가. 청구인 OOO는 1997년부터 2002년까지 청구인 OOO에게 명의신탁한 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다) 발행주식 합계 483,200주(1997년 양도주식 224,000주, 1998년 유상증자주식 112,000주, 1999년 유상증자주식 112,200주, 2002년 유상증자주식 102,600주 중 35,000주, 이하 “쟁점주식”이라 한다)에 대하여 양도가액 OOO원(1주당 OOO원)을 지급하고 2007.4.10. 청구인 OOO 명의로 실명전환하였으며, 이 과정에서 청구인 OOO은 2007.8.28. 양도소득세 OOO원 및 증권거래세 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점세액①”이라 한다)을 신고․납부하였다.

나. OOO국세청장은 2011.9.6. 쟁점주식의 실명전환이 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다) 제35조의 저가양도에 따른 이익의 증여에 해당한다고 보아 기한후 신고를 안내하자 청구인 OOO는 2011.9.30. 상증법상 시가와 대가의 차액 OOO원을 증여재산가액으로 하여 2007.4.6. 증여분 증여세 OOO원(이하 “쟁점세액②”라 한다)을 처분청에 기한후 신고ㆍ납부하였다.

다. 이 후 OOO국세청장은 2014.8.22. 청구인 OOO가 2007.4.10. 쟁점주식 실명전환 과정에서 되돌려 받은 쟁점주식 매매대금 OOO원 중에서 OOO원을 청구인 OOO가 명의수탁자로부터 무상차입한 것으로 보아 상증법 제41조의4 금전 무상대출 등에 따른 이익의 증여 규정에 따라 증여세 과세예고통지를 하자, 청구인 OOO는 2011.9.30. 및 2014.9.30. 증여세 합계 OOO원(이하 “쟁점세액③이라 한다)을 처분청에 기한후 신고ㆍ납부하였다.

라. 이후 OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.10.23.부터 2017.11.3.까지 청구인들에 대한 세무조사(이하 “쟁점세무조사”라 한다)를 실시한 결과, 아래 ＜표＞와 같이 청구인 OOO가 1997년부터 OOO, 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다) 및 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)의 발행주식 합계 1,703,963주(액면분할 후 수량 기준이며, 이하 “이 건 전체주식”이라 한다)를 OOO 및 청구인 OOO에게 명의신탁한 사실을 확인하고, 이 중 부과제척기간이 만료된 1997년부터 2002년까지 취득주식 1,041,800주(쟁점주식 포함), 무상증자 주식 472,565주, 주식배당 취득주식 58,269주를 제외한 나머지 주식 131,329주에 대하여 상증법 제45조의2 규정에 따라 명의수탁자인 OOO 및 청구인 OOO이 실제 소유자인 청구인 OOO로부터 증여받은 것으로 보아 2017.11.14. OOO 및 청구인들에게 세무조사 결과를 통지하였고, OOO 및 청구인 OOO은 쟁점세무조사 결과통지 전인 2017.10.31. 명의신탁주식을 청구인 OOO 명의로 실명전환하고 증여세 합계 OOO원을 기한후 신고ㆍ납부하였다.

OOO

마. 청구인들은 쟁점세무조사에 따라 쟁점주식을 포함한 이 건 전체주식의 귀속을 OOO 및 청구인 OOO에서 청구인 OOO로 변경시키는 결정이 이루어졌다고 보아 이를 「국세기본법」 제45조의2 제2항의 규정에 의한 후발적 경정청구 사유에 해당한다 하여 2017.12.20. 처분청에 쟁점주식과 관련하여 청구인들이 기 납부한 쟁점세액①․②․③의 환급을 구하는 경정청구를 제기하자, 처분청은 쟁점주식에 대한 명의신탁 증여의제 과세가 부과제척기간이 만료되어 후발적 경정청구 사유에 해당되지 않는다는 이유로 2018.2.20. 청구인들의 경정청구를 거부하였다.

바. 청구인들은 이에 불복하여 2018.5.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 쟁점세무조사에 의하여 이 건 전체주식이 청구인 OOO로 실명전환되었으므로 청구인의 후발적 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

조사청이 OOO 등 발행주식 1,703,963주(이 건 전체주식)에 대해 그 실소유자가 청구인 OOO이고, 부과제척기간이 만료된 1,041,800주, 과세대상에서 제외되는 무상취득분 530,834주를 제외한 나머지 131,329주에 대해서만 증여세 과세표준 및 세액을 결정하였다는 사실에 대해서는 다툼이 없다.

