2.소송비용은 원고가 부담한다.

가. 2001년 2기분 부가가치세 85,477,840원의, 2002년 1기분 부가가치세 94,713,360 원의, 2002년 2기분 부가가치세 53,584,310원의, 2003년 1기분 부가가치세 41,164,600원의, 2003년 2기분 부가가치세 10,828,980원의,

나. 2001년 귀속 법인세 218,992,210원의, 2002년 귀속 법인세 304,819,860원의, 2003년 귀속 법인세 125,470,930원의 각 부과처분을 취소한다.

2.피고가 2007. 10. 4. 원고에 대하여 한 2001년 귀속 소득금액 404,672,400원의, 2002년 귀속 소득금액 741,873,000원의, 2003년 귀속 소득금액 328,977,000원의 각 소득금액변동통지처분을 취소한다.

가. 원고는 2001. 3. 26.부터 ★★ ◎구 ◎◎3동 194-1에서 의료기기 도ㆍ소매업 및

의료용품 판매업을 영위하는 법인으로서, 같은 곳에서 의료기기 도매업을 영위하는 강 ◎◎ 운영의 '○○○○○텍'으로부터 2001년 2기분부터 2003년 2기분까지 공급가액 1,341,387,720원, 부가가치세 134,138,770원, 합계 1,475,526,490원의 세금계산서 27매 (이하 '이 사건 세금계산서'라고 한다)를 수취하고, 이에 대한 부가가치세 및 법인세 신고 시 위 각 세금계산서에 기재된 각 부가가치세를 매입세액으로 하여 매출세액에서 차감하고, 위 각 세금계산서에 기재된 각 공급가액을 매입금액으로 하여 손금산입하였다.

나. 피고는 ○○○○○텍의 관할 세무서장인 △△△세무서장으로부터 ○○○○○텍이 전액 자료상 확정자인 주식회사 △△양행, ■■■양행 주식회사, □□□□ 주식회사, 주식회사 ◆◆양행 등 4개 업체(이하 '△△양행 등'이라고 한다)로부터 가공세금계산서 를 수취한 후 원고에게 가공세금계산서를 발행한 혐의가 있다는 과세자료를 통보받고, 2007. 5. 31.부터 같은 해 7. 12.까지 원고에 대하여 자료상 자료 수취자 조사를 실시 하였다.

다. 피고는 원고의 매입처인 ○○○○○텍에 대한 매입대금 결제금융거래 내역을 조사

한 결과, ○○○○○텍의 강◎◎에게 매입대금으로 결제한 금액의 합계 1,475,000,000 원 중 1,418,000,000원이 원고의 법인예금계좌와 주주인 강◁◁, 진▼▼의 예금계좌로 재입금된 사실을 확인하고 이는 원고가 가공매입세금계산서를 수취하면서 실물거래로 위장하기 위한 조작된 금융거래내역인 것으로 보아, 이 사건 세금계산서를 전액 가공 거래로 확정하고 부가가치세 매입세액불공제 및 법인세 손금불산입을 한 후, 2007. 9. 3. 원고에게 2001년 2기분 부가가치세 85,477,840원, 2002년 1기분 부가가치세 94,713, 360원, 2002년 2기분 부가가치세 53,584,310원, 2003년 1기분 부가가치세 41,164,600 원, 2003년 2기분 부가가치세 10,828,980원 및 2001년 귀속 법인세 218,992,210원, 2002년 귀속 법인세 304,819,860원, 2003년 귀속 법인세 125,470,930원을 각 경정ㆍ고지하였고, 2007. 10. 4. 위 각 가공매입금액인 2001년 귀속 404,672,400원, 2002년 귀속 741,873,000원, 2003년 귀속 328,977,000원에 대한 귀속이 불분명한 경우로 보아 대표자 이▶▶에게 상여로 소득처분하고 원고에게 소득금액변동통지를 하였다(이하 '이 사건 각 처분'이라고 한다).

라. 원고는이사건각처분에불복하여2007. 12. 3. 조세심판원에심판청구를하였

으나, 조세심판원은 2008. 10. 1. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 4, 7, 8호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의주장

원고는 ○○○○○텍으로부터 실제 물품을 매입한 뒤 이를 매출처에 판매함으로써 이 사건 세금계산서에 기재된 각 물품에 관하여는 모두 실거래가 있었으므로, 이와는 달리 원고와 강◎◎ 등의 자금흐름을 들어 원고가 실물거래 없는 가공의 세금계산서를 수취하였음을 전제로 한 이 사건 각 처분은 사실을 오인한 것으로서 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 2001. 3. 26.부터 ★★ ◎구 ◎◎동 194-1 소재 사업장(이하 '이 사건 사

업장'이라고한다)에서의료기기도매업체로부터의료기기및기자재를납품받아정형외과의무릎수술과골절수술용의료기기를병원에공급하고있다.

