가. 원고는 1983. 8. 10. 용인시 기흥구 B 공장용지 2,855㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매수하여 1983. 11. 18. 원고 명의의 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 1984. 2. 1. 이 사건 토지를 사업장소재지로 하여 “C제재소”라는 상호로 사업자등록을 한 후 이 사건 토지에서 제재소(이하 ‘이 사건 제재소’라 한다)를 운영하였다.

다. 원고는 이 사건 토지에 파이프구조 대골스레이트지붕 단층제재소 462㎡, 벽돌조 슬래브지붕 2층 사무실 및 보이러실 1층, 2층 각 51.84㎡, 지층 20.79㎡(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)를 신축한 후 1994. 6. 15. 원고 명의의 소유권보존등기를 마쳤다. 라.

원고는 2015. 11. 30. D 주식회사(이하 ‘D’라 한다)에 이 사건 토지 및 건물을 매매대금 123억 원(= 이 사건 토지 120억 원 이 사건 건물 3억 원)에 매도(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)하였고, 2016. 2. 26. D 명의의 각 소유권이전등기를 마쳐주었다.

마. 원고는 2016. 2. 29. 이 사건 제재소를 폐업하였다.

바. 원고는 이 사건 토지 및 건물 양도에 관해 양도가액을 123억 원(이 사건 매매계약의 매매대금), 취득가액을 559,737,181원(실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당한다는 이유로 환산가액을 적용함)으로 하여 산정한 양도소득세 3,090,574,990원을 2016. 4. 30. 피고에게 신고 및 납부하였다.

사. 피고는 2017. 12. 1. 원고에게 원고의 이 사건 토지 및 건물 양도에 관해 양도가액을 123억 원, 취득가액을 116,457,214원[= 이 사건 제재소의 1995년 대차대조표(이하 ‘이 사건 대차대조표’라 한다

)상 이 사건 토지 가액 89,222,591원 이 사건 대차대조표상 이 사건 건물 가액 46,483,222원 - 이 사건 건물의 2015년까지의 감가상각비 누계액 19,248,599원]으로 하여 산정한...