가. 청구법인은 도로의 설치·관리와 이에 관련된 사업을 영위하는법인으로 2006.12.15. 청구법인이 2006년 귀속 종합부동산세 과세기준일현재 소유하고 있는 OOOO OOO OOO OOO OOOO O 2,779필지 10,436,179㎡에 대하여 2006년 귀속 종합부동산세 10,353,486,280원 및 농어촌특별세 1,035,348,630원 및 2007.12.14. 청구법인이 2007년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 소유하고 있는OOO OOO OOO OOO OOOOO 외 2,870필지 7,334,047㎡에 대하여2007년 귀속 종합부동산세 11,711,420,570원 및 농어촌특별세 1,171,142,060원을 신고·납부한 후,

2009.12.11. 청구법인이 종합부동산세 과세기준일 현재 소유하고 있는 토지 중 휴게시설로 사용되는 토지(2006년 2,780필지 5,060,477㎡, 2007년 2,871필지 5,251,684㎡로서 이하 “쟁점토지”라 한다)는 종합부동산세 과세대상이 아니라는 이유로 2006년 귀속 종합부동산세 3,643,254,602원 및 2007년 귀속 종합부동산세 3,629,470,600원을 환급하는 내용의 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 쟁점토지는「지방세법」에 따라 재산세가 과세되는 토지이므로 종합부동산세가 과세되어야 한다고 보아 2009.12.16. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.2.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 쟁점토지가 수익사업이나 유료로 사용되는 것으로 보아 이 건 종합부동산세 환급에 대한 경정청구를 거부하였으나, 휴게소, 주유소 및 충전소 등 휴게시설은 「도로법」 등 관련 법령상 그 설치가 사실상 강제되어 있어 임대수익의 목적이 없고, 휴게시설을 제3자에게 임대하고 지급받는 임대료도 도로의 부속물인 휴게시설 및 도로 등의 신·증설, 개축·유지·보수 등을 위한 최소한의 비용이므로 쟁점토지가 수익사업이나 유료로 사용된다고 보아 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「종합부동산세법」제6조에 재산세의 감면규정은 종합부동산세를 부과함에 있어 이를 준용하도록 규정되어 있고, 쟁점토지는 「지방세법」에 의거 재산세가 과세된 토지이므로 처분청이 쟁점토지를 종합부동산세 과세대상으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

휴게시설에 사용되는 쟁점토지가 종합부동산세 과세대상인지 여부

나. 관련법령

(1) 종합부동산세법

제3조【과세기준일】종합부동산세의 과세기준일은 지방세법 제190조에 규정된 재산세의 과세기준일로 한다.

제6조【비과세 등】①지방세법 또는 조세특례제한법에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정(이하 “재산세의 감면규정”이라 한다)은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다.

② 지방세법 제7조 내지 제9조의 규정에 의한 시ㆍ군의 감면조례에 의한 재산세의 감면규정은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 재산세의 감면규정을 준용함에 있어서 그 감면대상인 주택 또는 토지의 공시가격에서 그 공시가격에 재산세 감면비율(비과세 또는 과세면제의 경우에는 이를 100분의 100으로 본다)을 곱한 금액을 공제한 금액을 공시가격으로 본다.

④ 제2항에 규정된 시ㆍ군의 감면조례에 의한 재산세의 감면규정 또는 분리과세규정에 따라 종합부동산세를 경감하는 것이 종합부동산세를 부과하는 취지에 비추어 적합하지 않은 것으로 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 경우에는 종합부동산세를 부과함에 있어서 제2항의 규정 또는 그 분리과세규정을 적용하지 아니한다.

제11조【과세방법】토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 지방세법 제182조제1항제1호의 규정에 의한 종합합산과세대상(이하 "종합합산과세대상"이라 한다)과 동법 제182조제1항제2호의 규정에 의한 별도합산과세대상(이하 "별도합산과세대상"이라 한다)으로 구분하여 과세한다.

제12조【납세의무자】①과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1.종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 3억원(개인의 경우 세대별로 합산한 금액을 말하며, 이하 “토지분 종합합산 과세기준금액”이라 한다)을 초과하는 자. 다만, 개인의 경우에는 세대원 중 대통령령이 정하는 주된 토지소유자로 한다.

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의공시가격을 합한 금액이 40억원(이하 “토지분 별도합산 과세기준금액”이라 한다)을 초과하는 자

제21조【과세자료의 제공】①시장ㆍ군수는 지방세법의 규정에 의한 당해연도 재산세의 부과자료 중 주택분 재산세의 부과자료는7월 31일까지, 토지분 재산세의 부과자료는 9월 30일까지행정자치부장관에게 제출하여야 한다.다만, 시장ㆍ군수는 지방세법 제191조 제2항의 규정에 의한 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유가 발생한 때에는 그 부과자료를 매 분기별로 당해 분기의 종료일부터 10일 이내에 행정자치부장관에게 제출하여야 한다.

②행정자치부장관은 제7조에 규정된 주택에 대한 종합부동산세의 납세의무자를 조사하여 납세의무자별로 과세표준과 세액을 계산한 후, 매년 8월 31일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 국세청장에게 통보하여야 한다.

⑤행정자치부장관은 제1항의 규정에 의하여 시장·군수로부터 제출받은 재산세 부과자료를 제1항의 규정에 정한 날부터 10일 이내에 국세청장에게 통보하여야 한다.

제22조【시장ㆍ군수의 협조의무】①관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 종합부동산세의 과세와 관련하여 대통령령이 정하는 바에의하여 과세물건 소재지 관할 시장ㆍ군수에게 의견조회를 할 수 있다.

