원고는 중소기업협동조합법에 의하여 설립된 협동조합으로서 1991. 8. 5. 설립등기를 마치고, ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 578 대지를 매수하여 그 지상에 상가를 신축하여 조합원들에게 분양하기 위하여 위 대지를 매수한 후 1994. 11. 10. 소외 ㅇㅇ건설주식회사 및 ㅇㅇ건설주식회사(이하 소외회사들이라 한다.)와 상가건축 도급계약을 체결한 다음, 같은해 12. 26. 소외회사들에게 공사 선급금으로 공급가액 금 6,566,154,545원에 부가가치세액 금 656,615,455원을 포함하여 금 7,222,770,000원을 지급한 사실, 소외회사들은 위 공급가액 금 6,566,154,545원에 대한 세금계산서를 위 일자로 원고에게 발행하여 주었고 원고는 1994년도 2기분 부가가치세 확정신고를 하면서 위 세금계산서를 증빙자료로 제출하고 이에 해당하는 매입세액을 공제하여 그 초과분을 환급하여 줄 것을 신고하였던바, 피고는 1995. 12. 1. 위 세금계산서는 원고가 사업자등록을 하기 전에 수취한 것이라는 이유로 매입세액으로서 공제를 거부하고 매출세액 금2,069,500원에 납부불성실 가산세 금206,950원을 가산하여 금 2,276,450원의 부가가치세를 원고에 대하여 부과한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

2. 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

원고는, 첫째, 원고조합을 구성하게 된 이유가 상가 건물을 신축하여 조합원들에게 분양하기 위함이었고, 실제로 조합을 설립하자마자 위 토지를 취득하여 그 지상에 위 건물 신축을 계획한 것인데, 원고가 부가가치세 납부 등을 위하여 1991. 8. 29.에 피고에게 사업자등록신청을 하였더니 피고는 원고가 비영리법인으로서 사업자등록 대상이 안된다고 하면서 사업자등록증을 교부하여 주지 아니하고 대신에 부가가치세법시행령 제8조 제2항 소정의 고유번호를 부여하여 주므로, 원고는 이것이 사업자등록증과 동일한 효력이 있는 것으로 알고 위 상가 건물 신축사업을 계속하면서 위 선급금을 지급한 것인바, 피고가 위 세금계산서 상의 매입세액의 공제를 거부한 것은 국세기본법 제5조, 제18조에규정한 신의칙, 합목적적 세법해석의 원칙 등에 위반되어 위법하다 할 것이고,둘째, 원고가 소외회사들에게 지급한 금원은 용역이 제공되기 전에 지급한 선급금이므로, 소외회사들로서는 선급금을 지급받은 1994. 12. 26.에 세금계산서를 발행할 것이 아니라 제1차 기성금의 지급시기인 1995. 11. 17.에 위 선급금을 합산하여 세금계산서를 발행하여야 하는데, 착오로 1994. 12. 26.자의 세금계산서를 발행한 것이고, 1995. 11. 17.은 원고가 사업자등록을 한 후이므로 피고의 위 매입세액 불공제처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계법령

"부가가치세법 제5조 제1항은 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일로부터 20일 내에 정부에 등록하여야 한다. 다만 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다. 고 규정하고, 제2항은 정부는 제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 등록번호가 부여된 등록증(이하사업자등록증'이라 한다.)을 교부하여야 한다. 고 하고, 제17조 제1항은 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하납부세액'이라 한다.)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하매출세액'이라 한다.)에서 다음 각호의 세액(이하매입세액'이라 한다.)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하환급세액'이라 한다.)으로 한다. 고 하고 그 제1호는 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 이라고 하고, 제2항은 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하자 아니한다. 고 하고 그 제5호는 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액 이라고 규정하고 있으며, 한편 제20조 제3항은 세금계산서를 교부한 세관장과 세금계산서를 교부받은 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 기타 대통령령이 정하는 자는 부가가치세의 납세의무가 없는 경우에도 그 교부하였거나 교부받은 세금계산서를 제1항과 제2항을 준용하여 정부에 제출하여야 한다. 고 규정하고, 부가가치세법시행령 제67조는 법 제20조 제3항에 규정하는 대통령령이 정하는 자는 다음 각호에 게기하는 자로 한다. 고 하고, 그 제2호는 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인 을 규정하고 있고, 제8조 제2항은 관할 세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 법 제20조 제3항에 규정하는 자에게도 등록번호에 준하는 고유번호를 부여할 수 있다. 고 하고 있다.",다. 인정사실