(2) 원고의 대표이사인 이▶▶의 사돈인 강◁◁은 1998.경부터 이 사건 사업장에서 주식회사 ○○○○○칼(이하 '○○○○○칼'이라고 한다)의 대표이사로서 의료기기 도소매업을 영위하다가 2001. 3. 31. 폐업하였고, 2001. 3. 1. 원고의 주식 2,000주를 취 득하였다가 2003. 12. 12. 진▼▼에게 전부 양도하였으며, 2004. 3. 25.까지 등기부상 원고의 이사로 등재되어 있었다.

(3) ○○○○○칼의 직원이었던 강◎◎은 '○○○○○텍'이라는 상호로 2000. 10. 15.

△△시 ◎구 ♤♤동 2가 385-12에서 의료기기 도매업을 개업한 후, 2001. 6. 8. 원고와 같은 사업장인 이 사건 사업장으로 이전하여 위 사업을 영위하다가 2004. 4. 6. △△시 ◎구 ●●동 3가 1224로 사업장을 다시 이전하고, 같은 해 6. 19. 폐업하였다. 한편, 강◎◎은 2001. 3. 1. 원고의 주식 2,000주를 취득하였다가2003. 12. 12. 진▼▼에게 전부 양도하였고,2004. 3. 25.까지 등기부상 원고의 감사로 등재되어 있었다.

(4) 원고가 ○○○○○텍의 강◎◎에게 매입대금으로 송금한 1,475,000,000원 중 원고의 예금계좌에 929,000,000원, 원고의 주주인 강◁◁ 및 진▼▼의 예금계좌에 489,000,000원 등 합계 1,418,000,000원이 입금되었는데, 위 929,000,000원은 원고와 ○○○○○텍이 통일한 사업장을 사용하던 2001. 7. 5.부터 2004. 4. 23.까지 사이에 원고로부터 매입대금으로 입금된 강◎◎의 예금계좌에서 총 27회에 걸쳐 현금으로 출금된 후 바로 원고의 예금계좌에 재입금되었다.

(5) 원고의 예금계좌와 강◁◁의 예금계화, 강◎◎의 예금계좌는 비밀번호가 모두 '0010'으로 동일하고, 원고와 강◎◎과의 금융거래조사시 확인한 입ㆍ출금전표상에는 원고의 대표 이▶▶의 필적으로 보이는 다수의 전표가 발견되었으며, 이▶▶은 2001. 10. 18. 강◎◎의 예금계좌에서 직접 180,870,000원을 출금하여 자료상인 ■■■양행 주식회사에 152,350,000원을, □□□□ 주식회사에 28,520,000원을 각 송금한 사실이 었다.

(6) 세금계산서상 ○○○○○텍의 매입처로 되어 있는 △△양행 등은 세무조사에서 전액 자료상으로 확인되었고, 위 업체에서 ○○○○○텍에 매출한 거래는 전액 가공거 래로 확정되었다.

(7) 강◎◎은 세무조사 당시 ◈◈◈상사 김♣♣으로부터 물품을 매입하고 △△양행 등 명의의 세금계산서를 교부받았다고 진술하면서도 ◈◈◈상사의 사업장 주소와 직원 및 사업현황, 김♣♣의 주소와 전화번호 등 ◈◈◈상사라는 업체와 김♣♣이라는 인물에 대하여 아는 것이 아무것도 없으며 매입증빙자료나 실거래근거자료도 전혀 없다고 진술하였다.

(8) 원고의 매입대금이 입금된 강◎◎의 예금계좌에서 원고의 예금계좌로 재입금된 사유에 관하여, 원고의 대표이사인 이▶▶은 세무조사 당시에는 이▶▶ 본인과 강◎◎ 간의 개인적인 금전소비대차라고 진술하였다가, 이 사건 세금계산서로 인한 조세범처 벌법위반 형사사건 조사시부터는 2001. 6. 10. 자신이 강◎◎, 강◁◁과 함께 '강◎◎은 강◁◁으로부터 인수한 채권을 회수하여 강◁◁에게 지급하고, 원고는 강◎◎으로부터 우선적으로 물품을 구입하며 강◎◎은 원고에게 상대적으로 낮은 가격으로 납품하고, 각자 확보한 거래처에 대한 납품우선권을 인정함과 동시에 상호 거래처를 침범하지 않으며, 강◁◁은 공평하게 원고와 강◎◎의 영업을 지원하기로 한다'는 내용으로 약정하면서 그 담보조로 강◎◎의 통장과 도장을 보관함에 따라 강◎◎이 ○○○○○칼의 거래처였던 각 병원들로부터 미회수채권을 회수하면 강◎◎으로부터 위 채권회수금을 받아 원고 계좌에 보관하였다가 이를 강◁◁에게 전달해 준 것이라는 내용으로 진술하고 있다.

