2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2014. 3. 17. 원고에 대하여 한 2008 사업연도 법인세 000,000,000원의 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 전자부품 수입 및 수출 대행업 등을 영위하는 법인으로서, 2008년 제2기

과세기간 중 ○○주식회사(이하 '○○전자'라 한다)에 매출세금계산서 000,000,000원(공급가액, 이하 '이 사건 제1 쟁점금액'이라 한다)을 발행하였으나 2008 사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고 시 이 사건 제1 쟁점금액에 대한 매출신고를 누락하였다.

나. 그 후 원고는 2013. 6. 27. 2008 사업연도 법인세 수정신고 시 이 사건 제1 쟁점

금액을 익금산입・사내유보로 처리하였으나 그에 따른 법인세를 납부하지 아니하였고,

이에 피고는 원고에게 2013. 7. 2. 법인세 000,000,000원을 경정・고지하는 한편 이 사

건 제1 쟁점금액이 사외유출된 것으로 보아 2013. 7. 17. 이 사건 제1 쟁점금액을 원고의 대표자 한AA에 대한 상여로 소득처분하는 소득금액변동통지(이하 '이 사건 소득금액변동통지'라 한다)를 하였는데, 원고가 이 사건 소득금액변동통지에 따른 원천징수의무를 이행하지 아니하자 2013. 10. 8. 원고에게 근로소득세 000,000,000원을 부과・고지하였다(이하 '이 사건 근로소득세 부과처분'이라 한다).

다. 원고는 이 사건 근로소득세 부과처분에 불복하여 2013. 12. 30. 피고에게 이의를

신청하였고, 피고는 국세심사위원회의 심의를 거쳐 2014. 1. 28. "이 사건 제1 쟁점금

액이 장부에 계상되거나 익금에 산입되어 신고된 사실은 없으나 그에 상당한 금액이 법인 외화통장에 입금된 것으로 나타나고, 그 입금액에서 인출한 자금으로 법인의 업무와 관련된 외상매입금을 지급한 것으로 나타나는 점으로 볼 때 이 사건 제1 쟁점금액이 사외로 유출되지 아니하여 대표자 상여처분 대상에서 제외하는 것이 타당하다 할

것이나, 매출시기 및 결제일이 일정한 고정 매출처로부터 이 사건 제1 쟁점금액이 입금되었음에도 정상적인 회계처리를 하지 아니하고 2008 사업연도 법인세 신고 시 이를 포함하지 아니한 점, 원고의 외상매출금 기말 잔액과 ○○전자의 외상매입금 기말 잔액이 서로 이 사건 제1 쟁점금액만큼 나타나지 아니한 점, 원고의 결산서상 외상매출금 기말 잔액과 거래처원장의 외상매출금 기말 잔액 및 ○○전자의 외상매입금 기말 잔액이 서로 불일치하고 그 사유에 대해서 구체적으로 증명되지 아니한 점 등으로 볼 때,이 사건 제1 쟁점금액이 법인 업무와 관련된 비용으로 사용된 것인지를 재조사하여 그 결과에 따라서 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다."는 취지의 결정(이하 '이 사건재조사결정'이라 한다)을 하였다.

라. 피고는 이 사건 재조사결정에 따른 재조사를 실시한 후 이 사건 제1 쟁점금액이 사내유보된 것으로 보아 이 사건 소득금액변동통지 및 이 사건 근로소득세 부과처분을

취소하였고, 재조사 과정에서 장부상 누락된 외상매출금 000,000,000원(이하 '이 사건 제 2 쟁점금액'이라 한다)을 확인하고 이를 익금에 산입하여 2014. 3. 17. 원고에게 2008 사업연도 법인세를000,000,000원으로 증액경정하면서 이미 고지된 부분을 제외한 나머지 000,000,000원을 경정・고지하는 이 사건 처분을 하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2014. 6. 13. 이의신청을 거쳐 2014. 10. 23. 조

세심판원에 심판을 청구하였으나, 위 심판청구는 2015. 2. 3. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2, 3, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하다.

