가. OOO은 수익사업(부동산/임대)을 영위하는 비영리법인으로, OOO㎡(이하 “OOO 선산”이라 한다)에서 분할된 같은 동 산 OOO 임야 8,799㎡, 산 OOO 임야 458㎡(이하 “쟁점토지1”이라 한다) 및 같은 동 OOO 전 800㎡(이하 “쟁점토지2”라 하고, 쟁점토지1과 합하여 이하 “쟁점토지”라 한다)를 2013.9.12. OOO(이하 “OOO”이라 한다)에 양도한 후 2014년 3월 2013사업연도 법인세를 신고․납부하였다가,

「법인세법」제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 따라 비영리법인인 OOO이 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 자산인 쟁점토지의 처분으로 인하여 생기는 수입은 과세대상에서 제외된다고 보아 2016.8.12. 기납부한 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 2016.10.10. OOO이 쟁점토지를 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 거부처분을 하였다.

다. OOO은 이에 불복하여 2016.12.8. 심판청구를 제기하였다.

2. OOO 주장 및 처분청 의견

가. OOO 주장

(1) OOO의 선산인 OOO 임야의 일부는 OOO 보금자리 주택지구로 편입(국토해양부 고시 제2012-916호)되었고 이에 OOO의 의사와 무관하게 OOO에 의해 편입된 토지부분에 대하여 분할이 있었던 점, 1833년에 작성된 OOO, 양도 당시 항공사진상으로도 OOO 선산에 선조들의 묘가 있었음이 확인되는 점 등에 비추어 선산으로 사용된 쟁점토지1은 OOO이 3년 이상 고유목적에 직접 사용한 토지에 해당한다고 보아야 하므로 그 처분 수입은 법인세 과세대상에서 제외되어야 한다.

(2) 쟁점토지2의 수익은 OOO의 고유목적사업인 제사, 묘지 관리, 사당건립 등에 소요되는 비용에 충당되었음이 확인되는 점, OOO의 제전행사 규정 제5조 제2항은 ‘시제경비는 위토에서 나오는 수입으로 충당하고 부족분은 본원의 기타 수입으로 충당한다’고 규정되어 있는 점 등에 비추어 위토로 사용된 쟁점토지2는 OOO이 3년 이상 고유목적에 직접 사용한 토지에 해당한다고 보아야 하므로 그 처분 수입은 법인세 과세대상에서 제외되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 현지확인 등을 통하여 확인한 결과, 쟁점토지1이 OOO 선산에서 분할되었고 OOO 선산에는 양도 당시 및 현재에도 OOO 분묘가 다수 존재하고 있는 것은 사실이나, 쟁점토지1는 OOO 분묘 외곽의 임야로 분묘는 단 1기도 훼손하지 아니한 범위에서 수용된 관계로 OOO 분묘는 양도일 이전 상태 그대로 보존되어 있어 OOO 정관에 규정된 ‘선조분묘와 묘우의 보존’에 전혀 지장을 초래하지 아니하는바, 쟁점토지1은 선조의 묘역이 아닌 묘역이 위치한 임야의 일부가 수용된 경우로서 OOO의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 볼 수 없다.

(2) OOO은 쟁점토지2에서 발생한 임대 수입을 시제 비용에 충당하고 또 부족분은 기타 수입으로 충당하였다고 주장하나, 쟁점토지2의 임대료 수입금이 OOO 공통계좌로 입금되어 혼합된 후 여러 용도로 지출·사용되어 동 수입금이 반드시 시제 비용에만 사용되었다고 볼 수 없는바, 쟁점토지2 임대수입이 OOO의 고유목적사업에 직접 사용하였다고 볼 수 있는 객관적인 증빙이 없어 이를 확인할 수 없으므로 OOO의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지는 OOO이 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산이므로 법인세 과세대상이 아니라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제3조【과세소득의 범위】① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

4. 제56조에 따른 미환류소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

(2) 법인세법 시행령

제2조【수익사업의 범위】② 법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령이 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심판청구서, OOO 정관, 쟁점토지 등기사항전부증명서, 처분청 답변서 및 국세통합전산망 자료 등 이 건 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 확인된다.

(가) OOO은 1967.12.14. ‘사단법인 OOO’으로 법인설립 등기를 하였고, 1996.3.11. 비영리법인으로 사업자등록 신청하여 현재까지 수익사업(부동산/임대)을 영위하고 있으며, OOO의 정관에 의하면 선조 분묘와 묘우의 보존 관리, 선조 사적의 보존연구 및 문화사업, 위토와 법인 재산의 보존관리, 제전의 봉행과 성묘, 경로 효행의 장려사업, 종인의 교양 향상을 위한 연수 및 인재 양성을 위한 장학사업, 법인 목적 달성을 위한 부동산 임대, 사당․재실․사족보존회관 및 묘역 관리사 신축 등을 OOO의 목적달성을 위한 사업으로 규정하고 있다.

(나) OOO은 조선시대부터 OOO 선산을 보유하고 있었으며 1967.12.19. 신탁해지를 원인으로 하여 소유권 이전등기를 경료하였는데, 이후 OOO 선산은 국토해양부고시 제2012-916호에 따라 보금자리주택지구로 편입되어 OOO, 같은 동 산 OOO으로 분할되어 2013.9.12. 공공용지의 협의 취득에 의하여 OOO에 양도하였다.

