가. 청구인은 1997.2.17. 배우자인 변동주와 각자가 2분의 1지분으로 공동으로 취득하여 소유하던 경기도 OOO OOO OOOOOO O O,OOOO중 청구인의 지분에 해당하는 1,611㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 2006.12.28. 양도한 후 2007.3.28. 양도소득과세표준 예정신고를 하면서 쟁점농지를 「조세특례제한법」 제69조 및 같은 법 시행령 제66조 제1항에서 규정한 8년 이상 자경농지로 감면세액(1억원)을 차감하여 2006년 귀속 양도소득세 19,706,710원을 신고납부하였다.

나. 처분청은 청구인에 대하여 세무조사를 실시한 결과 청구인에게 별도로 근로소득이 있기 때문에 쟁점농지는 「조세특례제한법」제69조에서 규정한 8년 이상 자경한 농지가 아니므로 양도소득세 감면대상에 해당되지 아니한다고 보아 2009.1.14. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 126,929,120원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.3.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 청구인이 쟁점농지에서 농작물의 경작 또는 다년생 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하지 아니한 것으로 보았으나, 청구인이 전적으로 쟁점농지만으로 생활하거나 경작과정에 자기의 노동력의 2분의 1 이상을 투입하지 아니하였다 하더라도 시간적 여유가 있을 때마다 쟁점농지를 직접 경작하거나 또는 타인을 고용하여 청구인의 책임과 계산하에 경작을 하였으며, 청구인은 쟁점농지 외에 다른 농지도 마찬가지 방법으로 경작하고 있는 사실이 경작사실확인서, 면세유 구입내역 등에 의하여 확인된다.

또한, 청구인이 쟁점농지를 취득할 당시 적용하던 「조세특례제한법」기본통칙(69-0...3)에서 자경농지를 “법 제69조 제1항의 규정을 적용받을 수 있는 자경농지는 농지소재지에 거주하면서 자기가 직접 농작물을 경작하거나 자기의 책임하에 농사를 지은 농지”로 해석하고 있었는데, 2006.2.29. 「조세특례제한법 시행령」제66조 제12항이 신설되면서 “직접 경작이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다”고 개정되었는 바, 법령의 개정 이전에 이미 자경농지의 요건을 충족하고있는 쟁점농지의 경우 개정전의 해석에 따라 양도소득세 감면대상으로 보아야 할 것이므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구인의 주민등록상 주소지는 OOOO OOO의 사업장이지만, 사실상 주소지는 배우자 변동주가 거주하는 서울특별시 OOO OOO OOO OOOOOOOOO OOOO OOOOO로 보이고, 청구인은 쟁점농지를 직접 경작하였다는 증빙자료로 경작사실확인서 4매를 제출하였으나 그 중 3인은 청구인이 운영하는 병원의 종업원이므로 객관적인 사실을 진술하리라 기대할 수 없으며, 응급상황이 수시로 발생하는 병원의 특성상 종사자는 항상 긴장한 상태에서 근무하여야 함에도 영농의 실익이 없는 소규모 농지를 경작하기 위하여 청구인이 자신이 운영하는 병원의 종사자를 동원하여 영농을 하였다는 주장은 설득력이 없고, 파종과 이양 등의 영농단계별로 제한된 시간내에 작업이 끝나야 하는 벼농사의 특성상 영농에 숙달된 소수의 농기계 보유자가 대규모의 농지를 임차하여 경작하는 영농 현실을 감안할 때 쟁점농지를 청구인이 8년 이상 직접 경작하거나 또는 타인을 고용하여 경작하였다는 주장은 신빙성이 부족하므로 이 건 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점농지는 병원을 운영하는 청구인이 직접 또는 자기의 책임과 계산하에 8년 이상 자경한 농지이므로 양도소득세 감면대상에 해당한다는 청구인 주장의 당부

나. 관련법령

(1)구「조세특례제한법」(2008.12.29. 법률 제9276호로 개정되기 전의 것) 제69조 [자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상(생략) 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서 생략)

(2) 구「조세특례제한법 시행령」(2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것) 제66조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년(생략) 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(생략)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

⑫ 법 제69조 제1항에서 "직접 경작" 이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

(3) 구 「쌀소득등 보전에 관한 법률」(2009.3.25. 법률 제9531호로 개정되기 전의 것) 제6조 [쌀소득등보전직접지불금 지급대상자] 쌀소득등보전직접지불금의 지급대상이 될 수 있는 자는 제5조의 따른 쌀소득등보전직접지불금의 지급대상 농지에서 논농업에 종사(휴경하는 경우를 포함한다)하는 농업인 등으로 한다. 다만, 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 그러하지 아니하다.

1. 논농업에 이용하는 농지면적이 1천제곱미터 미만인 자

2. 「농지법」 제11조 제1항의 규정에 의하여 농지처분명령을 받은 자

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점농지를 양도한 것에 대하여 조사한 후 처분청이 작성한 양도소득세 조사종결보고서에는 양도가액 및 취득가액은 적정하고, 청구인은 쟁점농지 소유기간중 의료법인 삼송의료재단에 근무하면서 근로소득이 발생한 자이므로 농업외 다른 직업에 전념하며 간접적으로 경작하는 자에 불과한 만큼, 청구인은 쟁점농지에서 농작물의 경작에 상시 종사하거나, 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작한 자경농민에 해당되지 아니하고, 또한 쟁점농지를 직접 경작한 사실을 입증할 만한 객관적인 증빙이 충분하지 아니한 점 등을 고려하면, 감면신청을 부인하는 것이 타당하다고 조사되어 있다.

