가. 청구인은 1978.5.20. OOO 전 2,288㎡ 중 1,938㎡ 및 같은 동 OOO 답 2,919㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 상속받아 농작물 재배에 사용하던 중 2013년 1월경부터 건강상태가 좋지 않아 일시적으로 경작을 하지 않고 비닐하우스 시설 중 일부를 임대하여 오다가, 건강악화로 농사일에 전념하기 어려워 쟁점토지를 누이부부에게 2015.6.11. 양도한 후 2016.12.12. 지병으로 사망하였다.

나. 청구인은 쟁점토지를 양도한 후 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 2016.1.4. 양도소득세 예정신고를 하였다.

다. 처분청은 청구인의 자경농지에 대한 양도소득세 감면신고에 대하여 실지조사를 실시한 결과, 쟁점토지의 일부가 양도 당시 농지에 해당하지 않는 것으로 확인하고 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하지 아니하였다고 보아 2016.9.13. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2016.12.8. 이의신청을 거쳐 2017.4.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 쟁점토지의 용도가 농지임이 분명하고 청구인이 쟁점토지에 거주하면서 자경한 사실을 확인하였으며, 주된 용도에 지장없는 범위에서 자경기간(34년) 중 그 일부 비닐하우스 시설의 약 2년의 임대는 상대적으로 일시적 농지 이외 용도이용에 불과하다. 양도소득세 등이 감면되는 양도 당시 농지는 일시적 휴경지를 포함하는 개념이고, 농경장애의 원인이 제거되면 농경지로 이용될 수 있으며, 쟁점토지 중 일부 일시적 임대는 일시적 휴경상태로 보아 농지성을 상실하였다고 보기 어려우므로 다음과 같이 농지에 해당한다.

(가) 쟁점토지 중 화훼농가에게 일정기간(2013.12.1.～2015.11.30.) 임대한 화훼용 비닐하우스 임대면적(460㎡)은 화훼업자가 화훼용 작물 등을 재배하는 용도로 이용하였으므로 양도 당시 농지로 볼 수 있다. 설령, 화훼업자가 판매목적으로 화훼류 등의 보관에 사용함으로써 양도 당시 농지에 해당하지 않는다 하더라도 이는 일시적인 휴경상태에 있는 농지에 해당하고, 쟁점토지의 양도 이후 매수자가 화훼업자의 적치품을 모두 철거하고 땅을 갈아엎어서 농경지로 이용하고 있는바, 농지로서의 성질을 상실하지 않았다.

(나) 쟁점토지 중 농업용 비닐하우스의 일부공간(110.7㎡)을 주거용으로 OOO에게 일시적으로 임대하였으나, 양도일(2015.7.24.) 이전(2015.7.12.)에 임차보증금 OOO원을 반환하였고, 매수자가 작물 재배용으로 사용하기 위하여 임차인이 나가는 조건으로 매매계약서를 체결하였는바, 이는 일시적 휴경상태로 양도 당시 농지로서의 성질을 상실하였다고 보기 어렵다. 설령, 처분청이 비닐하우스를 일반건축물에 준하는 주거전용 임대 비닐하우스 건물로 간주한다면, 청구인은 무주택자로서 비닐하우스 주거용 임대면적은 무허가 1세대 1주택에 부수된 토지의 양도로 보아 비과세하여야 할 것이다.

(다) 청구인은 쟁점토지에 거주하면서 평생 농사일에 전념하였던 농사꾼으로 농막 사용 비닐하우스 면적(80㎡)은 농지경영에 직접 필요한 농막(창고) 등으로 보아야 하고, 주차가능 부지면적(147.35㎡)은 일시적 휴경농지 상태로 농지경영에 필요한 농기구나 농산물 운반용 화물차량을 이용하면서 자연스럽게 형성된 주차가능한 부지로 사용되고 있어 농지에 부속된 농로와 유사한 목적으로 사용되었다.

(2) 처분청은 쟁점토지의 양도에 대한 실지조사 결과 자경농지 중 임대 비닐하우스 등 총 798.05㎡를 농지로 볼 수 없다고 보아 조사결과 통지를 하였다가, 이의신청과정에서 농지 이외 면적은 용도가 불분명한 면적을 임대용도(655㎡)와 농지로 보이는 면적(1,310㎡)으로 안분하면 1,619㎡임에도 313㎡만큼 적게 1,306㎡를 적용하였다고 번복하였는바, 용도가 불분명한 면적은 사후에 임의적인 주장으로 이에 대한 객관적인 자료를 제시하지 못하므로 실질과세 및 근거과세원칙을 위반한 처분이다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지 중 일부 면적은 다음과 같은 이유로 양도 당시 농지에 해당하지 아니한다.

