청구인은 전남 순천시 OO동 OOOOOOOO에 병원건물 8,048.74㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하여 일부면적은 임대하고 나머지 면적에서는 의료업을 영위하고 있는 부가가치세 과세·면세 겸업사업자로서 1995년 제2기 과세기간부터 1998년 제1기 과세기간까지 건설용역대가 지급시 거래징수당한 매입세액을 예정사용면적비율에 의하여 안분계산하여 부가가치세 464,637,660원을 환급받은 사실이 있다.

처분청은 청구인이 부가가치세 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정된 1998년 제1기 확정 부가가치세 신고시 공통매입세액을 정산하여 신고하여야 함에도 이를 이행하지 아니하였다 하여 부가가치세법 시행령 제61조의 2 규정에 따라 공통매입세액을 과세사업과 면세사업에 사용된 면적비율에 의하여 정산하여 면세사업과 관련된 매입세액 384,464,160원을 불공제하고 이에 따른 납부불성실가산세 38,446,416원과 임대보증금에 대한 간주임대료 과소신고분 115,890원을 과세표준에 가산하여 1998.10.1 청구인에게 1998년 제1기 부가가치세 422,923,320원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 1998.11.2 이의신청과 1999.1.22 심사청구를 거쳐 1999.6.11 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구인은 병원으로 일괄임대하기 위하여 쟁점건물을 신축하였으며 경제여건상 부득이하게 일시적으로 일부만 임대하고 나머지는 청구인의 의료업에 사용하고 있을 뿐 현재에도 일괄임대를 추진중에 있음에도 처분청이 이러한 사정을 감안하지 아니하고 단지 준공시점의 사용면적비율을 기준으로 공통매입세액을 안분계산하여 이 건 부가가치세를 과세하는 것은 부당하다.

나. 국세청장 의견

청구인은 자가사용 및 임대목적으로 병원용 건물을 신축하여 1998.4.23 준공검사를 필하고 청구인의 명의로 부가가치세 면세사업자등록을 하여 1998.5.1부터 의료업을 개시하였으며 일부면적은 임대하였으므로 부가가치세법 시행령 제61조의 2 규정에 의거 과세사업과 면세사업에 사용된 면적이 확정된 1998년 제1기 과세기간에 공통매입세액을 사용면적비율에 의하여 정산하여 과다하게 공제받은 부가가치세 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세하는 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구는 쟁점건물에 대한 부가가치세 공통매입세액을 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정된 과세기간의 사용면적비율에 따라 안분계산 및 정산하여 면세사업과 관련된 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제12조【면세】 제1항 제4호에서 『다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

4. 의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액』이라고 규정하고 있고,

같은법 시행령 제17조【납부세액】 제2항 제4호에서 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액』이라고 규정하고 있으며,

제61조【매입세액의 안분계산】 제1항 및 제4항에서 『① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액÷총공급가액 ④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율』이라고 규정하고 있고,

제61조의 2【공통매입세액의 정산】 제2호에서 『사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다.(단서생략)

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우

가산 또는 공제되는 세액 ={총공통매입세액 ×(1-과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적÷과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적) - 기공제세액}』이라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

청구인은 쟁점건물을 병원용도로 신축하여 이를 일괄임대할 예정이었으나 경제여건상 부득이하게 일괄임대를 하지못하고 일시적으로 쟁점건물의 일부에서 청구인이 병원을 개업하여 운영하고 있을 뿐 현재에도 일괄임대를 추진 중에 있으므로 1998년 제1기 과세기간의 사용면적을 기준으로 공통매입세액을 안분 및 정산하는 것은 부당하다는 주장이고, 처분청은 청구인이 자가사용 및 임대목적으로 쟁점건물을 신축하여 1998.4.23 준공검사를 받은 후 그 일부면적에서 1998.5.1자로 의료업을 개시하고 있으므로 1998년 제1기 과세기간에 사용면적이 확정된 것으로 보아 공통매입세액을 안분계산 및 정산하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다는 의견이므로 이에 대하여 살펴본다.

(사실관계)

(1) 청구인이 1994.12.29 건축허가를 득하고 1995.8.7 업종을 부동산임대로 하여 부가가치세 사업자등록을 하였으며, 1995.8.11 업종을 종합병원으로 하여 부가가치세 면세사업자등록을 하였고, 쟁점건물이 1998.4.23에 준공된 사실에는 청구인과 처분청간에 다툼이 없으며 이러한 사실이 관련심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인이 1995년 제2기 과세기간부터 1998년 제1기 과세기간까지 쟁점건물의 건설용역에 대한 대가를 지급하면서 거래징수당한 매입세액 중 464,637,660원을 매출세액에서 공제받은 사실이 처분청의 조사서 등 관련심리자료에 의하여 확인되며 그 내역은 다음과 같다.

(단위 : 원, %)

(3) 쟁점건물 준공(1998.4.23)이후 청구인이 쟁점건물의 일부에서 1998.5.1부터 의료업을 개시하여 심리일 현재까지 영위하고 있는 사실이 처분청의 조사서 등 관련심리자료에 의하여 확인되며, 1998년 제1기 과세기간 종료일현재 쟁점건물에 대하여 청구인이 임대하고 있는 면적과 의료업을 영위하면서 사용하고 있는 면적이 다음과 같으며 청구인이 1998년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세 신고를 하면서 과세사업과 면세사업의 사용면적에 따라 안분계산 및 정산을 하지 아니한 사실이 처분청 조사서 등 관련심리자료에 의하여 확인된다.

(단위 : ㎡, %)

(판단)

부가가치세법 제17조 제2항의 규정에 의하면 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 불공제하는 것으로 규정하고 있는 바, 이는 매출액에 대하여 부가가치세를 과세하지 아니하는 면세사업의 경우에는 면세사업과 관련된 재화 또는 용역에 대한 대가지급시 거래징수 당한 매입세액은 이에 대응하여 불공제한다는 취지로 해석된다.

청구인의 경우 쟁점건물 준공(1998.4.23)후인 1998.5.1부터 쟁점건물에서 의료업을 개시하여 심리일 현재까지 영위하고 있는 사실이 관련 심리자료에 의하여 확인되고 청구인도 이에 대하여는 다툼이 없다.

부가가치세법 시행령 제61조 제4항 제3호에서 건물신축의 경우에 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 사용면적을 기준으로 면세사업과 관련된 매입세액을 정산하도록 규정하고 있는 바,

과세사업과 면세사업에 관련된 사용면적의 구분이 가능한 이 건의 경우 1998년 제1기 과세기간에 구분가능한 사용면적을 기준으로 쟁점건물의 건설용역대가 지급시 거래징수당한 공통매입세액을 안분계산하여 기 환급받은 매입세액중에서 면세사업에 대한 매입세액을 불공제한 처분은 타당하다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.