1) 이 사건 재조사결정은 이 사건 제1 쟁점금액이 사외유출된 것인지 또는 사내유보된 것인지를 재조사하고 그 결과에 따라 이 사건 근로소득세 부과처분의 과세표준과

세액을 경정하라는 취지에 불과한데, 피고는 이러한 이 사건 재조사결정의 범위를 일

탈하여 이의신청의 대상인 근로소득세와 무관한 2008 사업연도 법인세를 증액하는 이

사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 '국세기본법'이라 한다) 제80조가 규정한 재결의 효력(기속력)에 반한다.

2) 이 사건 처분은 이미 2013. 7. 2. 원고에게 부과된 법인세와 같은 세목(법인세) 및 같은 과세기간(2008 사업연도)에 대한 재조사에 따라 이루어진 것인바, 이는 국세기본법 제81조의4 제2항이 규정한 중복조사금지원칙에 반하는 재조사에 따른 것으로서세무조사권 남용금지의 원칙에 위배된다.

3) 이 사건 처분은 단순히 원고의 결산서상 외상매출금 기말 잔액과 거래처원장상

외상매출금 기말 잔액 및 ○○전자의 외상매입금 기말 잔액이 일치하지 않는다는 점에

착안하여 누락된 외상매출금이 존재한다는 피고 측 세무공무원의 막연한 추측에 근거한 것일 뿐 이 사건 제2 쟁점금액이 언제 어떠한 방법에 의해 누락되었다는 것인지 등에 대한 증명이 없으므로 근거과세원칙에 위배된다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고의 첫 번째 주장에 관한 판단

가) 이 사건 처분이 재조사결정의 기속력에 반하는지 여부

재조사결정은 처분청에게 특정사항을 재조사하라는 취지의 결정이고, 전문성과 기술성을 요하는 조세 사건에만 존재하는 특이한 유형의 결정으로서 대부분 "…재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 결정한다."는 형식의 결정이 이루어지는데, 재조사에 대한 기준 혹은 범위만을 제시하고 후속처분의 내용은 전적으로 처분청에 유보하고 있다. 심판결정의 기속력은 심판결정의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분 등의 구체적 위법사유에 관한 판단에만 미치는 것이므로, 처분청은 재조사결정의 기준에 따라 재조사를 할 법적 의무가 있을 뿐 처분청이 재조사결정의 취지에 따른 재조사 후에도 당초 처분을 유지하거나 또는 새로운 과세요건에 기하여 처분을 하더라도 이를 기속력에 반한다고 볼 수는 없다. 그런데 앞서 본 바와 같이 피고는 '이 사건 제1 쟁점금액이 사외유출된 것인지 또는 사내유보된 것인지를 재조사'하라는 취지의 이 사건 재조사결정에 따라 원고에 대한 재조사를 실시한 후 이 사건 제1 쟁점금액이 사내유보된 것으로 판단하고 이 사건 소득금액변동통지 및 이 사건 근로소득세 부과처분을 취소하였는바, 이로써 피고는 이 사건 재조사결정의 기속력에 따른 법적 의무를 이행하였다고 할 것이고, 피고가 이 사건 재조사결정에 따른 재조사 이후 새로운 과세요건에 기초하여 이 사건 처분을 하였다고 하더라도 이를 두고 재조사결정의 기속력에 반하는 것이라고 볼 수는 없다.

나) 불이익변경금지원칙 등 위반 여부)

(1) 국세기본법 제79조 제1항은 불고불리의 원칙을 규정하면서, "조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 심판청구를 한 처분 외의 처분에 대해서는 그 처분의전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다."고 규정하고 있다. 또한 같은 조 제2항은 불이익변경금지의 원칙을 규정하면서, "조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다."고 규정하고 있다. 이러한 불고불리원칙 및 불이익변경금지원칙은 명문의 규정이 없는 이의신청의 경우에도 적용된다고 보는 것이 일반적이나, 이는 이의신청결정의 주문 내용이 이의신청 대상인 과세처분보다 이의신청인에게 불이익한 경우에 적용되고, 과세관청이 이의신청결정의 이유에서 밝혀진 내용에 근거하여 탈루 또는 오류가 있는 과세표준이나 세액을 경정결정하는 경우에는 적용되지 아니한다(대법원 2007. 11.16. 선고 2005두10675 판결 등 참조).

