청구법인은 서울특별시 중구 OOOO O가 OOO에 본점을 두고 금융업과 과세사업인 부동산임대업을 겸영하는 법인으로서 1998.12월 OOOO신용은행과 합병으로 1995.12.26부터 OOOO신용은행에서 신축하기 시작한 OO광역시 중구 OO동 OO OOOOO 소재 OO지점(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 1999.7.27 완공함에 따라 기존 예정임대비율 44.37%에서 최종임대비율을 100%로 변경하고, 쟁점건물에 대한 1996년 제2기～1999년 제1기까지 확정신고한 공통매입세액을 재계산하여 1999년 제2기 예정신고시 공통매입세액 중 추가공제되는 세액등을 517,038,350원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)으로 하여 환급·신고하자 처분청은 1999.11.5 청구법인에게 환급하였다.

처분청은 청구법인이 쟁점건물에 대한 공통매입세액을 과세사업과 면세사업이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때인 1999년 제2기 확정신고시 정산하지 아니하고, 청구법인이 1999년 제2기 예정신고시 미리 정산하여 쟁점매입세액을 조기환급신고한 사실에 대하여 1999.10.25 청구법인이 1999년 제2기 예정 환급신고시 신고하여야 할 환급세액을 초과하여 신고한 것으로 보아 쟁점매입세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하여 2000.1.18 청구법인에게 1999년 제2기분 부가가치세 491,925,990원을 결정·고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2000.1.27 이의신청을 거쳐 2000.4.19 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

부가가치세법상 신고불성실가산세는 부과권 행사를 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 부가가치세법 제18조에 규정된 예정신고 또는 동법 제19조에 규정된 확정신고의무를 위반한 경우에 가하는 행정상의 제재일 뿐이고, 쟁점건물의 신축과 관련한 조기환급신고는 확정신고와 동일한 효력이 있으므로 공통매입세액의 정산은 조기환급대상에 해당하며 기업을 지원하기 위한 조기환급제도의 취지에 비추어 볼 때 조기환급시 정산하여 환급신고한 쟁점매입세액은 정당한 환급세액에 해당하므로 처분청이 이 건 조기환급신고에 대하여 신고불성실가산세를 부과함은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인의 1999년 제2기 예정분 부가가치세 환급 현지확인조사 결과 과세사업과 면세사업의 사용면적에 의하여 공통매입세액을 정산하는 경우 그 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 정산하여야 함에도 1999년 제2기 예정신고시 신고하였고, 또한 신고하여야 할 환급세액을 초과하여 신고한 이 건의 경우 부가가치세법시행령 제61조와 같은법시행령 제61조의 2에 규정하고 있는 세법상의 의무를 이행하지 아니하였으므로 신고불성실가산세를 부과한 처분은 적법하다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁 점

이 건 심판청구의 다툼은 청구법인이 쟁점건물에 대한 공통매입세액의 정산을 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때(2000.1.25)에 하지 않고 1999.7.27 쟁점건물이 준공된 후인 1999.10.25 예정신고시 미리 정산하여 쟁점매입세액을 환급받은 경우 청구법인이 쟁점매입세액을 초과환급신고한 것으로 보아 신고불성실가산세를 부과할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관계법령

(1) 부가가치세법 제17조【납부세액】제2항에서『 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.』라고 규정하면서 그 제4호에서『부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액』이라고 규정하고 있고,

같은법시행령 제61조【매입세액의 안분계산】제1항에서『사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 공통매입세액 이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업에 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 ×면세공급가액

총공급가액』이라고 규정하고 있으며,

같은 조 제4항에서『제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. ～ 2. 생략

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율』이라고 규정하고 있다.

(2) 부가가치세법시행령 제61조의 2【공통매입세액의 정산】에서『사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1.생략

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우

가산 또는 공제되는 세액 ＝{총 공통매입세액 ×

과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적

(1－ ─────────────────────────────────)

과세사업과 면세사업의 사용면적이확정되는 과세기간의 총사용면적

－ 기공제세액}』이라고 규정하고 있고,

(3) 부가가치세법 제24조【환 급】제1항에서『사업장 관할세무서장은 각 과세기간별로 당해 과세기간에 대한 환급세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업자에게 환급하여야 한다.』라고 규정하고 있고

같은 조 제2항에서『사업장 관할세무서장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 환급세액을 사업자에게 환급할 수 있다.』라고 규정하면서 그 제2호에서『.사업설비를 신설·취득·확장 또는 증축하는 때』라고 규정하고 있으며

같은법시행령 제73조【조기환급】제1항에서『법 제24조 제2항에서 규정하는 환급세액은 각 예정신고기간별로 그 예정신고기한경과후 15일 이내에 사업자에게 환급하여야 한다.』라고 규정하고 있고,

같은 조 제2항에서『제1항의 규정에 의하여 조기환급을 받고자 하는 사업자가 제64조 제2항 또는 제65조 제1항의 규정에 의한 신고서를 제출한 경우에는 환급에 관하여 신고한 것으로 본다. 다만, 법 제24조 제2항 제2호의 규정에 해당하는 경우에는 다음 각호의 사항을 기재한 사업설비투자실적명세서를 그 신고서에 첨부하여야 한다.

