가. 청구인은 1998.3.12. 취득한 OOO 소재 주택(이하 “종전주택”이라 한다)의 재건축으로 2003.6.28. 취득한 OOO 101-803(이하 “신축주택”이라 한다)를 2006.12.15. 양도한 후 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다)제99조의3 규정에 의한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 산출세액을 전액감면하는 것으로 하여 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하여 2012.5.4. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.1. 이의신청을 거쳐 2012.12.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조특법」제99조의3 등의 산식은 취득당시의 기준시가로만 되어있으므로 엄격해석 원칙에 따라 그대로 적용하여야 하나, 처분청은 분자, 분모가 동일한 문구로 되어있음에도 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 기준시가를, 분모의 경우에는 종전주택의 기준시가를 적용하여 감면혜택을 축소하는 자의적인 유추·확장해석을 하였고, 「조특법」제99조의3 제1항에 “신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상에서 뺀다”라는 명문규정을 두고있음에도 세액계산 이후의 단계에서 감면소득의 비율에 따라 세액을 감면하는 방식을 적용하여 법률규정보다 양도소득세 감면이 축소되도록 과세하는 등 부당한 과세처분을 하였다.

나. 처분청 의견

「조특법」 제99조의3 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면규정은 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 대한 양도소득세를 감면하도록 해석해야하며, 「조특법」제99조의3 제1항 본문의 전단부는 신축주택 취득자의 5년간 발생한 양도소득에 대한 세액을 감면한다는 내용이고, 후단부는 5년 이상 보유한 신축주택 취득자의 양도소득 중 5년간 발생한 양도소득을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다는 내용이며, 「소득세법」제90조는 거주자에게 발생한 소득 중 감면소득이 있는 경우 감면소득금액이 포함된 양도소득세 산출세액에서 양도소득 과세표준 중 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 감면세액을 계산하는 것으로 규정하고 있는 점 등으로 보아 이와 다른 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

신축주택 양도에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액 계산시 적용되는 조특법 시행령 제40조 제1항 산식 중 분모·분자의 취득당시의 기준시가를 신축주택 및 종전주택 취득당시의 기준시가로 해석하여 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 「소득세법」 제89조제1항제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2) 조세특례제한법시행령 제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등] ① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」 제95조제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(3) 소득세법 제90조 [양도소득세액의 감면] 제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 제92조제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 제시된 심리자료에 의하면, 청구인은 1998.3.12. 종전주택을 취득하였고, 종전주택 멸실 후 2003.6.28. 신축주택(아파트)을 취득하여 2006.12.15. 양도한뒤, 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원, 산출세액을 OOO원, 감면세액을 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 나타난다.

(2) 살피건대, 「조특법」제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 해석하기 어려운 점, 조특법 시행령 제99조의3 제2항은 조특법 제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는 바, 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따른 감면대상 양도소득의 계산 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것(조심 2011서1349, 2011.6.30. 외 다수)인 점, 「조특법」 제99조의3 제1항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는바(조심 2012서3421, 2012.12.31. 참조), 청구인은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도한 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.