가. 청구인들은 2012년 7월 보유하고 있던 OOO(이하 “OOO”이라 한다)의 발행주식을 OOO(지주회사, 이하 “OOO”라 한다)에 현물출자하여 OOO의 신주(청구인 OOO OOO, 청구인 OOO OOO)를 교부받은 후, 동 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 대하여「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제38조의2 규정에 따른 ‘주식 현물출자에 의한 지주회사의 설립에 대한 과세특례’(이하 “쟁점과세특례”라 한다)를 적용하여 양도소득세를 과세이연 받았다.

나. 이후 OOO는 2017.8.1. 청구인들을 포함한 모든 주주를 대상으로 자본금의 50%를 감소시키는 균등 유상감자(이하 “쟁점유상감자”라 한다)를 실시하였고, 청구인들은 2017.10.31. 쟁점유상감자를 쟁점과세특례 적용 종료사유로 보아 양도소득세(청구인 OOO : OOO, 청구인 OOO : OOO)를 신고‧납부하였다가 다시 쟁점과세특례 적용 종료사유에 해당하지 아니한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2018.5.31. 이를 거부하였다.

다. 청구인들은 이에 불복하여 2018.8.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 쟁점과세특례가 위임하고 있는 조특법 시행령 제35조의4 제1항(이하 쟁점과세특례 및 동 시행령 제35조의4 제1항을 합하여 ‟쟁점법령”이라 한다)에서는 과세이연 종료사유인 주식 처분의 범위로 주식의 ‘양도’만을 규정하고 있는바, 쟁점과세특례의 취지가 지주회사에 출자한 주식을 지주회사를 통해 간접적으로 지배하는 사정을 고려한 것임을 볼 때 이러한 ‘간접 지배’에 아무런 영향을 미치지 않는 쟁점유상감자는 처분의 범위에서 포함되지 않는 것으로 해석함이 타당하다.

쟁점법령은 주식을 현물출자한 개인주주의 과세이연 종료 사유인 주식의 ‘처분’으로 주식의 ‘양도’만을 규정하고 있는바, 이에 관한 대법원 판례 및 헌법재판소 결정례에서는 쟁점법령이 과세이연 특례를 적용하도록 규정하고 있는 것은 지주회사에 주식을 출자하더라도 지주회사를 통하여 출자한 주식을 간접적으로 소유‧지배하게 된다는 사정을 포착한 것이라고 판시하고 있다OOO.

위 판례 등에서 설시한 쟁점법령의 취지 및 입법형식에 따라 쟁점과세특례 적용 종료사유에 대한 판단기준을 살펴보면, 양도 혹은 상속이나 증여와 같이 지주회사에 대한 ‘간접적 지배관계’가 더 이상 존재하지 않는 경우에는 과세이연 종료사유로 볼 수 있으나 이 건 쟁점유상감자와 같이 지분율에 아무런 변동이 없어 각 주주의 간접적 지배관계에 아무런 영향이 없는 경우에는 동 사유에 해당하지 않는 것으로 봄이 타당하다고 할 것이다.

(2) 이 건과 동일한 균등 유상감자에 대해 조세심판원은 감자는 양도와 권리변동의 내용이 달라 균등 유상감자를 쟁점과세특례의 종료사유에 해당하지 않는 것으로 결정하였는바, 처분청이 쟁점유상감자를 양도와 동일한 행위로 취급하여 과세이연이 종료되는 것으로 보아 경정청구를 거부한 것은 부당하다.

법인의 균등 유상감자를 과세관청이 과세이연 종료사유로 보아 과세한 사안에서 조세심판원은 양도는 재산의 소유권이 이전되는 것인 반면 감자거래는 소유권 자체가 소멸되는 것으로 권리변동의 내용이 다르고 과세이연 종료사유인 처분으로 양도만을 규정한 법령을 엄격하게 해석할 때 주식의 감자거래를 주식의 양도거래로 볼 수 없다고 결정하였다OOO.

위 선결정례의 판단 근거는 이 건에 동일하게 원용될 수 있는바,거래의 형태 및 효과에서 법률상 분명히 구별되는 양도와 감자거래를 처분청이 임의로 양자를 동일하게 취급하여 쟁점유상감자를 쟁점과세특례 적용 종료사유로 보는 것은 부당하다.

(3) 처분청은 조특법상의 이월과세에 관한 규정에서 처분의 범위에 유상감자를 포함하고 있으므로 쟁점과세특례가 규정하는 처분에도 유상감자가 포함되어야 한다는 의견이나, 이월과세와 과세이연에 관한 규정은 입법취지, 과세방식, 과세효과, 납세자 등이 전혀 다른 별도의 것으로 이를 준용할 수 있는 규정이나 해석례 등이 없는 이상 임의로 타 규정의 내용을 준용하여 해석하는 것은 아무런 법률적 근거가 없는 주장에 불과하다.

