가. 청구법인은 2014∼2018사업연도 법인세를 신고하면서 「법인세법」제15조 제2항 제2호에 따라 외국자회사로부터 받은 이익배당금에 대응하는 법인세액에 해당하는 간접외국납부세액(이하 “간접외국납부세액”이라 한다)을 익금에 산입하여 과세표준에 포함하고 외국납부세액에 대한 세액공제를 적용하여 과세표준과 세액을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 「지방세법」제103조의19에 따라 법인지방소득세 과세표준을 산정함에 있어 간접외국납부세액은 익금에 산입하고 간접외국납부세액공제는 적용하지 아니하여 OOO시장(OOO구청장) 외 3곳(＜별지1＞ 기재, 이하 “처분청들”이라 한다)에 해당 사업연도의 법인지방소득세를 각 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 2019.7.5. 법인지방소득세 과세표준과 세액 계산시 간접외국납부세액은 익금에 산입하지 아니하여야 한다는 취지로 처분청들에게 ＜별지1＞과 같이 경정청구를 하였으나, 처분청들은 이를 각 거부(부작위)하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 ＜별지1＞과 같이 이의신청을 거쳐 2020.4.20. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청들 의견

가.청구법인 주장

「지방세법」제103조의19은 내국법인의 각 사업연도 법인지방소득세 과세표준은 “ 「법인세법」제13조에 따라 계산한 금액으로 한다”고 정하고 있고, 「법인세법」제13조는 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준 산정방법에 관하여 정하고 있는바, 과거 법인세의 부가세 방식으로 부과되던 법인지방소득세를 독립세 방식으로 전환하여 지방소득세에 대한 독자적인 과세표준을 갖게 함으로써 지방재정의 자율성을 제고하고자 한 「지방세법」 개정 취지에 비추어 「지방세법」 제103조의19의 의미는 법인지방소득세의 과세표준의 계산방법을 「법인세법」제13조에 따르라는 것으로 해석함이 타당하다.

그렇다면 동일한 소득에 대한 국가 간의 중복과세를 방지하기 위해 「법인세법」제57조 제4항에 따라 간주외국납부세액을 세액공제함에 있어 「법인세법」제15조 제2항 제2호는 간주외국납부세액을 일단 국내 법인의 소득을 구성하였다고 의제하여 익금산입 한 후 세액공제하도록 정하고 있는바, 이와 같은 익금산입 규정에는 외국납부세액이 세액공제가 될 것이 전제되어 있는 것이고, 만일 외국납부세액공제가 적용되지 않는다면 이러한 외국납부세액의 익금산입 규정도 적용되지 아니하는 것이다.

따라서 외국납부세액공제를 인정하지 아니한 법인지방소득세의 과세표준을 계산함에 있어서는 외국납부세액공제를 적용함을 전제로 하는 간주외국납부세액의 익금산입 또한 적용하지 아니함이 타당하다.

나. 처분청들 의견

지방소득세를 법인세 및 소득세 납부세액에 지방소득세 세율을 곱하여 계산한 세액을 부과하는 부가세 방식에서 법인세 및 소득세 과세표준에 지방소득세 세율을 곱하여 계산한 세액을 부과하는 독립세 방식으로 바꾸는 것으로 2014년에 「지방세법」을 개정한 취지는 법인지방소득세의 과세표준을 법인세의 과세표준과 동일하게 하되, 표준세율을 별도로 정하고 지방자치단체의 조례로 표준세율을 100분의 50 범위 내에서 세율을 가감할 수 있도록 하고자 함에 있다.

