가. 청구법인은 2007.8.13. 개업하여 경기도 OOO에서 휴대폰 및 디지털카메라용 중소형 OOO(이하 OOO” 또는 “쟁점물품”이라 한다) 제조업을 영위하고 있는 계속사업자로서 2011년 제1기 부가가치세 과세기간 중에 주식회사 OOO(이하 OOO”라 한다)에게 쟁점물품을 공급하는 계약을 체결하고 국내에서 쟁점물품생산에 필요한 원자재를 매입하여 중국에 소재한 임가공업체인 중국법인 OOO(이하 OOO”이라 한다)에게 그 원자재를 무환반출한 후 OOO의 가공을 거쳐 쟁점물품을 생산하고, 쟁점물품을 OOO가 지정하는 중국에 소재한 중국법인 OOO(이하 OOO”라 한다)에 공급한 후 OOO로부터 대가를 수령하는 거래(이하 “쟁점거래”라 한다)를 하고, 쟁점거래를 영세율 적용대상거래로 보아 영세율 세금계산서를 발행하고 쟁점거래와 관련하여 국내에서 매입한 원자재의 매입세액을 공제하는 것으로 하여 2011년 제1기 부가가치세 OOO원을 환급세액으로 신고하였다.

나. 처분청은 쟁점거래가 국외에서 이루어진 거래로 부가가치세 과세대상거래가 아닌 것으로 보고 영세율 적용을 부인하고 관련 원자재 매입세액을 불공제하여 2011.12.7. 청구법인에게 2011년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.2.28. 이의신청을 거쳐 2012.6.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인과 OOO가 수수하는 매매대금의 구성은 원재료 도매에 따른 부가가치와 임가공에 따른 부가가치로 구성되고, 원재료 도매부분은 국내에서 이루어지고 임가공부분은 국외에서 이루어지는바, 설령 중국 임가공업체인 중국법인 OOO을 통해 창출된 부가가치가 부가가치세법상 과세 제외거래(국외거래)라고 하더라도 국내에서 이루어진 부가가치인 원재료의 도매부분에 대하여는 국내거래로 보아 부가가치세법상 과세대상으로 보고 매입세액을 공제하여야 한다. 청구인은 중국 임가공업체인 OOO에 관련 원자재를 무환반출하였으나 이런 경우에도 관세법에 의한 수출통관이 이루어지고 수출로 인정되는 것일 뿐만 아니라 부가가치세법 통칙 11-24-4에서 규정하고 있는 바와 같이 ‘재화의 무상 수출’에 해당되는 것이지 견본품 등의 반출이 아니다. 거래내용을 분석함에 있어 국내사업자가 국외수탁가공업자와 계약에 의하여 가공임을 지급하는 조건으로 원재료를 반출하고 국외수탁가공업자가 이를 가공한 후 외국현지에서 인도하는 거래형태는 대외무역법에서 규정하는 “위탁가공무역방식의 수출거래”요건을 모두 충족하고 있기 때문에 수출거래로 보아야 할 것이다. 부가가치세는 소비세로서 국경을 달리함에 따라 과세여부가 결정되고, 국내의 부가가치세 제도는 소비지국과세원칙을 따르는바, OOO가 최종 완성품인 OOO을 국내로 반입하는 경우 그 전체가액에 대해 부가가치세를 전액 부담(수입 부가가치세)하는데 그 구성내역에 보면 OOO(쟁점물품)의 공급가액이 전액 포함되는 것이고, OOO의 중국 임가공 상당부분은 해외에서 생성된 부가가치로서 국내로 반입시 부가가치세를 부담하는 것이 타당할 것이나 그 원재료 상당은 국내에서 청구법인이 구매하는 때에 이미 과세되어서 당초 무환반출되는 시점에 부가가치세를 환급하지 않으면 재차 수입할 경우 부가가치세가 이중 과세되는 문제가 발생한다. 따라서 이런 이유에서라도 당초 무환반출 시점에 관련 부가가치세를 전액 환급받을 수 있게 하기 위해 쟁점거래에 대하여 영세율을 적용하는 것이 타당하다. 결국 청구법인과 OOO가 체결한 OOO공급계약에 의한 매매거래에서 중국 내 임가공업체를 통해 이루어진 임가공 부분 상당의 매매가액을 제외한 원재료 공급에 따른 매매가액에 대해 부가가치세법상 영세율을 적용함이 타당하다. 또한 기존 유권해석(부가-1292, 2010.9.30.)에서와 같이 청구법인의 국외 무환반출에 대하여 영세율 적용이 안된다면 국내 원자재 매입에 대한 매입세액 공제를 허용하여, 재차 수입할 경우 발생하는 부가가치세 이중과세를 방지하는 것이 타당하다.