처분청은 균등 유상감자가 쟁점과세특례 적용 종료사유인 처분의 범위에서 제외된다는 규정이 없고 조특법에서 ‘처분’에 대한 별도의 정의 규정이 없는 점 등을 이유로 개인사업 등의 법인전환 시 현물출자에 대한 이월과세에 관한 조세특례제한법제32조 및 같은 법 시행령 제29조 제7항에서 이월과세 제외사유인 처분에 유상감자가 포함되는 것으로 규정한 내용을 이 건 쟁점법령의 해석에 그대로 적용하여야 한다는 의견이다.

그러나 법인전환 시 현물출자에 대한 이월과세에 관한 규정과 지주회사 설립 시 현물출자에 대한 과세이연에 관한 쟁점과세특례는 그 입법취지가 전혀 다른 규정일 뿐만 아니라, 이월과세는 현물출자한 주주가 원칙적으로 양도소득세를 완전히 면제받게 되는 반면 과세이연의 경우 향후 주식의 처분시점까지 현물출자한 주주의 양도소득세 납부 시기만이 이연되는 것으로 과세효과가 구분되고, 이월과세의 배제 시 납세의무자는 현물출자를 받은 법인이지만 과세이연의 종료 시 납세의무자는 현물출자한 주주로 납세의무자도 달라 서로 완전히 구별되는 규정인 이상 특별히 준용할 수 있는 별도의 규정이 없는 한 임의로 각 규정의 내용을 다른 규정에 동일하게 적용하여야 한다는 주장은 법률해석상 인정될 수 없는 것으로 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인들은 조특법 시행령 제35조의4 제1항은 쟁점과세특례에서 정하고 있는 적용 종료사유인 주식 ‘처분’의 범위로 주식의 ‘양도’만을 규정하고 있으므로 쟁점유상감자는 과세이연 종료사유에 해당하지 않는다고 주장하고 있다.

그러나 쟁점과세특례는 적용 종료사유로 주식의 ‘처분’을 규정하고 있을 뿐 주식의 ‘양도’만이 처분에 해당한다거나 ‘균등 유상감자’가 처분에서 제외된다는 규정은 별도로 없다.

조특법 시행령 제35조의4 제1항은 해당 지주회사의 주식이 ‘양도’된 경우 양도소득세 계산시 취득가액 산정방법에 대해서 규정하고 있을 뿐이고 처분에 해당되는 다른 상속‧증여 등의 경우 취득가액 계산방법이 불필요하므로 별도로 규정하고 있지 않을 뿐이다.

한편 조특법 제32조 및 같은 법 시행령 제29조 제7항은 ‘처분’의 범위에 주식의 유상이전, 무상이전, 유상감자 및 무상감자를 포함하도록 규정하고 있는바, 같은 조특법에서 규정하고 있는 ‘처분’에 대하여 별도로 달리 정의하는 규정이 없는 이상 이를 조문마다 다르게 해석할 이유는 없다.

따라서 처분청이 쟁점유상감자를 쟁점과세특례 적용 종료사유인 처분에 해당한다고 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점유상감자가 쟁점과세특례 적용 종료사유인 지주회사 주식의 처분개념에 포함되는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것)

제38조의2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】① 내국법인의 내국인 주주가 2018년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 “지주회사”라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 ‘처분’할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 “자회사”라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용하는 경우 양도차익의 계산, 자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 현물출자등에 관한 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제35조의4【지주회사의 설립 등에 대한 거주자등의 과세특례】① 내국법인의 주주인 거주자, 비거주자 또는 「법인세법」제91조 제1항에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 “거주자등”이라 한다)이 법 제38조의2 제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 “주식과세이연금액”이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 ‘양도’(현물출자 등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자 등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심판청구서, 처분청 답변서 및 국세청 대내포털시스템 등 심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 나타난다.

(가) OOO은 OOO 설립 이후 OOO을 영위하면서 화물운송, 복합운송주선 등의 전문적인 기능을 효율적으로 수행하기 위하여 다수의 국내외 자회사를 운영하게 되었고, 이에 계열사를 효율적으로 관리하고 지배구조를 명확하게 하고자 청구인들을 포함한 대주주들은 2012년 7월 보유하던 OOO 발행주식 OOO를 현물출자 하여 OOO를 설립하였다.

(나) 청구인들은 쟁점과세특례를 적용하여 OOO 주식의 현물출자로 발생한 양도차익에 대한 양도소득세를 과세이연 받았다.

