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경정
공사비를 가공원가로 보아 손금불산입하고 그에 대한 매입세액을 불공제한 처분의 당부(경정)

조세심판원 조세심판 | 국심1995경0114 | 부가 | 1995-11-01

[사건번호]

국심1995경0114 (1995.11.01)

[세목]

부가

[결정유형]

경정

[결정요지]

처분청이 공사비를 사실이 아닌 것으로 인정하여 손금불산입함과 동시에 이에 대한 매입세액을 불공제하는 것으로 하여 청구법인에게 부가가치세 등을 부과한 처분은 타당함.

[관련법령]

법인세법 제17조 제1항【자본거래로 인한 수익의 익금불산입】

[주 문]

1. 동안양세무서장이 94.8.3 청구법인에게 경정·고지한89.1.1-89.12.31 사업연도분 법인세 1,472,365,370원 및 동 방위세 254,277,870원의 부과처분은 청구법인이 양도한 서울특별시 관악구 OO동 O OOOO 외 3필지 소재 대지 3,284㎡에 대한 양도손익의 귀속사업연도를 91.1.1-91.12.31 사업연도로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 원처분 개요

청구법인이 서울특별시 관악구 OO동 O OOOO 외 3필지 소재 대지 3,284㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 89.7.3 OOOO통신공사 OO동주택조합 및 OO동연합주택조합(이하 “주택조합”이라 한다)에게 2,283,900,000원에 양도하기로 하는 매매계약을 체결하고 그 계약금(250,000,000원)및 중도금 중 일부(133,000,000원)를 수령한 상태에서 주택조합의 사업승인 등을 위해 잔금수령 전인 89.7.31 주택조합에게 소유권이전등기를 하였으나 주택조합이 약정기일에 잔금등을 지불하지 아니함에 따라 매매계약조건 등에 의거하여 89.12.30 주택조합명의의 소유권이전등기에 대한 말소등기가 이루어 졌으며, 이에 대하여 주택조합이 쟁점토지에 대한 소유권이전등기 청구소송 등을 제기한 결과 91.3.22 서울민사지방법원에서 작성된 인낙조서에 의하여 위 말소등기에 대한 회복등기가 이행되어 다시 쟁점토지의 소유권이 주택조합에게 귀속되었다.

청구법인은 쟁점토지의 양도시기를 인낙조서의 작성일인 91.3.22로 보아 그에 대한 손익의 귀속사업연도를 91.1.1-91.12.31 사업연도(이하 “91사업연도”라 한다)로 하여 법인세를 신고하였으나, 처분청은 쟁점토지의 양도시기를 당초의 소유권이전등기일인 89.7.31로 보아 94.8.3 청구법인에게 89.1.1-89.12.31 사업연도(이하 “89사업연도”라 한다)분 법인세 1,472,365,370원 및 동 방위세 254,277,870원을 경정고지 하였다.

그리고 청구법인이 91.1.1부터 91.3.31 사이에 쟁점토지에 대한 토목공사비로 610,915,604원 (이하 “쟁점공사비”라 한다)을 계상하고 이를 취득원가로서 손금산입하고 이에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제한데 대하여 처분청은 쟁점공사비를 가공원가로 보아 손금불산입함과 동시에 이에 대한 매입세액을 불공제하는 것으로 하여 94.8.3 청구법인에게 91년 제1기분 부가가치세 73,309,870원을 경정고지 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 94.9.30 심사청구를 거쳐 94.12.23 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 청구주장 1

