처분청은 청구법인이 1995.7.31. 취득·등기한ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 5필지 토지(4,523㎡, 이하 “이건 토지”라 한다)상에 건축물 1,040.7㎡(이하 “이건 건물”이라 한다)를 1996.1.11. 신축·취득하였으므로 지방세법 제291조제1항제25호의 규정에 의거 등록세 등을 100분의 50 각각 경감하였으나, 1996.1.3. 지점설치에 따른 사업자등록을 하고 인적·물적설비를 갖춘 다음 영업활동을 해오고 있으므로 이건 토지 및 그 지상건축물(이하 “이건 부동산”이라 한다)에 대한 등기를 대도시내에서의 지점설치에 따른 부동산 등기로 보아 그 취득가액(4,542,032,340원)에 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 100분의 50을 경감하고 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 291,382,760원, 교육세 53,420,130원, 농어촌특별세 53,420,130원, 합계 398,223,020원(가산세 포함)을 1997.2.11. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구법인은 ㅇㅇ안전공단법에 의해 설립된 비영리법인으로서 자동차 검사소를 설치할 목적으로 1995.7.31. 이건 토지를 취득한 후 등록세를 자진신고하면서 처분청에 토지매매계약서 등 과세자료를 충분히 제출하였고, 토지거래허가서에도 자동차 검사소 신축부지로 명기되어 있었으므로 등록세 등을 5배 중과세하여 고지하여야 함에도 일반세율을 적용하여 고지하였으며, 특히 처분청 세무담당자에게 등록세 중과대상 해당여부를 문의한 바, 처분청 세무담당공무원은 별다른 설명없이 등록세 중과대상에 해당되지 않는다는 견해를 표명하므로 청구법인은 일반세율에 의한 등록세 등을 납부하였으며, 그 후 이건 토지상에 건축물을 신축·취득한 후 등록세를 신고하면서 건물분 등록세에 대한 과세자료를 충분히 제출하였고 등록세 납부시점에 이미 등록세 중과사유가 발생하였는데도 등록세를 5배 중과세 하지 아니하고 일반세율을 적용하여 산출한 세액을 고지하므로 이를 믿고 성실히 납부하였는데도 청구법인에 대한 모든 책임을 물어 등록세를 중과세하면서 가산세를 부과고지한 것은 처분청의 종전의 견해표명을 신뢰한 청구법인의 이익을 침해하는 결과를 초래한 것으로서 신뢰보호의 원칙에 반하게 되어 위법하다고 주장하면서 이건 가산세 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 신고불이행 가산세를 부과고지한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

지방세법 제138조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 5배로 한다(단서생략)”라고 규정하고, 그 제3호에서 “대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치... 에 따른 부동산 등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기”라고 규정한 다음,

같은법시행령 제102조제2항에서 “법 제138조제1항제3호에서 『법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치...에 따른 부동산 등기』라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(...) 이전에 취득하는 일체의 부동산 등기를 말하며, 『그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기』라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치...이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기를 말한다. 이 경우 ...『지점등』이라 함은 내무부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다”라고 규정하고, 같은법시행규칙 제55조의2에서 “...『내무부령이 정하는 사무소 또는 사업장』이라 함은 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장(...)으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다(단서생략).”라고 규정하고 있다.

한편, 지방세법 제150조의2제2항에서 “등록세의 과세물건을 등기 또는 등록한 후에 당해 과세물건이...제138조의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날로부터 30일 이내에...제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 신고납부하여야 한다”라고 규정하고, 같은법시행령 제104조의2에서 “법 제150조의2제2항에서 『대통령령이 정하는 날』이라 함은 다음 각호의 날을 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “다음 각목의 1에 해당하는 경우에는 당해 사무소 또는 사업장이 사실상 설치된 날”로 규정하고, 그 나목에서 “대도시내에서 법인의 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우”라고 각각 규정하고 있다.

나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면

처분청은 청구법인이 1995.7.31. 취득한 이건 토지상에 1996.1.11. 건축물을 신축하였으므로 지방세법 제291조제1항제25호의 규정에 의거 등록세 등 100분의 50을 경감하였으나, 이건 부동산소재지에 지점을 설치하고 인적·물적설비를 갖춘 다음 영업활동을 해오고 있으므로 이건 부동산에 대한 등기를 대도시내에서의 지점설치에 따른 부동산 등기로 보아 등록세 등을 중과세한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구법인은 처분청에 등록세 등을 자진신고하면서 과세자료를 충분히 제출하였고, 제출된 과세자료에 자동차 검사소 신축부지로 명기되어 있었으므로 처분청은 등록세 등을 중과세하여야 함에도 일반세율을 적용하여 산출한 세액을 고지하였으며, 특히 처분청 세무담당공무원에게 중과대상 여부를 문의하였더니 별다른 설명없이 등록세 등 중과대상에 해당되지 않는다는 견해표명을 하므로 이를 믿고 납세의무를 성실히 수행하였는데도 신고불이행 가산세를 부과고지한 처분은 신뢰보호의 원칙에 반하게 되어 위법하다고 주장하고 있다.

살피건대, 지방세법 제150조의2제2항 및 같은법시행령 제104조의2제1호에서 대도시내에서 등록세 과세물건을 등기한 후 법인의 지점을 설치하는 경우 지점을 설치한 날로부터 30일 이내에 중과세율에 의한 등록세를 신고납부하도록 규정하고 있는바, “대도시내에서의 법인의 지점설치에 따른 부동산 등기에 대하여 중과하는 등록세의 과세요건은 대도시내에서의 부동산등기 및 이후 지점설치의 2가지라 할 것이고, 따라서 대도시내에서 부동산등기를 먼저 경료하였다 하더라도 이후 지점이 설치되었을 경우에 비로소 중과되는 등록세의 과세요건이 충족되어 그 때 납세의무가 성립한다 함이 상당하다”(같은 취지의 대법원 판결 1992.5.12, 91누10619)하겠으므로, 청구법인이 1995.7.31. 취득한 이건 토지상에 같은해 1996.1.11. 건축물을 신축하였을 뿐만 아니라 1996.1.3. 지점설치에 따른 사업자 등록을 하고 인적·물적설비를 갖춘 다음 영업활동을 해 오고 있는 사실을 볼 때, 청구법인이 1995.7.20. 처분청 세무공무원에게 중과대상 여부를 문의하여 처분청 세무공무원이 중과대상에 해당되지 않는다고 견해표명을 하였다고 하더라도 이는 등록세 중과요건이 충족되기 전에 이루어진 행위로서 이건 부과처분에 별다른 영향을 미치지 아니하며, 또한 신고납부 방식의 조세에 있어서는 납세의무자가 자기책임하에 그 납부할 지방세의 과세표준과 적용할 세율 및 세액 등을 정확히 계산하여 과세관청에 신고함과 동시에 신고한 세금을 납부기간내 금융기관에 납부하여야만 그 신고납부의무를 성실히 수행하였다고 할 것이므로 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다고 하겠다.

따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1997. 7. 23.

내 무 부 장 관