가. 청구인은 2007.4.2.부터 2014.10.31.까지 OOO에서 ‘OOO’이라는 상호로 젓갈류 등의 식자재 도·소매업을 영위한 개인사업자로, 2011년～2013년 중 OOO(이하 “OOO”이라 한다) 및 OOO(이하 “OOO”라 하고, OOO과 합하여 이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 합계 OOO의 매입계산서를 교부받아 2011년～2013년 귀속 종합소득세 신고시 필요경비에 산입하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2014.6.26.～2014.11.1. 기간 동안 쟁점매입처를 포함한 관련업체의 통합조사 등을 실시한 결과, 청구인이 2011〜2013년 중 쟁점매입처로부터 교부받은 계산서 중 OOO(이하 “쟁점매입액”이라 하고, 관련 계산서를 “쟁점계산서”라 한다)은 금융거래내역 등 실지거래와 관련한 객관적인 증빙이 확인되지 아니하여 이를 가공거래로 확정하였다는 과세자료를 통보하였고, OOO세무서장은 이에 따라 쟁점매입액을 필요경비 불산입하여 2017.5.8. 청구인에게 2011～2013년 귀속 종합소득세 합계 OOO(2011년 귀속 OOO, 2012년 귀속 OOO, 2013년 귀속 OOO)을 경정·고지하였으며, 청구인은 이에 불복하지 아니하고 납부하였다.

다. 쟁점매입처를 포함한 관련업체는 조사청의 통합조사결과 등에 따라 고지된 법인세 및 종합소득세 부과처분에 대하여 2016.5.20. 행정소송을 제기하였는바, 소송당사자들이 OOO지방법원(2016구합52136)의 조정권고(이하 “쟁점조정권고”라 한다)에 동의하여 2018.11.28. 소를 취하하였다.

라. 청구인은 2019.3.7. 쟁점조정권고에 “사실과 다른 계산서로 인한 세액의 누락은 없는 것으로 본다”는 내용이 포함되어 있으므로 쟁점매입액을 청구인의 필요경비로 인정하여 기 납부한 세액을 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2019.4.29. 이를 거부하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2019.7.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 조사청은 쟁점매입처에서 발급한 계산서와 금융거래내역을 비교하여 일치하지 아니하는 부분을 가공거래로 보아 쟁점매입처의 800여개 거래처에 대한 과세자료를 통보하고, 쟁점매입처를 허위계산서 발급혐의로 고발하였으나, 쟁점매입처는 OOO지방검찰청에서 불기소처분을 받았고, OOO지방법원은 쟁점매입처에 대한 법인세 부과처분에 대하여 ‘사실과 다른 계산서에 따른 가산세’를 제외하는 것으로 쟁점조정권고를 하였다.

쟁점매입처의 800여개 거래처 중에는 과세자료에 따라 고지된 세금을 이미 납부한 업체와 불복절차가 종료된 업체들이 많았으므로 법원은 과세관청의 책임이나 사회적 혼란 등을 고려하여 조사청의 요구와 판사의 재량으로 거래처들에 대한 과세자료는 취소대상이 아니라고 쌍방조정하고, 쟁점매입처에 고지된 부과처분에 대하여 세액을 조정하는 것으로 쟁점조정권고를 하였으나, ‘사실과 다른 계산서에 따른 가산세’를 부과하지 않는 것으로 함으로써 거래처별로 구제받을 수 있는 길을 열어두었으므로 이를 근거로 경정청구가 가능하다고 보아야 한다.

(2) 청구인이 2017년 4월 과세예고통지를 받았을 때는 사업장 이전과정에서 거래명세서를 폐기한 후라 전산자료 외에는 객관적인 증빙이 없어 다투지 못하였으나, 이후 창고와 직원의 자택 등을 확인하고 당시 납품을 담당했던 쟁점매입처 직원의 소재도 파악하여 쟁점매입처의 매출원장과 수금내역, 거래명세서(일부지만 원본), 매입한 품목의 매출내역(사실확인서 포함) 등을 확보하였다.

