2. 피고가 2009. 10. 19. 원고에 대하여 한 취득세 354,471,530원, 농어촌특별세 69,104,940원, 등록세 301,840,820원, 지방교육세 58,809,390원의 각 추징처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1, 2호증, 갑제3호증의 1, 2, 갑제4호증, 갑제5호증의 1 내지 4, 갑제6, 7, 8호증, 갑제10호증의 1, 2, 을제2, 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 건설교통부장관은 2004. 12. 30. 대한주택공사가 양산시 물금읍 가촌리 780-1 일원 34,993.8㎡(이하 ‘이 사건 사업지구’라 한다)에 1채당 면적이 36㎡ 내지 51㎡인 국민임대아파트 12개동 957세대를 건설하는 양산가촌 주공국민임대주택건설사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 사업기간을 2004년 12월∽2008년 12월로 하여 구 국민임대주택건설등에관한특례법(2009. 3. 20. 법률 제9511호 보금자리주택건설 등에 관한 특례법으로 전면 개정되기 전의 것) 제23조 의 규정에 따라 승인하고, 이를 2005. 1. 6. 건설교통부고시 2004-510호로 고시하였다.

나. 대한주택공사(2009. 10. 1. 한국토지주택공사법에 의하여 원고로 합병됨에 따라 원고가 대한주택공사의 재산과 채권·채무, 그 밖의 권리·의무를 포괄적으로 승계하였다. 이하 ‘원고’라 한다)는 2006. 12. 22. 피고에게 이 사건 사업지구 내에 산지전용이 불가능한 토지가 있어 사업계획을 변경하고자 주택법 제16조 제7항 에 따라 착공연기를 신청하였고, 이에 피고는 2006. 12. 26. 원고에게 이 사건 사업의 착공예정일을 2006. 7.에서 2007. 12. 30.로 한 착공연기 확인서를 교부하였다.

다. 건설교통부장관은 2007. 7. 3. 이 사건 사업의 착공예정일을 2008. 8.로, 사용검사예정일을 2011. 10.로 변경하는 사업계획 변경승인을 하였다.

라. 원고는 2008. 4.경 건설교통부장관에게 이 사건 사업지구내 산지전용이 불가능한 부분에 대해 녹지시설로 변경하는 내용의 사업계획변경승인 신청을 하였고, 이에 대하여 국토해양부장관은 2008. 10. 29. 이 사건 사업지구 내 산지전용 불가한 부분을 제척하여 이 사건 사업면적을 34,993.8㎡에서 33,431.5㎡로, 규모를 957세대에서 700세대로, 사업기간을 2004. 12.∽2012. 5.로 변경하는 사업계획 변경승인을 하고, 이를 2008. 11. 5. 국토해양부 고시 제2008-621호로 이를 고시하였다.

마. 한편 원고는 2007. 11.경 피고에게 자신이 취득한 이 사건 사업의 부지인 양산시 물금읍 가촌리 748 외 146필지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 대하여 국가의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산이라는 이유로 지방세법 제289조 제1항 , 같은 법 시행령 제225조 제2호 등의 규정에 의하여 취득세, 등록세, 교육세, 농어촌특별세(이하 ‘취득세 등’이라 한다)의 감면신청을 하였고, 이에 피고는 2007. 11. 27. 지방세법 제289조 제1항 의 ‘원고가 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산’에 해당되어 이 사건 토지에 대한 취득세 277,169,080원, 농어촌특별세 54,034,680원, 등록세 236,015,970원, 지방교육세 45,984,360원을 면제한다는 결정(이하 ‘이 사건 면제결정’이라 한다)을 하고, 원고에게 지방세 면제확인서를 교부하였다.

바. 피고는 2009. 7. 22. 이 사건 사업의 국민임대주택이 1 가구당 건축면적이 60㎡ 이하인 소규모 공동주택에 해당되어 지방세법 제269조 제1항 에 의해 그 부속토지에 관한 취득세, 등록세 등을 감면하였으나 원고가 이 사건 사업에 관한 사업계획승인을 받은 2004. 12. 31.로부터 4년 내에 착공하지 않았다는 이유로 지방세 과세예고 통지를 한 다음, 2010. 10. 19. 원고에 대하여 지방세법 제269조 제3항 , 같은 법 시행령 제223조 제2항 에 의해 면제된 취득세 등에 신고불성실 가산세를 더한 취득세 332,602,890원, 농어촌특별세 64,841,610원, 등록세 283,219,160원, 지방교육세 55,181,230원을 각 추징하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 추징처분’이라 한다).