(2) 「부가가치세법 시행령」 제24조의 2012.2.2. 개정과 2013.2.15. 후속개정에 따라 “원료를 대가 없이 국외의 수탁가공 사업자에게 반출하여 가공한 재화를 양도하는 경우에 그 원료를 반출”하는 쟁점거래는 영세율이 적용 가능한 것이다. 그러나 청구법인의 경우 개정 전 거래분이므로 개정법령의 소급적용 가능여부가 중요한 쟁점이라고 볼 수 있는바, 부칙은 개정법령이 “이 영 시행 후 신고하거나 결정·경정하는 분부터 적용한다.”라고 규정되어 있으며, 이 부칙의 의미는 과거 조사로 인한 경정 및 결정분도 재경정 및 재결정을 통하여 적용가능하다는 것으로 보아야 한다. 한편 「조세특례제한법 시행령」 제121조의3 제7항의 개정내용 적용에 대한 동일한 부칙규정은 동 시행령 시행일 이전의 내용에 대하여도 적용가능하다는 기획재정부 유권해석도 존재한다. 「부가가치세법 시행령」 제24조의 개정취지는 국내사업자간 종래 위탁가공무역방식의 수출과 유사한 방식으로 거래하는 경우에도 영세율 적용대상 거래로 보아 매입세액공제를 적용받을 수 있도록 하기 위한 것이다. 과세관청은 2010년 6월 이전 쟁점거래를 영세율로 본다는 질의회신을 한 사실이 있으며, 2010년 6월 기획재정부 유권해석을 통해 영세율로 보지 않는다고 이를 정정하였다. 하지만 2012년 세법 개정을 통해 재차 영세율 대상거래로 명시하였고, 2013년 이를 명확화하여 쟁점거래를 수출의 범위에 포함하도록 번복하고 있다. 납세자는 과세관청의 공적인 의견을 신뢰하여 영세율거래로 인지하여 부가가치세를 신고납부한 바 있으며, 이는 현재 부가가치세법 시행령의 수출의 범위에 대한 개정 취지와 부합한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 OOO와 쟁점물품 공급계약을 체결한 후 외국임가공업자에게 원자재를 무환반출하여 가공한 제품을 국외에서 OOO가 지정하는 외국사업자에게 양도하는 경우 당해 거래는 재화의 이동이 국외에서 이루어진 것이므로 부가가치세 과세대상 거래에 해당되지 아니하기에 국내 원자재 매입부분에 대한 매매가액은 과세거래로 보아야 한다는 청구법인의 주장은 이유가 없으며, 또한 쟁점거래가 과세대상 거래가 아님에도 영세율을 적용하여 원자재 매입부분에 대해서 매입세액 공제가 인정되어야 한다는 청구법인 주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 2013년 부가가치세법 시행령 개정시 쟁점거래를 수출의 범위에 포함되는 것으로 명확히 하고 그 적용시기를 “이 영 시행 후 신고하거나 결정·경정하는 분부터 적용한다”라고 하였으나, 쟁점거래는 영세율 적용이 안되는 시점의 거래이므로 처분청이 직권으로 소급하여 재결정할 수 있는 사항이 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점거래를 영세율적용대상거래가 아니라고 보아 매입세액불공제한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제11조【영세율 적용】 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영(零)의 세율을 적용한다.