① 청구법인은 주택건설업 등을 목적사업으로 하는 법인으로 88.4.22 쟁점토지를 취득하여 88.5.10 집단주택건설(소형아파트) 사업계획을 승인받아 토목공사의 시행중 인근주민의 민원야기로 공사가 중단되는 등 많은 결손이 예상되어 쟁점토지를 매각하기로 하고 89.7.3 주택조합과 매매계약을 체결하고 계약금(250백만원)과 일부 중도금을 수령한 상태에서 주택조합이 사업승인을 받도록 하기 위하여 잔금 등의 수령전에 먼저 주택조합에게 소유권이전등기를 하였으나, 그 매매잔금 등을 약정기일에 수령하지 못하여 독촉하던중 89.11.1 주택조합은 조합원총회를 개최하여 매매잔금의 전액을 89.12.23까지 완제하지 못할시에는 주택조합명의로 등기되어 있는 쟁점토지의 소유권을 청구법인에게 환원해 주기로 의결하였고 89.11.18 당초의 매매계약을 경정하여 계약금을 5억원으로 하되 매매잔금을 89.12.23까지 일시 지급하기로 하며 그 지정일에 지급하지 못할시는 다음날로 매매계약을 해약하고 쟁점토지에 대한 주택조합명의의 소유권을 말소하는 등기절차를 즉시 이행하기로 계약하고 공증을 한 바 있으며, 이어서 89.12.9에는 주택조합이 매매잔금을 89.12.23까지 청구법인에게 지급하지 못할 때에는 쟁점토지에 관한 “89.7.31자 주택조합명의의 소유권이전등기를 말소한다”는 화해조서(서울민사지방법원 89자3134호)도 작성하였다.

② 그 후 주택조합이 89.12.23까지 매매잔금을 청산하지 못함에 따라 매매계약 해제증서 등의 작성을 거쳐 “89.7.31자 주택조합명의의 소유권이전등기”에 대한 말소등기가 89.12.30 이루어졌으며, 이에 주택조합은 청구법인으로부터 건축설계도면, 토목심의서 및 입지심의서 등의 서류를 인수받지 못하여 매매잔금을 지급하지 아니하였다는 이유를 내세워 90.1.25 쟁점토지에 대한 양도 등 처분금지의 가처분등기를 하게 되었고 청구법인은 가처분에 대한 이의신청을 하고 90.5.12부터 위 가처분에 대한 소송 등을 진행하던 중 주택조합원들이 청구법인의 사무실을 점거, 농성하는 등의 업무방해등으로 인하여 부득이 모든 것을 포기하고 법정화해를 하지 아니할 수 없어 말소등기된 바 있는 주택조합명의의 소유권이전등기를 회복하는 등기절차를 이행한다는 인낙조서(서울민사지방법원 90가31232호)를 91.3.22 작성하게 되었고 이에 따라 91.4.20 쟁점토지에 대한 소유권이전 말소등기의 회복등기가 이루어졌고 매매잔금은 그 이후에 수령하였다.

③ 처분청은 청구법인의 쟁점토지의 양도시기를 당초 주택조합명의의 소유권이전등기일인 89.7.31로 보아 쟁점토지의 양도와 관련한 손익의 귀속시기를 89사업년도로 인정하여 과세하였으나, 쟁점토지에 대한 “89.7.31자 주택조합명의의 소유권이전등기”는 89.12.30 말소등기되었다가 주택조합이 제기한 소유권이전등기 청구소송 등에 의하여 소송이 진행되다가 주택조합원의 난동등으로 청구법인이 주택조합에 대한 말소등기의 회복등기절차를 이행한다는 인낙조서를 91.3.22 작성하게 되어 91.4.20 위 말소등기에 대한 회복등기가 이루어 졌는 바, 법인세법 제17조 제1항의 규정에 의하면 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다”고 규정하고 있어 권리의무확정주의를 채택하고 있다고 할 것이고, 이 건의 경우와 같은 법정쟁송사건에 있어서는 법원의 판결에 의하여 양도자는 대가를 받을 권리와 소유권이전의무가 확정되고 매수자는 그에 반대되는 권리의무가 확정되어 권리실현의 가능상태가 성취되는 것으로서 그 손익이 확정되는 날은 법원의 확정판결일이라고 할 것이며, 이 건과 관련한 재무부의 질의·회신(법인 46012-148, 94.9.23)에서도 “법인이 부동산을 양도함으로써 생긴 손익의 귀속사업연도는 그 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도로 하되 대금을 청산하기전에 소유권이전 등기를 한 경우에는 소유권이전등기일이 속하는 사업연도가 되는 것이나, 소유권에 관해 쟁송이 제기되어 법원의 확정판결에 의하여 소유권이 이전되는 경우에는 법원의 판결이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하는것”이라고 해석하고 있음을 볼 때, 청구법인의 쟁점토지의 양도와 관련한 손익의 귀속사업연도는 주택조합명의의 소유권이전등기가 말소되어 청구법인의 소유로 된 후 다시 그 회복등기의 이행을 확정판결한 날 즉 그에 대한 인낙조서의 작성일인 91.3.22이 속하는 사업연도가 된다고 할 것이며, 위 인낙조서의 작성일이 쟁점토지에 대한 권리의무가 확정된 날로서 쟁점토지의 양도대가를 받을 권리와 소유권이전등기의무가 확정된 날이라고 할 것이므로 쟁점토지의 양도와 관련한 손익은 91사업연도에 귀속되는 것으로 보아야 함에도 불구하고 처분청이 89사업연도의 귀속으로 하여 이 건 법인세 등을 부과한 처분은 부당하다.

