처분청은 ○○○법에 의하여 설립된 청구인이 1997.7.10. 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지의 토지 331㎡ 중 100㎡는 ○○시 ○○구청장에게 기부채납하고 잔여 231㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지로 보아 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제290조제2항제2호의 규정에 의하여 이 사건 토지에 대한 취득세 및 등록세 등을 과세면제 하였으나, 이 사건 토지 취득일로부터 3년이 경과하도록 고유업무에 직접사용하지 아니하고 방치하고 있으므로 이 사건 토지를 구 지방세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제84조의4제1항제1호에서 규정하고 있는 법인의 비업무용 토지로 보아 이 사건 토지의 취득가액(231,000,000원)에 지방세법 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 27,620,000원, 농어촌특별세 2,541,000원과 지방세법 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 등록세 8,316,000원, 지방교육세 1,524,600원, 합계 40,001,600원을 2003.2.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 ○○○법에 의하여 설립된 법인으로서 1997.7.10. ○○종합유통복합건축물의 부속토지로 사용하고자 이 사건 토지를 취득한 후 1997.12.12. 건축허가(건축면적 3,136.96㎡)를 받고 착공준비를 하였으나, 1997년도 하반기에 발생한 IMF의 영향으로 분양 신청율이 저조할 것으로 판단되어 1998.12.10. 건축허가취소연기요청(자산관리 01200-5451)을 하여 1998.12.14. 건축허가취소연기(1999.3.11.까지)승인통보(건축 58551-3946)를 받았지만 부동산 경기의 위축이 계속되어 부득이 1999.2.25. 제2차 건축허가취소연기요청(자산관리 01200-914)을 하여 1999.3.6. 건축허가취소연기(1999.12.11.까지)승인통보(건축 58550-929)를 받았으나 계속적인 부동산 경기의 불황으로 인하여 착공을 연기하고 2002.4.18. ○○종합유통주상복합(판매 및 영업시설, 공동주택)건축물로 설계를 변경하여 ○○시장으로부터 건축허가(건축 58550-21256)를 받고 2002.8.21. 건축물을 착공하여 건축중에 있으므로 이 사건 토지 취득일로부터 고유목적사업에 직접 사용하기 위하여 일련의 노력을 계속한 것은 법인의 비업무용 토지에서 제외되는 정당한 사유에 해당된다고 주장하면서 이 사건 부과 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 부동산 경기의 불황이라는 사유로 토지 취득일로부터 3년이 경과하도록 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하고 방치하고 있는 경우에 법인의 비업무용 토지에 해당되는지의 여부에 있다고 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제290조제2항제2호에서 ○○○이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다라고 규정하고 구 지방세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것) 제84조의4제1항제1호에서 법인이 토지를 취득한 날부터 3년 내에 정당한 사유없이 법령 또는 당해 법인의 등기부상 목적사업으로 정하여진 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 지방세법 제112조제2항의 세율(1,000분의 20의 5배)을 적용하여 취득세를 추징하도록 각각 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 ○○○법에 의하여 설립된 법인으로서 1997.7.10. 이 사건 토지를 취득한 후 취득세 및 등록세 등을 과세면제 받았으나, 취득일로부터 3년이 경과하도록 방치하고 있으므로 처분청에서는 취득세는 법인의 비업무용 토지로 보아 중과세율(1000분의 100)을 적용하고 등록세는 일반세율(1000분의 30)을 적용하여 산출한 취득세 등을 2003.2.10. 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구인은 1997.7.10. ○○유통복합건축물의 부속토지로 사용하기 위하여 이 사건 토지를 취득한 후 1997.12.12. 건축허가(건축면적 3,136.96㎡)를 받았으나 IMF의 영향으로 부동산 경기의 위축이 계속됨에 따라 2차에 걸쳐 건축허가취소연기승인을 받고 건축물의 설계를 변경한 다음 다시 건축물의 신축허가를 받아 건축 중에 있으므로 이 사건 토지 취득일로부터 고유목적사업에 직접 사용하기 위하여 일련의 노력을 계속한 것은 법인의 비업무용 토지에서 제외되는 정당한 사유에 해당된다고 주장하고 있지만, 구 지방세법시행령 제84조의4제1항제1호에서 법인이 토지를 취득한 날로부터 3년 내에 정당한 사유없이 목적사업으로 정하여진 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 중과세율(일반세율 1000분의 20의 5배)을 적용하여 산출한 취득세를 추징하도록 규정하고 있으므로 동 규정에서의 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함한다고 할 것이므로(같은 취지의 대법원 판결 1995.12.8, 95누5257) 청구인의 경우는 1997.7.10. ○○종합유통복합건축물의 부속토지로 사용하기 위하여 이 사건 토지를 취득한 후 1997.12.12. 건축허가를 받았으나 IMF의 영향으로 인하여 동 건축물의 분양율이 저조하여 수익성이 적다는 사유로 2회에 걸쳐 건축허가취소연기요청을 한 것으로 미루어 보면, 이는 법인의 외부적인 사유가 아닌 통상적인 내부사정에 해당될 뿐만 아니라 이 사건 토지 취득일로부터 4년 9개월이 경과한 후 수익성이 적다는 사유로 다시 건축허가를 받은 것으로 미루어보면 이 사건 토지를 취득한 후 고유목적사업에 직접 사용하기 위한 일련의 노력을 다 하였다고는 볼 수 없으므로 이는 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으며 더구나 2002.4.18. ○○시장으로부터 건축허가를 받은 건축허가서상 주용도가 일반인에게 분양하는 공동주택 및 판매시설로 등재되어 있는 것으로 보아 이는 ○○○법 제65조에서 규정하고 있는 청구인의 목적사업인 조합원들의 신용사업·교육지원사업·후생복지사업 등에도 해당되지 아니하므로 처분청에서 이 사건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 중과세율을 적용하여 산출한 취득세와 기과세면제한 등록세 등을 부과고지한 것은 적법한 부과처분이라고 판단된다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2003. 6. 30.

행 정 자 치 부 장 관