가. 원고 주식회사 A(이하 ‘원고 회사’라고 한다)는 2011. 12. 23. 피고 구 에너지기본법(2010. 1. 13. 법률 제9931호로 개정되기 전의 것) 제13조에 따라 에너지기술개발 및 에너지기술 혁신기반을 조성함으로써 안정적으로 효율적이며 환경 친화적인 국가에너지수급구조 실현에 기여함을 목적으로 설립된 법인이다.

(전담기관) 및 C대학교 산학협력단 등(참여기관)과 사이에 “D” 과제(이하 ‘이 사건 과제’라고 한다)에 관하여 지식경제 기술혁신사업 협약(이하 ‘이 사건 협약’이라고 한다)을 체결한 후 이 사건 과제를 수행한 주관연구기관이고, 원고 B은 이 사건 과제의 총괄책임자이자 원고 회사의 대표이사이다.

나. 이 사건 협약에 따르면 원고 회사는 피고로부터 단계별로 지급받은 정부출연금 및 스스로 부담하는 현금 및 현물(이하 ‘민간부담금’이라고 한다) 등을 기술개발사업비(이하 ‘사업비’라고 한다)로 하여 이 사건 과제를 수행하여야 한다.

다. 피고는 2016. 1. 12. 원고 회사에 대하여 ‘사업비는 오직 이 사건 과제 수행의 용도로만 사용하여야 함에도 불구하고, 원고 회사가 사업비를 이 사건 과제 이외의 용도로 사용함으로써 사업비를 편취 또는 횡령하였다.’는 등의 이유로 이 사건 과제에 관한 특별평가를 실시하였다. 라.

그 후 피고는 2016. 3. 18. 원고들에게 교부한 “2016년 신재생에너지기술개발사업 폐기물분야 평가결과 확정알림”이라는 제목의 처분서에서 아래와 같은 내용의 종합검토의견을 들면서, ① 원고 회사에 대하여 이 사건 과제에 관한 평가결과를 ‘불성실중단’으로 통보(이하 ‘이 사건 통보’라고 한다)함과 아울러 ② ㉠ 원고들에 대하여, 각 4년의 국가연구개발사업...

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