(9) ○○○○○칼의 거래처였던 각 병원들에 대하여 2001. 3. 31.자 강◎◎과 강◁◁ 의 미회수채권 양수약정에 따라 강◎◎이 미회수채권을 회수하였는지 여부에 관하여 확인한 결과, 2001. 3. 31. 이후에도 ⒾⒾ병원, ⒻⒻ적십자병원, ⒼⒼⒼⒼ병원, ♥♥의 료원, ⒹⒹ의료원, ⒻⒻ성모병원, ⒾⒾ의료원, ⒺⒺⒺ정형외과, △병원 등에 대한 미회 수채권은 원고의 직원인 윤ⒿⒿ가 수령하거나 ○○○○○칼의 계좌, 원고의 계좌, 강◁◁의 계좌로 각 입금되었음을 확인하였다.

(10) 이 원고가 개업할 당시인 2001. 4.경부터 근무하였던 원고의 직원들 중 이ⒿⒿ, 김ⒺⒺ, 김ⒺⒺ, 이☆☆, 윤ⒿⒿ, 주ⒾⒾ, 송★★, 김★★은 모두 2000.경까지 강◁◁ 운영의 ○○○○○칼에 근무하다가 2001. 1.부터 2001. 3.까지는 강◎◎ 운영의 ○○○○○텍에 근무하였던 자들이다.

(11) 강◎◎은 1998.부터 2000.까지 ○○○○○칼에 근무하다가 2000. 10. 15. ○○○○○텍을 개업하고서도 2001. 2. 12.까지 강◁◁으로부터 급여를 받았고, 2001. 4. 12. 부터 2001. 9. 12.까지는 원고로부터 급여를 받았다.

(12) 한편, 원고와 이▶▶은 이 사건 세금계산서와 관련하여 원고가 실물 거래 없이 허위 세금계산서를 교부받았다는 사실로 조세범처벌법위반죄로 기소되었으나, 원고와 ○○○○○텍 사이의 물품거래는 진정한 것이라고 평가되고 달리 위 물품거래가 가공 의 거래라고 볼 증거가 없다는 이유로 2008. 10. 28. △△시지방법원 2008고단1634호로 무죄가 선고되었고, 이에 대한 검사의 항소(2009. 3. 27. △△시지방법원 2008노3572호), 상고(2009. 6. 25. 대법원 2009도2927호)가 모두 기각되어 확정되었다.

[인정근거] 앞서 든 증거, 갑 제6, 9, 11호증, 을 제6 내지 22호증의 각 기재, 이 법원의 ⒻⒻ적십자병원, ⒾⒾ병원, 경상북도 ⒾⒾ의료원, 포항성모병원에 대한 각 사실조회결과, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권 자에게 있다고 할 것이나, 구체적인 소송과정에서의 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격 이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못 한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2007. 2. 22. 선고 2006두6604 판결 참조).