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

⑴ 피고는 당초 지방세법 제289조 제1항 에 의해 이 사건 감면결정을 하였는데 위 조항에 의한 지방세 면제에 대하여는 사후에 추징할 수 있는 근거규정이 없고, 지방세 제269조 제3항 에 의한 추징은 같은 조 제1항 의 감면을 전제로 하는 것인데, 피고가 지방세법 제269조 제1항 에 의한 감면결정을 한 바 없으므로, 이 사건 처분은 그 처분사유가 존재하지 아니한다.

⑵ 이 사건 면제결정은 공적인 견해표명에 해당하고, 건설교통부가 2004. 5. 작성하여 원고 등에게 배포한 국민임대주택 업무편람에도 이 사건 사업 등에 대한 취득세 등을 면제한다는 내용이 포함되어 있으므로, 원고는 이 사건 면제결정에 의해 착공여부와 관계없이 취득세 등의 면제가 유지되는 것으로 믿었으므로, 이 사건 추징처분은 위와 같은 비과세처리를 믿은 원고의 신뢰이익을 침해한 것으로서 신뢰보호의 원칙 또는 신의성실의 원칙에 위배된다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판 단

⑴ 이 사건의 쟁점

지방세법 제289조 제1항 은 원고가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제269조 제1항 은 원고가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령으로 정하는 소규모 공동주택용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항 에서 대통령령으로 정하는 기간 내에 소규모 공동주택의 건축에 착공하지 아니한 때에 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

한편 지방세법 제292조 , 같은 법 시행령 231조 는 지방세법 제269조 제1항 또는 지방세법 제289조 제1항 등의 규정에 의하여 지방세의 감면을 받고자 하는 자는 지방세 감면신청서를 제출하여야 한다고 규정하고 있고, 지방세법 제25조의2 는 “지방자치단체의 장은 지방세의 부과징수가 위법 또는 부당한 것임을 확인한 때에는 즉시 그 처분을 취소하여야 한다”고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제7조 는 “지방자치단체의 장이 법 제25조의2 규정에 의하여 지방세의 부과를 취소하거나 변경을 하였을 때에는 별지 제4호 서식에 의하여 이해관계인에게 통지하여야 한다”고 규정하고 있다.

이 사건에 관하여 살피건대, 원고가 2007. 11.경 피고에게 이 사건 토지에 대하여 국가의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시취득한 부동산이라는 이유로 지방세법 제289조 제1항 의 규정에 의하여 취득세 등의 감면신청을 하였고, 이에 피고는 2007. 11. 27. 원고에게 지방세법 제289조 제1항 에 의하여 취득세 등을 면제하는 이 사건 면제결정을 한 사실, 피고는 2009. 7. 22. 이 사건 사업의 국민임대주택이 1 가구당 건축면적이 60㎡ 이하인 소규모 공동주택에 해당되어 지방세법 제269조 제1항 에 의해 그 부속토지에 관한 취득세, 등록세 등을 감면하였으나 원고가 이 사건 사업에 관한 사업계획승인을 받은 2004. 12. 31.로부터 4년 내에 착공하지 않았다는 이유로 이 사건 추징처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같다.

따라서 원고가 지방세법 제289조 제1항 에서 정한 면제사유에 해당한다고 신청을 하여 피고로부터 이 사건 면제결정을 받았는데, 피고가 지방세법 제269조 제3항 의 추징요건에 해당하는 사유가 발생하였다고 하여 이 사건 추징처분을 할 수 있는지가 이 사건의 쟁점이다.

