청구인은 2002.11.22. 임대주택을 건축할 목적으로 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 3필지 토지 3,912.75㎡(이하 "이 사건 토지"라 한다)와 그 지상 건축물 4,753.935㎡(이하 "이 사건 건축물"이라 한다)을 취득한 후 그 취득가액 2,110,000,000원을 토지 취득가액은 2,080,000,000원으로, 건축물 취득가액은 30,000,000원으로 안분하여 토지에 대하여는 구ㅇㅇ시세감면조례(2003. 12. 30 조례 제3215호로 개정되기 전의 것) 제13조제1항 각호의 규정에 따라 전용면적 60㎡이하의 임대주택용 토지에 대하여는 취득세와 등록세를 전액 면제받고, 85㎡이하의 임대주택용 토지에 대하여는 50%를 감면받은 세액으로, 건축물에 대하여는 정상적인 세액을 계산하여 등록세는 신고납부하였고, 취득세는 처분청이 2003.8.9. 부과고지하여 이를 납부하였다. 그러나 그 후 확인결과 청구인이 이 사건 토지와 건축물을 일괄 취득하였으므로 지방세법시행령 제82조의3제2항의 규정에 의하여 시가표준액을 기준으로 토지와 건축물 가액을 안분하여야 할 것인데도 임의로 토지와 건축물 가액을 안분한 사실을 확인하고, 이 사건 토지와 건축물의 취득가액을 시가표준액을 기준으로 토지는 1,563,304,003원으로, 건축물은 546,695,997원으로 안분하여 산출한 세액에서토지에 대한 감면세액을 차감한 정당한 산출세액에서 이미 납부한 취득세 등을 차감한취득세 8,765,070원, 농어촌특별세 803,460원, 등록세 13,147,630원, 지방교육세 2,410,390원, 합계 25,126,550원 (가산세 포함)을 2004.1.10. 추징하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 임대주택을 건축하기 위하여 이 사건 토지와 건축물을 취득하면서, 이 사건 건축물은 사실상 필요가 없는 건축물이므로 매도인에게 건축물은 철거하고 토지에 대해서만 매매계약을 체결하여 줄 것을 요청하였으나 매도인이 이를 거부함에 따라 이를 일괄 취득하는 것으로 매매계약을 체결한 후, 소유권 이전등기를 하는 과정에서 취득가액이 기재되어야 하므로 사실상 필요도 없는 건축물에 대하여 일부 취득가액을 기재하였던 것에 불과한 것으로서, 사실상 매도인에게 지급한 매매대금은 모두 이 사건 토지의 가액으로 보아야 할 것이고, 기업회계기준의 해석사례나 법인세법 기본통칙에서도 건축물을 신축할 목적으로 기존의 건축물이 있는 토지를 취득하는 경우 그 취득가액과 철거비용은 모두 토지에 대한 자본적 지출로 보도록 해석하고 있으며, 실제 회계처리상으로도 이와 같이 회계처리를 하고 있으며, 지방세법시행령 제82조의3제2항에서 토지와 건축물을 일괄 취득하여 취득가액을 알 수 없는 경우 시가표준액으로 안분하도록 한 것은 당해 토지와 건축물을 각각의 사용용도에 맞추어 계속하여 사용하는 것을 전제로 하는 것으로서, 이 사건의 경우와 같이 철거를 목적으로 취득하는 경우까지 시가표준액으로 안분하여 취득가액을 산정할 수는 없다 할 것이므로, 처분청이 이러한 지방세법시행령의 규정을 근거로 토지와 건축물 가액을 안분하여 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 토지와 건축물을 일괄 취득한 경우 토지와 건축물 가액을 시가표준액을 기준으로 안분한 것이 적법한 지 여부에 관한 것이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제111조제5항에서 다음에 게기하는 취득(증여·기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다고 규정한 다음, 그 제3호에서 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득이라고 규정하고 있고, 같은 법시행령 제82조의3제2항에서 토지와 건축물 등을 일괄취득함으로 인하여 토지 또는 건축물에 대한 취득가격이 구분되지 아니하는 경우에는 일괄취득한 가격을 시가표준액 비율로 안분한 금액을 토지·건축물 및 기타 물건의 취득가액으로 한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2002.10.21. 이 사건 토지 및 건축물에 대하여 매매가액을 2,110,000,000원으로, 잔금지급일을 2002.12.20.로 하여 매매계약 체결한 후, 2002.11.22. 소유권 이전등기를 하고 취득신고를 하면서 토지의 취득가액을 2,080,000,000원으로, 건축물의 취득가액을 30,000,000원으로 하여 산출한 세액으로 취득세 등을 납부한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 이 사건 건축물은 철거할 건축물로서 사실상 가치가 없는 건축물로서 이 사건 부동산의 매매대금은 모두 토지가액에 해당되며, 기업회계기준이나 법인세 예규에서도 이와 같이 처리하고 있고, 지방세법시행령 제82조의3제2항의 안분기준은 건축물을 계속 사용할 것을 전제로 하는 것으로서 청구인의 경우와 같이 철거예정인 건축물에는 이러한 안분기준을 적용할 수 없다 할 것이므로 이 사건 부과처분이 부당하다고 주장하고 있지만, 지방세법시행령 제82조의3제2항에서 토지와 건축물을 일괄 취득함으로 인하여 토지 또는 건축물의 취득가격이 구분되지 아니하는 경우에는 일괄취득한 가격을 시가표준액을 안분한 금액을 기준으로 토지 및 건축물의 취득가격으로 보도록 규정하고 있으며, 청구인의 경우 이 사건 토지와 건축물을 일괄 취득한 사실이 명백히 입증되고 있으므로 그 토지와 건축물의 취득가액은 시가표준액을 기준으로 안분하여야 하는 것이 타당하며, 비록 이 사건 토지상에 임대주택을 건축할 목적으로 이 사건 토지를 취득하는 과정에서 사실상 철거하여야 할 그 지상 건축물을 불가피하게 취득한 것에 불과하다고 하더라도, 취득 당시 이 사건 건축물이 건축물로서의 외관을 갖추고 있는 독립된 부동산에 해당되고, 청구인이 이러한 부동산을 매매대상 목적물로 하여 매매계약을 체결하고 취득하였다면 그 매매대금에는 토지에 대한 대가뿐만 아니라 토지 취득과 관련하여 그 지상 건축물을 소유권자로서 처분할 수 있는 권리도 함께 취득함에 따른 대가도 포함되어 있는 것으로 보아야 할 것이고, 이러한 건축물이 철거예정인 건축물이므로 그 취득비용을 기업회계기준이나 법인세법상 토지의 취득원가로 계상한다 하더라도 그러한 사실만으로 토지와 건축물을 일괄 취득하면서 지급한 매매대금이 전적으로 토지에 대한 매매대금이라고 단정할 수는 없는 것이라 하겠으므로 이에 대한 청구인의 주장은 받아들일 수 없는 것이라 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2004. 8. 30.

행 정 자 치 부 장 관