가.2008. 1. 2.자 2002년 제2기 부가가치세 329,261,681원의 부과처분 중 295,774,856원 부분과,

나. 2008. 1. 3.자 2002 사업연도 법인세 1,362,021,370원의 부과처분을 각 취소한다.

2.원고의 나머지 청구를 기각한다.

3.소송비용 중 5분의 1은 원고가, 그 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 부동산등기부의 기재에 의하면, 원고가 ○○ ○○구 ○○동 1364 대 2,558㎡와 그 지상의 철근콘크리트조 슬래브지붕 10층 의료시설(이하 통칭하여 '이 사건 부동산' 이라고 한다)을 2001. 12. 14. 그 소유자인 주식회사 ☆☆호텔(이하 '☆☆호텔'이라고 한다)로부터 매수하고 2002. 2. 5. 그 명의로 소유권이전등기(이하 '이 사건 이전등기'라고 한다)를 마쳤다가, 2002. 9. 2. 의료법인 ◇◇의료재단(이하 '◇◇'이라고 한다)에게 2002. 8. 31.자 증여계약을 등기원인으로 하여 소유권이전등기를 마쳐준 것으로 되어 있다.

나. △△지방국세청장은 원고에 대한 법인세 조사를 하여 아래와 같은 내용을 확인한 후 피고에게 과세자료로 통보하였다.

(1) 원고는 2002. 9. 2. ◇◇에게 이 사건 부동산을 증여하면서 ◇◇에게 이 사건 부동산에 설정된 근저당권의 피담보채무 4,300,000,000원(이하 '이 사건 피담보채무' 라고 한다)을 인수시켰다.

(2) 원고는 2002. 12. 30. 상호를 예가로 하여 의장공사 등을 영위하는 이AA으로부터 용역을 공급받지 아니하고 공급가액 272,727,272원, 부가가치세 27,272,728원, 합계 300,000,000원으로 기재된 매입세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라고 한다)를 교부 받아 매입세액을 공제받고 위 합계액을 2003.분 공사원가로 부당계상 하였다.

"다. 피고는 이 사건 부동산의 평가액 등 8,386,253,950원에서 ◇◇이 원고로부터 인수한 이 사건 피담보채무 4,300,000,000원을 차감한 4,086,253,950원 중 지정기부금 한도초과액 3,918,613,043원을 익금에 산입하고, 이 사건 세금계산서의 합계액 300,000,000원을 손금에 산입하지 아니하고 대표이사에 대한 상여로 소득처분하며, 이 사건 세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고, 원고가 ◇◇에게 인수시킨 이 사건 피담보채무 4,300,000,000원 상당을 유상양도한 것으로 간주하여 그 가액에 대하여 부가가치세를 과세하기로 하였다. 이에 따라 피고는 원고에게 2007. 9. 14.경 2002년 제2기 부가가치세 570,774,860원, 2002 사업연도 법인세 1,333,783,040 원, 2003 사업연도 법인세 268,259,200원을 경정 ・ 고지하였다(이하1차 처분'이라고 한다).",라. 원고는 1차 처분에 불복하여 2007. 12. 13. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2008. 10. 10. 원고의 심판청구를 기각하였다.

"마. 원고는 이후 피고에게 1차 처분의 고지서를 수령하지 못하였다는 이유로 재고지 하여 달라고 청구하였다. 이에 따라 피고는 2008. 1. 2. 1차 처분을 취소하고, 원고에게 2008. 1. 2. 2002년 제2기 부가가치세 575,628,370원, 2008. 1. 3. 2002 사업연도 법인세 1,362,021,370원, 2003 사업연도 법인세 270,615,840원을 재결정 ・ 고지하였다(이하2차 처분'이라고 한다).",바. 피고는 △△지방국세청 종합감사에서 위 2차 처분 당시 부가가치세와 관련하여 초과환급세액에 대한 납부불성실가산세를 과다하게 적용하였다 라는 지적을 받았다. 피고는 위 지적에 따라 2009. 8. 31.경 2차 처분 중 2002년 제2기 부가가치세 575,628,370원에서 246,366,691원을 감액하는 재경정결의를 하였다(이하 재경정결의에 따라 최종적으로 부과된 2002년 제2기 부가가치세 329,261,681원, 2002 사업연도 법인세 1,362,021,370원, 2003 사업연도 법인세 270,615,840원의 부과처분을 '이 사건 처분' 이라고 한다). 이 사건 처분의 각 세액을 그 적출내용에 따라 분류하면 아래 표와 같다 (2010. 5. 31. 접수된 참고자료 제10호 참조).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 3호증, 을 1, 2, 3, 4, 5, 12, 13, 17호증(각 가지 번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이사건처분의적법여부

가. 원고의주장

(1) 이사건부동산의명의신탁주장

원고는 허BB와의 명의신탁 약정에 따라 이 사건 이전등기를 마쳤을 뿐 실제로 이 사건 부동산을 취득하였다가 이를 ◇◇에게 증여하면서 ◇◇에게 이 사건 피담보채무를 인수시킨 사실이 없다. 국세기본법 제14조의 실질과세원칙에 의하여 위 적출내용 ③의 부가가치세 부분과 ④의 법인세 부분은 명의수탁자인 원고가 아니라 명의신탁자인 허BB에게 과세되어야 한다. 따라서 위 적출내용 ③의 부가가치세 부분과 ④의 법인세 부분은 실질과세의 원칙에 위배되어 위법하다.

