가. 로열더치쉘그룹(이하 ‘쉘그룹’)은 네덜란드 법인 로열더치와 영국 법인 쉘트랜스포트앤드트레이딩을 모기업으로 하고 있는 다국적기업으로서 원유의 탐사와 채굴, 원유를 정제한 석유제품과 화학제품의 생산, 천연가스의 생산 및 전력생산을 주요 사업으로 하고 있다.

원고는 쉘그룹의 계열회사로 기초 석유제품 및 화학제품 등을 생산판매하면서 홍콩에 본점(이하 ‘원고 본점’)을 두고 한국에 지점(이하 ‘원고 지점’)을 두고 있다.

나. 원고 본점은 1999.1.1.부터 2003.12.31.까지 사업연도에 대한 법인세과세표준 및 세액 신고시 원고 본점 명의로 영업자금 등을 관리하면서 발생한 수입이자 1999 사업연도 393,680,399원, 2000 사업연도 563,590,023원, 2001 사업연도 193,788,982원, 2002 사업연도 20,847,355원, 2003 사업연도 14,418,819원 합계 1,186,315,578원과 지급이자 1999 사업연도 148,752,122원, 2000 사업연도 578,194원, 2001 사업연도 34,989,573원, 2002 사업연도 39,257,536원, 2003 사업연도 14,901,911원 합계 238,479,336원을 원고 본점 손익(이하 ’이 사건 본점 이자소득‘)으로 산입하였고, 원고는 원고 본점이 한국 내 거래처에게 지급한 판매장려금(리베이트 금액) 1999 사업연도 523,692,604원, 2000 사업연도 574,991,388원, 2001 사업연도 348,359,851원, 2002 사업연도 283,898,479원, 2003 사업연도 395,049,972원 합계 2,125,992,294원을 원고의 판매부대비용으로 보아 손금에 산입하여 신고하였다.

다. 서울지방국세청장은 2004. 12. 9.부터 2005. 1. 26.까지 원고의 1999 내지 2003 사업연도에 대한 법인제세 세무조사를 실시하여, 원고 본점은 서류상의 명목회사(Paper Company)이므로 원고 지점을 실질적인 본점사업장으로 하여 이 사건 본점 이자소득을 원고의 국내원천손익으로 보아...