원심판결 이유를 기록에 비추어 살펴보면, 원심이 그 판시와 같은 이유로 원고가 이 사건 농지를 8년 이상 계속 자경하였다고 단정하기에 부족하고, 가사 원고가 이를 8년 이상 계속 자경하였다 하더라도 그 판시 사실에 비추어 보면, 피고의 이 사건 과세처분에 중대하고 명백한 하자가 있어 당연무효로 보기도 어렵다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 채증법칙을 위반한 사실오인이나 자경농지에 관한 법리를 오해한 위법이 있다고 할 수 없다.

또 피고가 이 사건 농지에 대한 양도소득세에 대하여 납세고지서를 송달하지 않은 잘못을 발견하고 이 사건 소송이 계속중이던 1999. 4. 9. 비로소 납세고지를 함에 있어 이 사건 양도세액을 금 268,875,722원으로 결정하고 여기서 원고가 자진납부한 금 258,513,784원을 공제한 나머지 세액인 금 10,361,938원을 고지하였다 하더라도(납세고지서에 자진납부세액을 공제한다는 취지가 기재되어 있다), 그 부과처분은 결정세액 총액인 금 268,875,722원을 확정한 처분으로 보아야 하고, 금 10,361,938원만의 부과처분이라고 할 수는 없는 것 이므로(대법원 1985. 11. 26. 선고 83누230 판결 참조), 이와 반대의 견해에서 금 268,875,722원에 대한 적법한 부과처분이 아직까지도 없었다는 상고이유 또한 받아들일 수 없다.

그리고, 국세기본법(1996. 12. 30. 법률 제5189호로 개정되기 전의 것) 제51조 제2항은 국세환급금으로 결정된 금액을 충당하여야 할 경우로서, '체납된 국세·가산금과 체납처분비(제2호)' 외에 '납세고지에 의하여 납부하는 국세(제1호)'를 규정하고 있으므로, 비록 위 납세고지에서 납기를 1999. 4. 30.로 정하였다 하더라도 그 전인 같은 달 19.에 국세환급금 충당통지를 한 것이 무효라 할 수도 없다.

그러므로, 상고를 기각하고 상고비용은 패소자의 부담으로 하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.