구 지방세법(1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제110조의3 제2항 제1호는 "산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 국가공업단지 … 안에서 공장을 신축하고자 하는 자가 당해 지역 안에서 최초로 취득하는 공장용 토지와 그 토지 취득일로부터 2년 이내에 취득하는 당해 공장의 사업용 토지 및 건축물 … 에 대하여는 취득세를 면제한다."고 규정하고 있다.

위 규정은 위 법률 제4794호로 지방세법이 개정되면서 제276조 제1항 제1호로 옮겨져 "산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 공업단지 … 안에서 공장을 신축하고자 하는 자에 대하여는 공장을 신축하기 위해 최초로 취득하는 토지와 그 토지 취득일로부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물 등에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세 … 를 면제한다."라고 개정되었다가, 1997. 8. 30. 법률 제5406호로 지방세법이 다시 개정되면서 같은 조에 "산업입지및개발에관한법률 제16조의 규정에 의한 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성한 후에 공장용 건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 경우에는 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산 … 에 대하여는 취득세 … 를 면제한다."는 조항(제2항 제1호)이 추가되었다.

위 구 지방세법의 규정이 국가공업단지 안에서 최초로 취득하는 공장용 토지 등에 대한 취득세를 면제한다고 규정한 것은 그렇게 함으로써 국가공업단지에 공장을 유치하려는 데 그 입법의 취지가 있다고 할 것인바, 그 규정의 입법 취지와 그 후의 개정 경위 등에 비추어 보면, 그 규정에서 말하는 '국가공업단지 안에서의 공장용 토지의 취득'이라 함은 이미 조성된 공업단지의 토지 취득을 말하는 것으로 볼 것이고, 공업단지 조성사업의 시행자가 그 사업의 시행과정에서 취득하는 토지는 그 토지가 공업단지 조성사업의 완료에 의하여 공장용 토지로 변환된다고 하더라도 그 규정에서 말하는 공장용 토지에 해당하지 아니한다 할 것이다(대법원 1998. 6. 12. 선고 97누17254 판결 참조).

원심이 확정한 사실관계에 의하더라도, 원고가 공유수면을 매립하여 1993. 9. 20.에 준공인가 전 사용허가를 받음으로써 취득한 이 사건 매립토지는 공업단지 조성사업의 시행자인 원고가 그 사업의 시행과정에서 취득한 토지에 불과할 뿐 이미 조성된 공업단지의 토지를 취득한 것이 아님이 분명하여, 구 지방세법의 취득세 면제 규정에서 말하는 공장용 토지에 해당하지 않으므로 그 취득에 대하여는 취득세가 면제되지 않는다 할 것이고, 이에 따라 위 토지가 위 공장용 토지에 해당함을 전제로 그 취득세 면제 여부가 문제되는 나머지 이 사건 매립토지와 임야 및 건축물의 취득에 대하여도 취득세가 면제되지 않는다 할 것이다. 원심판결의 이유설시에 적절하지 아니한 점이 없지 아니하나 그 결론은 결국 정당하므로 이와 다른 전제에 서서 원심판결을 비난하는 상고이유 제1, 4, 5점의 주장은 이를 받아들일 수 없다.

그리고 원심이 그 판시의 회신 등에 의하여 이 사건 매립토지와 임야 및 건축물의 취득에 대한 비과세관행이 성립되었다고 볼 수 없고, 원고가 그 회신을 신뢰하여 이 사건 매립토지와 임야 및 건축물을 취득한 것은 아니라는 이유로, 이 사건 과세처분이 비과세관행이나 신의성실의 원칙에 위배되는 것이 아니라고 본 것은, 위 원칙의 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같이 위 원칙에 관한 법리를 오해한 위법이나 판례위반의 잘못이 있다 할 수 없으므로 이 점에 관한 상고이유 제2, 3점의 주장도 이를 받아들일 수 없다.

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자의 부담으로 하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.