가. 처분청은 청구법인이 2013년 종합부동산세 과세기준일(2013.6.1.) 현재 보유하고 있는 과세물건(종합합산과세대상토지 4건, 별도합산과세대상토지 463건, 이하 “쟁점과세물건”이라 한다)에 대한 종합부동산세 산정시 공제할 재산세액을 「종합부동산세법」 및 「지방세법」상 공정시장가액비율을 모두 적용하여 2013.11.26. 청구법인에게 2013년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 결정·고지하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2014.2.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 종합부동산세에서 공제되는 재산세액 산정시 종합부동산세 공정시장가액비율 및 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 이를 계산하였는 바, 공정시장가액비율을 2회 적용하는 것은 「종합부동산세법」 및 같은 법 시행령의 문언에 반할 뿐만 아니라 명백한 이중과세에 해당하는 것으로서 위법‧부당한 처분이다.

나. 처분청 의견

「종합부동산세법」과 「지방세법」이 종합부동산세 과세표준과 재산세과세표준을 구하여 표준세율을 적용하는 과정에서 각각 당해 공정시장가액비율을 적용하는 것으로 규정하고 있는 이상, 종합부동산세에서 공제되는 재산세액 산정시 종합부동산세 공정시장가액비율과재산세 공정시장가액비율을 모두 적용한 것은 정당하고, 따라서 이 건 과세처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

종합부동산세액 산출시 공제할 재산세액을 「종합부동산세법」 및 「지방세법」상 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 것이 정당한지 여부

나. 관련 법령 : <별지>에 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2013년 종합부동산세 과세기준일(2013.6.1.) 현재 종합합산과세대상토지인 충청북도 OOO 대 107,529㎡ 외 3필지와 별도합산과세대상토지인 서울특별시 OOO 대 16,528.6㎡ 외 462필지를 소유하고 있다.

(2) 처분청은 위 쟁점과세물건에 대한 2013년 귀속 종합부동산세를 계산하면서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 「종합부동산세법 시행령」 제5조의3 제1항 및 제2항이 규정한 “종합‧별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합‧별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”을 “과세기준금액 초과금액 × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율”의 방법으로 계산하였다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공장시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있으므로, 「종합부동산세법 시행령」 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액이라고 봄이 타당하다고 하겠다(조심 2013중2924, 2013.9.16., 외 다수, 같은 뜻임).

따라서, 종합부동산세액 계산 시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1)종합부동산세법(2008.12.26. 법률 제9273호로 일부개정되기 전의 것)

제11조 (과세방법)토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 지방세법 제182조 제1항 제1호의 규정에 의한 종합합산과세대상(이하 "종합합산과세대상"이라 한다)과 동법 제182조 제1항 제2호의 규정에 의한 별도합산과세대상(이하 "별도합산과세대상"이라 한다)으로 구분하여 과세한다.

제12조 (납세의무자)① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 당해 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 당해 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 3억원(개인의 경우 세대별로 합산한 금액을 말하며, 이하 "토지분 종합합산 과세기준금액"이라 한다)을 초과하는 자. 다만, 개인의 경우에는 세대원 중 대통령령이 정하는 주된 토지소유자로 한다.

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 당해 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 40억원(이하 "토지분 별도합산 과세기준금액"이라 한다)을 초과하는 자

② 제7조 제2항 및 제3항의 규정은 종합합산과세대상 토지에 대한 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다.

제13조 (과세표준)① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 당해 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액에서 3억원을 공제한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 당해 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액에서 40억원을 공제한 금액으로 한다.

③ 제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

제14조 (세율 및 세액)① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "토지분 종합합산세액"이라 한다)으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 세액을 계산함에 있어서 2006년부터 2008년까지의 기간에 납세의무가 성립하는 종합합산과세대상 토지분 종합부동산세에 대하여는 제1항의 규정에 의한 세율별 과세표준에 다음 각 호의 연도별 적용비율과 제1항의 규정에 의한 세율을 곱하여 계산한 금액을 각각 당해연도의 세액으로 한다.

1. 2006년 : 100분의 70

2. 2007년 : 100분의 80

3. 2008년 : 100분의 90

③ 토지분 종합합산 과세기준금액을 초과하는 금액에 대하여 당해 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제188조제3항의 규정에 의하여 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2의 규정에 의하여 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

④ 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "토지분 별도합산세액"이라 한다)으로 한다.