(다) OOO는 2017.8.1. 모든 주주를 대상으로 자본금의 50%를 감소시키는 쟁점유상감자를 실시하였는데, 쟁점유상감자를 전후한 청구인들을 포함한 전체 주주들의 주식 수 및 지분율은 아래 ＜표＞와 같다.

＜표＞ 쟁점유상감자를 전후한 OOO 주주들의 주식 수 및 지분율

(라) 청구인들은 ‘쟁점유상감자’를 주식을 현물출자하여 지주회사를 설립한 주주가 해당 지주회사의 주식을 ‘처분’한 것으로 보아 이를 조특법 제38조의2 제1항에서 규정하는 쟁점과세특례 적용 종료사유에 해당한다고 판단하여 현물출자 당시 과세이연된 양도소득세 OOO을 신고‧납부하였다가 다시 쟁점유상감자를 위 ‘처분’의 개념에 포함되지 아니한다는 취지로 경정청구를 하였다.

(마) 처분청은 쟁점과세특례는 적용 종료사유로 해당 주식의 ‘처분’을 규정하고 있을 뿐 주식의 ‘양도’만이 처분에 해당한다거나 ‘균등 유상감자’를 처분에서 제외한다는 규정이 없다는 이유를 들어 경정청구를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 현물출자를 통해 얻은 양도차익은 양도소득세의 과세대상이 됨이 원칙이나( 「소득세법」제4조 제1항 제3호, 제88조 제1항), 세법은 현물출자가 널리 이용되는 기업구조조정 방법의 하나라는 점을 참작하여 일정 요건을 갖춘 현물출자에 대한 과세특례를 마련하고 있다.

(나) 거주자가 지주회사에 주식을 현물출자한 경우 이로 인하여 취득한 지주회사 주식의 가액 중 현물출자로 인하여 발생한 주식양도차익에 대한 양도소득세에 관하여 지주회사 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다고 규정하는 쟁점과세특례는 지주회사 설립을 촉진하여 기업구조조정의 활성화를 유도하고 복잡한 계열사 간 순환출자구조를 지주회사 중심의 단순 지배구조로 전환하여 지배구조의 투명성을 제고하기 위한 것으로, 현물출자자는 지주회사 주식의 보유를 통해 지주회사에 대한 간접적인 소유‧지배관계를 유지하는 동안에는 양도소득세의 과세를 이연받았다가 지주회사 주식을 처분할 때 비로소 양도소득세 납부의무를 부담하게 된다OOO.

(다) 처분청은 쟁점과세특례가 적용 종료사유로 해당 지주회사 주식의 처분만을 제시하고 있을 뿐 균등 유상감자를 제외한다는 별도의 규정이 없고 오히려 조특법령에서 이월과세 제외사유로서 처분개념에 유상감자를 포함하고 있는 점 등을 들어 쟁점유상감자는 쟁점과세특례 적용 종료사유인 ‘처분’에 해당한다는 의견이나,

쟁점과세특례는 기업 지배구조의 투명성을 확보하고 기업구조조정을 활성화하려는 취지로서 지주회사에 주식을 출자하더라도 이를 통하여 출자한 주식을 간접적으로 소유‧지배하게 된다는 사정을 포착한 것인바OOO, 거주자가 현물출자를 통하여 취득한 지주회사 주식을 양도 내지 상속‧증여하여 지주회사에 대한 ‘간접적 소유‧지배관계’가 소멸되는 경우와는 달리 이 건 쟁점유상감자와 같이 주주간 지분율에 아무런 변동이 없어 각 주주의 지주회사에 대한 간접적 소유‧지배관계에 영향이 없는 경우까지 과세이연 종료사유로서 처분에 해당한다고 보기는 어려운 점, 유상감자는「상법」상 절차를 준수할 경우 개인 주주의 반대에도 불구하고 실시할 수 있는데( 「상법」제438조 제1항, 주주총회 특별결의 필요), 유상감자를 과세이연 종료사유로서 처분에 해당한다고 해석하게 되면 개인 주주의 의사와는 상관없이 과세이연이 불시에 종료될 수 있게 되어 법적 안전성에 반하게 되는 점(개인 주주의 과세이연 기대권 침해), 법인전환 시 현물출자에 대한 이월과세에 관한 규정과 지주회사 설립 시 현물출자에 대한 과세이연에 관한 쟁점과세특례는 입법취지 및 과세효과, 납세의무자가 각각 다른 별개의 규정이므로 이에 대한 준용 규정이 없는 이상 임의로 일방 규정의 개념 정의를 타방 규정에 동일하게 적용할 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 이와 다른 전제에서 쟁점유상감자를 쟁점과세특례 적용 종료사유로 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.