가. 청구법인은 경상북도 OOO에서 OOO 제조업을 영위하는 법인으로, 2010사업연도부터 2013사업연도까지 법인세 신고시 당좌대출이자율을 적용하여 가지급금 인정이자를 계산하였으나, 2014사업연도부터는 가중평균차입이자율을 적용하였다.

나. 처분청은 청구법인이 2013사업연도 법인세 신고시 당좌대출이자율을 시가로 선택하여 가지급금 인정이자를 계산하였음에도 2014·2015사업연도에 가중평균차입이자율로 임의 변경하여 인정이자를 과소계상 하였다고 보아 이를 재계산하여 그 차액 OOO원을 익금산입하여 2017.9.5. 청구법인에게 2014·2015사업연도 법인세 합계 OOO원(2014사업연도분 OOO원)을 각 경정·고지하는 한편, OOO에게 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.12.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 「법인세법 시행령」 제89조 제3항(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 2010사업연도부터 2013사업연도까지 가지급금에 대한 인정이자 계산시 당좌대출이자율을 선택·적용하였고, 2010.12.30. 동 시행령이 개정됨에 따라 2011사업연도에 선택한 당좌대출이자율을 3년 동안 적용한 후 2014·2015사업연도 인정이자 계산시는 가중평균차입이자율을 시가로 적용하여 이자수익을 계상하였다.

쟁점규정에 대한 개정이유에 따르면, 종전 규정에 따라 가지급금 인정이자 계산시 당좌대출이자율을 한번 선택·적용하면 그 선택한 이자율은 모든 거래에 적용되고, 그 후 사업연도에도 계속하여 적용하게 함으로써 납세자의 불편과 공정한 과세소득을 계산할 수 없다 하여 납세자의 편의를 위하여 3년간 의무적용한 후에는 언제든지 가중평균이자율을 선택할 수 있도록 개정한 것이며, 같은 항 제2호에서 당좌대출이자율을 시가로 선택한 경우 3년간은 의무적으로 적용하도록 한 취지는 기업이 당좌대출이자율보다 높은 악성차입금이자율이 있는 경우 이자소득을 줄이기 위한 방편으로 사용하여 분식결산이나 조세부담을 회피하는 것 등을 방지하기 위한 장치로서, 반드시 3년마다 한 번씩 이자율을 선택하도록 하는데 있는 것이 아니라 기업의 편의를 도모하는 한편 소득금액을 임의로 조정하거나 조세부담을 감소시키는 것을 보완하는 데에 있다.

청구법인은 2010사업연도부터 2013사업연도까지 매년 당좌대출이자율을 선택·적용하여 왔고, 2011사업연도 선택을 기준으로 3년의 의무기간이 지난 2014사업연도부터 가중평균차입이자율을 적용한 것이다. 만약, 처분청 의견대로 2010사업연도만 선택을 인정하고 2011사업연도는 선택을 인정하지 아니한다면 2010사업연도부터 2013사업연도까지 선택한 방법 중 2010사업연도와 2013사업연도만 선택가능하고 2011사업연도와 2012사업연도는 선택할 수 없다는 것으로 이는 법령을 잘못 적용한 것이라 할 수 있다.

또한, 3년 만에 한 번씩만 선택가능하다면 가령 10년 이상 계속하여 당좌대출이자율을 적용하여 오던 법인이 가중평균차입이자율을 선택하려면 그 기산하는 사업연도를 어느 연도로 하느냐에 따라 법 적용이 달라지는 혼란이 발생할 수 있으므로, 각 사업연도 법인세 신고시 쟁점규정 제2호를 적용하는 법인은 매사업연도마다 이자율을 선택·적용할 수 있고 당좌대출이자율을 선택한 경우에는 의무적용기간인 3년이 지난 사업연도에는 언제든지 가중평균차입이자율을 적용할 수 있다고 보아야 할 것이다.

따라서 청구법인이 쟁점규정 제2호에 따라 2010사업연도부터 2013사업연도까지 법인세 신고시 적용한 당좌대출이자율은 유효한 선택이고, 2011사업연도에 당좌대출이자율을 선택한 후 의무기간이 지난 2014사업연도부터 가중평균차입이자율을 적용한 것은 적법하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점규정 제2호에 따라 당좌대출이자율을 적용한 후 의무적용기간 3년이 경과한 이후에는 매년 이자율을 선택하여 적용할 수 있고, 당좌대출이자율을 선택한 경우에도 의무적용기간 3년이 경과하면 언제든지 가중평균차입이자율을 적용할 수 있다고 주장하나,

2010.12.30. 개정된 쟁점규정은 기업의 납세편의를 제고하기 위하여 금전대차거래시 부당행위계산 부인의 기준이 되는 시가를 원칙적으로 가중평균차입이자율로 하되 가중평균차입이자율의 적용이 불가능하거나 법인이 선택하는 경우에는 당좌대출이자율을 적용할 수 있도록 하는 한편, 법인의 선택에 의하여 당좌대출이자율을 적용한 경우에는 3개 사업연도 동안 의무적으로 적용하도록 규정한 것으로, 가중평균차입이자율을 원칙으로 하고 당좌대출이자율을 선택한 경우 의무적용기간을 “3년 이상”이 아닌 “3년으로 한다.”라고 규정함으로써 의무적용기간이 종료되면 본문에 따라 원칙인 가중평균차입이자율을 적용하는 것이고 당좌대출이자율을 적용할 경우 선택으로 봄이 타당하다 할 것이다.

