가. 원고의 대표이사인 B는 1998. 4. 1.부터 ‘C’라는 상호로 부동산 임대업 및 스포츠레저용품 도ㆍ소매업 등을 영위하다가 2012. 11. 20. 위 사업을 폐업하였고, 2012. 11. 21. 설립 중인 주식회사 A에 대하여 서울 강동구 D 대 800.1㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상 철근콘크리트구조 평지붕 지하2층 지하11층 근린생활시설 및 업무시설 4,920.15㎡(이하 ‘이 사건 건물’이라 하고 이 사건 토지와 이 사건 건물을 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다) 등 B가 위 상호로 운영하는 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 현물출자하였다.

원고는 2012. 12. 10. 설립되어 이 사건 부동산을 취득하였다.

나. 원고는 2012. 12. 14. 피고에게 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제5항 본문에 근거하여 이 사건 부동산에 관한 취득세 면제를 신청하였고, 피고는 2012. 12. 18. 취득세 1,158,364,680원을 면제하였다.

다. 원고는 2014. 1.경부터 2014. 9.경까지 이 사건 건물 중 5층 부분(이하 ‘쟁점 건물 부분’이라 한다)을 E에게 무상으로 사용하도록 하였고, 위 기간 동안 쟁점 건물 부분을 무상으로 점유ㆍ사용하면서 E은 자전거 세척업 및 음료 판매업을 영위하고 F은 자전거 교실을 운영하였다. 라.

피고는 2014. 11. 10. ‘원고가 E 등에게 정당한 사유 없이 쟁점 건물 부분을 임대하여 구 조세특례제한법 제120조 제5항 단서에 규정된 추징사유가 발생하였다’는 이유로 원고에 대하여 취득세 88,922,960원의 징수처분 및 이에 대한 신고불성실 가산세 17,784,590원, 납부불성실 가산세 3,042,950원의 각 부과처분, 농어촌특별세 2,223,070원의 징수처분 및 이에 대한 납부불성실 가산세 186,730원의 부과처분을 하였다

이하 위...

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