1. 수출하는 재화

(2) 부가가치세법 시행령 제14조【재화공급의 범위】 ② 제1항 제1호에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

3. 사업자가 위탁가공을 위하여 원자재를 국외의 수탁가공사업자에게 대가 없이 반출하는 것

제24조【수출의 범위】<대통령령 제22932호, 2011.5.30.> ① 법 제11조 제1항 제1호의 규정에 의한 수출은 다음 각호의 것으로 한다.

1. 내국물품(우리나라 선박에 의하여 채포된 수산물을 포함한다)을 외국으로 반출하는 것

2. 국내의 사업장에서 계약과 대가수령 등 거래가 이루어지는 것으로서 다음 각목의 1에 해당하는 것

가. 「대외무역법」에 의한 중계무역 방식의 수출

나. 「대외무역법」에 의한 위탁판매수출

다. 「대외무역법」에 의한 외국인도수출

라. 「대외무역법」에 의한 위탁가공무역 방식의 수출

제24조【수출의 범위】<대통령령 제23595호, 2012.2.2.> ① 법 제11조 제1항 제1호의 규정에 의한 수출은 다음 각호의 것으로 한다.

1. (생략)

2. (생략)

가. ～ 다. (생략)

라. 위탁가공무역 방식의 수출[가공임을 지급하는 조건으로 외국에서 가공(제조, 조립, 재성, 개조를 포함한다. 이하 같다)할 원료의 전부 또는 일부를 거래 상대방에게 수출하거나 외국에서 조달하여 이를 가공한 후 가공물품등을 외국으로 인도하는 방식의 수출을 말하며, 사업자가 원자재를 국외의 수탁가공 사업자에게 대가 없이 반출하여 가공한 재화를 국내로 반입하지 아니하고 다른 사업자에게 양도하는 경우로서 양수한 사업자가 해당 재화를 다목의 방식으로 수출하는 경우를 포함한다]

부칙 제4조【수출의 범위 등에 관한 적용례】<대통령령 제23595호, 2012.2.2.> 제21조 제1항 제10호 다목, 제24조 제1항 제2호 라목, 제64조 제3항 제1호의2의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용한다.

제24조【수출의 범위】<대통령령 제24359호, 2013.2.15. > ① 법 제11조 제1항 제1호의 규정에 의한 수출은 다음 각호의 것으로 한다.

1. (생략)

2. (생략)

가. ～ 다. (생략)

라. 위탁가공무역 방식의 수출[가공임을 지급하는 조건으로 외국에서 가공(제조, 조립, 재성, 개조를 포함한다. 이하 같다)할 원료의 전부 또는 일부를 거래 상대방에게 수출하거나 외국에서 조달하여 이를 가공한 후 가공물품등을 외국으로 인도하는 방식의 수출을 말한다]

마. 원료를 대가 없이 국외의 수탁가공 사업자에게 반출하여 가공한 재화를 양도하는 경우에 그 원료의 반출

부칙 제4조【수출의 범위에 관한 적용례】<대통령령 제24359호, 2013.2.15.> 제24조 제1항 제2호의 개정규정은 이 영 시행 후 신고하거나 결정ㆍ경정하는 분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO세무서 국세조사관이 2011.8.18.부터 2011.9.2.까지 청구법인에 대한 현지확인조사 후 2011년 8월 작성한 환급현지확인종결보고서 주요내용은 다음과 같다.