그러나, 여기에서 증여세 과세표준 및 세액이 결정된 131,329주를 제외한 나머지 명의신탁주식 1,572,634주에 대해 실소유자인 청구인 OOO에게로의 귀속변경 결정이 있었는지 여부가 쟁점이다.

처분청은 이 건 전체주식에 대하여 명의신탁을 확인하였다는 사실은 인정하면서도 부과제척기간 경과의 사유로 증여세를 결정․고지하지 못한 명의신탁주식(쟁점주식)에 대하여는 과세물건의 귀속과 관련된 결정 또는 경정이 존재하지 않는다고 보았다.

그러나, 이와 같이 해석하는 경우 청구인 OOO가 매년 신고․납부하는 배당소득세 관련 소득금액의 원천이 되는 관련 법인들의 주식소유 관계와 처분청의 주식소유 관계에 관한 결정내용이 달라지는 모순이 발생하게 된다.

처분청이 명의신탁사실을 확인하였음에도 불구하고 과세대상에서 제외된 청구인 OOO의 주식지분에 기반한 배당소득은 처분청 의견에 따르면 주식소유없이 지급받는 금원이 되어 증여세 과세대상이 되어야 할 것이다.

그러나, 이에 대하여 처분청은 아무런 조치를 취하지 않고 그대로 인정하고 있는바, 이러한 주식지분에 대하여도 처분청의 귀속 결정이 있다고 보아야 할 것이다.

따라서, 쟁점주식과 관련하여 청구인들이 납부한 쟁점세액①․②․③ 모두 부과제척기간 경과여부에 관계없이 환급하여야 할 것이다.

(2) 쟁점세액①․②․③은 부당이득으로서 쟁점세무조사 결정시 기납부세액으로 공제되었어야 한다.

쟁점세무조사에 의하여 청구인들이 기납부한 쟁점세액①․②․③은 귀속이 잘못된 것으로서 근거없이 납부된 것으로 확인되었다. 즉 청구인 OOO 명의의 주식은 청구인 OOO로부터 명의신탁된 것인바, 청구인 OOO의 저가양도는 원래 소유자인 청구인 OOO 명의로 환원된 것으로서 저가양도 행위 자체가 없었다고 보아야 하는 것이며, 이러한 사실이 쟁점세무조사에 의하여 확인되었다. 또한 OOO과 청구인 OOO 명의의 자금대여도 청구인 OOO가 주식 매매거래의 외관 성립을 위해 명의수탁자에게 형식적으로 지급하였던 주식매매대금을 청구인 OOO 등의 계좌를 거쳐 돌려받은 것에 불과한 것임이 밝혀졌다.

따라서, 청구인들이 납부한 쟁점세액①․②․③은 잘못된 사실에 입각하여 신고․납부된 것으로서 일종의 과오납금 또는 부당이득에 해당한다고 볼 수 있다.

「국세기본법」 제45조의2 제2항에 규정된 후발적 사유에 의한 경정청구 사유로서 소득의 귀속이 당초와 다르게 결정된 경우를 규정하고 있는 것도 이러한 경우 당초의 확정된 세액이 처분청의 부당이득에 해당하기 때문이라고 볼 수 있다.

이는 처분청의 부당이득을 반환함에 있어서는 부과제척기간의 적용을 받지 않도록 한 것이며, 다만 이에 따른 법적 불안정을 조기에 해소하기 위하여 3개월의 단기 청구 기간을 둔 것이다.

쟁점세액①․②․③의 본질이 부당이득에 해당한다면 청구인들에 대하여 기존의 과세내용과 모순되는 사실관계에 입각한 새로운 세액을 부과함에 있어서는 이를 환급하여 고지세액에 충당하는 것이 순리하고 하겠다.

(3) 최소한 쟁점세무조사 당시 부과제척기간이 도과하지 않은 청구인 OOO의 기납부세액인 쟁점세액②․③은 환급되어야 한다.

청구인 OOO는 청구인 OOO으로부터의 주식저가양수에 대한 증여세(쟁점세액②)와 OOO 및 청구인 OOO으로부터의 금전무상대부에 대한 이자상당액에 대한 증여세(쟁점세액③)를 납부한 바 있고, 해당 증여세는 쟁점세무조사 당시 부과제척기간 이내의 세액에 해당한다.