쟁점매입처와의 거래과정을 구체적으로 보면, 청구인이 2007년 개업한 OOO은 2014년 ‘OOO’이라는 상호의 법인으로 전환하여 현재까지 쟁점매입처와 거래하고 있는바, 2011년 OOO과 처음 거래할 당시에는 현금결제가 관행이었고, 첫 거래였기 때문에 신용도가 없어 OOO의 요구에 따라 현금결제가 이루어졌으나, 이후 신용도가 높아지면서 2012년 30%, 2013.9.9.부터는 100% 금융거래를 하고 있다.

청구인과 쟁점매입처의 매입․매출 전산자료가 일치하고, 현금 또는 금융결제가 표기되어 있으며, 청구인의 매입처원장에 출금처리한 내역과 쟁점매입처의 수금내역이 거의 일치한다.

예를 들어, 청구인의 매입처원장에 2011.1.4. OOO로부터 오징어젓갈 2kg을 매입하고 OOO을 지급(출금)한 것으로 되어 있는데, 같은 날 같은 금원이 청구인으로부터 수금된 것으로 OOO의 수금자료에서 확인되고, 청구인의 매입처원장에 2013.5.4. OOO로부터 콩자반 등을 매입하고 OOO만을 지급(출금)한 것으로 되어 있는데, 같은 날 같은 금원을 청구인으로부터 수금한 것으로 OOO의 수금내역, 거래명세서(납품담당자 서명)에서 확인된다.

이처럼 청구인과 쟁점매입처와의 거래가 실지거래임이 거래명세서, 매입처원장, 쟁점매입처의 매출전산자료, 수금내역자료, 사실확인서 등을 통해 확인되므로 쟁점계산서를 가공계산서로 보아 필요경비를 부인한 당초 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 법원의 쟁점조정권고를 보면, 세액계산의 근거 중 “사실과 다른 계산서로 인한 세액의 누락은 없는 것으로 보인다. (중략) 사실과 다른 계산서와 관련한 「법인세법」제76조 제9항 제4호 나목 소정의 가산세는 포함하지 않는다”고 되어 있으나, 이는 실지거래 여부에 대하여 재판과정에서 투명하게 다투어져 사실관계가 드러난 것이 아니라 분쟁의 신속한 해결을 위해 과세관청이 쟁점매입처 등과 세액을 합의한 것으로, 조정과정에서 판사, 원고, 피고는 청구인의 고지결정 원인이 된 자료파생을 취소하지 않기로 하고, 이를 조정권고안에 포함하지 아니하였으며, 청구인은 동 소송의 당사자가 아니다.

법원의 조정권고는 민사소송에서의 판결 및 화해와 같은 효력이 없으므로 「국세기본법」제45조의2 제2항 제1호의 ‘판결’에 의한 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니한다.

(2) 청구인과 OOO과의 2011년 거래분은 전액 현금으로 거래가 이루어져 쟁점매입처의 확인서나 거래명세서만으로는 실지거래를 인정하기 어렵고, 청구인과 OOO와의 2012년〜2013년 거래분(2012년 OOO, 2013년 OOO) 중 금융거래내역이 확인되는 부분을 제외하고 일부(2012년 OOO, 2013년 OOO)에 대하여만 가공거래로 보았으므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점조정권고를 후발적 경정청구 사유로 인정하여 기 납부한 종합소득세를 환급하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2017.12.19. 법률 제15220호로 개정된 것)

제45조의2[경정 등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

(2) 국세기본법 시행령(2018.6.26. 대통령령 제28989호로 개정된 것)

제25조의2[후발적 사유] 법 제45조의2 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 「소득세법」 제118조의10 제1항에 따른 국외전출자 국내주식등을 실제로 양도하는 경우로서 실제 양도가액과 같은 항 본문에 따른 출국일 당시의 양도가액 간 차액이 발생한 경우

5. 제1호부터 제4호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우

(3) 소득세법(2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 것)

제27조[사업소득의 필요경비의 계산] ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.

