청구법인은 농업협동조합법에 의하여 설립된 특수법인으로 93.12.31 부가가치세법 제12조 제1항 제17호 등의 개정으로 농업협동조합법에 의한 조합과 중앙회가 영위하는 사업중 식품가공업과 서울특별시·직할시 및 시지역에서 영위하는 소매업이 94.7.1부터 부가가치세 면세사업에서 과세사업으로 전환됨에 따라 발생한 재고품에 대한 매입세액 9,624,500원을 공제받고자 94.7.25까지 이를 신고하고, 94년 제2기분 부가가치세 과세표준 신고시에 매출세액에서 공제할 매입세액으로 당해 과세기간의 매입세액과 위 재고품매입세액을 함께 신고하였다.

처분청은 부가가치세법 시행규칙 부칙(93.12.31 재무부령 제1957호) 제6조 제2항의 규정에 따라 청구법인이 신고한 재고품에 대한 매입세액은 94.7.1 이후 6월간의 거래에 대한 납부세액의 범위내에서 공제된다는 사유로 동 과세기간에 청구법인이 납부할 세액을 초과하는 재고품 매입세액 6,894,220원(이하 “쟁점재고품 매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제(환급)하지 않았다.

청구법인은 이에 불복하여 95.4.25 이의신청, 95.6.29 심사청구를 거쳐 95.9.29 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가 청구법인 주장

쟁점재고품 매입세액은 청구법인의 사업을 위하여 사용될 재화에 대한 매입세액으로 매출세액을 초과하는데도 이 초과분에 대하여 환급하지 않은 처분은 부당하다.

나. 국세청장의견

쟁점재고품 매입세액은 청구법인이 영위하는 소매업등이 94.7.1부터 부가가치세 면세사업에서 과세사업으로 전환됨에 따라 발생한 것으로 부가가치세법 시행규칙 부칙 제6조 제2항의 규정에 의하여 94.7.1 이후 6월간의 거래에 대한 납부 세액의 범위내에서 공제되는 것이므로 쟁점재고품 매입세액을 공제(환급)하지 아니한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건 심판청구의 다툼은 농업협동조합법에 의한 조합과 중앙회가 영위하는 사업중 서울특별시·직할시 및 시지역에서 영위하는 소매업등이 94.7.1부터 부가가치세 면세사업에서 과세사업으로 전환됨에 따라 발생한 재고품에 대한 매입세액중 쟁점재고품 매입세액을 공제(환급)하지 아니한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제1조 제1항에서 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세를 부과하는 것으로 규정하고 있고, 93.12.31 개정된 동법 제12조 제1항 제17호, 동법 시행령 제38조 제1항 제5호 및 제2항, 동법 시행규칙 제11조의 5 및 별표5 제5호에서 농업협동조합법에 의한 조합과 중앙회가 공급하는 재화 또는 용역으로서 농업협동조합법 제58조, 제125조 및 제153조에 규정된 사업(단, 식품가공업과 서울특별시·직할시 및 시지역에서 영위하는 소매업을 영위하는 경우를 제외한다)에 대하여는 부가가치세를 면제하는 것으로 규정하고 있다.(93.12.31 부가가치세법 제12조 제1항 제17호등이 개정되기 전에는 농업협동조합법에 의한 조합과 중앙회가 식품가공업과 서울특별시·직할시 및 시지역에서 소매업을 영위하는 경우에도 부가가치세가 면제되었다).

한편, 동법 시행규칙 부칙(93.12.31 재무부령 제1957호) 제1조 제1항 단서에서 동규칙 제11조의 5는 94.7.1부터 시행한다고 규정하고 있으며, 제6조 제1항에서 제11조의 5 제1항의 규정에 의한 별표5중 제5호, 제6호, 제15호, 제16호 및 제19호의 면세사업의 범위란의 개정규정에 의하여 면세사업자에서 과세사업자로 전환되거나 과세사업이 추가되는 사업자로서 이 규칙 시행일 현재 당해사업과 관련하여 취득한 상품등 재고품(세금계산서 수수분에 한한다)에 대한 매입세액을 공제받고자 하는 자는 94.7.25까지 소관세무서장에게 신고하도록 규정하고, 제2항에서 제1항의 규정에 의한 사업자가 신고한 재고품에 대하여는 법 제17조 제1항의 규정에 의한 매입세액을 계산하여 이 규칙 시행후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제한다고 규정하고 있다.

다. 심리 및 판단

(1) 그동안 농업협동조합법에 의한 조합과 중앙회가 영위하는 사업중 식품가공업과 서울특별시·직할시 및 시지역에서 영위하는 소매업에 대하여는 부가가치세를 면제하여 왔으나, 일반소매업과의 건전한 경쟁을 저해하는 등의 문제점이 있어 94.7.1부터 부가가치세를 과세하도록 하였다.

(2) 부가가치세법상의 사업자가 납부하여야 할 세액은 각 과세기간별로 당해 과세기간에 발생한 매출세액에서 동기간에 발생한 매입세액을 공제하여 계산하는 것이 원칙인바, 청구법인이 영위하는 소매업이 94.7.1부터 면세사업에서 과세사업으로 전환됨에 따라 발생한 재고품에 대한 매입세액은 청구법인이 주장하는 바와 같이 94년 제2기분 매입세액으로 당연히 공제되는 것은 아니며(동 재고품은 94.7.1이전에 매입한 것이다), 이를 공제하여야 하는지 여부와 그 공제범위등은 별개로 판단할 문제로서 앞서 살펴본 관련법령의 규정에 의하면 동 재고품에 대하여는 부가가치세법 제17조 제1항의 규정에 의한 매입세액을 계산하여 94.7.1부터 6월간의 거래에 대한 납부세액의 범위내에서 공제하도록 규정하고 있으므로 청구법인이 신고한 재고품 매입세액 9,624,500원중 94년 제2기거래에 대한 납부세액을 초과하는 재고품 매입세액 6,894,220원을 공제(환급)하지 아니한 처분은 달리 잘못이 없다(재정경제원 소비 46015-35, 95.2.7 같은 뜻임).

라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.