처분청은 벤처기업인 청구인이 2002.6.21.과 2002.6.28.에 벤처기업육성촉진지구로 지정된 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 3,063.2㎡와 그 지상건축물 1,344.8㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 각각 취득한데 대하여 ㅇㅇ시세감면조례 제26조의 규정에 의하여 취득세와 등록세 등을 과세면제하였으나, 이 사건 부동산 중 건축물 261.19㎡와 동 부속토지 595.26㎡(이하 “이 사건 쟁점 부동산”이라 한다)를 직접 사용하지 아니하고, 2004.1.8.부터 임대하고 있으므로, 이 사건 쟁점 부동산의 취득가액(258,080,738원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 6,193,920원, 농어촌특별세 567,760원, 등록세 4,459,390원, 지방교육세 817,540원, 합계 12,038,610원(가산세 포함)을 2004.6.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인들은 이 사건 쟁점 부동산의 임차인인 청구외 (주)ㅇㅇ는 벤처기업으로서, 당초 과학기술부장관으로부터 연구개발 등을 목적으로 벤처기업육성촉진지구내의 입주승인을 받았다가, 연구개발의 실용화를 위한 공장을 설립한다는 입주목적 변경승인을 받은 후 공장을 등록하여 단기간 사용하고 있으므로, 임차인이 이 사건 쟁점 부동산을 청구인의 당초 취득목적과 동일하게 공장을 운영하고 있다고 보아야 함에도, 단지 임대하고 있다는 사유로 기 과세면제한 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 벤처기업인 법인이 벤처기업육성촉진지구내의 부동산을 취득한 후 타법인에게 일부를 임대한 경우 그 해당부분에 대하여 감면한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면, ㅇㅇ시세감면조례 제26조에서 벤처기업육성에관한특별조치법에 의한 벤처기업이 동법 제18조의4의 규정에 의한 벤처기업육성촉진지구내에서 당해 사업을 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 청구인은 2000.1.6. 정보·무선통신장비 및 부품의 개발과 생산업, 인터넷 및 네트워크 관련 하드웨어·소프트웨어 개발과 생산업 및 이와 관련한 연구개발 용역업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서, 2001.6.26. 중소기업청장으로부터 벤처기업 확인을 받은 후 2002.6.21.과 2002.6.28. 이 사건 부동산을 취득하였고, 2004.1.8. 청구외 (주)ㅇㅇ와 이 사건 쟁점 부동산에 대하여 임대 및 사용계약을 체결하면서 계약기간을 2년으로 하고, 100,000,000원의 임대보증금을 받기로 한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 벤처기업인 청구외 (주)ㅇㅇ는 과학기술부장관으로부터 이 사건 쟁점부동산에 대한 입주승인을 받아 그 목적대로 사용하고 있음에도, 단지 임대하고 있다는 사유로 취득세 등을 부과 고지한 것은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, ㅇㅇ시세감면조례 제26조에서 벤처기업이 벤처기업육성촉진지구내에서 당해 사업을 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있는 바, 청구인은 이 사건 부동산 사용일(취득일)부터 2년 이내인 2004.1.8.(실제 입주일 2003.10.20)에 이 사건 쟁점 부동산을 청구외 (주)ㅇㅇ에게 임대한 이상, 비록 임차인인 청구외 (주)ㅇㅇ가 과학기술부장관으로부터 입주승인을 받아 이 사건 쟁점 부동산을 입주목적대로 사용하고 있다 하더라도 이를 청구인이 이 사건 쟁점 부동산을 직접 사용하고 있는 것으로 볼 수는 없다 하겠으므로, 처분청이 이 사건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 9. 23.

행 정 자 치 부 장 관