청구인들은 쟁점세무조사 당시 조사청에 대하여 전체 청구세액(쟁점세액①․②․③)을 기납부세액으로 공제하여 납부하고자 하였으나 조사청은 세목이 다르다는 이유로 이에 대하여 반대하고 후발적 경정청구를 통하여 처리하도록 안내한 바 있다.

이러한 사정에 비추어 볼 때 최소한 청구인 OOO의 기납부세액(쟁점세액②․③)은 쟁점세무조사에 따른 증여세 결정시 청구인 OOO의 기납부세액으로 공제하였어야 하며 이를 거부한 것은 위법․부당하다.

처분청이 이에 대한 기납부세액 공제를 거부한 것은 추측컨대, 청구인 OOO가 기납부한 증여세(쟁점세액②․③)가 처분청의 결정에 대해 납세자의 불복이 없는 상태로 불복청구기간이 경과하여 확정된 것으로서 처분청이 이를 취소할 것인지 여부는 처분청의 재량이라고 판단한 것으로 보인다.

그러나, 처분청이 조세를 부과함에 있어서 동일한 납세자의 동일한 세목에 대하여 그 전제가 된 사실관계와 모순되는 과세처분이 이미 존재하고 있다면, 그리고 그것이 부과제척기간 이내의 것이라면 처분청이 기존의 모순되는 과세처분을 취소하여 새로이 고지할 세액에 충당하여야 할 것으로서 이는 과세의 형평을 확보하여야 하는 세무공무원으로서의 당연한 의무(또는 기속재량)라고 할 것이다.

요컨대, 조사청은 쟁점세무조사 당시 세목 등이 다르다는 이유로 기납부세액을 공제하지 않고 경정청구를 하도록 안내하였다가, 이제 와서 후발적 경정청구를 거부하고 있는 바, 쟁점세무조사 당시 부과제척기간이 도과하지 않았던 쟁점세액②․③은 당초에 기납부세액으로 공제되었어야 할 세액이므로 최소한 이에 대한 환급은 이루어져야 한다.

나. 처분청 의견

국세부과제척기간을 규정한 취지는 납세의무자와 국가 간의 국세에 관한 권리․의무관계를 조속히 종결시킴으로서 조세채무에 관한 법적안정성을 보장하기 위하여 과세당국에서 국세를 부과할 수 있는 기간에 제한을 두는데 그 목적이 있는 것으로 「국세기본법」 제26조의2에 따라 국세부과제척기간이 경과한 경우 과세관청은 국세의 부과 및 결정 또는 경정을 할 수 없는 것이다.

후발적 사유에 의한 경정청구는 과세표준의 신고 또는 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정이 있은 후 납세의무자의 의사와는 관계없이 과세표준 및 세액의 기초가 된 사실에 중대한 변경사유가 발생한 경우 납세자를 보호하기 위하여 예외적으로 허용한 특별규정인바, 부과제척기간의 만료로 증여세 등을 결정․고지하지 못한 명의신탁주식(쟁점주식)에 대하여는 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제2호의 “소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정”이 존재하지 아니하므로 그와 관련하여 납부한 증여세 등(쟁점세액①․②․③)은 후발적 경정청구 사유가 존재하지 아니하는 것(국세법령과-439, 2018.2.14.)이다.

따라서, 부과제척기간 만료로 증여세 결정을 하지 않은 쟁점주식에 대하여는 후발적 경정청구 사유가 존재하지 않으므로 처분청이 청구인들의 경정청구를 거부한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

부과제척기간 경과로 인하여 명의신탁 증여의제에 따른 증여세를 과세하지 않은 쟁점주식 관련 납부세액(쟁점세액①․②․③)의 환급을 구하는 경정청구에 대하여 후발적 경정청구 사유가 존재하지 않은 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. (단서 생략)

4. 상속세·증여세는 제1호, 제1호의2, 제2호 및 제3호에도 불구하고 부과할 수 있는 날부터 10년간. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 부과할 수 있는 날부터 15년간으로 한다.

