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서울행정법원 2018.03.28 2017구단71720

양도소득세경정거부처분취소

주문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004. 1. 12. 충남 태안군 B 임야 968㎡ 외 5필지(이하 통틀어 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하였다.

나. 그 후 2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정된 소득세법제104조의3에서 정의한 비사업용 토지(이하 ’비사업용 토지‘라고만 한다)를 양도소득세 장기보유 특별공제(이하 ‘장기보유 특별공제’라고만 한다) 대상에서 제외하였다

(제95조 제2항, 제104조 제1항 제2의7호). 위와 같은 비사업용 토지에 대한 장기보유 특별공제 배제 제도(이하 ‘장기보유 특별공제 배제 제도’라고만 한다)는 위 소득세법 부칙 제1조 단서에 따라 2007. 1. 1.부터 시행된 이래 계속 유지되어 왔다.

다. 그런데 2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되어 2016. 1. 1.부터 시행된 소득세법(이하 시행연도에 따라 ‘2016년 소득세법’이라 한다)은, 종전과 달리 비사업용 토지도 3년의 보유기간 요건을 충족하면 장기보유 특별공제를 받을 수 있도록 하면서, 그 보유기간의 기산일을 원칙적으로 ‘취득일‘로 하되(제95조 제4항 본문), 제95조 제4항 단서에서 “제104조의3에 따른 비사업용 토지로서 2016년 1월 1일 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산인 경우에는 2016년 1월 1일부터 기산한다.”(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)고 규정하여 2016. 1. 1. 이전에 취득한 비사업용 토지는 ’2016. 1. 1.‘부터 보유기간을 기산하도록 하였다. 라.

원고는 2016년 소득세법 시행 이후인 2016. 5. 4. 이 사건 토지를 주식회사 C에 양도하고, 2016. 7. 31. 강남세무서장에게 양도소득세 예정신고자진납부를 하면서, 이 사건 토지가 2016. 1. 1. 이전에 취득한 비사업용 토지에 해당하여 이 사건 법률조항에 따라 보유기간을 2016. 1. 1.부터 기산하면 3년의 보유기간 요건이 충족되지...