가. 청구인은 2010.12.31. 현재 주식회사 OOO(이하 “합병법인”이라 한다)의 주식 100%를 소유하고 있으며, 주식회사 OOO(이하 “피합병법인”이라 한다)은 2010.7.1. 합병법인에 흡수합병되었다.

피합병법인은 2016.5.24. 법인세를 수정신고하면서 가공인건비 계상액 2009사업연도분 OOO원을 익금산입하였고, 합병법인은 2016.5.20. 법인세를 수정신고하면서 2010사업연도 과세표준에서 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금 중 OOO원을 추가로 납부하는 내용의 수정신고서를 처분청에 제출하였으나 세액을 납부하지 아니하였다.

나. 처분청은 2016.7.11. 합병법인에게 2010사업연도 법인세 OOO을 경정·고지하였으나, 합병법인이 납부하지 아니하자 2016.9.22. 합병법인의 과점주주인 청구인을 합병법인의 제2차 납세의무자로 지정하고 청구인에게 합병법인이 납부하지 아니한 2010사업연도 법인세 OOO원을 납부하도록 통지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.10.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2010.12.31. 현재 합병법인의 주식 100%를 소유하고 있을뿐, 피합병법인이 수정신고한 2009사업연도부터 2010사업연도(2010.1.1.～2010.7.1.) 기간 중 피합병법인의 주식을 소유한 사실이 없음에도 처분청이 청구인을 합병법인의 과점주주라 하여 출자자의 제2차 납세의무를 부담하게 한 처분은 부당하다.

(1) 합병등기일(2010.7.1.) 전 피합병법인의 주식소유 현황은 OOO 30% 등으로 피합병법인은 「국세기본법」제39조에 따른 과점주주에 해당하는 자가 없는 상태였고, 만약 2009사업연도부터 2010사업연도 기간 중 피합병법인에 이월결손금이 없었다면 각 사업연도 법인세가 피합병법인에게 부과되었을뿐 출자자라 하여 제2차 납세의무를 부담하여야 하는 문제는 발생하지 않았을 것이다.

(2) 그러나, 이 건 과세처분은 청구인과 무관한 피합병법인의 잘못으로 수정신고한데서 그 원인이 있으므로 청구인은 피합병법인의 2009사업연도부터 2010사업연도 기간 중 각 사업연도 납세의무 성립일 현재 실질 경영자이거나 과점주주가 아니어서 피합병법인의 경영에 책임이 없다.

(3) 따라서, 청구인이 2010사업연도 합병법인의 과점주주라는 이유로 처분청이 제2차 납세의무자로 지정하고 납부통지를 한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

합병법인은 2010사업연도 법인세 수정신고 무납부 고지세액에 대하여 법인의 재산으로는 납부할 여력이 없는 상황이고 청구인은 합병법인의 2010사업연도 납세의무성립일인 2010.12.31. 현재 합병법인의 주식 100%를 소유하고 있어 처분청이 「국세기본법」 제39조 제1항 제2호에 따라 청구인을 출자자로서 제2차 납세의무자로 지정하고 납부통지한 것이므로 이는 정당하다.

(1) 합병법인은 피합병법인의 이월결손금을 승계하여 공제받은 사실이 있음에도 이 건 과세처분인 피합병법인의 수정신고로 인하여 이월결손금이 감소됨에 따라 합병법인이 추가로 납부할 법인세가 발생한데 대하여 합병법인과 무관하다는 주장은 일관성이 없는 주장이며, 「국세기본법」 제23조를 보면 법인이 합병한 경우 합병 후 존속하는 법인은 합병으로 소멸된 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금과 체납처분비를 납부할 의무를 진다고 규정하고 있어 청구주장은 이유가 없다.

(2) 대법원은 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니 된다(대법원 2006.5.25. 선고 2005다19163 판결)고 판시하고 있듯이 청구인이 합병법인의 2010사업연도 법인세 부과처분과 관련하여 「국세기본법」상 제2차 납세의무자 요건에 해당하는 이상 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하여 납부를 통지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

피합병법인이 수정신고함에 따라 감소한 이월결손금으로 인하여 합병 후 합병법인에게 법인세가 부과되는 경우 합병법인의 과점주주가 제2차 납세의무를 부담하는지 여부

나. 관련 법률

(1) 국세기본법

제21조[납세의무의 성립시기] ① 국세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

1. 소득세·법인세: 과세기간이 끝나는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세는 그 법인이 해산(분할 또는 분할합병으로 인한 해산을 포함한다) 또는 합병을 하는 때

제23조[법인의 합병으로 인한 납세의무의 승계] 법인이 합병한 경우 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 설립된 법인은 합병으로 소멸된 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금과 체납처분비를 납부할 의무를 진다.