⑤ 제4항의 규정에 의한 세액을 계산함에 있어서 2006년부터 2014년까지의 기간에 납세의무가 성립하는 별도합산과세대상 토지분 종합부동산세에 대하여는 같은 항의 규정에 의한 세율별 과세표준에 다음 각 호의 연도별 적용비율과 같은 항의 규정에 의한 세율을 곱하여 계산한 금액을 각각 당해연도의 세액으로 한다.

1. 2006년 : 100분의 55

2. 2007년 : 100분의 60

3. 2008년 : 100분의 65

4. 2009년 : 100분의 70

5. 2010년 : 100분의 75

6. 2011년 : 100분의 80

7. 2012년 : 100분의 85

8. 2013년 : 100분의 90

9. 2014년 : 100분의 95

⑥ 토지분 별도합산 과세기준금액을 초과하는 금액에 대하여 당해 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제188조제3항의 규정에 의하여 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2의 규정에 의하여 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 종합부동산세법 시행령(2008.7.24. 대통령령 제20932호로 일부개정되기 전의 것)

제5조의3 (토지분 종합부동산세의 재산세 공제)① 법 제14조 제7항의 규정에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 법 제14조 제7항의 규정에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

(3) 지방세법(2008.9.26. 법률 제9133호로 일부개정되기 전의 것)

제111조 (과세표준)① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.

1. 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의하여 가격이 공시되는 토지 및 주택에 대하여는 동법에 의하여 공시된 가액. 다만, 개별공시지가 또는 개별주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 시장·군수가 동법의 규정에 의하여 국토해양부장관이 제공한 토지가격비준표 또는 주택가격비준표를 사용하여 산정한 가액으로 하고, 공동주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 대통령령이 정하는 기준에 따라 시장·군수가 산정한 가액으로 한다.

제187조 (과세표준)① 토지·건축물·주택에 대한 재산세의 과세표준은 제111조 제2항의 규정에 의한 시가표준액으로 한다.

제188조 (세율)① 재산세의 표준세율은 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지

가. 종합합산과세대상

나. 별도합산과세대상

다. 분리과세대상

(1) 전·답·과수원·목장용지 및 임야 : 과세표준액의 1,000분의 0.7

(2) 골프장 및 고급오락장용 토지 : 과세표준액의 1,000분의 40

(3) (1) 및 (2)외의 토지 : 과세표준액의 1,000분의 2

(4) 종합부동산세법(2009.5.27. 법률 제9710호로 일부개정된 것)

제11조 (과세방법)토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 지방세법 제182조 제1항 제1호의 규정에 의한 종합합산과세대상(이하 "종합합산과세대상"이라 한다)과 동법 제182조 제1항 제2호의 규정에 의한 별도합산과세대상(이하 "별도합산과세대상"이라 한다)으로 구분하여 과세한다.

제12조 (납세의무자)① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자

② 삭제 <2008.12.26.>

[2008.12.26. 법률 제9273호에 의하여 2008.11.13. 헌법재판소에서 위헌 결정된 이 조를 개정함.]

제13조 (과세표준)① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

③ 제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

제14조 (세율 및 세액)① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "토지분 종합합산세액"이라 한다)으로 한다.

② 삭제 <2008.12.26.>

③종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제188조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

④ 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "토지분 별도합산세액"이라 한다)으로 한다.

⑤ 삭제 <2008.12.26.>

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제188조제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(5) 종합부동산세법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25208호로 일부개정되기 전의 것)

제5조의3 (토지분 종합부동산세의 재산세 공제)① 법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

(6) 지방세법(2013.12.26. 법률 제12118호로 일부개정되기 전의 것)

제110조(과세표준)① 토지·건축물·주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택: 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지

제111조(세율)① 재산세는 제110조의 과세표준에 다음 각 호의 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

1. 토지

가. 종합합산과세대상

나. 별도합산과세대상

다. 분리과세대상

1) 전·답·과수원·목장용지 및 임야: 과세표준의 1천분의 0.7

2) 골프장 및 고급오락장용 토지: 과세표준의 1천분의 40

3) 그 밖의 토지: 과세표준의 1천분의 2

(7) 지방세법 시행령(2014.1.1. 대통령령 제25058호로 일부개정되기 전의 것)

제109조(공정시장가액비율)법 제110조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 70

2. 주택: 시가표준액의 100분의 60