(2) 청구주장 2

청구법인이 91.1.1-91.3.31 사이에 쟁점토지상에 아파트신축을 위하여 지급한 토목공사비 610,915,604원(쟁점공사비)에 대하여 처분청은 쟁점토지가 89.7.31 주택조합으로 소유권이전 된 후 주택조합에서 계속하여 공사를 하여왔고 90.1.25 서울민사지방법원의 가처분결정에 의하여 청구법인이 쟁점토지에 대하여 일체의 처분 등을 할 수 없음에도 불구하고 청구법인이 토목공사와 관련하여 쟁점공사비를 지출한 것으로 계상한 것은 부당하다고 하여 그 손금산입을 부인하고 그에 대한 매입세액도 불공제한 것이나, 쟁점토지에 대한 89.7.31자 주택조합명의의 소유권이전등기는 매매잔금 등의 미불로 인하여 89.12.30 말소등기되어 청구법인의 소유로 회복되었으며, 주택조합이 실제 쟁점토지상에 토목공사를 한 금액은 89.12월 이전의 공사비 215,000,000원과 91.3월 이후의 206,403,000원 합계 421,403,000원으로 그 공사계약서에 의하여 입증되고 있으며, 90.1월부터 91.3월까지의 기간 중에 쟁점토지에 대한 가처분결정이 있었다고 하더라도 이는 쟁점토지에 대한 양도·저당권 및 임차권 등의 설정 등의 처분행위를 금지한 것일 뿐 토목공사 등을 제한한 것은 아닌 것이며 당시 쟁점토지의 소유권은 청구법인에게 있었으므로 청구법인이 쟁점토지상에 토목공사를 직접 시공하고 지출한 쟁점공사비를 처분청이 가공원가로 보아 손금불산입하고 그 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구주장 1(쟁점토지의 양도시기)에 대하여

청구법인은 89.7.3 주택조합에게 쟁점토지를 2,283,900,000원에 양도하기로 계약하여 계약금으로 250,000,000원을 수령하고 89.8.3 중도금 1,100,000,000원을, 89.9.3 잔금 933,900,000원을 수령하기로 하였으나 89.7.13 건설부의 “89.8.1 이전에 토지를 매입한 경우에만 주택조합을 승인한다”는 발표에 따라 89.7.31 위 중도금 및 잔금 수령전에 쟁점토지의 소유권을 주택조합에게 이전하였고 주택조합이 위 중도금 및 잔금을 지급치 못하자 89.12.30 주택조합에게 이전된 소유권을 말소등기하여 청구법인의 소유로 환원하였다.

그 후 주택조합이 쟁점토지의 양도등 처분금지의 가처분을 법원에 신청하는 등 청구법인과 주택조합 사이에 쟁점토지의 소유권에 대한 쟁송을 진행하다가 91.3.22 서울민사지방법원의 인낙조서(90가합 31232)에 의거 “말소된 주택조합의 소유권이전등기의 회복등기절차를 이행하라”는 판결을 받은 사실이 청구법인이 제시한 매매계약서, 화해조서, 판결문, 등기부등본 등에 의해 확인되고, 처분청은 청구법인이 위 판결에 의하여 소유권이 이전된 91사업년도를 그 양도손익의 귀속사업연도로 하여 신고한 것을 부인하고 당초 소유권이전 등기접수일인 89.7.31이 속하는 89사업연도를 그 귀속사업연도로 보아 과세하였음이 관련문서에 의해 확인된다. 살피건데, 청구법인은 주택조합에게 쟁점토지를 양도하고 대금청산전에 소유권 이전등기하였으나 대금청산 지연으로 그 소유권 이전등기를 말소하였고 주택조합이 이에 대하여 소송을 제기하자 주택조합과 화해를 함으로써 법원의 인낙조서에 의해 쟁점토지의 소유권이 주택조합의 명의로 회복등기되었는 바, 쟁점토지의 소유권에 관한 쟁송이 제기되어 법원의 확정판결을 받았다고 하나 결국은 당초 소유권이전등기일인 89.7.31로 회복되어 그 소유권이전 등기의 효력이 소급되었다고 할 것이므로 쟁점토지의 양도시기는 당초의 소유권이전 등기접수일이라고 할 것이다.