② 제1항의 규정에 의하여 의견조회를 받은 시장ㆍ군수는 의견조회 요청을 받은 날부터 20일 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 관할세무서장 또는 관할지방국세청장에게 회신하여야 한다.

(2) 지방세법

제182조 【과세대상의 구분】① 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지중 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

가. 이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 재산세가 비과세 또는 면제되는 토지

나. 이 법 또는 다른 법령의 규정에 의하여 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지 및 별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지. 다만, 제1항제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 토지는 이를 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지중 다음 각목의 1에 해당하는 토지

가. 공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령이 정하는 토지

나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중소유 임야로서 대통령령이 정하

는 임야

다. 제112조 제2항의 규정에 의한 골프장(동조 동항 각호외의 부분 후단의 규정을 적용하지 아니한다)용 토지와 동조 동항의 규정에 의한 고급오락장용 토지로서 대통령령이 정하는 토지

라. 「산업집적활성화 및 공장설립에관한 법률」제2조 제1호에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령이 정하는 토지

마. 가목 내지 라목의 규정에 의한 토지와 유사한 토지로서 분리과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지

제186조【용도구분에 의한 비과세】다음 각호에 규정하는 재산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 당해 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 그러하지 아니하다

4. 대통령령이 정하는 도로ㆍ하천ㆍ제방ㆍ구거ㆍ유지ㆍ사적지 및 묘지

(3) 지방세법 시행령

제78조의2 【수익사업의 범위】① 법 제107조 본문 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은 「법인세법」 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다.

② 제1항의 규정에 불구하고 다음 각호의 1에 해당하는 사업은 수익사업으로 보지 아니한다.

1. 「고등교육법」 제4조의 규정에 의하여 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업

2. 「사회복지사업법」에 의하여 설립된 사회복지법인이 경영하는 의료업

제137조【용동구분에 의한 비과세】① 법 제186조제4호에서 "대통령령이 정하는 도로ㆍ하천ㆍ제방ㆍ구거ㆍ유지ㆍ사적지 및 묘지"라 함은 다음 각호에서 정하는 토지를 말한다.

1. 도로 도로법에 의한 도로 그 밖에 일반인의 자유로운 통행에 공여할 목적으로 개설한 사도.

제143조【재산세의 현황부과】재산세의 과세대상 물건이 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 상이한 경우에는 사실상의 현황에 의하여 재산세를 부과한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은종합부동산세 과세기준일현재 소유하고 있는 토지에 대하여 종합부동산세 및 농어촌특별세를 신고납부한 후, 위 소유 토지 중에서 휴게시설로 사용되는 쟁점토지는 종합부동산세 과세대상이 아닌 것으로 보아 2006년 귀속 종합부동산세 3,643,254,602원 및 2007년 귀속 종합부동산세 3,629,470,600원을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 쟁점토지는 「지방세법」에 따라 재산세가 과세되는 토지이므로 종합부동산세가 과세되어야 한다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점토지에 대하여 자치단체장은 재산세를 과세하였고 이에 대하여 청구법인은 심판청구를 제기하였다가 2010.8.16. 취하였는 바, 청구법인의 재산세 심판청구에 대하여 지방자치단체장은 ‘ 「지방세법」제186조 단서에 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 당해 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는비과세 되지 않는다고 규정되어 있고, 같은 법 시행령 제143조에 재산세의 과세대상 물건이 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 상이한 경우에는 사실상의 현황에 의하여 재산세를 부과한다고 규정되어 있는 바, 휴게시설의 설치·임대에 사용되는 쟁점토지는 수익사업에 사용되는 토지이므로 재산세를 과세한 처분은 정당하다’고 답변하고 있다.

(3) 청구법인이 제시한 증빙은 아래 (가) ～ (나)와 같다.

(가) 청구법인이 제시한 유료도로 휴게소 부지면적 산출지침서는 2004.7.28. 건설교통부장관이 청구법인에게 ‘유료도로 휴게소 부지면적 산출지침’을 제정하여 통보한 내용으로, 청구법인은 위 증빙에 의하면 고속도로상의 휴게시설은 「도로법」에서 규정하고 있는 도로의 부속물이므로 동 부지는 「지방세법」 제186조 제4호에 따라 재산세가 비과세 되어야 한다는 주장이다.

(나) 청구법인이 제시하는 휴게소 및 주유소 운영권 임대차 계약서에는 영업권의 전부 또는 일부의 양도나 재임대를 원칙적으로 금지하고(제9조), 임차인이 본인의 부담으로 시설물을 증·개축하는 경우 청구법인에게 설계 및 시공, 감독업무를 위임하며(제10조), 청구법인이 임차인 서비스의 질, 시설물의 관리상태 등 서비스 전반에 대한 평가를 실시(제17조)하도록 약정되어 있는 바, 청구법인은 위 증빙에의하면 휴게시설은 「도로법」에서 강제하고 있어 설치·관리만 할 뿐임대사업 자체가 어떠한 수익성을 가진다고 보기 어렵다는 주장이다.

(4) 살피건대, 「지방세법」제186조 단서에 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 당해 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 비과세 되지 않는다고 규정되어 있고, 같은법 시행령 제143조에 재산세의 과세대상 물건이 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 상이한 경우에는 사실상의 현황에 의하여 재산세를 부과한다고 규정되어 있으므로 휴게시설 부지로 사용되고 있는 쟁점토지를 수익사업에 사용되는 토지로 보아 재산세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 보이고,

「종합부동산세법」제6조에 재산세의 감면규정은 종합부동산세를 부과함에 있어 이를 준용하도록 규정되어 있으므로 재산세가 과세된 쟁점토지를 종합부동산세 과세대상으로 보아 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한처분은 정당하다고 판단된다(조심 2008광4186, 2010.3.25. 같은 뜻).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.