가. 원고는 1998. 5. 26. 소매, 도매 및 유통업 등을 목적으로 설립되어 2013. 12. 현재 양재, 상봉, 일산 등 국내 총 9개 지역에 대형마트인 창고형 할인매장(이하 ‘각 지점’이라 한다)을 설치하여 운영하고 있는 회사이다.

나. 원고는 부가가치세를 면제받은 농산물축산물수산물 및 임산물을 공급받아 각 지점에서 샐러드, 카레, 케익, 빵, 초밥 등의 음식물(이하 ‘이 사건 음식물’이라 한다)을 조리하여 판매대에 내어놓고 고객에게 판매하는 영업을 하였다.

다. 원고는 이 사건 음식물을 조리하여 판매하는 원고의 산업활동(이하 ‘이 사건 산업활동’이라 한다)이 음식점업에 해당함을 전제로, 그 판매분에 대한 2008년 제1기부터 2012년 제1기까지의 부가가치세에 관하여 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제3항 및 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24683호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제62조 제1항 제1호 나.

목에서 정한 음식점업의 의제매입세액공제율인 6/106을 적용하여 과세표준을 산정하고 부가가치세를 신고납부하였다. 라.

피고는 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 이 사건 산업활동이 제조업에 해당한다고 판단하고, 그에 따라 구 부가가치세법 시행령 제62조 제1항 제3호에서 정한 의제매입세액공제율 2/102를 적용하여 2013. 5. 13. 원고에 대하여 별지 처분목록 기재와 같이 부가가치세를 증액경정고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2014. 8. 8. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4호증의 1 내지 9, 갑 제5호증, 을 제7호증의 1 내지 9의 각 기재,...

참조조문