가. 피고는 2011. 3. 16. 부여군으로부터 충남 부여군 A에 위치한 B영농조합법인을 사업대상자로 선정하여 실시하는 C보급사업(이하 ‘이 사건 사업’이라고 한다) 공사 시행에 관한 업무를 위탁받기로 하는 일괄 위수탁계약을 체결하였다.

위 계약상 이 사건 사업의 총 사업비는 3,874,700,000원이었다.

나. 그 후 피고는 전자입찰 절차를 거쳐 2011. 9. 30. 원고와 사이에 B영농조합법인에 온실 C시설을 설치하는 것을 주된 내용으로 하는 ‘부여권역 시설원예 C보급사업 기계공사‘(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)에 관하여 계약금액 1,858,849,000원, 공사기간 2011. 10. 7.부터 같은 해 12. 20.까지로 정한 도급계약(이하 '이 사건 계약‘이라 한다)을 체결하였다.

다. 당초 이 사건 공사의 설계도면, 계약내역서 상에는 별지 ‘유보물량 정산내역’ 표에 기재된 장비들이 모두 포함되어 있었다.

그런데 피고는 공사예정가격 산출 과정에서 이 사건 사업비가 부족할 것으로 예상되자, 일부 장비들을 일단 계약 물량에서 제외하고, 입찰 과정에서 발생하는 입찰 차액(공사예정가격에 정부조달 입찰 시 적용되는 낙찰하한율을 곱하여 산출된 최소 낙찰가액 근방에서 실제 낙찰금액이 결정될 경우, 공사예정가격에서 실제 낙찰금액을 공제한 차액)으로 유보된 물량을 사들여 추가로 설치하기로 계획한 후 위 표의 ‘미계약 유보물량’란에 기재된 장비들(이하 ‘유보물량’이라 한다)을 계약내역서상 수량에서 삭제(단, 계약내역서 비고란에 유보물량이 기재되어 있었고, 설계도면에는 유보물량까지 그대로 표시되어 있었다)한 채로 입찰 공고를 하였고, 원고와 피고는 위와 같이 수정된 계약내역서상 물량(위 표 중 ‘이 사건 계약물량’)을 기준으로...