2. 원고의 2008. 3. 10.자 원천 근로소득세 징수처분에 대한 취소청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 컴퓨터프로그램 개발업 등을 영위하는 법인으로 주식회사 AAAA(이하 'AAAA'이라 한다)으로부터 2002. 1. - 2002. 6.의 기간에 교부받은 공급가액 합계 67,193,636원의 세금계산서 18장과 2002. 7. - 2002. 12.의 기간에 교부받은 공급가액 합계 80,416,272원의 세금계산서 17장에 기하여 그 세액을 매입세액으로 공제하고 그 매입액을 손금산입하여 2002년 1, 2기 부가가치세와 2002 사업연도 법인세를 신고하였다.

나. 피고는 원고가 AAAA으로부터 2002. 1. - 2002. 6.의 기간에 교부받은 공급가액 합계 67,193,636원의 세금계산서 18장 중 공급가액 합계 55,072,727원의 세금계산서 7장과 2002. 7. - 2002. 12.의 기간에 교부받은 공급가액 합계 80,416,272원의 세금 계산서 17장 중 공급가액 합계 70,263,545원의 세금계산서 9장(이하 통틀어 '이 사건 세금계산서'라 한다)이 실물거래 없이 수수된 사실과 다른 세금계산서인 것으로 보아 그 세액을 매입세액 불공제하고 그 매입액을 손금불산입하여, 2007. 9. 7. 원고에 대하여 2002년 1기 부가가치세(가산세 포함) 12,292,211원과 2002년 2기 부가가치세(가산세 포함) 15,036,398원 및 2002 사업연도 법인세 39,041,810원을 부과하고, 이 사건 세금계산서의 공급대가(공급가액과 부가가치세액) 합계 137,869,900원 상당액이 사외유출되어 귀속불분명한 것으로 보아 원고의 대표이사 김동명에 대한 2002년 귀속 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였는데, 원고가 위 소득금액변동통지에 따른 원천 징수의무를 이행하지 않음에 따라 2008. 3. 10. 원고에 대하여 2002년 귀속 원천 근로소득세 31,363,200원을 납부하도록 고지하는 이 사건 징수처분을 하였다.

다. 원고는 2002년 1, 2기 부가가치세와 2002 사업연도 법인세의 부과처분 및 이 사건 징수처분에 대하여 이의신청을 하였는데, 2002년 1, 2기 부가가치세와 2002 사업연도 법인세의 부과처분에 대한 이의신청 부분은 이의신청기간의 도과를 이유로 각하되고, 이 사건 징수처분에 대한 이의신청 부분은 기각되었다. 이에 원고는 2008. 9. 5. 조세심판원에 이 사건 징수처분에 대한 조세심판을 청구하였는데, 2008. 11. 19. 그 심판 청구가 기각되었다.

[인정근거] 갑 제1호증의 2, 을 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함) 의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 부가가치세 및 법인세 부과처분 취소청구 부분의 적법 여부

원고가 2002년 1, 2기 부가가치세 및 2002 사업연도 법인세 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기하기 위해서는 국세청장에 대한 심사청구, 조세심판원에 대한 심판청구, 감사원에 대한 심사청구 중 어느 하나를 제기하여 그에 대한 결정을 받는 전심절차를 거쳐야 할 것인데, 원고가 2002년 1, 2기 부가가치세 및 2002 사업연도 법인세 부과처분에 관하여 그와 같은 전심절차를 거쳤음을 인정할 만한 자료가 없으므로(원고 는 이 사건 징수처분에 관하여만 전심절차를 거쳤을 뿐이다), 이 사건 소 중 2002년 1, 2기 부가가치세 및 2002 사업연도 법인세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 전심절차를 거치지 않은 것이어서 부적법하다.

3. 이 사건 징수처분 취소청구 부분에 관한 판단

가. 원고의 주장

원고는 AAAA과 사이에 실제로 물품 거래를 하면서 이 사건 세금계산서를 교부받은 것이므로, 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 수수된 사실과 다른 세금계산서임을 전제로 하여 이루어진 이 사건 징수처분은 위법하다.

나. 판단

과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우 원천징수의무자인 법인은 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 통지서에 기재된 소득의 귀속자에게 당해 소득금액을 지급한 것으로 의제되어 그때 원천징수하는 소득세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정되고, 원천징수의무자인 법인으로서는 소득금액변동통지서에 기재된 소득처분의 내용에 따라 원천징수세액을 그 다음달 10일까지 관할 세무서장 등에게 납부하여야 할 의무를 부담하며, 만일 이를 이행하지 아니하는 경우에는 가산세의 제재를 받게 됨은 물론이고 형사처벌까지 받도록 규정되어 있는 점에 비추어 보면, 소득금액변동통지는 원천징수의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 마치는 과세관청의 행위로 서 항고소송의 대상이 되는 조세행정처분에 해당하므로(대법원 2006. 4. 20. 선고 2002두1878 전원합의체 판결 참조), 소득금액변동통지에 따른 원천징수세액의 존부와 범위에 관하여는 그 소득금액변동통지에 대한 항고소송에서 다투어야 하고, 소득금액변동통지가 당연무효가 아닌 한 징수처분에 대한 항고소송에서는 정수처분의 고유한 하자에 관하여만 다툴 수 있다.

이 사건의 경우, 원고가 피고의 소득금액변동통지에 대하여 항고소송을 제기하여 다투지 않은 채, 이 사건 징수처분에 대한 항고소송인 이 사건 소송에서 이 사건 징수처분의 고유한 하자에 관하여 아무런 주장을 하지 않으면서 소득금액변동통지의 하자만 을 다투고 있으므로, 그 소득금액변동통지가 당연무효가 아닌 한 이 사건 징수처분이 위법하다고 할 수 없을 것인바, AAAA의 대표이사 김SS은 2006. 11. 9. 조세범처벌법위반 혐의로 과세관청에서 조사받으면서 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 수수된 세금계산서임을 인정하는 취지의 진술을 하였고(을 제8호증의 기재), AAAA이 자료상 혐의로 고발조치된 점(을 제5, 6호증의 각 기재), 원고가 이 사건 세금계산서상의 거래와 관련하여 AAAA에 거래대금을 현금으로 지급하였다고 주장할 뿐, 그 거래사실을 뒷받침할 구체적이고 객관적인 자료를 제시하지 못하고 있는 점 등 이 사건 에 나타난 여러 사정을 종합하여 보면, 이 사건 세금계산서는 실물거래를 수반하지 않고 수수된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 봄이 상당하고, 이를 전제로 한 피고의 소득금액변동통지에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없으므로(설령 이 사건 세금계산서가 원고의 주장과 같이 실물거래에 기한 것이라고 하더라도, 그와 같은 사유는 피고의 소득금액변동통지의 취소사유에 해당할 뿐 당연무효 사유에 해당하는 것으로 볼 수도 없다), 원고의 이 사건 징수처분 취소청구는 이유 없다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 2002년 1, 2기 부가가치세 및 2002 사업연도 법인세 부과 처분 취소청구 부분은 각하하고, 이 사건 징수처분 취소청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.