청구인은 부산직할시 남구 OOO동 OOOOO에서 89.4.1 부가가치세 일반사업자로 관할세무서에 사업자등록을 하고 89.9.1 개업한 후 89.12.20 사업용 건물(지상 4층, 지하 1층 214평)을 신축하여 89년 제2기분 부가가치세 신고시에 건물신축관련 매입세액 25,849,140원을 조기환급받은 사실이 있다.

처분청은 청구인 사업장이 91.1.1 부터 과세특례자로 과세유형이 변경되었고, 청구인이 일반과세자로서 건물신축에 따른 매입세액을 조기환급받은 바 있으므로, 동 매입세액에 대해 재고납부세액을 계산하여 92.11.16, 91년 제1기분 부가가치세 13,427,230원, 92년 제1기분 부가가치세 22,230원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 92.12.23 심사청구를 거쳐 93.3.26 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

청구인은, 일반과세자가 과세특례자로 과세유형 전환되는 경우 과세유형 전환통지는 없어도 되는 것으로 규정되어 있지만 사업자등록증은 반드시 과세기간 개시전일까지 정정·교부하여 당해납세자가 유형전환 사실을 알 수 있어야 하는데 이 건의 경우 사업자등록증이 정정·교부된 시점이 92.12.31 이므로 93.1.1 부터 과세특례자로 적용되어야 하고, 91.1.1 부터 과세특례자로 전환된 것으로 본 과세처분은 취소되어야 하며, 89.9.1～92.12.31 까지 과세유형전환통지를 받지 못한채 4년여 기간동안 일반과세자로서의 납세의무를 성실히 수행하여 왔으므로 국세기본법 제15조에 규정된 신의성실의 원칙에 의거하여 볼 때에도 당초처분은 위법한 처분이며 취소해야 한다는 주장이다.

국세청장은 청구인의 경우 91.1.1부터 과세특례자로 변경되었고, 이를 청구인에게 통지하지는 않았지만 부가가치세법 제25조 및 동법시행령 제74조의 규정에 비추어 볼 때 일반과세자에게 과세특례자로 변경되는 효력에는 영향을 미치지 않는 것이며, 청구인은 임대용 건물을 89.9.1 신축하였는데 91.1.1 현재를 기준으로 할 때 1년 6개월 이내이므로 취득가액(매입세액 25,849,147원)의 50/100을 재고납부세액으로 계산하여 부가가치세를 추징한 당초처분에 달리 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

부가가치세 유형전환시 납세자의 사업자등록증을 과세기간전일까지 정정·교부하지 않은 경우에도 일반과세자가 과세특례자로 전환되는 것인지 여부에 대하여 다툼이 있다.

나. 관련규정

부가가치세법시행령 제74조의 2(과세특례 및 일반과세의 적용시기)의 제1항의 규정에 의하면 “법 제25조의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 제74조 제1항 각호의 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음해의 제2과세기간으로부터 그 다음해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산한다”라고 되어 있고, 동조 제2항에서는 “제1항의 경우에 당해 사업자의 소관세무서장은 법 제25조의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간 개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며 사업자등록증을 정정하여 과세기간개시 전일까지 교부하여야 한다”라고 되어 있으며, 동조 제3항의 규정을 보면 “제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정을 적용하며, 제1항에 규정한 시기에 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정을 적용한다”라고 되어 있다.

다. 과세유형전환시 사업자등록증이 정정되어야만 전환되는 것인지 여부

부가가치세 일반과세자에게 과세특례자로 유형전환되는 요건은 특정과세기간의 공급대가를 기준으로 하여 일정금액에 미달되는 경우에 전환되는 것이고, 만약 납세자가 일반과세자의 규정을 계속하여 적용받고자 하는 경우에는 부가가치세법 제30조의 규정에 의한 과세특례포기신고를 하여야 한다. 그러므로 일반과세자에게 과세특례자로 전환시 유형전환사실통지 여부 및 사업자등록증 정정·교부여부는 과세유형전환의 효력에 영향을 미치는 강제규정이라고 판단되지 아니한다.

이 건의 경우 최초의 공급가액이 발생한 90년 제1기분의 공급가액이 4,600,000원으로서 이를 연간 공급대가로 환산하면 3,600만원에 미달함에도 청구인이 91년 제1기 과세기간 개시 10일전까지 처분청에 과세특례포기신고를 한 사실이 없으므로 청구인은 91년 제1기 과세기간부터 과세특례자로 전환된다고 본다.

따라서 청구인이 당초에 일반과세자로서 공제받은 건물신축에 관련된 매입세액에 대하여는 과세특례전환시 재고납부세액을 납부하여야 할 것으로 판단된다.

라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.