(2) 청구인의 근로소득 발생현황은 아래와 같다.

(OO O OO)

(3) 청구인의 주민등록표상 주소지 변동내역은 아래와 같으며, 청구인은 현재의 주소지에 단독세대로 거주하는 것으로 등재되어 있다.

(4) 청구인이 농약 등을 구입한 증빙자료로 제시한 간이세금계산서상 농약 등의 구입내역은 아래와 같다.

(OO O O)

(5) 청구인은 OO시장이 2007.10.30. 발행한 쌀소득등보전직접지불금 지급대상자 등록증에 직접지불금 지급대상자로 등재되어 있고, 지급대상면적이 벼재배 11,445㎡로 등록되어 있으며, 2008.6.3. 발행한 등록증상에는 벼재배 지급대상면적은 9,516㎡이고, 2006.11.20. 쌀소득등보전직접지불금으로 1,147,040원을 수령한 사실이 청구인 명의 OOOOOO(OOOOOOOOOOOOOOOO) 거래내역에 의하여 확인되고 있다.

(6) OOOOOOOO에서 2007.10.29. 발행한 영농자재 구매확인증에의하면 청구인이 2002.1.1.부터 2007.10.29.까지 고추비료 등 20포(고추비료 5포, 유안 15포) 77,000원, 농약 3봉(바스타 등)을 구매한 것으로 나타나고, OOOOOOOO이 청구인에게 발송한 외상구매대금 상환안내문에는 청구인이 2008.5.15. 비료 32포 285,050원과 농약 20병 300,000원을 매입한 내역이 기재되어 있다.

(7) 농지원부에 등재된 청구인이 소유한 농지의 현황은 아래와 같다.

(OO O O)

(8) 청구인이 운영하는 OOOOO의 직원인 신OO은 2008.11.20. “자신이 2000.7.1.부터 2003.4.30.까지 OOOOOO에 직원으로 근무하면서 병원 사무를 맡은 적도 있으나, 오히려 원장으로 재직중이던 청구인 소유의 농지에서 농사일을 돕는데 근무시간의 50% 이상을 할애하였으며, 청구인은 농사일에 직접 참여하지만 일손이 부족할 경우 의료기사 등 다른 직원들도 동원하여 경작하기도 하였고, 논농사 수확물뿐만 아니라 다른 수확물을 직원들에게 배분하거나 불우이웃돕기차원에서 장애인 단체 등에 기부도 하고 나머지는 병원 급식용으로 사용하였다”는 내용의 사실확인서를 작성하였다.

(9) 농기계판매대리점 OOOOO OOO은 분무기와 농용굴삭기에대한 출하증명서(농기계 신고서용)를 청구인에게 교부하였고, OOOOOOOO의 면세유류관리대장에는 청구인이 2003.10.27. 농기계인 동력살분무기와 동력구절기를 취득하여 보유하고 있으며, 면세유류구입권을 아래와 같이 교부받은 것으로 기재되어 있다.

(OO O OO)

(10) 청구인은 사실확인서, 직접지불금 수령사실, 면세유류 구입내역, 농업용 비료 등 구매내역을 쟁점농지 자경의 증빙자료로 제시하지만, 사실확인서는 청구인이 운영하는 OOOOO(O OOOOOO)의 직원이 작성한 것이므로 신빙성이 부족하고, 면세유류의 구입내역(2004년 휘발유 16리터, 경유 264리터/ 2005년 휘발유 14리터, 경유 156리터)도 농지원부상 청구인이 소유한 논농사면적이 12,738㎡, 밭농사면적이 6,597㎡인 점을 고려하면 미미한 수준에 불과한 것으로 보이고, 청구인이 소유한 농지의 면적이 크고 농지가 여러 곳에 분산되어 있는 점을 고려할 때 영농을 하기 위해서는 사회통념상 상당한 노동인력이 요구됨에도 의료법인 OOOOOO 소속 병원에 근무하면서 2001년부터 2005년까지 매년 8천만원 내지 9천 6백만원의 근로소득이 있는 청구인이 자신과 병원의 직원만으로 소유농지를 모두 경작하였다는 주장도 납득하기 어려우며, 달리 청구인이 쟁점농지를 경작한 사실을 입증할만한 증빙자료를 제시하지 못하고 있으므로 쟁점농지가 8년 이상 자경한 농지로 인정하기는 어렵다.

(11) 또한, 청구인은 1992.9.29.부터 주민등록상 주소지가 경기도 OOO OOO OOOOO로 되어 있으나, 당해 주소지는 청구인이 운영하는 OOOOO의 소재지이므로 청구인이 당해 병원에서 사실상 거주하였다고 보기는 어렵고, 배우자 변동주가 서울특별시 OOO OOO OOO OOOOOOOOO OOOO OOOOO에서 거주하고 있는 점을 보면 배우자가 거주하는 지역이 청구인의 사실상 거주지로 보이므로 이 건은 「조세특례제한법 시행령」제66조 제1항에서 규정하고 있는 재촌 요건을 충족하고 있지 아니한 것으로 보여진다.

(12) 따라서 처분청이 쟁점농지를 8년 이상 자경한 농지로 보지 아니하고 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 사건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.