(가) 청구법인의 2011년 제1기 부가가치세 신고내역

(OO : OO)

(나) 청구법인은 2007.8.13. OOO와 물품제조가공수리계약을 체결하여 현재까지 거래를 지속하고 있으며, OOO와 거래액이 매출액의 98% 이상을 차지하고 있고, 두 업체간 거래는 재화의 이동이 국외에서 이루어져 부가가치세가 과세되지 않은 거래임에도 2007년 2기 확정부터 2011년 제1기 예정기간까지는 과세 세금계산서를 발급하다가 2011년 제1기 확정기간에는 구매확인서를 첨부하여 영세율 세금계산서를 발행하였다. 또한 쟁점거래와 관련하여 국내에서 매입한 원부자재 및 고정자산 매입세액에 대해 과세사업과 부가가치세가 비과세되는 사업의 수입금액비율대로 안분계산하지 않고 전액을 공세세액으로 신고하였다.

(다) OOO와의 거래 관련 경정 내역

(OO : OO)

(라) 청구법인과 OOO의 거래는 부가가치세가 과세되지 않는 거래임이 확인되므로 과세분 매출세액 및 관련 매입세액 안분계산하여 2011년 제1기 과세기간 부가가치세를 경정한다.

(2) 청구법인이 주장하는 쟁점거래의 거래구조를 보면, ① 국내에서 청구법인과 OOO가 쟁점물품OOO공급계약을 체결하고 대금수수는 국내에서, 완성품인 쟁점물품의 납품은 중국 현지에서 직납하기로 하는 내용의 계약을 체결, ② 청구법인은 국내에서 매입한 원자재를 중국 현지 임가공업체인 중국법인 OOO에게 무환으로 반출, ③ OOO은 원재료를 가공하여 완성된 쟁점물품을 중국 현지에서 직접 OOO의 중국 현지 임가공업체인 OOO에게 납품하고 그 임가공 수수료는 청구법인으로부터 수취하며 청구법인은 OOO이 OOO에게 쟁점물품을 인도하는 시점에 OOO에게 대금을 청구, ⑤ 관련 대금은 국내에서 외화로 수수, ⑥ OOO는 납품받은 쟁점물품과 다른 원자재를 추가 가공하여 완성된 OOO을 OOO에게 납품, ⑦ OOO는 완성된 OOO을 국내에 반입하여 수입통관한 다음 국내의 휴대폰 업체에게 Local 수출방식으로 납품하거나 국내로 반입하지 아니하고 외국에서 직접 다른 국외업체에게 수출하는 내용이다.

(3) 살피건대, 청구법인은 쟁점거래가 부가가치세법상 영세율적용대상거래라는 주장이나, 쟁점거래는 국내사업자가 외국 임가공사업자에게 원·부자재를 무환반출하여 가공한 제품을 국내로 반입하지 아니하고 국외에서 국내의 다른 사업자가 지정하는 외국사업자에게 인도한 후 국내에서 국내의 다른 사업자로부터 대가를 받는 거래로서 「부가가치세법」 제11조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제24조 제1항 제2호의 규정에 의한 영세율 적용대상이 되는 수출의 범위에 포함되지 아니하는 거래라고 할 것(기획재정부 부가가치세과-366, 2010.6.4. 참조)이고, 쟁점거래는 재화의 이동이 국외에서 이루어진 것이므로 부가가치세 과세대상거래가 아닌 국외거래에 해당하므로 관련 원자재의 매입세액도 공제할 수 없다고 할 것이다.

또한, 청구법인은 2012.2.2.과 2013.2.15. 「부가가치세법 시행령」 제24조가 개정되어 쟁점거래가 영세율 적용대상 거래로 추가되었고 부칙에서 개정법령의 시행 후 경정·결정하는 분부터 적용한다고 규정되어 있으므로 쟁점거래도 영세율 적용대상거래로 보아 재경정하여야 한다고도 주장하나, 부칙에서 소급하여 적용한다고 규정하지 아니하였고, 처분청이 이미 쟁점거래 당시 법령에 따라 영세율적용을 부인한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

따라서 처분청이 당시 법령에 의하여 쟁점거래에 영세율적용을 부인하고 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.