가. 청구법인은 1974.7.24. 설립한 전기․전자 자동화기기 및 관련제품의 제조 및 시스템설치․유지보수업체로, OOO㈜, OOO㈜와 컨소시엄을 구성하여 2003.11.26. OOO에 대한 계약을 체결하고, OOO을 2008.9.5.까지 수행하였으나, 2008.9.12. OOO 운행차량의 실내소음 경감대책을 마련하라는 감사원의 감사지적에 따라 OOO가 준공완료 및 공사대가 지급을 보류하다가 OOO의 중재판정에 따라 청구법인이 OOO의 손해배상금을 배상하는 것으로 2010.5.24. 판정된바 있으며, 청구법인은 2008.7.7.부터 2010.5.24.까지 쟁점공사와 관련한 매출세금계산서 7매 공급가액 OOO을 OOO에게 발급하고 과세기간별로 부가가치세를 신고하였다.

나. OOO국세청장은 2013.3.11.～2013.7.18. 기간 동안 OOO에 대하여 세무조사를 실시하여 쟁점공사의 공급시기를 OOO 제2단계 개항행사 개최일(2008.6.20.) 및 준공일(2008.6.30.)이 속한 2008년 제1기로 보고 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세하도록 처분청에 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2013.7.25. 청구법인에게 2008년 제1기 부가가치세 OOO을 경정․고지하고, 부가가치세 2008년 제2기분 OOO 및 2010년 제1기분 OOO을 환급결정하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.10.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) OOO 측에서 OOO에서 받은 준공전 사용허가는 청구법인이 제공한 쟁점공사 용역의 완료여부와 관계 없이 양자간에 이루어진 허가에 불과하고, 계약일반조건에 따라 공사가 완성된 부분을 사용한다 하더라도 이 사용의 개념은 ‘인수’를 의미하는 것이 아니므로 준공전 사용허가 발급을 근거로 2008.6.30. 이전에 쟁점공사 용역이 최종적으로 완료되었다는 처분청의 의견은 계약내용과는 부합하지 않는다.

(2) 감사원의 지적에 따라 OOO가 소음문제와 관련하여 “과업의 최종적 완료”가 이루어지지 아니하였다는 이유로 준공검사 거부 및 최종인수증 발급을 거부하였다. 이에 대하여 청구법인을 포함한 공동수급체는 OOO에 중재를 신청하였고, 2010.5.24. 조정결정이 완료되자 OOO는 잔금지급 의무와 과업의 최종 완료를 인정하고 공동수급체를 수신자로 하여 최종인수증을 2010.7.16. 발급받았다.

따라서, 쟁점공사의 최종 공급시기는 OOO의 조정결정일인 2010.5.24.이며, 청구법인이 발급한 쟁점세금계산서는 중간지급조건부 및 완성도기준지급 조건부 등에 따른 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때에 발급한 것이므로 처분청이 쟁점공사 공급시기를 공사가 완료된 날(2008.6.30.)로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) OOO은 OOO내 활주로와 탑승동을 연결하는 무인자동열차의 제어 시스템으로 준공전 사용허가되어 시운전을 통하여 설비 및 시스템의 문제점 및 보완사항을 개선하였고, OOO 구축사업을 포함한 OOO 건설사업이 모두 완료되어 2008.6.20. 개항이 된 사실이 보도자료 등을 통하여 확인되었으며, 공사대금 정산에 관한 분쟁으로 OOO의 조정결정을 통하여 공사대금이 확정되었더라도 이는 공급이 완료된 용역의 하자 등에 따른 공사대금 지급 및 손해배상의 문제이므로 공급시기는 변동이 없는 것이다.

(2) OOO 구축사업은 총 19회에 걸쳐 청구법인이 OOO에 기성청구한 것으로 볼 때 청구법인이 주장하는 중간지급조건부 용역계약보다는 완성도지급조건부 용역계약으로 봄이 타당하며, 모든 용역제공이 2008.6.30. 이전에 완료되었으므로 청구법인은 쟁점 공급가액에 해당하는 매출세금계산서를 2008년 제1기 이전에 발급했어야 한다.