따라서 쟁점토지의 양도와 관련한 손익의 귀속사업연도는 당초 등기접수일인 89.7.31이 속하는 89사업연도로 봄이 타당하다고 판단된다.

(2) 청구주장 2(쟁점공사비에 대한 매입세액의 불공제 여부등)에 대하여

청구법인은 91.1.1부터 91.3.31까지 쟁점토지상에 아파트를 신축코자 토목공사를 시행함에 따라 쟁점공사비가 발생되었으므로 이를 91사업연도의 손금에 산입함과 함께 그에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제한 것은 타당하다는 주장이나, 청구법인이 쟁점공사비를 지출하였다면 쟁점토지의 소유권을 주택조합에게 이전하면서 쟁점공사비에 대한 보상 등을 받았어야 하는 바 이에 대한 아무런 거증을 제시하지 못하고 있고, 쟁점공사비에 대한 세금계산서만 제시할 뿐 공사일지 등 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등으로 보아 처분청이 쟁점공사비를 가공원가로 보아 손금불산입하고 그 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없다고 하겠다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점토지의 양도와 관련한 손익의 귀속사업연도가 언제인지 여부

(1) 쟁점공사비를 가공원가로 보아 손금불산입하고 그에 대한 매입세액을 불공제한 처분의 당부

나. 쟁점 1(쟁점토지의 양도와 관련한 손익의 귀속사업연도 여부)에 대하여

(1) 관련법령

법인세법 제17조 제1항의 규정에 의하면 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 사업연도로 한다고 규정하고 있으며, 같은조 제3항에서는 상품·제품 또는 기타의 생산품에 해당되지 아니하는 자산을 양도함으로써 생긴 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도로 하되, 다만 대금을 청산하기 전에 소유권 등 이전등기를 하거나 당해자산을 인도한 경우에는 소유권 등 이전등기일 또는 인도일이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단

① 청구법인이 주택조합에게 쟁점토지를 2,283,900,000원에 매도하기로 하는 매매계약을 89.7.3 체결하고 일부 중도금(133,000,000원)만 수령한 상태에서 89.7.31 쟁점토지의 소유권을 청구법인의 명의에서 주택조합의 명의로 소유권이전등기한 후 그 매매잔금 등이 정산되지 아니함에 따라 청구법인과 주택조합간에 작성된 제소전 화해조서 등에 의하여 “89.7.31자 주택조합의 소유권이전등기”에 대한 말소등기가 89.12.30 이행되어 쟁점토지의 소유권이 청구법인의 소유로 환원되었다가 주택조합의 쟁점토지에 대한 소유권이전등기 청구소송 등 그 소유권의 쟁송 중 「89.12.30 말소등기된 “89.7.31자 주택조합의 소유권이전등기”에 대한 회복등기절차를 이행하라」는 주택조합의 청구를 청구법인이 인낙하는 인낙조서(서울민사지방법원 90가합31232)를 91.3.22 작성하게 되었으며, 이에 따라 91.4.20 위 말소등기에 대한 회복등기가 이행된 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없으며 쟁점토지의 등기부등본 등 관련자료에 의하여 확인되고 있다. 그리고 쟁점토지의 매매대금이 2,283,900,000원인 사실과 위 매매대금의 일부 중도금 및 잔금이 그 회복등기가 이행된 후에 청산된 사실에 대하여도 다툼이 없다.