위와 같이 지방소득세 과세방법을 변경하면서 지방소득세에서의 세액공제·감면은 「법인세법」 또는 「소득세법」과 별개로 「지방세법」, 「지방세특례제한법」에서 일일이 정하는 것으로 개정하는 한편, 개인지방소득세와 달리 법인지방소득세에 대하여는 외국납부세액공제에 관한 규정을 따로 두지 아니하였는바, 이는 법인지방소득세에 대하여는 외국납부세액공제를 고려하지 않겠다는 입법의사에 따른 것이었다. 따라서 법인지방소득세에 있어 외국납부세액공제를 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

대부분의 조세조약은 추상적이고 원론적인 이중과세 배제방법을 선언하고 있을 뿐이고 「법인세법」에서 이를 구체화하고 있으므로 국내 세법에서 정함에 따라 구체적인 이중과세 조정의 범위가 조정되는 것인데, 우리나라 「법인세법」제57조 및 「법인세법 시행령」제94조에서는 조세조약과 달리 외국의 지방자치단체에 의하여 과세된 세액도 공제대상 외국납부세액에 포함시키고 있다. 청구법인은 외국에서 낸 지방세도 우리나라에서 법인세로서 고려되어야 할 뿐 아니라 나아가 「지방세법」,「지방세특례제한법」에서도 당연히 고려되어야 한다는 점을 전제로 하고 있으나 이러한 전제 자체가 잘못된 것으로 우리 세법은 「법인세법」에서 외국납부 지방세액까지 포함한 외국납부세액을 이미 충분히 공제하고 있으므로 굳이 이러한 외국납부세액에 관하여 「지방세법」이나「지방세특례제한법」에서 추가적으로 국세와 동일한 공제·감면을 둘 필요는 없는 것이다.

3.심리 및 판단

가.쟁 점

외국납부세액공제를 적용하지 아니하는 법인지방소득세의 경우, 간접외국납부세액을 익금에서 제외하고 법인지방소득세 과세표준을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다.사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청들이 제출한 서류를 보면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2014∼2018년 사업연도 법인세 신고 시, 싱가포르 소재 자회사로부터 받은 배당금에 대응하는 간접외국납부세액을 「법인세법」제57조 제1항 제1호 및 제4항에 따라 익금 산입하여 법인세 과세표준을 산정한 후 산출된 법인세액에서 외국납부세액공제를 적용하여 해당 사업연도의 법인세를 신고․납부하였는바, 청구법인의 2014∼2018사업연도 외국납부세액은 아래 ＜표1＞과 같다.

OOO

(나) 청구법인은 2014∼2018사업연도 법인지방소득세 신고 시, 간접외국납부세액을 익금 산입하는 방법으로 산출한 법인세 과세표준과 동일한 과세표준으로 하여 법인지방소득세 세액을 산출하고 처분청들을 포함한 23개 지방자치단체에 아래 ＜표2＞의 세액을 안분하여 법인지방소득세를 각 신고·납부하였다.

OOO

(다) 청구법인은 2019.7.5. 법인지방소득세 과세표준에 외국납부세액을 포함하였으므로 아래 ＜표3＞의 경정청구 세액을 각 안분하여 그 과다 납부한 세액의 환급을 구하는 경정청구를 23개 지방자치단체에 하였고, 처분청들은 ＜별지1＞의 경정청구 세액에 대하여 거부(부작위)를 하였다.

OOO

(라) 국회 안전행정위원회의 「지방세기본법」ㆍ「지방세법」ㆍ「지방세특례제한법」 일부개정법률안에 대한 검토보고서(2013.12.), 행전안전부의 질의회신(지방세정책과-704, 2019.2.21.) 등에서는 2014. 1.1. 「지방세법」을 개정한 이유에 대해 ‘소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계되도록 하는 등 건전한 지방자치발전에 기여하려는 것’이며, 그 개정내용에 대해 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세 과세표준은 「법인세법」과 동일하게 하되, 표준세율의 100분의 50의 범위 내에서 세율을 가감할 수 있도록 하고, 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 「지방세특례제한법」에서 정하도록’ 하는 것이라고 밝히고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19에서 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다고 규정하고 있고, 「법인세법」 제13조에서 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 이월결손금, 비과세소득, 소득공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제14조 제1항 및 제15조에서 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 뺀 금액으로 하고, 익금은 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 하되, 제57조 제4항에 따른 외국법인세액(세액공제된 경우만 해당한다)에 상당하는 금액은 익금으로 본다고 규정하고 있다.

