처분청은 법인인청구인이 2002.1.21. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 6필지토지 870.7㎡(이하 “이 사건 토지”라고 한다.)를 취득등기시 같은 날 지방세법 제131조의일반세율로 등록세를 신고납부한 다음 2003.12.1.과 2004.1.9. 이 사건 토지를 매각하므로, 이는 주택건설사업에 제공되지 아니한 것으로 보아 그 취득가액(1,555,000,000원)을 과세표준으로 같은 법 제138조제1항의 중과세율(대도시내의 법인등기 등)을적용하여 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감한 등록세 111,960,240원, 지방교육세 20,526,000원, 합계132,486,240원을 2005.2.10.청구인에게부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 2001년 하반기부터 이 사건 토지일원에 대하여 공동주택을 건설하기 위하여 관련법령에 의한 지구단위계획구역 및 지구단위계획 수립을 위하여 주민동의서를 받아 왔고,이러한 동의과정에서 일부 주민의 요청으로 사업을 원활히 수행하기 위하여 동의를 받기 어려운 토지, 즉 이 사건 토지를 매입하게 되었으며, 2003.3.19. 관할관청에서 이 사건 토지일원은 지구단위계획수립의 타당성이 없다고 통보하므로 다각도 이 사건 토지를 주택건설사업에 활용하고자 하였으나 위 토지가 산재되어 있을 뿐만 아니라 그 면적이 협소하여 사업의 효율성면에서 부적합하므로 부득이 매각한 것이어서 이는 주택건설용에 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 공동주택을 건축하려면 도시관리계획상 지구단위계획구역지정이 되어야 하는데, 이러한 구역지정을 받지 못하여 주택건설사업용(등록세 중과세예외업종임)으로 취득한 토지를 그 용도에 사용하지 아니하고 매각한 것이 정당한 사유가 있는지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴보면,지방세법제138조제1항에서 그 제3호의 대도시내에서의 법인이 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인이 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 하지만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하고 있고,같은법 시행령 제101조제1항에서 법 제 138조제1항단서에서 대통령령이 정하는 업종이라 함은 그 제5호의 구주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득ㆍ등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)에 해당하는 업종을 말한다고 하고 있으며, 같은 조제2항에서 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년(제1항제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당 부분에 대하여는 법 제138조제1항본문의 규정을 적용한다고 있으며, 국토의계획및이용에관한법률제2조제5호에서 "지구단위계획"이라 함은 도시계획 수립대상 지역안의 일부에 대하여 토지이용을 합리화하고 그 기능을 증진시키며 미관을 개선하고 양호한 환경을 확보하고, 당해 지역을 체계적·계획적으로 관리하기 위하여 수립하는 도시관리계획을 말한다고 하고 있고, 같은 법 제26조제1항에서 주민(이해관계자를 포함한다.)은 그 제2호의 지구단위계획구역의 지정 및 변경과 지구단위계획의 수립 및 변경에 관한 사항에 대하여 제24조의 규정에 의하여 도시관리계획을 입안할 수 있는 자에게 도시관리계획의 입안을 제안할 수 있다고 하고 있으며, 같은 법 제29조제1항에서 도시관리계획은 시·도지사가 직접 또는 시장·군수의 신청에 의하여 이를 결정한다고 하고 있고, 같은 법 제49조제1호에서 제1종지구단위계획이란 토지이용을 합리화·구체화하며, 도시 또는 농·산·어촌의 기능의 증진, 미관의 개선 및 양호한 환경을 확보하기 위하여 수립하는 계획이라고 하고 있고, 같은 법 제50조에서 지구단위계획구역 및 지구단위계획은 도시관리계획으로 결정한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 2001.11.13. 청구인은○○시○○구○○동○○번지를 소재지로 하여 법인을 설립하였고, 2001.12.27. 구주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 관할관청에 주택건설사업자로 등록하였으며, 2001.1.4.부터 2001.3.20.까지청구인은이 사건 토지를 취득한 다음2002.1.21.부터2002.3.29.