1. 사업설비의 종류·용도·설비예정일자·설비일자

2. 공급받은 재화 또는 용역과 그 매입세액

3. 기타 참고사항』이라고 규정하고 있으며,

같은 조 제3항에서『법 제24조 제2항의 규정이 적용되는 사업자는 예정신고기간중 또는 과세기간 최종 3월중 매월 또는 매 2월(이하 영세율등 조기환급기간 이라 한다)에 영세율등 조기환급기간종료일로부터 25일내에 영세율등 조기환급기간에 대한 과세표준과 환급세액을 정부에 신고하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 영세율등 조기환급기간에 대한 환급세액을 각 영세율등 조기환급기간별로 당해 조기환급신고기한경과후 15일 이내에 사업자에게 환급하여야 한다.』라고 규정하고 있고,

같은 조 제4항에서『제3항의 규정에 의한 환급신고(이하 영세율등 조기환급신고 라 한다)에 있어서는 다음 각호의 사항을 기재한 영세율등 조기환급신고서에 당해 과세표준에 대한 제64조 제3항에 규정하는 서류와 법 제20조 제1항의 규정에 의한 매출처별세금계산서합계표 및 매입처별세금계산서합계표를 첨부하여 제출하여야 한다. 다만, 법 제24조 제2항 제2호의 규정에 해당하는 경우에는 제2항 단서에서 규정하는 사업설비투자실적명세서를 그 신고서에 첨부하여야 한다.

1. 사업자의 인적사항

2. 과세표준과 환급세액 및 그 계산근거

3. 매출·매입처별세금계산서합계표 제출내용

4. 기타 참고사항』이라고 규정하고 있으며

같은 조 제5항에서『법 제20조 제1항의 규정에 의한 매출처별세금계산서합계표 및 매입처별세금계산서합계표를 제4항의 규정에 의하여 제출한 것은 법 제20조 제1항의 규정에 의하여 제출한 것으로 본다.』라고 규정하고 있고,

같은법시행령 제65조【확정신고와 납부】제1항에서『법 제19조 제1항의 규정에 의한 부가가치세의 확정신고에 있어서는 재정경제부령이 정하는 다음 각호의 서류를 각 사업장 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 다음 각목의 사항을 기재한 부가가치세확정신고서. 다만, 제73조 제3항의 규정에 의한 신고에 있어서 이미 신고한 내용은 확정신고 대상에서 제외한다.』라고 규정하고 있으며,

(4) 제22조 【가산세】제5항에서『사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액 (1998.12.28 개정)

2. 생략』이라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 쟁점건물에 대한 공통매입세액신고내역을 보면, 청구법인은 1996년 제2기분부터 1999년 제1기 확정분까지는 부가가치세법시행령 제61조 제4항(예정사용면적의 비율)에 의거 과세사업과 면세사업의 비율을 44.37% 대 55.63%로 하여 공통매입세액을 안분한 후 각 과세기간 예정 및 확정신고시 과세사업에 관련된 매입세액을 환급신고하였고, 1999.7.27 쟁점건물이 준공되어 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정된 후인 1999.10.25 조기환급신고시 과세사업과 면세사업의 비율을 100% 대 0%로 변경확정하고 1996년 제2기 확정분～1999 제1기 확정분까지 당초 예정사용면적비율에 의하여 환급받은 공통매입세액 중 매출세액에서 추가공제되는 쟁점매입세액을 환급신고하고 1999.11.5 쟁점매입세액을 환급받은 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 달리 다툼이 없다.

(2) 청구법인이 쟁점건물에 대한 공통매입세액을 그 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 정산하지 않고 그 사용면적이 확정된 이후의 예정신고하는 때에 미리 정산하여 쟁점매입세액을 환급받은 경우 신고불성실가산세를 부과할 수 있는지에 대하여 살펴본다.