또한, 「법인세법」 제57조 제1항 및 제4항에서 내국법인의 각 사업연도의 소득금액에 수입배당금액이 포함되어 있는 경우 그 외국자회사의 소득에 부과된 외국법인세액 중 그 수입배당금액에 대응하는 것으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(간접외국납부세액)은 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법과 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하는 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있도록 규정하고 있다.

(나) 처분청들은 법인지방소득세의 과세표준은 법인세와 동일하게 적용하여야 하고 간접외국납부세액도 익금에 산입하여 과세표준에 포함하여야 한다는 의견이나, 「지방세법」 제103조의19에서 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 신고하거나 결정‧경정된 과세표준으로 규정하지 않고 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 금액으로 규정하고 있으므로 문언상 법인지방소득세의 과세표준은 언제나 법인세의 과세표준을 그대로 적용하여야 할 것이 아니라 「법인세법」에 따라 계산된 금액을 적용하여야 하는 점, 법인지방소득세 과세표준은 「법인세법」제13조에 따라 계산한 금액이 되는 것이고 「법인세법」 제15조 제2항 제2호에서 제57조 제4항에 따른 외국법인세액은 세액공제된 경우에만 익금으로 보도록 규정하고 있으므로 세액공제제도가 없는 법인지방소득세 과세표준 계산시 외국법인세액은 익금에 산입할 수 없다고 보는 것이 타당한 점, 「법인세법」상 외국납부세액은 익금산입 후 세액공제 또는 손금산입을 선택할 수 있도록 규정하고 있으므로 법인지방소득세 산정시 간접외국납부세액의 세액공제를 적용하지 아니하면서 익금에도 산입하는 것은 타당하지 아니한 점, 「법인세법」상 이중과세조정은 간접외국납부세액을 익금에 산입하여 과세표준을 산정하는 것 자체로 되는 것이 아니라 그 이후 세액공제를 통하여 되는 것이므로 간접외국납부세액을 익금에 산입하지 아니한다 하여 지방세법령에서 예정하지 아니한 이중과세 조정을 하게 되는 것은 아닌 점 등에 비추어, 간접외국납부세액 세액공제제도가 없는 법인지방소득세 과세표준 계산시 간접외국납부세액은 익금에 산입될 수 없다고 보는 것이 타당(대법원 2020.3.12. 선고 2019두58698 판결, 같은 뜻임)하므로 처분청들이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

OOO

＜별지2＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것)

제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」제13조에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다.

제103조의20(세율) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다.

② 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세율을 제1항에 따른 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다.

제103조의21(세액계산) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세는 제103조의19에 따라 계산한 과세표준에 제103조의20에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액, 「조세특례제한법」제100조의32에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인지방소득세 세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다. 이하 "법인지방소득세 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.

(2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것)

제89조(세율) ① 소득분의 표준세율은 다음과 같다.

② 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 소득분의 세율을 제1항의 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다

제94조(소득분의 계산방법) ① 소득분은 「소득세법」과 「법인세법」에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조 제1항의 세율을 적용하여 계산한다. 다만, 제87조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다.

(3) 법인세법

제13조(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 60[ 「조세특례제한법」 제5조 제1항에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다.

1. 제14조 제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액

가. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것

나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나 「국세기본법」제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것

2. 이 법과 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 이 법과 다른 법률에 따른 소득공제액

제14조(각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 뺀 금액으로 한다.

제15조(익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

2. 제57조 제4항에 따른 외국법인세액(세액공제된 경우만 해당한다)에 상당하는 금액

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

제57조(외국 납부 세액공제 등) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우로서 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액(이하 이 조에서 "외국법인세액"이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 제21조 제1호에도 불구하고 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 적용할 수 있다.

