가. 원고는 1988. 8. 31. 서울 강북구 B아파트(이하 ‘이 사건 구주택’이라고 한다)를 취득하고, 2003. 5. 30. 재건축조합을 통하여 C아파트 113동 1801호(이하 ‘이 사건 신축주택’이라고 한다)를 취득하였다.

나. 원고는 2008. 4. 28. 이 사건 신축주택을 양도하고, 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항에 따라 양도소득세 산출세액 82,131,050원의 100% 감면으로 계산하여 양도소득세를 0원으로 신고하였다.

다. 피고는 이 사건 구주택의 취득일부터 이 사건 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득금액은 위 법률 규정에 따른 감면대상에 해당하지 않는다고 보고, 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조 제1항에 따라 아래 계산식과 같이 전체 양도소득금액을 기준시가를 이용하여 안분하여 환산하는 방식으로 감면세액을 27,208,295원으로 산정하고 농어촌특별세 과다납부액 4,668,781원을 양도소득세액에서 차감하여, 2013. 6. 10. 원고에게 2008년 귀속 양도소득세 26,731,570원(납부불성실 가산세 8,056,448원 포함)을 부과ㆍ고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다). <계산식> 감면대상 소득금액 양도소득금액 175,422,783원 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 290,000,000원 원고가 이 사건 신축주택을 취득일로부터 5년 이내에 양도하였음에도 피고는 분모에 ‘신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가’를 대입하여 감면대상 소득금액을 산정하였다.

아래에서 보는 구 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항의 준용의 적법 여부 판단을 차치하더라도, 이는 적절하지 않은 계산법이다.

- 신축주택 취득당시 기준시가 163,603...

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