② 처분청은 쟁점토지에 대한 “89.7.31자 주택조합의 소유권이전등기”가 말소등기된 후 인낙조서에 의하여 회복등기가 이행되었으며 그 매매대금의 청산전에 소유권이전 등기되었으므로 청구법인이 쟁점토지를 양도한 시기를 당초의 주택조합에 대한 소유권이전등기일인 89.7.31로 보아 그 양도와 관련한 손익의 귀속사업연도를 89사업연도로 인정한 것이나, 쟁점토지에 대한 등기부상 소유권의 변동관계를 보면, 청구법인이 89.7.31 주택조합에게 쟁점토지의 소유권을 이전등기하였으나 그 매매잔금의 미정산 등으로 인하여 위 소유권이전등기가 89.12.30 말소등기 되어 동일한 사업연도에 쟁점토지의 소유권이 청구법인에게 환원된 관계로 결과적으로 89사업연도말 현재 쟁점토지의 소유권이 청구법인에게 귀속되어 있었고, 쟁점토지에 대한 소유권의 쟁송에 따른 인낙조서의 작성(또는 법원의 확정판결 등)이 있기전 까지는 그 소유권이 청구법인에게 있었다고 할 것인 바, 그 후의 법원의 확정판결에 따라 그 말소등기에 대한 회복등기가 있었음을 이유로 법인세법에 의한 쟁점토지의 양도와 관련한 손익의 귀속시기를 그 말소등기전의 소유권이전등기일(89.7.31)로 소급하는 것은 법적안정성과 예측성 등을 저해하는 것으로써 타당하지 아니하다고 할 것이며 그에 대한 법인세과세표준의 신고의무 등을 그 법정신고기한내에 이행하는 것은 불가능하다고 할 것이다.

③ 앞의 관련법령에서 살펴본바와 같이 법인세법 제17조 제1항의 규정에 의하면 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있어 손익의 귀속시기에 대하여는 원칙적으로 권리·의무확정주의를 채택하고 있음을 알수 있는 바, 부동산의 양도에 따른 대금청산전에 소유권이전등기 등이 확정·완료 된 경우에는 그 소유권이전등기일이 속하는 사업연도가 당해 부동산의 양도와 관련한 손익의 귀속사업연도가 된다고 할 것이나, 그 소유권이전등기의 적법여부 등에 관한 소송이 제기되어 쟁송중인 경우에는 법원의 확정판결에 의하여 그 적법여부 등이 가려지고 그에 따라 당해 부동산에 대한 사실상의 소유권의 변동여부가 확정됨과 동시에 그에 관한 권리·의무가 확정된다고 할 것이므로 당해 부동산의 소유권에 관해 쟁송이 제기되어 확정판결에 의하여 소유권이 이전되는 경우에는 당해 소송에 관한 법원의 판결이 확정된 날이 속하는 사업연도를 그 손익의 귀속사업연도로 보아야 할 것이다(재무부 법인 46012-148, 94.9.23 같은 뜻임)

④ 이러한 사실들과 관련법령 등을 모아 볼 때, 이 건의 경우와 같이 쟁점토지의 소유권이 청구법인으로부터 주택조합에게 이전등기 된 후 위 소유권이전등기가 말소되어 다시 청구법인의 소유로 된 상태에서 주택조합이 청구법인을 상대로 쟁점토지에 대한 소유권이전등기 청구소송 등을 제기한 결과 91.3.22 작성된 인낙조서에 의하여 그 말소등기에 대한 회복등기가 이루어져 그 소유권이 다시 청구법인으로부터 주택조합에게 귀속된 경우에 있어서 위 인낙조서의 작성일에 쟁점토지에 대한 사실상의 소유권이 확정되고 그 등기관계 및 소유권이전에 따른 권리·의무가 확정되었다고 할 것이므로 법원의 확정판결일에 해당하는 위 인낙조서의 작성일(91.3.22)을 쟁점토지의 양도시기로 봄이 타당할 것이며, 쟁점토지의 양도와 관련한 손익의 귀속사업연도는 위 91사업연도가 된다고 할 것이다.

따라서 처분청이 쟁점토지의 양도와 관련한 손익의 귀속사업연도를 89사업 연도로 보아 청구법인에게 이 건 법인세를 부과한 처분은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.