따라서 청구법인의 경우 개정된 쟁점규정 제2호에 따라 2010사업연도에 당좌대출이자율을 시가로 선택하여 당좌대출이자율을 3년간 의무적으로 적용하였고, 2013사업연도에는 가중평균차입이자율을 시가로 적용하여야 함에도 당좌대출이자율을 시가로 선택하였으므로 이를 새로운 이자율의 선택으로 보아 2014·2015사업연도에도 당좌대출이자율을 적용하여 인정이자를 계산하여야 하나, 청구법인은 2014·2015사업연도에 가중평균차입이자율을 임의 적용하였으므로 처분청이 당좌대출이자율을 적용하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

당좌대출이자율을 적용하여 가지급금 인정이자를 산정하여 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제52조【부당행위계산의 부인】 ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된 것)

제89조【시가의 범위 등】 ③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 비율 중 해당 법인이 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 선택하는 비율(선택하지 아니한 경우에는 제1호의 비율을 말한다)을 시가로 하되, 선택한 비율은 해당되는 모든 거래에 대하여 적용하고, 그 후의 사업연도에도 계속 적용하여야 한다. 다만, 제2호의 비율을 선택하였으나 그 이후 사업연도에 제2호의 비율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 해당 사업연도에 한정하여 제1호의 비율을 시가로 할 수 있다.

1. 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율

2. 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율

(3) 법인세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22577호로 개정된 것)

제89조【시가의 범위 등】 ③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율(이하 "가중평균차입이자율"이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율(이하 "당좌대출이자율"이라 한다)을 시가로 한다.

1. 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우 : 해당 사업연도에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.

2. 해당 법인이 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우 : 당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다.

부칙(제22577호, 2010.12.30.)

제1조【시행일】 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략)

제11조【특수관계자간 금전대차시 적용하는 시가 기준에 관한 적용례】 제89조 제3항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 신고하는 사업연도분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 법인세신고서상 인정이자 조정명세서에 따르면, 2010～2013사업연도는 당좌대출이자율을 적용하였다가 2014·2015사업연도는 가중평균차입이자율을 적용한 것으로 나타나는데, 처분청은 이를 임의변경에 해당한다고 보아 아래 <표>와 같이 인정이자를 재계산하여 그 차액을 익금산입하는 한편, 대표이사에 대한 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.

(2) 쟁점규정의 주요 개정 연혁을 살펴보면, 2007.2.28. 시행령 개정 전에는 특수관계자간 금전대차 거래시 적용하는 시가로 보는 이자율을 당좌대출이자율을 원칙으로 하고 예외적으로 당좌대출이자율보다 높은 이자율의 차입금이 있는 경우에는 특수한 경우를 제외하고는 당해 이자율을 적용하도록 하였으나, 2007.2.28. 개정시 특수관계자간 금전대차 거래시 적용하는 시가로 보는 이자율은 원칙적으로 가중평균차입이자율로 하되, 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우에 한하여 예외적으로 당좌대출이자율을 적용하도록 개정하였으며,

2009.2.4. 시행령 개정시 가지급금과 가수금이 수시로 발생하는 기업의 경우 대여시점마다 일일이 가중평균차입이자율을 계산하는 것이 어려운 점을 감안하여 금전대차거래시 부당행위계산 부인의 기준이 되는 시가를 가중평균차입이자율과 당좌대출이자율 중 법인이 선택할 수 있도록 하되, 선택한 이자율은 원칙적으로 모든 거래 및 그 후의 사업연도에도 계속하여 적용하도록 개정하였다가,

2010.12.30. 시행령 개정시 기업의 납세편의를 제고하기 위하여 금전대차거래시 부당행위계산 부인의 기준이 되는 시가를 가중평균차입이자율로 함을 원칙으로 하되, 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우 등이나 법인이 선택하는 경우에는 당좌대출이자율을 적용할 수 있도록 하는 한편, 법인의 선택에 의하여 당좌대출이자율을 적용한 경우에는 3개 사업연도 동안 의무적으로 적용하도록 개정하였다.

(3) 한편, 「법인세법 시행령」(2010.12.30. 대통령령 제22577호로 개정된 것) 부칙 제1조 및 제11조에서 개정된 쟁점규정은 2011.1.1. 이후 최초로 신고하는 사업연도분부터 적용한다고 규정하고 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2011사업연도에 당좌대출이자율을 선택한 후 의무사용기간(3년)이 지난 2014사업연도부터는 가중평균차입이자율을 적용할 수 있다고 주장하나,

2010.12.30. 「법인세법 시행령」 개정시 쟁점규정은 법인이 과세표준 신고와 함께 당좌대출이자율을 시가로 ‘선택’하는 경우 ‘선택한 사업연도’와 ‘이후 2개 사업연도’는 당좌대출이자율을 시가로 하도록 개정되었고, 그 부칙에서 개정된 쟁점규정은 2011.1.1. 이후 신고분부터 적용한다고 규정하고 있는 점, 청구법인은 2011.1.1. 이후 최초로 신고하는 사업연도인 2010사업연도 법인세 신고시 당좌대출이자율을 ‘선택’하여 2012사업연도까지 적용한 후 2013사업연도에도 재차 당좌대출이자율을 적용하였는바, 청구법인이 개정된 쟁점규정 적용시 당좌대출이자율을 ‘선택한 사업연도’는 2010사업연도 및 2013사업연도로 봄이 타당한 점 등에 비추어 청구법인은 당좌대출이자율을 선택한 2010사업연도와 그 이후 2개 사업연도 및 2013사업연도와 그 이후 2개 사업연도, 즉, 2015사업연도까지 가지급금 인정이자 계산시 당좌대출이자율을 적용함이 타당하다 할 것이다.

따라서 처분청이 당좌대출이자율을 적용하여 청구법인의 2014·2015사업연도 가지급금 인정이자를 재계산하고 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.