(가) 처분청에서 쟁점토지에 현장확인한바, OOO 토지위에 비닐하우스 3개동(사진 Ⓞ, ⓛ, ②)이 있었고, 그 중 2개동은 문이 잠겨있어 내부를 확인할 수 없었으며, 1개동(②)은 2013년 12월부터 임차인 OOO가 사용하여 비닐하우스 내부까지 용달차가 주차되어 있으며 토지가 잘 다져진 것으로 보아 오래전부터 농지로 사용되지 않는 것으로 보이고, 한쪽에는 다양한 물건들이 쌓여있는 것으로 보아 물품을 보관하는 창고로 사용한 것으로 보여 창고를 화훼용 작물 비닐하우스로 보기는 어려운 것으로 판단된다. 또한 청구인이 제출한 사진은 처분청이 현장 확인한 이후에 물건들을 철거하고 복토한 것이므로 양도할 당시 농지에 해당된다고 보기 어렵다.

(나) OOO 토지위에 비닐하우스 2개동(사진 ④, ⑤)이 있었고, 이 중 1개동(⑤)은 2013년 6월부터 OOO에게 주거용으로 임대를 하였으며, 주차공간이라고 주장하는 부분(③) 또한 농기구나 농산물운반 화물차량을 이용하면서 사용된 부분이라고 주장하나 그에 대한 증빙이 전혀 없으며 임차인들이 진출입용으로 사용하거나 야적장으로 사용한 것으로 판단된다.

(다) 비닐하우스 1개동(사진 ④)은 농막으로 사용하였다고 주장하나, 청구인은 농막으로 사용한 증빙이 없고 비닐하우스 내에 TV 시청용 OOO 안테나가 설치되어 있으며, 면적 또한 80㎡로 농막 기준면적을 초과하여 농막의 범위를 벗어난 것일 뿐만 아니라 양도인의 우편물 등이 쟁점토지로 송달되는 것으로 보아 청구인의 거주지로 사용한 것으로 판단된다.

(라) 당초 청구인이 양도하지 않고 보유하고 있는 지분에 해당된다고 주장하여 검토제외 하였던 비닐하우스(사진 Ⓞ) 부분도 OOO 와의 임대차계약서가 존재하고, 매매계약서상 특약사항에도 현임대차 계약 중인 임차인이 2명으로 기재되어 있으며, OOO의 주민등록상 주소지도 OOO로 되어 있어 주거용 비닐하우스로 추정되는바, 한울타리 내에 2동 이상의 주택이 있는 경우 1세대가 하나의 주거공간으로 사용하는 경우에는 1주택으로 보는 것이나, 2세대 이상이 별도의 주거공간으로 사용하는 경우에는 각 주택은 1세대 1주택 적용을 받지 못하고 각각 주택으로 보아 2주택을 보유하고 있는 것(부동산거래관리과-1455, 2010.12.08)이므로 청구인의 주거용 임대하우스를 1세대 1주택으로 보아 임대면적을 비과세하여야 한다는 주장은 이유 없다.

(2) 청구인은 쟁점토지 중 농지 외 면적은 타인에게 농지 외 용도로 임대해준 면적 575㎡, 본인 주거용으로 쓴 면적 80㎡ 합쳐 총 655㎡이고, 농지로 보이는 면적은 항공사진상 농지로 보이는 면적 1,155㎡, 검정비닐하우스로 덮혀 있어 내부를 확인할 수 없는 면적 155㎡를 합쳐서 1,310㎡이며, 나머지 용도를 확인할 수 없는 면적이 2,892㎡인바, 해당 면적을 농지외 면적과 농지 면적으로 안분하면 농지 외의 면적은 총 1,619㎡로 처분청에서 감면 부인한 면적 1,306㎡보다 넓은 면적이므로 청구인의 주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지 중 일부면적을 양도 당시 농지가 아닌 것으로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인한 처분이 정당한지 여부

나. 관련 법령

(1)조세특례제한법제69조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령제66조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직

선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑨ 법 제69조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다.

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

(3) 조세특례제한법 시행규칙제27조[농지의 범위 등] ① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지를 양도한 후 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 2016.1.4. 양도소득세 예정신고를 하였고, 신고내용은 다음과 같다.

(2) 처분청은 쟁점토지의 양도소득세 신고에 대하여 실지조사를 실시하였고, 쟁점토지 중 일부면적을 양도 당시 농지로 볼 수 없다고 보아 자경농지에 대한 감면신청을 부인하여 다음과 같이 경정하였다.

(3) 쟁점토지와 관련하여 청구인과 양수인 간의 부동산매매계약서 및 임대차계약서 등의 내용은 주요 아래와 같다.

