2. 항소비용은 피고가 부담한다.

피고가 2011. 2. 10. 원고에게 한, 등록세 952,536,240원, 지방교육세 177,130,260원, 농어촌특별세 189,303,300원의 부과처분 중 등록세 39,600,990원, 지방교육세 7,364,340원, 농어촌특별세 7,870,170원을 초과하는 부분, 취득세 64,107,870원 및 농어촌특별세 19,232,250원의 부과처분, 취득세 86,725,770원 및 농어촌특별세 8,672,520원의 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고가 한 청구를 모두 기각한다.

이 법원의 판결 이유는 다음 항에서 피고 주장에 관한 판단을 추가하는 외에는 제1심 판결 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 인용한다.

2. 추가 판단

가. 이 사건 제1처분과 관련한 추가 판단

피고는 이 법원에서도 이 사건 사무실만이 아니라 이 사건 커뮤니티시설 및 요양시설 전체에 관한 부동산등기에 대하여 등록세 중과세율이 적용되어야 하므로 이 사건 제1처분은 적법하다고 주장하나, 이 사건 제1처분 중 이 사건 사무실을 제외하고 본점 용도로 직접 사용되지 않는 부분에 관하여도 등록세 중과세율을 적용한 부분은 위법하다. 그 이유는 다음과 같다.

① 구 지방세법 제138조 제1항 제3호 에서 규정하고 있는 ‘대도시에서 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기’에 관하여, 구 지방세법 시행령(2009. 5. 21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 지방세법 시행령’이라고 한다) 제102조 제2항 은 ‘당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다’고 규정하고 있었다. 이에 대하여는 개정 전 지방세법 시행령 제102조 제2항 은 ‘일체의 부동산등기’라는 용어를 사용하여 구 지방세법 제138조 제1항 제3호 에서 규정한 대도시에서 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기의 범위를 지나치게 확장하여 모법을 위반할 여지가 있다는 비판도 있었다. 그러다가 2009. 5. 21. 개정된 구 지방세법 시행령 제102조 제2항 은 ‘당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기를 말한다’고 하여 ‘직접 사용’이라는 요건을 추가로 규정하게 되었고, 이와 같은 개정 이유는 대도시 내 법인의 사무소로 직접 사용되지 않는 부동산에 대해서까지 등록세가 중과되는 문제를 없애기 위한 것이다. 따라서 구 지방세법 시행령 제102조 제2항 의 개정에도 불구하고, 본점 용도에 직접 사용되지 않는 부동산에 대하여까지 등록세를 중과할 수 없다.

피고는 이에 대하여 2009. 5. 21. 구 지방세법 시행령 제102조 제2항 의 개정 이유는 구 지방세법상에서 등록세 중과대상으로 삼고 있는 ‘대도시 내로의 법인의 본점·지점 등의 설치에 따른 부동산등기’에 해당하려면 부동산 취득과 본점 등 설치의 관련성이 요구된다는 종전 대법원 판례( 대법원 2006. 12. 22. 선고 2005두6546 판결 등 참조)에서 말하던 ‘관련성 요건’을 규정하기 위한 것이라고 주장하나, 이미 종전 대법원 판례에서 인정되었던 것을 단지 명확히 하기 위하여 위와 같이 개정한 것이라고 보기 어려울 뿐 아니라, 본점 등의 용도로 ‘직접 사용하기 위하여 취득하는’이라는 구 지방세법 시행령 제102조 제2항 의 문언을 그 문언 의미와 달리 지나치게 축소해석하는 것에 해당하여 부당하다.

② 대도시 내 법인의 일정한 부동산등기에 대한 등록세를 중과하는 제도는 대도시 내 인구와 경제집중의 억제, 공해시설의 방지 및 지역경제의 활성화를 위하여 도입된 정책세제에 해당한다. 구 지방세법 제138조 제1항 제3호 가 헌법이 보장하는 거주이전·영업의 자유 또는 평등권을 침해하거나 과잉금지의 원칙에 위배된다고 할 수 없지만( 대법원 1999. 2. 24. 선고 97누3132 판결 등 참조), 등록세가 중과되는 정도와 등록세 중과가 정책적 이유에서 마련된 제도라는 측면에서 그 적용 범위를 엄격하게 해석하는 것이 타당하고, 위와 같이 해석하는 것이 앞서 본 구 지방세법 시행령의 개정 취지에도 맞다.

③ 피고 주장과 같이 이 사건 사무실만이 실제 본점 용도에 사용되고 이 사건 커뮤니티시설 및 이 사건 요양시설 중 이 사건 사무실을 제외한 부분은 본점 용도에 사용되지 않는데도 등록세를 중과하게 되는 경우, 원고와 같은 법인으로서는 본점으로 사용되는 사무실을 이 사건 커뮤니티 시설 및 이 사건 요양시설이 있는 건물과 다른 인근의 건물에 두게 할 유인을 가지게 함으로써, 조세가 의사결정을 왜곡하지 않아야 한다는 조세 중립성 원칙에도 위배된다.

④ 피고 주장과 같이 해석하면, 구 지방세법 제112조 에 따른 취득세 중과 범위와 구 지방세법 제138조 에 따른 등록세 중과 범위가 달라져 부당하다.

⑤ 부동산등기법 제67조 에 따르면 소유권의 일부에 관한 이전등기가 가능하고, 집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률 제1조 에 따르면 1동의 건물 중 일부에 대한 구분소유가 가능하며(갑 제13호증 참조), 피고는 취득세에 관하여는 이 사건 사무실에 관한 부동산등기에 관해서만 중과하였다. 따라서 원고의 본점 용도로 직접 사용하기 위하여 취득한 이 사건 사무실에 관한 부동산등기에 관하여 구분하여 등록세를 중과할 수 있다. 그런데도 이 사건 사무실을 제외한 부분에 대한 부동산등기까지 중과할 필요가 없다.

나. 이 사건 제3처분과 관련한 추가 판단

피고는 이 법원에서도 이 사건 사업외부지에 대하여 원고가 취득세를 납부하여야 한다고 주장한다. 그러나 제1심에서 든 이유에다가 원고는 이 사건 사업외부지에 대하여 토지거래허가를 받은 적이 없고 소외인이 받은 토지거래허가를 원고가 받은 것으로 대체할 수도 없어서 결국 원고는 이 사건 사업외부지를 취득한 것으로 볼 수 없다는 점에서도 원고에게는 이 사건 사업외부지에 대하여 취득세를 납부할 의무가 없다.

3. 결론

제1심 판결은 정당하다. 피고가 한 항소를 모두 기각한다.