③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 쟁점매입처에 대한 재조사 종결보고서 등 관련 자료에 나타나는 이 건 과세처분 내역은 다음과 같다.

(가) 조사청은 2014.6.26.～2014.11.1. 기간 동안 쟁점매입처를 포함한 관련업체에 대해 통합조사를 실시하여 2009년～2013년 기간 중 개인명의의 차명계좌를 개설하여 매출대금을 회수하고 계산서를 미(과소)발행하는 방식으로 총 OOO의 매출을 누락한 것으로 보아 2015.1.9. 2009사업연도～2013사업연도 법인세 및 종합소득세를 경정․고지하였다.

(나) 쟁점매입처를 포함한 관련업체는 2015.3.19.～2015.4.7. 기간 중 심판청구를 제기하였고, 2015.11.10. 조세심판원으로부터 “쟁점매입처 등은 세무조사시 제출한 매출누락 관련 소명자료가 구체적인 확인을 거치지 아니한 채 세무대리인이 임의제출한 부정확한 것이라는 점을 일관되게 주장하고 있고, 이 건 심판청구시 추가 제시한 비사업용 및 사업용 계좌의 거래관련 증빙에 비추어 비사업용 계좌에서 사업용 계좌로 전액 이체되었다는 청구주장이 타당한 측면이 있어 조사청이 확정한 매출누락금액과 사업용 계좌로 이체된 내역과의 상호 연관성 및 계산서 발행내역과의 대조․분석 등을 통하여 구체적인 매출누락금액을 확인할 필요가 있어 보이므로 처분청은 쟁점매입처 등이 제시한 비사업용 및 사업용 계좌 등의 금융거래내역 및 계산서 발행내역 등을 토대로 매출누락 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다”라는 결정을 받았다(조심 2015중2061～2067, 2015.11.10.).

(다) 이에 따라 조사청은 재조사를 실시하여 사업용계좌 및 비사업용계좌의 입금액과 계산서 발행액을 대사한 후 입금액이 계산서발행액보다 큰 금액은 매출누락으로, 입금액이 계산서 발행액보다 작은 금액은 가공매출로 확정하여 청구인과 거래한 쟁점계산서와 관련된 과세자료를 아래 ＜표1＞과 같이 통보하였다.

＜표1＞ 쟁점계산서 내역

(단위 : 원)

(라) OOO세무서장은 이에 따라 쟁점매입액을 필요경비 불산입하여 2017.5.8. 청구인에게 2011년～2013년 귀속 종합소득세 합계 OOO(2011년 귀속 OOO, 2012년 귀속 OOO, 2013년 귀속 OOO)을 경정·고지하였으며, 청구인은 이에 불복하지 아니하고 납부하였다.

(마) 쟁점매입처를 포함한 관련업체는 조사청의 통합조사 및 재조사(매출누락액 OOO, 가공매출액 OOO, 순 매출누락액 OOO)에 따라 고지된 법인세 및 종합소득세 부과처분(합계 OOO)에 대하여 행정소송을 제기하였는바, 2018.7.6. OOO지방법원(2016구합52136)에서 아래 ＜표2＞의 쟁점조정권고로 당초 처분을 일부 취소하기로 합의함에 따라 2018.11.28. 소가 취하되었다.

＜표2＞ 쟁점조정권고 주요내용

(바) 조사청이 2018.12.4. OOO세무서장 등에 송달한 ‘소송종결 통보 및 후속업무 처리지시’ 공문의 주요내용은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 소송종결 관련 공문

(사) 청구인은 2019.3.8. 쟁점매입처에 대하여 법원이 “사실과 다른 계산서로 인한 세액의 누락은 없는 것으로 본다”는 취지의 쟁점조정권고를 하였으므로, 쟁점매입액을 청구인의 필요경비로 인정하여 기 납부한 세액을 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2019.4.29. 이를 거부하였다.

