처분청은 청구인이대구광역시 ○○군 ○○면 ○○리 484번지 답 1,240㎡ 및 같은 리 485번지 답 1,094㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 후,2006.8.31. 이 사건 토지의 취득가액 310,000,000원을 과세표준으로 하여 지방세법제131조제1항제3호(2)의 세율 1,000분의 20을 적용하여 산출한 등록세 6,200,000원,지방교육세 1,240,000원, 합계 7,440,000원을 신고납부하자 이를 수납하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은이 사건 토지 취득 당시 공부상 지목이 답으로 되어있음을 확인하였고, 처분청의 농지취득자격증명 담당부서(○○군 ○○면사무소 산업계)에서는 이 사건 토지 중 ○○리 484번지 1,240㎡의 3분의 2 정도는 콘크리트 바닥으로 되어있어 이를 철거하고 농지로 이용할 것이라는 각서를 제출하여야 경작에 문제가 없으므로 농지취득자격증명서를 발급할 수 있다는 조언에 따라 위 각서를 제출하고 2006.8.29. 농지취득자격증명을 발급받았으며, 또한, 농지취득자격증명서의 안내문에는 농지를 취득한 후 이를 농지 본래의 목적대로 경작하지 아니하면 과태료를 부과하고 강제처분 등 행정처벌을 받는다고 명시되어 있었고, 이와 같이 처분청은 농지라고 하여 농지취득자격증명서를 발급하여 주면서 등록세의 세율은 농지가 아닌 공장용지 또는 잡종지의 세율로 부과하는 것은 농업경영을 꿈꾸며 위 토지를 매수한 청구인으로서 도저히 납득하기 어렵다고 주장하며이 사건 등록세등의 환급을 구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은농지취득자격증명을 발급받은 후,사실상 농지가 아닌 다른 용도로 사용되고 있는 공부상 지목이 답인 토지를 등기하는 경우 지방세법 제131조제1항제3호(1)에서 정한 농지에 해당되는지여부에 관한 것이라하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제124조에서는 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 것으로 규정하고 있고, 같은법 제131조제1항제3호의 규정은 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득에 대하여 등록세율을 농지는 부동산가액의 1,000분의 10으로, 기타는 부동산가액의 1,000분의 20으로 규정하고 있고, 지방세법시행령 제89조제2항에서는 “법제131조제1항에서 농지라 함은 등기 당시 공부상 지목이 전·답·과수원 또는 목장용지인 토지로서 실제의 토지현상이 농작물의 경작 또는 다년생식물재배지로 이용하는 토지를 말한다.”라고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면,청구인은 이 사건 토지를 취득하면서 이 사건 토지가 농지법 제8조의 규정에 적용되는 농지에 해당됨에 따라 농지취득자격신청시 농업경영계획서에 영농착수시기를 2007년 5월로 하고, 또한, 이 사건 토지의 현황이 불법형질변경 되어있어 취득 후 2006.11.30까지 농지상태로 원상복구하여 취득목적에 맞게 이용하겠다는 취득농지원상복구계획서를 제출한 후 2006.8.29. 농지취득자격증명을 대구광역시 달성군 하빈면장으로부터 발급받아 2006.8.30. 이 사건 토지를 취득하고 2006.8.31. 등록세의 세율을 1,000분의 20으로 하여 산출한 등록세를 신고납부하고 등기를 한 사실을 제출된 관련 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은이 사건 토지가 공부상 지목이 답으로 되어 있고, 농지취득자격증명을 발급받았으며, 이 사건 토지를 장래 농업경영을 위해서 취득하였음에도 등록세의 세율적용에 있어 농지가 아닌 토지로 보는 것은 부당하다고 주장하나, 지방세법 제124조에서는 등록세의 납세의무성립시기를 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하는 때로 규정하고 있고, 지방세법시행령 제89조제2항에서는 지방세법제131조제1항의 「농지」의 정의를 등기당시 공부상 지목이 전·답·과수원 또는 목장용지인 토지로서 실제의 토지현상이 농작물의 경작 또는 다년생식물재배지로 이용하는 토지로 규정하고 있으며, 처분청의 세무담당공무원(지방세무주사보 이○○ 외 1인)의 2006.9.1. 현장출장 조사결과에 의하면 이 사건 토지 중 ○○리 484번지 토지는 일부가 콘크리트로 포장되어 인근공장의 부속용지로 사용되고 있고, 봉촌리 485번지 토지는 연접한 토지(○○리 484번지 및 489-61번지)보다 1M 정도 돋우어진 토양으로 형질변경된 상태로 잡풀이 무성하여 농사를 지은 흔적을 찾을 수 없었고, ○○리 484번지와 485번지 사이에는 도랑이 있고 그 토지와 접한 도로에는 높이 2M의 담장이 설치되어 있는 사실을 알 수 있는바, 청구인이 이 사건 토지를 취득·등록하기 전에 농지취득자격증명서를 발급받고 이 사건 토지의 소유권이전등기를 한 후 콘크리트 포장을 철거하고 농지로 원상회복하였다하더라도 이 사건 등록세 등 납세의무 성립 당시의 이 사건 토지는 농지가 아닌 공장용지 또는 잡종지였다 할 것이므로 처분청이 이 사건 토지를 농지가 아닌 토지로 보아 지방세법 제131조제1항제3호(2)의 세율을 적용하여 이 사건등록세 등을 수납하고 징수결정한데 대하여 잘못이 없다고 판단된다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2006. 11. 27.

행 정 자 치 부 장 관