따라서, 쟁점공사는 2008년 제1기 이전에 완료되었으나, 기성청구 지연(17회와 18회 기성청구) 및 OOO측과 청구법인간 감사원 결과에 따른 분쟁(19회 기성청구) 등을 이유로 세금계산서를 공급시기가 경과한 후에 발급되어 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것)

제9조 [거래시기] ② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것)

제22조 [용역의 공급시기] 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

(3) 중재법

제1조 [목적] 이 법은 중재(仲裁)에 의하여 사법(私法)상의 분쟁을 적정ㆍ공평ㆍ신속하게 해결함을 목적으로 한다.

제3조 [정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 아래와 같다.

1. "중재"란 당사자 간의 합의로 사법상의 분쟁을 법원의 재판에 의하지 아니하고 중재인(仲裁人)의 판정에 의하여 해결하는 절차를 말한다.

제35조 [중재판정의 효력] 중재판정은 양쪽 당사자 간에 법원의 확정판결과 동일한 효력을 가진다.

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO의 조사공무원이 2013년 6월 작성한 조사종결복명서를 보면, OOO는 OOO 2단계 확장시설을 2008.6.20. 운영 개시하였고, 준공전 사용허가를 얻어 사용하였으며, 준공(완료)검사조서에 2008.6.30. 준공하였음이 확인되므로, 2008.7.1. 이후를 공급시기로 하여 교부받은 쟁점세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 매입세액을 불공제하고, 청구법인 등 거래처에 과세자료를 파생하였으며, 처분청은 이에 따라 쟁점세금계산서의 공급가액을 청구법인의 2008년 제1기 매출과세표준 에 포함하여 이 건 부가가치세를 과세한 것으로 나타난다.

(2) 2003.6.22. 체결한 쟁점공사의 주요 계약내용은 다음＜표1＞과 같다.

OOO

(3) 쟁점공사의 진행사항은 다음＜표2＞와 같다.

OOO

(4) OOO의 중재판정OOO의 주요 내용은 다음＜표3＞과 같다.

OOO

(5) 쟁점세금계산서의 발급내역은 다음＜표4＞와 같으며, 청구법인은 쟁점공사의 기성에 따라 18회까지 정상적으로 세금계산서를 발급하다가 감사원의 지적 및 OOO의 중재판정으로 공급가액과 공급시기가 최종 확정됨에 따라 19회 기성부분에 대한 세금계산서를 발급한 것으로 공급시기가 정당하다고 주장하는 반면에, 처분청은 쟁점공사는 2008년 제1기 이전에 완료되었으나, 기성청구 지연(17회 및 18회 기성청구) 및 OOO측과 청구법인 간에 감사원 감사결과에 따른 분쟁(19회 기성청구) 등을 이유로 청구법인이 세금계산서를 공급시기가 경과한 후에 발급하였다는 의견이다.

OOO

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, ‘통상적인 공급’의 경우 공급시기가 ‘역무의 제공이 완료되는 때’이나, ‘완성도기준지급 또는 중간지급조건부 건설용역’의 공급시기는 공급계약서상 특정내용에 따라 당해 건설용역에 대하여 검사를 거쳐 대가의 각 부분의 지급이 확정되는 경우에는 검사 후 대가의 지급이 확정되는 때라 할 것인바, 쟁점공사의 업무계약서 등에서 공사대가는 발주자의 기성확인을 거친 후에 지급하는 것으로 되어 있고 청구법인이 19회에 걸쳐 공사기성고에 따라 공사대가의 각 부분을 받은 것으로 나타나므로 쟁점공사는 ‘완성도기준지급 조건부 용역’에 해당한다고 보이며, 지급일이 명시되지 않은 경우 공사 기성고가 결정되어 대금을 지급받을 수 있게 된 날이 공급시기이므로, 쟁점세금계산서와 관련하여 계약조건에 따라 발주자가 기성을 확인하고 공사대금 지급여부가 확정된 날OOO인 2008.7.7., 2008.7.22., 2008.10.29. 및 2010.5.24.을 공급시기로 봄이 타당하다 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점공사의 공급시기를 ‘역무의 제공이 완료된 때’로 보아 개항행사 개최일(2008.6.20.) 또는 준공일(2008.6.30.)이 속한 2008년 제1기로 하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.