(2) 청구인은 쟁점매입처와 실지거래하였다고 주장하며, 청구인의 매입처원장, 쟁점매입처의 매출전산자료 및 수금내역자료 등을 제출하였다.

(가) 청구인은 2011년 OOO과 실지거래하였다고 주장하며 OOO의 사실확인서(2017.4.12. 작성, 청구인과의 거래가 정상거래임), 청구인의 매입처원장(일자별로 상품명, 수량, 단가 및 금액 등이 기재되어 있음), OOO의 전산매출자료(2011.1.4.〜2011.3.15. 기간동안 청구인과 거래한 자료로, 청구인의 매입처원장과 대부분 일치함, 다만, 2011.3.15. 이후 자료는 없음) 및 수금내역(2011.1.4.〜2012.12.27.)을 제출하였다.

(나) 청구인은 2012〜2013년 기간동안 OOO와 실지거래하였다고 주장하며 OOO의 사실확인서(2017.4.12. 작성, 청구인과의 거래가 정상거래임), 청구인의 매입처원장(일자별로 상품명, 수량, 단가 및 금액 등이 기재되어 있음), OOO의 전산매출자료(2012.3.30.〜2013.12.23. 기간동안 청구인과 거래한 자료로, 청구인의 매입처원장과 대부분 일치함) 및 수금내역(2012.1.4.〜2013.12.27.)을 제출하였다.

(다) 청구인은 쟁점매입처로부터 젓갈류를 매입하여 식당 등에 판매하였다고 주장하며, 상품별 매출원장, 거래사실확인서(소상인 OOO 등 작성, 4부) 등을 제출하였는바, 예를 들면, 2011년 OOO으로부터 된장시골담근(18kg)을 매입하여 이를 OOO 등에 판매하고, 2012년 OOO로부터 오징어젓(20kg)을 매입하여 식당에 납품하는 소상인들에게 판매한 것으로 기재되어 있다.

(라) 청구인은 쟁점매입처와의 거래명세서를 일부 찾았다고 주장하며 2013년 5월～2013년 6월분 거래명세서(14부)를 제출하였는바, 예를 들면, 거래명세서에 2013.5.4. OOO가 청구인으로부터 OOO을 수령하고 서명한 것으로 되어 있고, OOO 수금내역(엑셀자료)에 같은 날 같은 금원이 ‘외상대 수금’(현금)으로 기재되어 있다.

(마) 청구인은 이 외 쟁점매입처 판매담당직원들의 확인서(신분증 사본 첨부)를 아래 ＜표4＞와 같이 제출하였다.

＜표4＞ 사실확인서

(바) 조사청은 쟁점매입처를 포함한 관련업체들을 허위계산서 등의 교부와 관련하여 「특정범죄가중처벌 등에 관한 법률」 위반 등의 혐의로 고발하였으나, OOO지방검찰청의 불기소이유통지서OOO에 의하면, 쟁점매입처 등은 ‘혐의 없음(증거불충분)’을 이유로 불기소결정을 받은 것으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점조정권고가 「국세기본법」제45조의2 제2항에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 주장하나, 후발적 경정청구 사유인 판결로 인정받기 위해서는 후발적 경정청구권자가 소송의 당사자 등으로서 판결의 효력을 받는 자에 해당하여야 할 것(대법원 2013.5.9. 선고 2012두28001 판결 등 참조)인데, 청구인은 쟁점조정권고의 효력을 받는 자에 해당하지 아니하고, 법원의 조정권고에 따른 쟁점매입처에 대한 가산세 감액경정은 법원이 분쟁의 적정·신속한 해결을 위하여 조정안을 권고하고 소송당사자가 이를 받아들여 과세관청이 기재된 내용대로 처분을 변경하고 그에 따라 소송당사자가 소를 취하함으로써 소송이 종결된 것에 불과하므로 이 건 종합소득세 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 쟁점계산서 관련 거래의 효력이나 내용을 다른 것으로 확정시킨 판결에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.