청구법인은 OOOO제조주식회사(이하 “OOOO”라 한다)로부터 OOOOO OO OOO OOOOOOO 소재 공장부지 39,792㎡ 및 공장건물 34,645.34㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2005.3.10 25,000백만원(토지 21,140백만원, 건물 3,860백만원)에 매수하면서 OOOO와 쟁점부동산 매매위임약정계약을 체결하고 있던 OOOO개발주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)에게 쟁점부동산에 관한 유치권(이하 “쟁점유치권”이라 한다)대가로 11억원을 지급한 후 쟁점유치권 매입세액 110백만원을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 환급신고하였다.

처분청은 쟁점유치권 대가를 쟁점부동산을 취득하기 위한 부대비용으로 보고 부가가치세법시행령 제61조 제1항의 규정에 의거 토지·건물가액비율에 따라 매입세액을 안분계산하여 토지관련 매입세액을 불공제하고 가산세 등을 가산하여 2005.10.15 청구법인에게 2005년 1기분 부가가치세 100,920,330원을 환급고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2005.9.2 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구외법인과 OOOO 사이에 체결된 쟁점부동산 “매매위임약정”조건에 따라 청구외법인은 쟁점부동산을 리모델링하여 여러사람에게 분양할 목적으로 구공장건물에 있던 기계장치 등을 철거하고 공장건물의 분할칸막이 공사 등으로 제비용을 지불한 바 있어 쟁점부동산 매입당시 쟁점유치권대가로 11억원을 인정해 줄 것을 요구해 와 청구법인이 이를 승낙함으로써 매매가 이루어졌는 바,

쟁점유치권은 쟁점부동산과는 독립된 별개의 물권이고, 설령 쟁점부동산과 관련이 있다하더라도 건물에만 해당되므로 쟁점유치권에 대한 매입세액을 안분계산하여 토지관련분 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점유치권대가는 청구법인이 쟁점부동산 매수 당시 경쟁업체보다 유리한 조건으로 부동산을 매입하기 위하여 청구외법인에게 부동산 분양과 관련하여 투자한 비용을 유치권이란 명목으로 지급한 비용인 바, 쟁점유치권을 부동산과 별개의 독립된 거래주체 또는 건물에만 해당되는 매입액으로 보기는 어렵다 하겠으므로 토지, 건물비율에 따라 매입세액을 안분 계산하여 토지분 해당 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점유치권 매입세액(110백만원)을 토지·건물가액 비율로 안분계산하여 토지관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하고 부가가치세를 과세(환급)한 처분의 당부

나. 관련 법령

부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액 이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

부가가치세법시행령제61조 【매입세액의 안분계산】 ① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 공통매입세액 이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업에 관 면세공급가액

련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ───────

총공급가액

부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】① 사업장 관할세무서장 사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구외법인의 대표이사(2004.3.18～2004.10.7) 김OO외 9인과 OOOO 대표이사(김OO) 사이에 2004.2.26 체결한 쟁점부동산 매매위임약정서에는 「김OO외 9인이 OOOO로부터 위임을 받아 쟁점부동산을 리모델링하여 분양하는 사업을 수행하되 공장 1동과 2동 사이에 설치된 육교철거비용은 김OO외 9인이, 2동과 3동 사이에 설치된 육교철거비용은 OOOO가 부담하며, 경계담장 설치비용은 김OO외 9인과 OOOO가 ½씩 부담토록 약정한다」는 내용이 기재되어 있다.

(2) 청구법인과 청구외법인이 2005.2.17 작성한 업무협약서에는「청구외법인이 정리회사(OOOO)와의 2004.2.26자 부동산매매위임약정서상 일체의 권리와 의무를 포괄적으로 인수한 사실 등을 청구법인이 인정하고, 청구외법인은 2004.2.26자 매매위임약정에 따라 가지는 매수인 추천권한에 따라 청구법인이 OOOO로부터 쟁점부동산을 249억원(건물분 부가세 별도)에 매수할 수 있도록 추천하여 매매계약이 체결되도록 노력하며, 쟁점부동산 매매계약이 완결되는 경우 청구외법인은 위 매매목적 건물 리모델링 공사비 및 이에 부대하여 발생된 제세공과금 채권의 담보를 위하여 현재 유치하고 있는 건물을 아무런 이의 없이 청구법인에게 명도한다」는 내용이 기재되어 있다.

(3) 청구법인은 2005.3.10 쟁점부동산을 OOOO로부터 매수하면서 쟁점유치권 대가로 청구외법인에게 11억원을 지급한 후 관련 세금계산서를 교부받아 매입세액 110백만원을 매출세액에서 공제하여 2005년 1기분 부가가치세 235,069,610원을 환급 신고하였다.

(4) 처분청은 쟁점유치권 매입세액을 토지·건물 가액비율로 안분계산하여 토지해당매입세액 93,016천원과 신고불성실가산세 등을 청구인의 환급신고액에서 차감하고 2005년 1기분 환급세액을 100,920,330원으로 결정하여 고지하였다.

(5) 위와 같이 쟁점유치권 매입세액중 토지관련 매입세액을 불공제하여 환급세액을 결정고지한 이 건 처분에 대하여 청구법인은 쟁점유치권은 쟁점부동산과 독립된 별개의 물권이고, 설령 쟁점부동산과 관련이 있다 하더라도 그 대가의 본질이 건물철거비용 등이므로 쟁점유치권 매입세액은 전액 공제되어야 한다고 주장하고 있어 살펴보면,

쟁점유치권대가는 청구법인이 쟁점부동산을 보다 유리한 조건으로 매수하기 위해 청구외법인에게 지급한 비용이므로 쟁점유치권대가의 경우 건물매수에 전속된 비용이라기 보다는 쟁점부동산 모두를 매수하기 위한 부대비용으로 보는 것이 타당하다 하겠고, 청구법인은 쟁점유치권이 쟁점부동산과 독립된 별개의 물권이라고 주장하나 쟁점유치권이 쟁점부동산 매수와 관련이 없다면 청구법인이 11억원을 주고 쟁점유치권을 매수할 하등의 이유가 없는 것으로 보여지므로 쟁점유치권 매입세액을 부가가치세법시행령 제61조 제1항의 규정에 의거 토지·건물가액비율로 안분계산하여 토지관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 환급세액을 결정한 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.