다. 쟁점 2(쟁점공사비에 대한 매입세액의 불공제 여부 등)에 대하여

(1) 관련법령

부가가치세법 제17조 제2항 제1호의 규정에 의하면 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있으며, 법인세법 제16조 제7호 등의 규정에 의하면 법인이 각 사업연도에 지출한 경비 중 직접 그 업무에 관련이 없다고 정부가 인정하는 금액 등에 대하여는 손금불산입하는 것으로 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단

① 청구법인은 쟁점토지에 대한 주택조합의 소유권이전등기가 말소되어 청구법인의 소유로 환원된 이후인 91.1.1부터 91.3.31까지의 기간중에 쟁점토지상에 토목공사를 시행하고 쟁점공사비를 지출한 것으로 주장하면서 세금계산서 등을 제시하고 있으나,

② 청구법인이 제시한 쟁점공사비에 관한 세금계산서 및 그 거래명세표에 의하여 쟁점토지의 토목공사와 관련하여 잔토운반비로 지급된 덤프트럭의 1일사용 대수를 살펴보면 91.1.3 하루에 사용된 차량이 20대인 것을 비롯하여 91.1.3부터 91.3.18까지의 기간동안 하루에 가장 많이 사용된 날은 100여대에 이르고 평균적으로 하루에 20-50대가 사용된 것으로 하여 운반비 등을 지급한 것으로 되어 있는 바, 쟁점토지에 대한 토목공사의 규모 등을 감안하여 볼 때 쟁점공사비에 대한 세금계산서 등의 증빙서류는 사실이 아닌 것으로 보이며,

③ 또한 청구법인이 제시한 쟁점공사비에 관한 매입세금계산서 중에는 청구외 OOO에게 토목공사비와 관련하여 지급한 운반비 15,000,000원에 상당하는 세금계산서가 포함되어 있으나 처분청이 제시한 OO산업주식회사의 상무인 청구외 OOO의 확인서에 의하면 위 OOO가 소유한 화물차(서울 OOOOOO)는 안산시 소재 박스제조업체인 청구외 OO산업과 용차계약을 하여 차량등록시부터 94.6.20 현재까지 박스운반차량으로만 운행된 것으로 확인되고 있다.

④ 그리고 주택조합이 쟁점토지상에 아파트건설을 위하여 청구외 OO건설주식회사와 체결한 토목공사계약서(92.2.20작성)에 의하면 쟁점토지에 대한 89.10월 이후의 토목공사대금을 포함하여 공사금액 421,403,030원에 대한 토목공사계약을 체결한 사실이 있고 위 공사내역 중에는 잔토 42,030㎡에 상당하는 운반비 등이 포함되어 있는 바, 청구법인이 주택조합의 쟁점토지에 대한 토목공사비 외에 추가로 610,915,604원에 해당하는 토목공사비를 지출한 것으로 보기는 어렵다고 할 것이다.

⑤ 청구법인이 제시한 주택조합의 지불각서를 보면 쟁점토지상에 시행한 청구법인의 토목공사비중 4억원을 주택조합이 인정하여 이를 추후 청구법인에게 지불키로 하는 것으로 되어 있는 바, 이러한 지불각서 등으로 보면 청구법인이 쟁점토지상에 일부 토목공사를 시행한 것으로 보이는 점도 있으나 앞에서 살펴 본 바와 같이 쟁점공사비에 대한 세금계산서 및 거래명세표에 의한 차량사용대수 등이 쟁점토지의 공사규모, 공사여건 등을 감안할 때 현실적으로 사용가능할 수 없으며 일부 운반비에 대한 세금계산서가 사실과 다른 것으로 확인되는 점 등으로 보아 쟁점공사비에 대한 세금계산서 등의 증빙서류가 사실이 아닌 것으로 인정되며, 주택조합이 쟁점토지(3,284㎡)에 대한 토목공사비로 421,403,030원을 지출한 사실등으로 볼 때 청구법인이 위 주택조합의 토목공사비와는 별도로 610,915,604원에 해당하는 쟁점공사비를 지출한 것으로 보기는 어렵다고 할 것이다.

따라서 처분청이 쟁점공사비를 사실이 아닌 것으로 인정하여 손금불산입함과 동시에 이에 대한 매입세액을 불공제하는 것으로 하여 청구법인에게 이 건 부가가치세 등을 부과한 처분은 타당한 것으로 판단된다.

라. 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.