갑 제4 내지 8호증, 을 제5, 6호증의 각 기재 및 증인 손ㅇㅇ의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 그 조합원들이 사상지역에 철물판매단지를 조성할 목적으로 상가건물을 신축하여 조합원들에게분양하는 사업을 영위하기 위하여 1991. 8. 5. 설립한 법인인데, 이를 위하여 피고에게 같은달 29. 사업자등록신청을 하였던바, 피고의 담당공무원은 원고가 비영리법인으로서 사업자등록을 할 수 없으니 등록번호를 부여하여 줄 수 없다고 하면서 신청서를 반려하고, 대신 부가가치세법 제8조 제2항 소정의 고유번호를 부여하여 준 사실, 원고는 위 고유번호가 사업자등록증과 같은 효력이 있는 것으로 이해하고 상가 건물 신축사업을 추진하면서 위와 같이 선급금을 지급하고 세금계산서를 받아 부가가치세 환급신청을 하는 등 하였는데 1995. 7.경에야 조합원들 중에서 부가가치세 환급신청을 위하여는 사업자등록증이 있어야 된다는 의견이 대두되어 부산지방국세청에 질의를 하여 보는 등 확인절차를 거쳐 그것이 필요하다는 사실을 확인한 후 1995. 10. 4. 업태를 부동산, 종목을 임대, 매매로 하여 사업자등록을 하고 등록번호를 부여받은 사실을 인정할 수 있고 반증이 없다.

라. 판단

위 인정사실에 의하면 원고는 당초부터 부가가치세 납세의무가 있는 사업인 부동산 판매, 임대업을 영위하기 위하여 설립되었고, 이를 위하여 사업자등록신청까지 하였는데 피고의 잘못된 판단으로 인하여 과실 없이 사업자등록을 하지 못한 것이므로, 부가가치세법 제17조 제2항 제5호의 적용여부를 판단함에 있어서는 원고가 1991. 8. 29. 사업자등록신청을 하였을 때 사업자등록이 이루어진 것과 같이 보아야 할 것이다.(그렇게 보지 않으면 사업자등록신청이 있는데도 피고가 이유 없이 사업자등록을 거부하고 있으면서 그 동안에 이루어진 거래에 대하여 사업자등록전의 거래라 하여 매입세액의 공제를 거부할 수 있다는 결과가 되어 부당하다.)

피고는, 원고가 사업자등록신청을 하면서 업태와 종목을 기재하지 않아 부가가치세 납부의무를 지는 사업을 하고자 하는지를 몰랐다고 주장하나, 그렇다고 하더라도 원고에게 업태와 종목을 보충하라고 지시하거나 최소한 이를 물어 보아야 할 것임에도 이에 이르지 않고 원고가 비영리사업만을 영위할 것이라고 스스로 판단하여 사업자등록을 거부한 것은 정당하다고 할 수 없다 할 것이다.

따라서 피고가, 원고가 제출한 위 세금계산서가 사업자등록전의 매입세액이라 하여 이를 불공제한 것은 더 나아가 판단할 필요 없이 위법하다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면 피고가1994년 2기분 부가가치세 부과처분을 함에 있어 매입세액 금 656,615,455원을 불공제한 처분을 취소한다.이 사건 각 과세처분은 위법하므로그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여주문과 같이 판결한다.

1996. 10. 17.

심급 사건

참조조문