나. 「상속세 및 증여세법」 제67조 및 제68조에 따른 신고서를 제출하지 아니한 경우

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

3. 제45조의2 제1항 및 제2항 또는 「국제조세조정에 관한 법률」 제10조의2 제1항 및 제19조 제4항에 따른 경정청구 또는 같은 법 제10조의3 제1항에 따른 조정권고가 있는 경우: 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월

제45조의2(경정 등의 청구) ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

(2) 국세기본법 시행령

제25조의2(후발적 사유) 법 제45조의2 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 「소득세법」 제118조의10 제1항에 따른 국외전출자 국내주식등을 실제로 양도하는 경우로서 실제 양도가액과 같은 항 본문에 따른 출국일 당시의 양도가액 간 차액이 발생한 경우

5. 제1호부터 제4호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 ‘과세기준자문 신청내용’ 등에 따르면, 조사청은 쟁점세무조사를 통해 1997년부터 청구인 OOO가 배당소득세 등의 조세를 회피할 목적으로 OOO, OOO, OOO의 각 발행주식 합계 183,429주(액면분할 전 수량 기준이며, 쟁점주식도 포함된다)를 청구인 OOO, OOO에게 명의신탁한 사실을 확인한 후, 국세부과제척기간이 경과된 쟁점주식을 제외하고 국세부과제척기간이 만료되지 않은 2008년 이후 취득주식 131,329주에 대하여만 명의신탁 증여에 따른 증여세를 결정․고지한 사실이 나타난다.

(2) 청구인들이 제출한 자료에 의하면 OOO과 청구인 OOO은 이 건 전체주식의 실소유자가 청구인 OOO라고 확인한 사실이 있고, 이와 관련된 증빙자료로 주식명의신탁 확인서(공증, 등부 2006년 제3038호, 등부 2006년 제3843호), 청구인 OOO가 2017년 10월 조사청에서 조사받은 진술서 등을 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 처분청은 국세부과제척기간 경과로 명의신탁 증여의제에 따른 증여세 결정을 하지 않은 쟁점주식에 대하여는 후발적 경정청구 사유가 존재하지 않는다는 의견이나, 「국세기본법」 제45조의2 제2항은 후발적 경정청구 사유가 발생하였을 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제26조의2 제2항 제3호는 제45조의2 제2항에 따른 경정청구가 있는 경우 경정청구일로부터 2개월이 지나기 전까지 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있는바, 위와 같이 같은 법 제45조의2 제2항에서 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 권리구제를 확대하려는데 있는 점 등을 감안할 때 부과제척기간이 경과된 후에도 후발적 사유에 의한 경정청구는 가능하다고 봄이 타당하다 할 것이다(조심 2015중1347, 2015.7.2. 등, 같은 뜻임).

(나) 그렇다면 이 건은 쟁점세무조사에 의해 청구인들이 이 건 전체주식 중 국세부과제척기간이 경과하지 않은 2008년 이후 주식에 대하여 명의신탁 증여의제에 따른 증여세를 납부하면서, 국세부과제척기간이 경과됨에 따라 명의신탁 증여의제에 따른 증여세가 과세되지 못한 쟁점주식과 관련하여 청구인들에게 실명전환과정에서 기납부한 쟁점세액①․②․③의 환급받을 후발적 사유가 있는지 여부가 쟁점이라 할 것이다.

(다) 여기에 대하여 살펴보면, 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제2호 및 제4호는 ‘소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때’ 또는 ‘결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때’를 후발적 경정청구 사유로 규정하고 있는바, ① 청구인들이 제시한 자료, 처분청 ‘과세기준자문 신청내용’ 등에서 쟁점주식이나 명의신탁 증여의제로 과세된 주식 모두 청구인 OOO가 청구인 OOO과 OOO에게 각 명의신탁한 주식으로 나타나고, 이러한 성격의 주식에 대하여 국세부과제척기간 경과 여부에 따라 그 실질소유자를 달리 보는 것은 합리적이지 않아 보이는 점, ② 조사청도 쟁점세무조사 과정에서 이 건 전체주식을 명의신탁주식으로 확인하였으나 국세부과제척기간 경과로 쟁점주식에 대하여 증여세를 부과하지 못한 점, ③ 청구인들이 납부한 명의신탁 증여의제에 따른 증여세는 합계 OOO원이고, 청구인들이 기납부세액으로 공제하고자 했던 쟁점세액①․②․③의 합계액은 OOO원으로 이는 과세범위보다 작은 금액이며, 명의신탁 증여의제에 따른 증여세를 납부하면서 과거에 납부한 관련 세액을 환급받지 못하는 것은 불합리해 보이는 점, ④ 쟁점세액①․②․③은 청구인들이 쟁점주식에 대하여 청구인 OOO로 실명전환하는 과정에서 납부한 것으로서, 만약 OOO국세청장이 그 당시 명의신탁주식으로 보고 과세하였다면 쟁점세액①․②․③을 환급 내지 충당하였을 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점세무조사로 인하여 청구인들에게 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제2호 및 제4호의 후발적 경정청구 사유가 발생되었다 할 것이므로 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.