한편 이의신청 등에 대한 결정의 한 유형으로 실무상 행해지고 있는 재조사결정은 처분청으로 하여금 하나의 과세단위의 전부 또는 일부에 관하여 당해 결정에서 지적된 사항을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하거나 당초 처분을 유지하는 등의 후속 처분을 하도록 하는 형식을 취하고 있다. 이에 따라 재조사결정을 통지받은 이의신청인 등은 그에 따른 후속 처분의 통지를 받은 후에야 비로소 다음 단계의 쟁송절차에서 불복할 대상과 범위를 구체적으로 특정할 수 있게 된다. 이와 같은 재조사결정의 형식과 취지, 그리고 행정심판제도의 자율적 행정통제기능 및 복잡하고 전문적・기술적 성격을 갖는 조세법률관계의 특수성 등을 감안하면, 재조사결정은 당해 결정에서 지적된 사항에 관해서는 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 이의신청 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당한다고 볼 수밖에 없다. 그렇다면 재조사결정은 처분청의 후속 처분에 의하여 그 내용이 보완됨으로써 이의신청 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생한다고 할 것이다

(대법원 2010. 6. 25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결 등 참조).

(2) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 피고는 이사건 재조사결정에 따라 원고에 대한 재조사를 실시한 결과 당초 원고에게 한 이 사건 소득금액변동통지 및 이 사건 근로소득세 부과처분을 취소하였고, 이러한 결정이 바로 재조사결정의 후속 처분에 해당하는바, 당초 처분을 취소한 위 후속 처분에 불고불리원칙을 위반하여 재조사결정의 범위를 일탈하였다거나, 불이익변경금지원칙을 위반한 위법이 있다고 할 수 없다.

한편 이 사건 처분은 이 사건 재조사결정에 따른 후속 처분이 아니라, 이 사건 재조사결정의 이유에서 밝혀진 내용('원고의 결산서상 외상매출금 기말 잔액과 거래처원장의 외상매출금 기말 잔액 및 ○○전자의 외상매입금 기말 잔액이 서로 불일치하고 그 사유에 대해서 구체적으로 증명되지 아니한 점')에 근거하여 오류가 있는 과세표준이나 세액을 경정결정한 것에 불과하고, 이에 더하여 국세기본법 제79조 제2항도 불이익변경금지원칙이 적용되는 대상을 그 판단 주체인 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의로 명시하고 있는 점과 행정심판제도의 자율적 행정통제기능 및 복잡하고 전문적・기술적 성격을 갖는 조세법률관계의 특수성을 감안하면, 이 사건 처분이 불이익변경금지원칙을 위반한 것이라고 볼 수도 없다.

다) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 원고의 두 번째 주장에 관한 판단

살피건대, 국세기본법 제81조의4 제2항 제4호에 따르면 세무공무원은 이의신청에 대한 '필요한 처분의 결정'에 따라 조사를 하는 경우에는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 있는바, 앞서 본 바와 같이 피고 측 세무공무원이 원고에 대한 재조사를 실시한 것은 원고의 이의신청에 대한 이 사건 재조사결정에 따른 것이므로, 위 재조사가 종전에 원고에게 부과된 2008 사업연도 법인세와 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 조사라고 하더라도 그것이 국세기본법 제81조의4 제2항이 규정한중복조사금지원칙을 위반한 것으로서 세무조사권을 남용한 것이라고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3) 원고의 세 번째 주장에 관한 판단

살피건대, 앞서 본 사실관계, 앞서 든 각 증거, 을 제4, 5, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 피고가 이 사건 제2 쟁점금액을 원고가 누락한 외상매출금이라고 판단한 것은 정당하다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

가) 원고의 2008 사업연도 결산서에는 ○○전자에 대한 외상매출금 기말 잔액이 0억 0,000만 원으로 기재되어 있으나, 거래처원장에는 ○○전자에 대한 외상매출금 기말 잔액이 00억 0,000만 원으로 기재되어 있으므로, 피고는 그 차액에 해당하는 0억000만 원을 원고가 임의조정한 외상매출금으로 판단하였다.

