가. 처분청은 학교법인인 청구인이 2001.12.21 취득한 OOOO OOO OOO OOO O OO번지 임야 5,852㎡(이하 “이 건 임야”라 한다)를 교육용 부동산으로 보아 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호, 같은법시행령 제79조제1항제2호 및 제94조제1항의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 각각 비과세 하였으나, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 교육용에 직접 사용하지 아니하고 방치하고 있으므로 이 건 임야의 취득가액 90,000,000원에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 2,670,840원, 농어촌특별세 198,000원, 등록세 4,006,260원, 지방교육세 594,000원 합계 7,469,100원(가산세 포함)을 2008.2.11 부과고지 하였다.

나. 청구인은 이에 불복하여 2008.2.22 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 이 건 임야를 취득하기 전인 2001.10월처분청에 국토이용계획변경신청시 임야에서 학교지역내 녹지용도로 신청하였고, 처분청이 녹지공간으로 허가하면서 “양호한 자연경관이 형성되어 있어 국토이용계획 변경결정통보에 따른 이행조건에 따라 원형보존 하는 것이 바람직함”을 이행조건으로 제시(도시 58214-216, 2002.2.21)함에 따라 전체면적 중 100㎡는 전망대를 설치하고 나머지 면적은 녹지공간으로 원형보존하고 있고,학교용지는 교육시설용지, 연구시설용지, 공공시설용지 등 건물을 짓는 공간과 별도로 자연친화적인 쾌적한 학교부지 조성과 다양한 휴식공간도 필요하고, 국토의계획및이용에관한법률 제77조에서 용도지역내 자연환경보존지역을 20% 이내로 조성토록 법률로 명시하고있으므로 학교법인의 고유목적사업에 직접 사용하지 않는 것으로 보아 당초비과세한 취득세 등을 추징한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

이 건 임야는 청구인이 2001.12.21 잔금을 지급하고 소유권이전청구권가등기를 신청하였으며, 처분청에서 청구인에게 국토이용계획변경결정(도시 58214-216, 2002.2.21)후 원형보전하도록 통보함에 따라 그 용도에 직접 사용할 수 없는 장애사유가 있음을 알고도 2002.6.4 취득세와 등록세 등의 비과세를 신청하여 소유권을 취득한 것으로 학교사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 이 건 임야에 대한 취득세 등의 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

비영리사업자인 학교법인이 이 건 임야 취득일부터 3년 이내 학교사업에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 당초 비과세한 취득세 등을 추징할 수 있는지 여부

나. 관련법령

⑴ 지방세법제107조【용도구분에 의한 비과세】

다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1.제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

⑵ 지방세법 제127조【용도구분에 의한 비과세】 ① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1.제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

⑶ 지방세법시행령 제79조 【비영리사업자의 범위】① 법 제107조제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

2.「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교를 경영하는 자 및「평생교육법」에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체

다. 사실관계 및 판단

⑴ 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호, 같은법시행령 제79조제1항제2호 및 제94조제1항에서비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하나, 다만 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 취득·등기하는 부동산의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우 그 부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하는 것으로 규정하고 있고, 사립학교법 제28조제2항 및 사립학교법시행령 제12조제1항에서는 학교법인이 매도하거나 담보에 제공할 수 없는 재산을 규정하면서 사립학교의 교육에 직접 사용되는 재산을 교지·교사(강당을 포함한다)·체육장(실내체육장을 포함한다)·실습 또는 연구시설·기타 교육에 직접 사용되는 시설·설비 및 교재·교구로 열거하고 있으므로 지방세법 제107조, 제127조제1항, 지방세법시행령 제79조제1항제2호 및 지방세법시행령 제94조제1항의 규정을 사립학교법 제28조, 같은법시행령 제12조 등 관계규정의 취지에 비추어 보면,사립학교의 경우에 있어서 그 용도에 직접 사용한다는 의미는 사립학교법 제28조 및 같은 법시행령 제5조 및 같은 법시행령 제12조 등의 규정에 비추어 취득(등기)한 부동산을 관할교육청에 학교법인의 교육용 기본재산에 편입되어야 함은 물론, 실제 사용용도도 학교법인이 설치 경영하는 사립학교의 교지·교사·체육장·실습 또는 연구시설, 그리고 기타 교육에 직접 사용되는 시설ㆍ설비 및 교재ㆍ교구 등과 같이 당해 부동산의 사용용도가 학교법인의 교육사업자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 할 것(대법원 판결 94누224, 1994.10.28.)이다.

⑵ 청구인이 취득한 이 건 임야는 자연환경보존지역인 녹지지역이고 현황은 자연상태의 임야로서 2002.6.4 학교법인의 교육용기본재산으로 편입한 것은 제출된자료에서 확인되고 있으나,실제 학교의 교지·교사·체육장·실습 또는 연구시설 등에 직접 사용되고 있지 않는 한 청구인의 학교사업에 직접 사용하고 있는 것으로는 볼 수 없다 할 것이므로2001.10월 청구인이 국토이용계획변경신청시교지·교사·체육장·실습 또는 연구시설 등 교육사업에 직접 사용하는 용도가 아닌 학교주위의 시설녹지용도로 신청하여 취득할 당시부터 녹지이외의 용도로 사용할 의사가 없었다고 반증되고 있다.

⑶또한, 청구인이 이 건 임야에 대하여 처분청에 국토이용계획변경신청에 대하여 처분청에서는“이 건 임야는양호한 자연경관이 형성되어 있고, 높은 표고 및 경사도로 이루어진 점 등을 고려하여 전망대(산책로)설치사업의 경우 사업대상에서 제외하고, 동 부지에 대하여 원형그대로 보존하는 것이 바람직 하다”는 국토이용계획변경결정통보(천안시 58214-216, 2002.2.21)에 따라 이 건 임야전체면적5,852㎡중 100㎡에 대하여만 전망대를 설치하고 나머지 5,752㎡는자연상태의 임야인녹지공간으로 원형그대로 보존하고 있는 것을 볼 때, 이 건 임야를 취득한 후 학교법인의 고유업무에 직접 사용하기위한 정상적인 노력을 다하였다고 볼 수 없고, 청구인이 이 건 임야를 취득한 후처분청 등 관련 행정기관에서 학교법인의 고유업무에 직접 사용할 수 없도록 하는 어떠한 제한을 하였거나 유예기간내에 이 건 임야를 학교법인의 고유업무에 직접 사용하기 위한 지목변경허가 신청 등을 한 사실이 없음은 물론, 행정기관의 귀책사유 또한 있었다고 볼 수 있는 자료가 없으므로 이 건 임야를 취득한 날부터 3년 이내에 청구인 학교법인의 고유업무에직접 사용하지 않은 것으로 보아 취득당시 비과세한 취득세 등을 추징한 것은 적법하다 할 것이다.

따라서, 청구인이 이 건 임야 취득시 비과세하였던 취득세등을 추징하여 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2008년 6월 20일