제39조[출자자의 제2차 납세의무] ① 법인(주식을 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제13항 제1호에 따른 유가증권시장에 상장한 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액(제2호 가목 및 나목의 과점주주의 경우에는 그 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 과점주주 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

가. 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 주식 또는 출자지분에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자

나. 명예회장, 회장, 사장, 부사장, 전무, 상무, 이사, 그 밖에 그 명칭에 관계없이 법인의 경영을 사실상 지배하는 자

다. 가목과 나목에 규정된 사람의 배우자(사실상 혼인관계에 있는 사람을 포함한다) 및 그와 생계를 같이하는 직계존비속

(2) 법인세법

제13조[과세표준] 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위안에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다.

제45조 [합병 시 이월결손금 등 공제 제한] ① 내국법인이 다른 내국법인을 합병하는 경우 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(제113조 제3항 단서에 해당되어 구분경리하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다)의 범위에서는 공제하지 아니한다.

② 다음 각 호의 요건을 갖춘 합병의 경우 합병등기일 현재 피합병법인의 제13조 제1호의 결손금은 합병법인의 결손금으로 보아 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

1. 제44조 제1항 각 호에 해당할 것

2. 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계할 것

3. 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등이 합병법인의 합병등기일 현재 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상일 것

③ 제2항에 따라 피합병법인의 결손금을 공제한 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년 이내에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 공제한 결손금의 전액을 그 폐지한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 승계받은 사업의 폐지에 관한 판정기준, 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 결손금의 계산 및 공제받은 결손금의 익금산입 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 법인등기부에 의하면 피합병법인은 서울특별시 OOO에 소재하고 있는 전자상거래업체로 2010.7.1. 서울특별시 OOO에 소재하고 있는 전자상거래업체인 합병법인OOO에 흡수합병되어 해산되었다.

(나) 피합병법인이 법인세 신고시 제출한 ‘주식 등 변동상황명세서’에 의하여 피합병법인의 주식 소유현황을 살펴보면, 2009.12.31. 현재 발행주식 100,000주OOO를 소유하고 있으며 지배주주와의 관계가 기타(코드번호 09)로 표기되어 있는 것으로 보아 과점주주는 없는 것으로 신고되었으며, 청구인의 소유지분은 나타나지 않는다.

또한, 합병일(2010.7.1.) 현재 피합병법인의 주식 소유현황을 보면 합병법인이 100%(100,000주)를 소유하고 있는 것으로 신고되어 있다.

(다) 합병법인이 법인세 신고시 제출한 ‘주식 등 변동상황명세서’에 의하면 청구인은 2009.12.31. 현재 합병법인이 발행한 주식 20,000주(액면가OOO원)를 모두(지분율 100%) 소유하고 있는 것으로 나타난다.

(라) 2016.5.24. 피합병법인과 2016.5.20. 합병법인이 법인세를 수정신고한 내역을 요약하면 다음 <표1>과 같다.

(마) 합병법인은 처분청의 2010사업연도 법인세 수정신고 무납부 고지세액 OOO원만 납부하고 나머지를 미납부하였고, 이에 따라 처분청은 합병법인의 2010사업연도 납세의무 성립일(2010.12.31.) 현재 청구인이 주식 100%를 소유하고 있는 과점주주라 하여 미납부한 국세 전액OOO에 대하여 납부하도록 통지하였다.

(바) 합병법인의 법인등기부에 의하면 청구인은 2010.5.12. 사내이사에서 사임하였고, 2013.10.18. 청산인으로 취임한 사실이 나타나며, 합병법인은 2013.10.18. 해산결의하고 2013.12.24. 청산되어 소멸하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 주식을 소유하고 있지 않았던 피합병법인의 과거 잘못으로 인하여 합병 후 합병법인의 과점주주라는 이유로 합병법인에게 부과처분된 법인세에 대하여 제2차 납세의무를 지는 것은 부당하다고 주장하나,

청구인은 2010사업연도 합병법인의 법인세 납세의무 성립일 현재 주식 100%를 소유하고 있고 청구인이 형식적 주주가 아닌 실질적 주주라는데 청구인과 처분청 간에 다툼이 없어 청구인이 「국세기본법」 제39조 제1항 제2호에 따라 출자자로서 제2차 납세의무가 있음이 명확한 것으로 보이는 점, 합병법인이 2010사업연도 법인세 신고시 과세표준을 계산함에 있어 피합병법인의 이월결손금을 승계받아 각사업연도소득금액에서 이월결손금을 공제받았음에도 피합병법인의 수정신고 내역(이월결손금의 감소)은 승계받지 못하겠다는 것은 논리적으로도 타당하지 아니한 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.