 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점부가가치세는 매입세액공제대상이 아니라고 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.