(가) 부가가치세법 제22조(가산세) 제5항 제1호는 사업자가 법 제18조(예정신고와 납부) 제1항 및 제2항 단서규정에 의한 예정신고 또는 법 제19조(확정신고와 납부) 제1항의 규정에 의한 확정신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액), 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다고 규정하고 있는 바,

부가가치세법상 신고불성실가산세는 부과권의 행사를 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 부가가치세법 제18조에 규정된 예정신고의무 또는 같은법 제19조에 규정된 확정신고의무를 위반한 경우에 부가가치세법 제22조 제5항 제1호가 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재임을 알 수 있다.

(나) 위와 같이 사업자가 신고하여야 할 환급세액을 초과하여 신고한 경우 부가가치세법 제22조 제5항 제1호 소정의 신고불성실가산세는 사업자가 예정신고시 또는 확정신고시 초과환급신고한 경우에 한하여 적용되는 반면 조기환급신고시 초과환급신고한 경우에 대하여는 부가가치세법 제22조 제5항 제1호에서 신고불성실가산세의 부과대상으로 규정하고 있지 않는 바, 이는 1980. 6. 3 재무부장관이 간세12265.1-1056호로 사업자가 부가가치세법시행령 제73조 제3항의 규정에 의하여 영세율 등 조기환급기간의 환급세액을 신고함에 있어서 고의 또는 과실로 신고하여야 할 환급세액을 초과하여 환급세액을 신고한 경우 당해 기간의 조기환급신고세액 중 초과하여 신고한 환급세액에 대하여는 부가가치세법 제22조 제3항(1994.12.22 제5항으로 항번개정) 규정의 가산세는 적용되지 아니한다는 회신(국세청부가 22601-1800, 1992.12.3 같은 뜻)에 의하여 뒷받침된다.

(다) 청구법인은 부가가치세법시행령 제61조의 2에서 정한 바에 의하여 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 쟁점건물에 대한 공통매입세액을 정산하여 추가공제되는 쟁점매입세액을 환급신고하지 아니하였으나, 그로 인하여 1999년 제2기 확정신고시에 쟁점매입세액의 정산과 관련하여 신고하지 아니한 납부세액 또는 초과하여 신고한 환급세액이 발생하지도 않으므로 청구법인의 경우 부가가치세법 제22조 제5항 제1호 소정의 신고불성실가산세부과의 요건이 충족되지 않는다 할 것이다.

(라) 청구법인이 OO사옥으로 사용하기 위하여 쟁점건물을 신축함에 있어서 부가가치세법시행령 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산하는 경우 쟁점건물이 준공되어 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정된 이후에는 그 확정된 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하기 전의 조기환급신고시 또는 예정신고시에 쟁점건물에 대한 공통매입세액을 정산할 수 있다고 해석하는 것이 사업자의 자금부담을 덜어주기 위한 부가가치세법 제24조 제2항에서 규정하고 있는 조기환급제도의 취지에 부합하고,

또한, 과세기간중에 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정됨에 따라 당해 재화의 취득으로 인한 공통매입세액을 조기환급신고시 또는 예정신고시 미리 정산하게 되는 경우 공제(환급)되는 세액뿐만 아니라 가산(납부)되는 세액도 발생할 수 있는 바, 사업자가 공통매입세액을 미리 정산하여 가산되는 세액을 신고납부하는 경우에는 신고불성실가산세를 부과하지 않는 것과 마찬가지로 공제되는 세액을 환급신고하는 경우에도 신고불성실가산세를 부과하지 않는 것이 과세형평에 맞는다 할 것이므로 확정신고시 뿐만 아니라 월별조기환급신고시 또는 예정신고시에도 공통매입세액을 미리 정산하여 추가공제되는 매입세액을 환급신고할 수 있고, 미리 정산한 이후 확정신고과세기간 종료일까지 그 사용면적의 변동이 있게 되는 경우에 한하여 확정신고시에 최종정산할 수 있는 것으로 해석하는 것이 합리적이라 할 것이다.

(마) 위 사실들과 관련법령을 종합하여 보면, 공통매입세액의 정산시기는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때가 원칙이나, 청구법인의 경우 쟁점건물의 사용면적이 확정된 날인 1999. 7. 27 이후 그 사용면적의 변동이 없고 사업자의 자금부담을 덜어주기 위하여 조기환급제도를 두고 있는 취지에 비추어 볼 때 과세기간중에 그 사용면적이 확정되면 그 이후 조기환급신고시에도 공통매입세액을 정산하여 환급신고할 수 있다고 보는 것이 타당한 것으로 판단된다(같은 뜻 : 국심98부2828, 1999.9.8).

라. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.