가. 원고는 미합중국의 유한회사로, 전자제조업 관련 특허를 개발ㆍ확보하여 대여하는 사업을 영위하고 있다.

원고는 2012. 3. 29. B 주식회사(이하 ‘B’라 한다)에게 특허의 사용권을 부여하고 그 대가로 미화 9,000,000달러($)를 지급받기로 하였는데, 사용권을 부여하는 특허 중 대한민국 국내에 등록되었거나 출원 중인 특허는 없었다.

나. B는 위 돈을 지급하면서 대한민국과 미합중국간의 소득에 과한 조세의 이중과세 회피와 탈법방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 ‘한미조세협약’이라 한다) 제14조 및 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제93조 제8호에 따라 이를 국내원천소득으로 보아 한미조세협약상 사용료소득의 제한세율인 15%를 적용한 1,536,030,000원을 원천징수하여 2012년 사업연도 법인세로 피고에 납부하였다

(이하 B가 원고에 지급한 사용료를 이하 ‘이 사건 지급금’, B가 원천징수하여 법인세로 납부한 금액을 ‘이 사건 원천징수금’이라 한다). 다.

원고는 2016. 12. 6. B로부터 지급받은 특허사용료는 국내 미등록 특허에 대한 것이므로 국내원천소득이 아니라는 이유로 이 사건 원천징수금을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 2017. 4. 5. ‘법인세법 제93조 제8호에 따라 특허권이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조ㆍ판매 등에 사용된 경우에는 국내등록 여부에 관계없이 국내에서 사용되는 것으로 보는 것임’이라는 사유로 이를 거부하였다

(이 거부를 이하 '이 사건 거부처분‘이라 한다). 라.

원고는 이 사건 거부처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 조세심판원은 2018. 4. 18. 이를 기각하였고, 원고는 2018. 4. 23. 그 결정을...

참조조문