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처분청은 청구인이 1996.10.16. 합병으로 (주)ㅇㅇ건설이 소유하고 있던 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 14필지 토지 10,886.07㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득한 후 유예기간 3년내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로, 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 그 취득가액(11,624,499,527원)에 지방세법 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 1,162,449,950원, 농어촌특별세 116,244,990원, 합계 1,278,694,940원을 1999.11.13. 신고납부하자 같은날 이를 수납하여 징수결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이건 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로,

피흡수합병 법인인 (주)ㅇㅇ건설은 1985.10.30. 이건 토지를 취득하여 1986.12.9. 도심재개발사업 제3개발자로 지정을 받고, 1987.11.23. 호텔 등을 신축하기 위한 사업시행인가를 받아 재개발사업을 추진하던 중, 1996.10.16. 합병으로 인하여 청구인이 이건 토지를 취득한 후 건축계획변경결정(건축하고자 하는 호텔 및 업무시설 규모를 지상24층, 지하6층에서 지상52층, 지하8층으로 변경)과 사업시행자 변경인가를 받고 정상적으로 도심재개발사업을 추진하던 중 자금조달을 위해 (주)ㅇㅇ신탁과 부동산담보신탁계약을 체결하여, 이건 토지의 소유권 이전등기를 경료하자, 처분청은 토지 소유권의 변동으로 인하여 사업시행자 요건인 토지소유자가 불분명하다고 하여 도심재개발사업시행변경인가 신청처리를 지연하였고, 이에 따라 청구인은 사업시행자 요건에 대한 질의를 하여 2000.1.6. 청구인의 경우에도 사업시행자 자격이 있다는 회신을 받고, 다시 사업시행변경인가 신청을 하여 같은해 2.16. 사업시행변경인가를 받아 사업을 계속 추진중인 상태인 바, 행정절차의 지연 등으로 유예기간내에 이건 토지를 고유업무에 직접 사용하지 못한 것은 정당한 사유가 있는 경우에 해당되는데도, 처분청이 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 중과세율로 계산한 취득세 등을 신고납부토록 한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 합병으로 취득한 토지를 유예기간내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부에 관한 다툼이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제112조제2항 본문 및 제6호, 같은법시행령 제84조의4제1항제1호에서 법인이 토지를 취득한 날부터 3년내에 정당한 사유없이 법령 또는 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 업무에 직접 사용하지 아니하는 토지는 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1987.11.23.부터 피흡수합병 법인인 (주)ㅇㅇ건설이 도심재개발사업을 추진중이던 이건 토지를 1996.10.16. 합병으로 취득한 후, 재개발지구 구역지정 변경(건축계획) 요청, 교통영향평가, 건축계획 심의신청, 지상건축물 철거공사 등을 하여, 1997.9.1. 건축계획 심의결과 통보를 받고, 같은해 10.8. 재개발사업시행 변경인가 요청(사업시행인가를 받을 당시 지상24층, 지하6층의 호텔 및 업무시설 규모를 건축관련 법규의 완화 등을 이유로 지상52층, 지하8층으로 변경)을 하였으며, 이에 대해 처분청이 1997.10.9. 보완요청을 함에 따라, 같은해 10.21. 두번째 교통영향평가(재심의)를 거쳤으나, 사업시행변경인가 요청에 대한 처분청의 보완요구에 대해 관광호텔사업계획 승인협의 지연 및 ㅇㅇ시 도시철도공사와의 협의지연 등을 이유로 1998.3.19.까지 4회 보완서류 제출기한 연장신청을 하였고, 그 도중에 2차례 처분청의 사업시행 촉구 요청에도 불구하고, 사업을 추진하지 아니하고 있다가, 1999.7.27. ㅇㅇ시에 관광호텔사업계획 승인신청을 하여 같은해 8.4. 승인을 받고, 같은해 8.9. 최종적으로 보완서류를 처분청에 모두 제출하였지만, 처분청은 자금조달을 목적으로 (주)ㅇㅇ신탁과 부동산 담보신탁계약을 체결하여 이건 토지의 소유권을 이전함으로 인하여 사업시행자 자격에 문제가 있다고 보아 ㅇㅇ시장에게 사업시행자 자격에 대한 질의를 하여 ㅇㅇ시장으로부터 소유권이 이전된 경우 사업시행자가 될 수 없다는 내용의 건설교통부장관의 유권해석(1995.10.10. 관리 58407-5445)을 통보받고 사업시행변경 인가를 하지 않자, 청구인은 사업시행변경인가 요청을 자진 취하한 후, 처분청에 자격요건에 대한 질의를 하였으며, 처분청은 이를 다시 건설교통부장관에게 재질의하여 회신을 받고, 2000.1.6.에 청구인에게 신탁부동산의 위탁자도 사업시행자가 될 수 있다는 질의회신을 통보하였으며, 이에 따라 청구인은 같은해 3.21. 세 번째 교통영향평가를 거쳐 같은해 6.15. 사업시행변경인가를 받았으나, 현재까지 본격적인 사업추진은 이루어지지 않은 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있으며, 이에 대하여 처분청은 청구인이 이건 토지를 취득한 후 당초 사업계획을 변경함에 따라 재개발사업계획을 전면적으로 다시 시작하게 되었고, 이건 토지를 담보신탁함으로써 사업시행자 자격여부에 대한 다툼이 발생하여 사업추진이 지연된 것은 청구인의 귀책사유에 해당되므로 정당한 사유가 있는 경우로 볼 수 없다고 판단하여 취득세를 중과세한 사실을 알 수 있다.

이에 대하여 보면, 청구인이 도심재개발사업의 사업시행자인 사실과 이건 토지상에 건축하고자 하였던 건축물의 규모와 용도(지하8층, 지상 52층, 관광호텔)를 고려할 때, 사업추진을 위해서는 재개발사업구역변경, 건축계획 심의, 교통영향평가, 사업시행인가 변경, 관광호텔사업계획 승인 등 여러 단계의 행정절차를 거쳐야 비로소 건축이 가능하므로 사업추진에 상당한 기간이 소요될 수 밖에 없었던 점이 인정되고, 사업추진을 위한 행정절차를 이행하는 일련의 과정중 사업시행변경인가 신청 시점(1997.10.8)부터 변경인가 결정을 받은 시점(2000.6.15)까지 2년 8개월 정도가 소요되었던 사실과 변경인가가 지연된 것은 관광호텔사업계획 승인의 지연 등과 청구인의 내부적인 자금사정, 그리고 처분청의 재개발사업 시행자의 자격에 대한 법률 적용상의 다툼 등의 요인이 복합적으로 작용한 것으로서, 사업지연에 대한 책임이 전적으로 청구인에게 있다고 보기는 어려울 뿐만 아니라, 최종적으로 보완서류를 제출한 시점이 유예기간 3년이내이므로 그 무렵에 사업시행변경인가를 받았다면, 건축공사 착공이 가능할 수도 있었다는 점과 이건 토지는 피합병법인이 1985년도에 취득하여 도심재개발사업을 추진하던 것을 청구인이 합병으로 취득한 토지인 점을 종합해 볼 때, 처분청이 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세할 수는 없는 것이라 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 9. 26.

행 정 자 치 부 장 관