1. 외국납부세액의 세액공제방법: 다음 계산식에 따른 금액(이하 이 조에서 "공제한도금액"이라 한다) 내에서 외국법인세액을 해당 사업연도의 산출세액에서 공제하는 방법

2. 외국납부세액의 손금산입방법: 국외원천소득에 대하여 납부하였거나 납부할 외국법인세액을 각 사업연도의 손금에 산입하는 방법

④ 내국법인의 각 사업연도의 소득금액에 외국자회사로부터 받는 이익의 배당이나 잉여금의 분배액(이하 이 조에서 "수입배당금액"이라 한다)이 포함되어 있는 경우 그 외국자회사의 소득에 대하여 부과된 외국법인세액 중 그 수입배당금액에 대응하는 것으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액은 제1항에 따른 세액공제 또는 손금산입되는 외국법인세액으로 본다.

⑤ 제4항에서 "외국자회사"란 내국법인이 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 25( 「조세특례제한법」제22조에 따른 해외자원개발사업을 하는 외국법인의 경우에는 100분의 5를 말한다) 이상을 출자하고 있는 외국법인으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 법인을 말한다.

⑥ 내국법인의 각 사업연도의 소득금액에 외국법인으로부터 받는 수입배당금액이 포함되어 있는 경우로서 그 외국법인의 소득에 대하여 해당 외국법인이 아니라 출자자인 내국법인이 직접 납세의무를 부담하는 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 경우에는 그 외국법인의 소득에 대하여 출자자인 내국법인에게 부과된 외국법인세액 중 해당 수입배당금액에 대응하는 것으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액은 제1항에 따른 세액공제 또는 손금산입의 대상이 되는 외국법인세액으로 본다.

(4) 법인세법 시행령

제94조(외국납부세액의 공제) ① 법 제57조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 외국법인세액"이란 외국정부(지방자치단체를 포함한다. 이하 같다)에 납부하였거나 납부할 다음 각 호의 세액(가산세 및 가산금은 제외한다)을 말한다. 다만, 「국제조세조정에 관한 법률」제10조 제1항에 따라 내국법인의 소득이 감액조정된 금액 중 국외특수관계인에게 반환되지 아니하고 내국법인에게 유보되는 금액에 대하여 외국정부가 과세한 금액과 해당 세액이 조세조약에 따른 비과세ㆍ면제ㆍ제한세율에 관한 규정에 따라 계산한 세액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 세액은 제외한다.

1. 초과이윤세 및 기타 법인의 소득 등을 과세표준으로 하여 과세된 세액

2. 법인의 소득 등을 과세표준으로 하여 과세된 세의 부가세액

3. 법인의 소득 등을 과세표준으로 하여 과세된 세와 동일한 세목에 해당하는 것으로서 소득외의 수익금액 기타 이에 준하는 것을 과세표준으로 하여 과세된 세액

③ 법 제57조 제1항에 따른 외국납부세액은 해당 국외원천소득이 과세표준에 산입되어 있는 사업연도의 산출세액에서 공제하거나 필요경비로 산입한다. 이 경우 법 제57조 제1항을 적용받으려는 내국법인은 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 외국납부세액공제세액계산서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑧ 법 제57조 제4항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 다음의 계산식에 따라 계산한 금액을 말한다. 이 경우 외국자회사의 해당 사업연도 법인세액은 다음 각 호의 세액으로서 외국자회사가 외국납부세액으로 공제받았거나 공제받을 금액 또는 해당 수입배당금액이나 제3국(본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소 등을 둔 국가 외의 국가를 말한다) 지점 등 귀속소득에 대하여 외국자회사의 소재지국에서 국외소득 비과세ㆍ면제를 적용받았거나 적용받을 경우 해당 세액 중 100분의 50에 상당하는 금액을 포함하여 계산하고, 수입배당금액(외국자회사가 외국손회사로부터 지급받는 수입배당금액을 포함한다)은 이익이나 잉여금의 발생순서에 따라 먼저 발생된 금액부터 배당되거나 분배된 것으로 본다.

1. 외국자회사가 외국손회사로부터 지급받는 수입배당금액에 대하여 외국손회사의 소재지국 법률에 따라 외국손회사의 소재지국에 납부한 세액

2. 외국자회사가 제3국의 지점 등에 귀속되는 소득에 대하여 그 제3국에 납부한 세액