⑵ 이 사건 추징처분의 적법 여부

㈎ 추징처분은 일단 면제요건에 해당하면 그 세액을 면제하고 그 후에 당초의 면제취지에 합당한 사용을 하느냐에 대한 사후관리의 측면에서 규정한 것으로 본래의 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 처분이라고 할 것이므로, 추징처분이 해당 법에서 규정한 추징요건을 갖추지 못하였다면 그 추징처분은 위법한 처분이 되는 것이고, 면제요건을 갖추지 못하여 본래의 부과처분을 할 사유가 있다고 하더라도 그와 같은 사정이 위법한 추징처분을 적법한 것으로 할 사유가 될 수 없다( 대법원 2001. 3. 9. 선고 99두11677 판결 등 참조).

그런데 이 사건 면제결정은 지방세법 제289조 제1항 의 규정에 의하여 이루어졌는데, 지방세법 제289조 제1항 의 규정에 의한 취득세 등의 면제결정에는 면제된 취득세 등에 대한 추징규정이 존재하지 않는다.

위와 같은 법리 및 법 규정에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 토지의 취득에 대하여 한 지방세법 289조 제1항 에 의한 취득세 등의 면제신청에 대하여 피고는 지방세법 제289조 제1항 의 규정에 의한 요건을 심사하여 원고의 이 사건 토지의 취득이 지방세법 제289조 제1항 의 규정에 의한 면제요건에 해당하면 취득세 등의 면제처분을 하고, 지방세법 제289조 제1항 의 규정에서 정한 면제요건에 해당하지 않으면 지방세법에 따라 취득세 등의 부과처분을 하면 되는 것이고, 지방세법 제289조 제1항 의 규정에서 정한 면제요건에 해당하지 않음에도 착오 등으로 면제결정을 하였다면 지방세법 제25조의2 의 규정에 따라 이를 취소하고 원고에게 지방세법에 따라 취득세 등의 부과처분을 하여야 할 것이다.

㈏ 지방세법 제289조 제1항 에서 정한 면제요건에 해당하려면 원고가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산이어야 하고, 같은 법 제269조 제1항 에서 정한 면제요건에 해당하려면 원고가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 소규모 공동주택용 부동산이어야 하므로 그 요건이 전혀 다르고, 여기에 지방세법 제292조 , 같은 법 시행령 제231조 , 같은 법 시행규칙 117조 의 규정에 의하면 지방세 감면신청과 지방세 감면신청에 대한 통지는 일정한 서식에 의하여 하도록 규정하고 있는 점과 지방세법 제294조 에 의하면 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면함에 있어 2이상의 감면규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다고 규정하고 있는 점을 더하여 보면, 피고가 원고의 이 사건 토지 취득이 지방세법 제289조 제1항 및 지방세법 제269조 제1항 의 면제요건에 모두 해당한다고 보고 원고에게 유리한 사후 추징규정이 없는 지방세법 제289조 제1항 의 면제요건을 적용하여 이 사건 면제결정을 한 이상 이를 지방세법 제269조 제1항 의 면제요건에도 해당한다고 보아 지방세법 제269조 제3항 에 의한 추징처분을 할 수는 없다고 할 것이다.

가사 원고의 이 사건 토지의 취득이 국가의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시취득한 부동산이라는 지방세법 제289조 제1항 에서 정한 면제요건에 해당하지 않음에도 피고가 착오 또는 지방세법 289조 제1항 의 면제요건을 잘못 이해하여 이 사건 면제결정을 하였다면 피고는 취소권제한의 법리에 어긋나지 않는 범위 내에서 이 사건 면제결정을 취소하고 지방세법의 규정에 따라 취득세 등의 부과처분을 하는 것은 별론으로 하고 이 사건 면제결정을 지방세법 제269조 제1항 에 의한 면제결정으로 보고 지방세법 제269조 제3항 에 의한 추징처분을 할 수는 없다고 할 것이다.

㈐ 따라서 피고가 지방세법 제289조 제1항 에 의한 이 사건 면제결정을 한 후 사후에 이를 지방세법 269조 제1항 에 의한 면제처분으로 보아 지방세법 제269조 제3항 에 따라 이 사건 추징처분을 한 것은 위법하다 할 것이다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 추징처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용할 것인바, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고 원고의 청구를 모두 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]