2. 소송비용은 피고가 부담한다.

"가. 원고는 1993. 3. 3.부터 2009. 6. 30.까지 구리시 OO동 000 OOO빌라 O-000호에서BB무역'이라는 상호로 의료기구 도매업을 하였다.", "나. 서울지방국세청은 2008년 12월부터 2009년 1월까지 'CCC 성형외과'(이하소외 병원'이라 한다)에 대한 세무조사를 하면서， 원고가 2004년부터 2007년까지 소외 병원에 공급가액 000원 상당 물품을 무자료로 매출한 후 신고를 누락하였음을 확인하고 피고에게 과세자료를 통보하였다.",다. 이에 원고는 2009. 5. 15. 위 매출누락 및 그에 대응되는 부외비용인 000원(공급대가)을 추가적으로 계상하여 아래 [표]와 같이 2004년 내지 2007년 귀속 종합소득세를 수정신고・납부하였다[다만 원고는 2004년 귀속분 환급세액은 제척기간 도과로 환급받지 못하였고， 부가가치세 매입세액 상당액은 필요경비에 불산입하여야 함에도 착오로 무자료 매입세액 전액(공급대가)을 필요경비에 산입하여 수정신고를 하였다.

(아래표 생략)

라. 원고의 수정신고에 대하여， 피고는 위 종합소득세 수정신고 내역 중 2005년 귀 속 부외비용(공급대가) 000원이 실제 발생된 비용인지 불분명하다는 이유로 경비로 인정하지 아니하고，2011. 4. 19. 2005년 귀속 종합소득세(가산세 포함) 0000원을 경정・고지 하였다(이하 '경정처분l이라 한다).

"마. 원고는 경정처분에 대하여 조세심판원에 불복청구를 하였고， 조세심판원은 거래 상대방인 'DD의료기'가 거래금액(공급가액 000원)을 시인하고 2009. 5. 20. 부가가치세 및 종합소득세를 수정신고・납부한 점을 근거로 원고가 주장하는 아래 [표] 중 DD의료기의 매입액만 필요경비로 인정하였고， 이에 따라 피고는 2012. 2. 21. 경정처분 중 0000원을 감액하였다[이하 경정처분 중 감액되고 남은 2005년 귀속 종합소득세 000( =000-00000)원을이 사건 처분'이라 하고，아래 [표] 중 DD의료기를 제외한 나머지 업체의 공급가액을 '이 사건 매입액'이라 한다).",(아래표 생략)

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1 내지 3호증， 을 제1호증의 1， 2의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

원고는 이 사건 매입액을 실제로 지출하였음이 기간별 거래보고내역 등에 의하여 확인되므로 이를 종합소득세 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하고， 피고는 금융거래 내역 등 구체적인 증빙이 없어 필요경비로 인정할 수 없다고 다툰다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

갑 제4 내지 20호증， 을 제3호증(가지변호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재，증 인 이EE의 증언에 변론 전체의 취지를 더하면 다음 사실을 인정할 수 있다.

① 원고는 소외 병원에 대한 무자료 매출액을 수정신고하면서 무자료 매출액에 대응하는 무자료 매입액을 신고하기 위하여， 무자료 매입처로부터 2004년부터 2007년까지 거래금액이 기재된 '거래사실확인서'를 받았다.

"② 원고는 수정신고시 근거자료로， 무자료 매입처와 거래시 내부관리를 위하여 물품을 매입할 때마다 입고，반출，출고 등의 금액을 전산으로 입력・관리한 '기간별 거래보고'，대금지급과 관련하여 영수증으로 주고받은 '입금표'를 제출하였는데，위 기간별 거래보고는 매입처별 매입 일자，품목， 수량， 단가， 금액 등의 매입거래 내역과 외상매입액의 발생액，지급액，잔액이 기재되어 있고，세금계산서 수취분과 무자료 거래분이 섞여 있다. 또한，2005년 1기간별 거래보고'에는 FFFF의료기에 대한 반품액 7건 합계 000원，GG메디칼에 대한 반품액 4건 합계 000원 등 반품거래 내역도 기재되어 있다.",③ 원고가 주장하는 무자료로 거래한 업체들 및 공급가액은 아래 [표1]과 같고，상대 업체들은 아래 [표2]와 같이 부가가치세 및 종합소득세를 수정신고・납부하였는데，'*****의료기'와 'GG메디칼'은 2004년 및 2005년 귀속분은 수정신고시 이미 부과제척기간이 도과하여 별도로 신고하지 아니하였다.

④ 이EE(OO기계)는 수술용 바늘，송곳，망치 등을 제작하여 납품하는데，2004년 1 기분부터 2008년 271분까지 부가가치세 신고상황은 아래 [표3]과 같고， 2004년 1기부터 2008년 2기까지 원고에게 매출세금계산서를 발행한 사실이 없으며， 2008. 12. 8. OO기계를 폐업하고， 'OO메디테크'라는 상호로 새로 사업자등록을 하고 통일한 물품을 원고에게 공급하고 있다. 이EE는 2004년， 2005년 원고에 대한 매출과 관련하여 특별히 부가가치세를 신고하지 않았고， 제척기간이 경과한 2005년 귀속 종합소득세는 신고하지 않았으며，2011. 2. 16. 2006년 귀속 종합소득세만 수정신고 후 000원을 납부하였다.

⑤ 원고의 당초신고 및 수정신고에 따른 매출액과 필요경비 비율은 아래 [표4]와 같다.

(아래표 생략)

살피건대， 위 인정사실에서 알 수 있는 다음과 같은 사정， 즉 ① 무자료 매입처의 '거래사실확인서'는 매입처 입장에서 자신들의 무자료 매출을 시인하는 것이고， 그에 따라 부가가치세 및 종합소득세를 납부해야 하여 그 내용을 신뢰할 수 있는 가치가 높은 점，② '기간별 거래보고'는 각 무자료 매입처별 의료용품 취급품목이 다르고，관련 자료가 상세하여 과세관청 제출용으로 급조한 것으로 보이지 않으며， 세금계산서를 수취한 정상적인 거래와 무자료 거래 모두 섞여 있고，반품거래 내역까지도 기재되어 있어 믿을 수 있는 점，③ 2005년 수정신고에 따른 필요경비비율이 92.5%로 2004년，2006， 2007년의 필요경비 비율과 비교할 때 이례적이지 않고 합리적인 범위 내에 있는 것으로 보이는 점，④ 2005년 귀속분과 관련하여 문제가 된 FFFF의료기와 GG메디칼은 수정신고 당시 부과제척기간이 경과한 부분은 신고하지 않고， 부과제척기간 이 경과하지 않은 2006년， 2007년 분은 수정신고를 하고， 부가가치세 및 종합소득세를 납부하는 등 원고의 거래상대방도 불이익한 세금신고 및 납부까지 이행한 점，⑤ 이OO는 수술용 바늘， 송곳， 망치 등을 생산하여 납품하던 업체로 폐업시까지 세금신고 내역을 보면 비록 세금이 체납되기는 하였으나 정상적으로 물건을 만들어 납품을 하던 정상 업체로 보이는 점 등을 고려하면， 이 사건 매입액은 원고의 2005년 귀속 종합소 득세의 필요경비로 인정된다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 매입액을 필요경비를 인정하지 않은 이 사건 처분은 위법하고， 정당한 종합소득세를 다시 계산하면 별지2.와 같이 000원이다.

3. 결론

그렇다면， 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한 다.