(다) 한편 OOO에 수용된 OOO 소유 토지는 위 OOO 선산의 일부인 쟁점토지1(9,257㎡), 위토로 사용된 쟁점토지2(800㎡) 그 외 OOO(구거 201㎡, 대지 51,382㎡, 도로 326㎡, 합계 51,909㎡)로 총 보상가액은 OOO원이다.

(라) 쟁점토지1의 등기사항전부증명서를 보면 OOO은 1967.12.19. 신탁해지를 원인으로 소유권을 취득하였고 2013.9.5. 공공용지의 협의 취득으로 OOO에 이전하였는바, 동 기간 동안 OOO은 쟁점토지1에 대하여 지상권이나 저당권 등을 설정한 사실이 없는 것으로 확인된다.

(마) OOO은 쟁점토지1은 원래 한 개의 필지인 OOO 선산에서 분할되어 OOO의 의사와 무관하게 OOO의 필요에 의해 수용된 것으로서 양도 당시 OOO 분묘가 다수 존재하고 있었으므로 비영리법인인 OOO이 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하다가 처분한 고정자산으로 「법인세법」제3조 제2항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 의한 법인세 과세제외 대상이라고 주장하고 있으며, 처분청은 선조의 묘역이 아닌 임야의 일부가 수용된 쟁점토지1은 OOO 분묘 외곽의 임야로서 분묘는 단 1기도 훼손하지 아니한 범위에서 수용되었고 OOO 분묘는 양도일 이전 상태 그대로 보존되어 있어 정관에 규정된 ‘선조분묘와 묘우의 보존’에 전혀 지장을 초래하지 아니하므로 OOO의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산으로 볼 수 없어 해당 규정이 적용될 수 없다는 의견이다.

(바) OOO은 쟁점토지2에서 취득한 임대료 수입은 OOO고유목적사업인 시제비용 등에 사용되었다고 주장하면서 증빙으로「OOO 제전행사내규」(2016.10.19. 개정되기 전의 것)를 제시하였는바, 동 내규 제6조 제2항(현행 제전규정 제5조 제2항)은 “절사 및 시제경비는 위토에서 나오는 수입으로 충당하고 부족분은 종약원의 기타 수입으로 충당한다.”라고 규정하고 있다.

(사) 처분청은 쟁점토지2의 임대수입이 OOO의 고유목적사업에 직접 사용하였다고 볼 수 없다는 의견인바, OOO은 상가와 쟁점토지2의 각 임대수입을 별도계좌에 관리하지 아니하였고 시제비용 충당이라는 특별지출을 구별하지 아니하고 있으며 OOO이 자체 기록한 장부의 대변 지출내역에도 시제비용 항목은 확인되지 아니하고 2011년～2013년 쟁점토지2 임대료 입금 직후 OOO의 OOO은행 계좌 출금내역은 다음 ＜표＞와 같다.

(2) OOO 대리인과 처분청 조사 공무원은 2017.3.2. 개최된 조세심판관 회의에 각 출석하여 청구이유 및 이에 대한 의견과 같은 취지의 진술을 하였고, OOO 대리인은 이 외에 OOO 선산 및 쟁점토지1의 항공사진을 제출하였는바, 동 사진상으로 OOO의 묘역은 쟁점토지1과 근접한 곳에 위치하고 있는 것으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점토지1에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지1은 선조의 묘역이 아니라 그것이 위치한 임야의 일부가 수용된 것이라 OOO의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 볼 수 없다는 의견이나,

묘소가 소재한 종중의 임야 중 일부가 양도된 경우에 해당 부동산을 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부는 부동산의 용도·면적 등 사용현황, 임대차 여부 등의 제반 사항을 고려하여 판단하여야 할 것인바, OOO의 정관에는 목적달성을 위한 사업으로 선조 분묘와 묘우의 보존 관리를 규정하고 있는 점, 쟁점토지1은 원래 1필지인 OOO 선산에서 분할되어 종중의 의사와 무관하게 OOO에 수용된 것으로 양도 당시 다수의 분묘가 존재하고 있었던 점, OOO 선산 및 쟁점토지1의 항공사진을 보면 종중의 각 묘역들은 쟁점토지1과 근접한 곳에 위치하고 있는 것으로 나타나서 동 토지가 조상 분묘의 유지․보존에 공하는 종중 선산으로서의 기능을 상실했다고 보이지는 아니하는 점, 등기사항전부증명서 등에서 쟁점토지1은 수용될 때까지 수익목적으로 제3자에게 지상권을 설정하거나 저당목적물로 제공된 사실이 확인되지 아니하는 점 등에 비추어 쟁점토지1이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산이 아니라고 보기는 어렵다 하겠다.

다음으로 쟁점토지2에 대하여 살피건대, OOO은 위토인 쟁점토지2도 OOO이 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산이므로 그 처분 수입은 법인세 과세대상이 아니라고 주장하나,

위토가 종중의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당하기 위해서는 해당 부동산에서 나오는 수입을 동 사업에 직접 사용한 사실이 객관적으로 인정되어야 할 것인바, OOO이 제출한 제전행사내규만으로는 쟁점토지2를 임대한 수입으로 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부가 객관적으로 확인된다고 볼 수 없는 점, 쟁점토지2 임대료가 입금된 직후의 금융거래내역으로도 해당 수입이 종중의 시제비용에 충당되었다는 사실이 확인되지 아니하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다.

따라서 쟁점토지1의 처분으로 인하여 생긴 수입은 법인세 과세소득에서 제외함이 타당함에도 처분청이 OOO의 해당 법인세 환급 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.