까지이 사건 토지에 대하여일반세율로 등록세를 신고납부하고, 같은 동 44번지 59호는 2002.1.29.에, 95호는 2002.1.25.에, 106호는 2002.1.25.에, 108호는 2002.1.22.에 275호는 2002.1.25.에, 276호는 2002.1.25.에, 286호는 2002.3.29.에 소유권이전등기를 경료하였고, 2002.9.18. 청구인과 공동사업자관계인○○개발(주)은 이 사건 토지 일원 32,303㎡중 26,255.77㎡(전체의 81.3%)에 대하여 주민동의를 받아 도시관리계획의 입안을 주민제안으로 관할관청에서 신청하였으며,2003.3.12. 처분청은 같은 동 44-12번지외 218번지상 공동주택건립을 위한 제1종지구단위계획구역 및 계획수립 요청에 대하여 서울시도시계획위원회제3분과위원회에서는 “요청지역은 주거환경이 양호하므로 단독주택지 재건축을 위한 지구단위계획구역지정대상이 아니며, 지구단위계획 수립의 타당성이 없다”고 자문한 서울시도시계획위원회 심의결과를 청구인의 사업용역업체인○○개발주식회사에게 통보하였고, 그 후2003.12.1. 및 2004.1.9. 이 사건 토지를 매각한 사실을제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은청구인은 이 사건 토지가 관할관청에서 공동주택을 건축할 수 있는 제1종지구단위계획구역으로 지정되지 않아서 부득이 매각하여서 주택건설사업에 사용하지 못한 정당한 사유에 해당하여 등록세 중과세대상에 해당하지 않는다고 주장하므로 이를 살펴보면, 지방세법 제138조제1항에서 과밀억제권역안에서 법인설립후 5년이내에 취득하는 부동산에 대하여는 등록세를 중과세한다고 규정하지만 구주택건설촉진법 제6조에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업자에 대하여는 중과세 적용을 배제하되 그 등록일로부터 정당한 사유없이 3년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우에는 그 해당부분에 대하여 등록세를 중과세한다고 규정하고 있으며, 여기에서 정당한 사유란법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다고 할 것이고, 나아가 그 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 그 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지의 여부, 토지의 취득목적과 경위, 그 취득목적과 규모에 비추어 이를 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 그 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 1994.11.18. 선고 93누2957 판결)이라고할 것인바, 이 사건 토지의 경우 그 일대를 국토의계획및이용에관한법률 제26조제1항에 의거 관할관청에게 도시관리계획상 제1종지구단위계획구역으로 지정하여 달라는 하는 계획변경의 입안을 주민이 제안한 사항으로서, 통상 도시관리계획 등 도시계획입안과정은 그 입안권자(시·도지사, 건교부 장관)도 다수의 민원이 발생되거나 관계인의 공람절차 등으로 상당한 시간과 노력이 요구되고 있고, 특히, 주민이 그 계획의 입안을 제안사항은 더욱 그러할 것으로 예상할 수 있을 뿐만 아니라 관할관청에서 이러한 주민제안에 대하여 도시관리계획을 변경하겠다는 믿을 만한 처분 등이 보이지 않는데도 청구인은 이 사건 토지를 유예기간(3년)내 위 계획이 변경된 다음 관련 인허가 절차 등을 거쳐 주택건설공사를 착공할 수 있으리라 믿고 취득한 것이나 이 사건 토지는 소규모로 산재되어 있어서 그 일대가 공동주택건설사업으로 건축되지 아니하면 사업의 효율성이 없어서 부득이 매각하였다고 하는 사정은 위 대법원판례에 비추어 정당한 사유라고 보기에는 무리가 있다고 할 것으로서,청구인의 경우, 이 사건 토지를2002.1.21. 소유권이전등기를 경료하였고,2003.3월 처분청은 같은 동 44-12번지외 218번지상 공동주택건립을 위한 제1종지구단위계획구역 및 계획수립 요청에 대하여 지구단위계획구역지정대상이 아니며, 지구단위계획 수립의 타당성이 없다고 자문한 서울시도시계획위원회 심의결과를 청구인의 사업용역업체인○○개발주식회사에게 통보하였으며,2003.12.1. 및 2004.1.9.이 사건 토지를 매각한 사실을 종합하여 보면,청구인은 이 사건 토지를 등기한 후 3년내 정당한 사유없이 직접사용하지 않았을 뿐만 아니라 이를 2년내 사용하지 않고 매각한 것이 틀림없다고 보는 것이 상당하므로 처분청에서 이 사건 등록세를 중과세율을 적용하여 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 11. 28.

행 정 자 치 부 장 관