(2) 이 사건으로 돌아와 이 사건 세금계산서와 관련하여 원고와 ○○○○○텍의 거래 가 실제 거래인지 여부에 관하여 살피건대, 앞서 본 인정사실 및 이에 의해 알 수 있 는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고에게 이 사건 세금계산서를 교부한 ○○○○○텍의 강◎◎은 자료상인 △△양행 등으로부터 가공의 세금계산서를 수취하고 실물은 김♣♣ 으로부터 구입하여 원고에게 판매하였다고 주장하나, 김♣♣에 대하여 아는 것이 아무 것도 없고, 의료기기를 구입하였다는 증빙자료도 전혀 없는 점,② 원고는 이 사건 세 금계산서의 매입대금이 이를 입금한 강◎◎의 예금통장에서 인출되어 원고의 계좌로 재입금된 돈에 대하여 강◎◎과 강◁◁의 미회수채권 양수약정에 따라 강◎◎이 회수 한 대금을 이▶▶이 강◁◁ 대신 원고의 계좌에 입금하여 보관하고 있다가 강◁◁에게 직접 전달한 것이라고 주장하지만, 강◁◁의 미회수채권금액은 ○○○○○칼이나 원고, 강◁◁ 계좌 등으로 입금되거나 원고의 직원이 수령한 점이 인정될 뿐 강◎◎이 회수 하였다는 증거는 전혀 없고, 위 약정에 따라 강◎◎의 통장과 도장을 보관하고 있었다는 이▶▶이 강◎◎이 회수한 채권금액을 직접 강◁◁의 계좌로 송금하지 아니하고 굳이 원고의 계좌에 입금하여 보관하였다가 출금한 후 강◁◁에게 현금으로 직접 전달하였다는 주장은 쉽게 납득하기 어려운 점{갑 제10호증의 6 중 증 제6호증의 1, 2인 2001. 3. 31.자 양도양수계약서와 2001. 6. 10.자 약정서는 위 각 문서에 찍힌 강◎◎의 도장이 당시 강◎◎이 다른 문서(증 제7호증의 3, 4, 5)에서 사용했던 도장과 다르고, 오히려 2007.경 작♣♣ 진술서(증 제7호증의 1, 2)에서 사용한 도장과 동일한 점과 위 미회수채권양수에 관한 주장은 당초 세무조사 당시와는 다른 주장인 점 등에 비추 어 사후에 조작되었을 가능성이 있어 보인다}, ③ 원고 강◁◁ 강◎◎의 예금계좌의 비밀번호가 모두 동일한 점, 이▶▶이 강◎◎의 통장을 소지하고 있다가 관련 금융거래를 직접 한 것으로 보이는 점, 원고의 직원들은 강◁◁ 운영의 ○○○○○칼 및 강 ◎◎ 운영의 ○○○○○텍에서 근무하였던 자들인 점, 원고와 ○○○○○텍은 동일한 사업장을 사용한 점, 원고가 강◎◎에게 급여를 지급한 점, 강◁◁과 강◎◎은 원고의 주주이면서 이사, 감사로 등재되었던 점 등으로 볼 때, 원고와 ○○○○○텍은 독자적으로 운영된 회사라거나 강◎◎이 ○○○○○텍의 실제 운영자라는 것을 쉽게 믿기 어려운 점,④ 원고가 작성하였다는 ○○○○○텍과의 거래관련 매입장과 상품주문서, 거래상대방인 ○○○○○텍으로부터 받아서 보관하는 거래명세서(갑 제10호증의 6 중 증 제3, 4호증)의 필적이 동일한 것으로 보이고,2개 연도의 분량을 동일인이 작♣♣ 것으로 보이는데, 위 매입장에 대하여 원고는 2009. 8. 25.자 준비서면에서 이▶▶이 수년 간 직접 작성하였다고 주장하였으나, 이▶▶은 2008. 1. 7. △△시동부경찰서에서 작♣♣ 피의자신문조서(갑 제10호증의 45)에서 위 매입장을 경리가 작성하였다고 진술하였고, 원고의 관리이사인 이ⒿⒿ도 이 법원에서 경리가 계속 작성하여 왔는데 경리가 수시로 바뀜에 따라 작성자가 수시로 바뀌었다고 증언한 점으로 볼 때 위 매입장과 거래명세서 등을 진실한 것으로 믿기 어려운 점,⑤ 이 사건 세금계산서에서 원고가 ○○○○○텍으로부터 매입한 것으로 기재되어 있는 의료기기 등이 모두 원고의 거래처인 병원에 납품한 것으로 확인되었다는 사실만으로 원고와 ○○○○○텍과의 거래가 실제 거래라는 점이 추정되는 것은 아니라는 점 등에 비추어 보면, 원고가 ○○○○○텍으로 부터 받은 이 사건 세금계산서는 실물거래 없이 교부받은 가공의 세금계산서라고 봄이 상당하므로(형사사건과 행정사건은 입증의 정도를 달리하고, 형사사건의 무죄판단이 이 법원의 사실인정을 구속하는 것은 아니라는 점에서 원고 및 이▶▶에 대한 조세범처벌 법위반 사건에서 무죄를 선고한 판결인 갑 제6, 9, 11호증의 각 기재는 위와 같이 판단함에 장애가 된다고 할 수 없다), 이 사건 세금계산서가 가공의 세금계산서임을 전제로 한 이 사건 각 처분은 적법하고, 이와 전제를 달리한 원고의 주장은 이유가 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.