나) 원고의 2008 사업연도 거래처원장에는 ○○전자에 대한 외상매출금 기초잔액이 00억 0,000만 원(100만 원 미만 버림, 이하 같다)으로 기재되어 있으나 2007사업연도 거래처원장에 따르면 ○○전자에 대한 외상매출금 기말 잔액이 00억 0,000만원으로 기재되어 있고, 여기에 당기 증가금액 000억 0,000만 원, 당기 감소금액 000억 0,000만 원 및 당초 매출누락된 이 사건 제1 쟁점금액까지 감안하면, 원고의 당기말 외상매출금의 정확한 잔액은 아래 표 기재와 같이 00억 0,000만 원이라고 할 것인바, 피고는 ○○전자의 2008 사업연도 거래처원장에 기재된 원고에 대한 외상매입금 기말 잔액이 00억 0,000만 원인 점에 비추어 원고가 0,000만 원의 외상매출금을 과소계상한 것으로 판단하였다.

다) 원고는 재조사 과정에서 2008 사업연도 원고의 ○○전자에 대한 외상매출금 기말 잔액이 00억 0,000만 원이라고 주장하면서, 위 금액과 ○○전자의 거래처원장에 기재된 원고에 대한 외상매입금 기말 잔액이 일치하지 않는 것은 상계시점의 차이, ○○전자의 외상매입금 지급예상액의 계상, 어음결제 시점의 차이 등에 따른 것이라고 소명하였으나, 이에 대한 구체적인 증빙자료는 제시하지 못하였다.

라) 원고가 제출한 2008. 12. 31.자 분개장을 보면 아래 표 기재와 같이 실제 지출되지 아니한 판매관리비(가공원가) 0억 0,000만 원을 계상하면서 외상매출금을 감소시키는 회계처리를 하였고, 실제 외상매출금 0억 0,000만 원의 회수가 불분명함에도 현금회수된 것처럼 회계처리 되어 있는바, 재조사 당시 원고는 이러한 회계처리내역에 대하여 진실한 계정과목을 밝히지 못하였다.

마) 과세처분취소소송에서 과세요건에 관한 증명책임은 과세관청에 있으나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 그 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못한다는 것을 증명하지 않는 한 당해 과세처분이 과세요건을 구비하지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없는바(대법원 2002.11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조), 앞서 본 바와 같이 원고와 ○○전자의 거래처 원장상 2008 사업연도의 각 외상매출금과 외상매입금의 금액이 일치하지 아니하는 등

이 사건 제2 쟁점금액에 해당하는 외상매출금이 누락된 것을 추정할 수 있는 사실이

밝혀졌음에도, 원고는 재조사 당시부터 현재까지 원고와 ○○전자의 각 장부에 기재된

외상매출금 잔액이 일치하지 않게 된 경위에 대하여 납득할 만한 설명을 하지 못하고

있고, 위와 같은 장부상 기재 금액의 차이에도 불구하고 실제로는 이 사건 제2 쟁점금

액에 해당하는 누락 외상매출금이 존재하지 않는다는 점에 대한 아무런 자료를 제출하

지 않고 있다.

바) 원고는, 원고가 재조사 과정에서 제출한 2008. 12. 31.자 분개장에 '매출원가(상품) 00억 원의 대체 분개'에 관한 내역이 기재되어 있으므로 피고는 이를 손금에 산입하여야 한다는 취지로 주장하면서도 이에 관한 상품수불부 등을 제시하고 못하고 있고, 그 상대계정이 실제 외상매입금인지 여부, 위 상품원가가 언제 어느 거래처에 지급됐는지 등을 증명하지 못하고 있다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이

판결한다.