(2) 이 사건 세금계산서가 실제 거래에 의한 것이라는 주장

원고는 이AA과 이 사건 부동산에서 운영되던 □□전문병원의 리모델링 공사(이하 '이 사건 공사'라고 한다)에 관한 계약(이하 '이 사건 공사계약'이라고 한다)을 체결하였다. 이 사건 부동산의 실제 소유자인 허BB가 이 사건 공사계약의 대금을 지급하기는 하였으나, 원고는 이 사건 공사계약의 당사자로서 이AA에 대하여 대금 지급의 책임을 부담하고 있었기 때문에 이AA으로부터 이 사건 세금계산서를 교부 받았다. 따라서 이 사건 세금계산서는 실제로 용역을 공급받고 교부받은 세금계산서이다. 그럼에도 불구하고 이 사건 세금계산서가 실제 거래 없이 이루어진 가공의 세금계산서임을 전제로 하는 위 적출내용 ②의 부가가치세 부분과 ⑤의 법인세 부분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 부동산의 명의신탁 주장에 대하여

갑 2, 5, 6, 7, 8호증, 갑 10호증의 8, 9, 10, 11, 13, 갑 11, 12, 13, 14, 25호증의 각 기재와 갑 9호증의 일부 기재(허BB와 최CC 진술 부분 제외) 및 증인 최CC의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 허BB는 노인전문병원을 운영하기 위하여 2001 . 12. 14.경 강DD의 명의로 ☆☆호텔로부터 이 사건 부동산을 매수한 사실, 허BB는 대출문제 등으로 인하여 강DD의 명의로 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 경료하는 것이 어렵게 되자 2002. 1.경 원고의 대표이사인 남EE과 사이에 허BB는 원고의 명의로 이 사건 부동산을 매수하고, 원고는 허BB가 의료법인을 설립하면 설립된 의료법인에게 이 사건 부동산의 소유권을 반환한다 라는 내용의 명의신탁 약정을 한 사실, 허BB는 위 명의신탁 약정에 따라 2002. 2. 5. 이 사건 부동산에 관하여 원고 명의의 이 사건 이전등기를 마친 사실, 허BB는 2002. 8. 9. ◇◇을 설립하였고, 원고는 2002. 9. 2. 위 명의신탁 약정에 따라 ◇◇에게 이 사건 부동산에 관하여 2002. 8. 31.자 증여계약을 등기원인으로 하여 소유권이전등기를 마쳐 준 사실을 인정할 수 있고, 이에 반하는 듯한 갑 10호증의 12의 기재와 갑 9호증의 일부 기재(허BB와 최CC 진술 부분)는 이를 믿지 아니한다.

위 인정사실에 의하면, 원고는 허BB로부터 이 사건 부동산에 관한 등기명의를 신탁 받았을 뿐 실제로 이 사건 부동산을 취득하였다가 이를 ◇◇에게 증여하면서 이 사건 피담보채무를 인수시킨 것은 아니라고 할 것이다. 따라서 원고가 부동산등기부의 기재와 같이 실제로 이 사건 부동산을 ◇◇에게 증여하면서 이 사건 피담보채무를 인수시켰음을 전제로 한 위 적출내용 ③의 부가가치세 부분과 ④의 법인세 부분은 위법하다.

(2) 이사건세금계산서가실제거래에의한것이라는주장에대하여

구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항 제1 호는 매입세액으로 공제할 금액을 '자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액'으로 규정하고 있고, 명의신탁자인 허BB가 그의 사업 을 위하여 공급받은 이 사건 공사의 대금 중 부가가치세 부분은 원고의 사업을 위하여 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액이 아니므로, 원고가 이 사건 공사의 대금 중 부가가치세 부분을 자신의 매입세액으로 공제할 수는 없다. 또한 원고의 주장 자체 에 의하더라도 허BB가 이 사건 공사의 대금을 지출하였을 뿐 원고가 이 사건 공사의 대금을 실제로 지출하지 아니하였다는 것이므로, 원고가 이 사건 공사의 대금을 손금 에 산입할 수도 없다(다만, 원고가 이AA에게 공사대금을 지급한 내역이 있다고 하더라도 이는 원고가 자신이 공급받은 이 사건 공사의 대금으로 지급한 것이 아니라 허BB가 지급할 금원을 대위하여 지급한 것에 불과하다고 할 것이어서 역시 이를 매입세액으로 공제하거나 손금에 산입할 수 없다).

원고의위주장도이유없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위(적출내용 ③, ④ 부분) 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.