(4) 청구인이 제출한 농지원부상 쟁점토지의 현황은 아래와 같다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지 중 농지로 사용하지 아니하는 일부 비닐하우스 토지 등이 양도 당시 실제 농지가 아니라는 의견이나, 「조세특례제한법」제69조 제1항 및 같은 법 시행령 제66조 제5항에 의하면 양도소득세 감면대상이 되는 자경농지는 취득한 때부터 양도할 때까지 8년 이상 자기가 경작한 토지로서 양도일 현재 농지인 토지로 규정하고 있는 점, 「조세특례제한법 시행규칙」제27조 제1항에서 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함하는 것이라고 규정하고 있는 점, 양도소득세 감면대상 농지인지 여부를 결정함에 있어서 여러 사정에 비추어 농경장애 원인이 제거된다면 또다시 농경지로 이용될 수 있었다고 보여지는 경우에는 이는 일시적 휴경상태라고 보아야 할 것이고, 그와 같은 휴경상태 하에서 양도된 것이라면 이는 농지의 양도라고 보아야 할 것(대법원 97누706, 1998.9.22., 같은 뜻임)인 점, 농지여부를 판단함에 있어서는 그 토지의 사용현황에 따라 판단하는 것이지 조사자가 농지여부를 판단하지 못한 면적을 용도불분명 토지라고 보아 농지로 판단한 면적과 농지외로 판단한 면적을 기준으로 안분계산하는 것은 불합리한 점 등을 고려하여 쟁점토지를 구분하여 다음과 같이 살펴본다.

(가) 쟁점토지 사진의 ②번 비닐하우스는 청구인이 건강악화로 농사일에 전념할 수 없는 부득이한 사유로 약 2년 동안 임차해주었고, 임차인인 화훼업자가 화훼용 작물 등을 재배하는 용도로 이용하면서 일부 화훼류를 보관하여 쟁점토지의 양도 당시 농지로 사용한 것으로 보인다. 설령, 화훼업자가 동 비닐하우스를 판매목적용 화훼류 보관용 창고로 사용하였다고 하더라도 이는 청구인이 쟁점토지에 거주하면서 자경한 기간(34년) 중 쟁점토지의 주된 용도에 지장 없는 범위에서 상대적으로 일시적인 농지외 사용에 불과하고, 농경장애의 원인이 제거되면 즉시 농경지로 이용될 수 있어 일시적 휴경상태로 보여 농지성을 상실하였다고 보기도 어려우며, 쟁점토지의 양수인은 임차인이 퇴거 후 동 비닐하우스를 농지로 원상회복하여 현재 농지로 계속해서 사용하고 있는 점 등에 비추어 ②번 비닐하우스는 양도 당시 농지에 해당한다고 판단된다.

(나) 처분청은 쟁점토지 사진의 ③번 주차가능 부지를 용도불분명한 토지로 보았으나, 피상속인이 소유한 전체 농지면적이 적지 않음을 감안할 때 위 공간은 청구인이 쟁점토지의 자경에 필요한 농기계 보관, 농산물 운반용 화물차량의 상·하차 작업 및 기타 농작업 등을 위한 공간으로 사용하면서 자연스럽게 형성된 부지로 보이는바, 이는 농지경영에 직접 필요한 토지이므로 양도 당시 농지에 해당한다고 판단된다.

(다) 쟁점토지 사진 중 청구인이 주거용으로 사용한 ④번 비닐하우스 및 주택으로 임대한 ⑤번 비닐하우스의 경우에는 실제 이용현황 및 면적기준 등으로 보아 청구주장과 같이 농막 등으로 보기는 어렵고, 비닐하우스에 설치된 안테나, 우편함, 계량기 등에 의해 실제 주택으로 사용한 사실이 확인되므로 양도 당시 농지로 보기 어렵다고 판단된다.

(라) 쟁점토지 사진 중 ⑥번과 ⑦번은 청구인이 농작업에 사용할 농기구나 농자재 및 기타 물품의 보관용 창고 등으로 사용한 것으로 보이므로 이는 농지경영에 직접 필요한 농막 등에 해당하고, 또한 위 공간은 농경장애 원인이 제거된다면 언제든지 또다시 농경지로 이용될 수 있는 토지이므로 양도 당시 농지에 해당된다고 판단된다.

따라서 쟁점토지 중 청구인이 주거용으로 사용한 비닐하우스 80㎡(④번)와 OOO이 주거용으로 사용한 비닐하우스 110.7㎡(⑤번)를 제외한 나머지 면적은 모두 쟁점토지의 양도 당시 농지로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.