다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1, 2, 3, 을 제1호증의 1 내지 4, 을 제2, 3, 5호증, 을 제7호증의 1의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 ㅇㅇ산업이라는 상호로 자동차부품제조업체를 영위하는 자로서, 자가공장용지 및 분야용 공장용지 조성을 목적으로, ㅇㅇ군수로부터, 1994년경 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지 일대 70,610㎡(전 6,923㎡, 답 62,265㎡, 도로 112㎡, 구거 1,310㎡) 의 토지에 관하여, ㅇㅇ농공단지 개발사업 시행자로 지정받고, 같은 해 10. 27. 위 토지에 공장용지 61,879㎡, 진입도로 3,735㎡, 지선도로 4,891㎡, 공동이용시설 1동, 오・폐수처리장 1동, 배수장 1개소, 쓰레기 하치장 1개소, 양수장 1개소(이하 위 도로, 공동이용시설, 오・폐수처리장, 배수장, 쓰레기 하치장, 양수장을 이 사건 부대시설이라 한다)를 조성하기로 하는 내용의 ㅇㅇ농공단지개발사업실시계획을 수립, 그 승인을 받은 다음, 같은 해 10. 26. 소외 ㅇㅇ제과 주식회사에 위 농공단지 부지조성공사 및 부대시설공사를 공사대금 4,627,084,000원에 도급주면서, 공사기간은 1994. 2.부터 1995. 11.까지로 하고, 공사대금의 지급은 매 2개월마다 공정률에 의거하여 지급하기로 약정하였는바, 소외 회사가 시공한 부분은, 1996. 12. 2. 현재 전체공정의 90% 정도가 된다.

나. 원고는 1995년 1기분부터 1996년 1기분까지의 부가가치세 신고를 함에 있어 소외 회사에 지급한 공사도급대금 중 위 부대시설 설치공사에 관련된 부분에 대하여 소외 회사 명의로 된 세금계산서를 증빙자료로 제출하여 그 거래에 따른 매입세액의 공제신고를 하여 1995년도 1기분 부가가치세 부과기간중 매입세액으로 금 49,516,600원, 1995년도 2기분 부가가치세 부과기간중 매입세액으로 금 113,840,290원, 1996년도 1기분 부가가치세 부과기간중 매입세액으로 금 65,614,310원을 각 공제받아 위 각 매입세액에 상당한 합계 금 228,971,200원을 환급받았다.

다. 그후 피고는 위 부대시설 설치공사에 관련되는 매입세액은 부가가치세가 면세되는 사업인 토지공급사업에 부수하여 발생한 매입세액임과 아울러 토지의 조성등을 위한 자본적 지출액으로서 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 가 규정한 매입세액 불공제대상에 해당하여 매입세액으로 공제될 수 없다는 이유로, 위 환급세액을 추징하기로 하여, 공제부인된 위 매입세액(환급세액)에 신고 불성실가산세를 가산하는 방법으로 부가가치세액을 결정하여, 1996. 9. 16. 원고에 대하여 부가가치세 1995년도 1기분 금 81,400,000원, 1995년도 2기분 금 125,224,320원, 1996년도 1기분 금 72,157,740원의 부과처분을 하였다가, 같은 해 10. 5. 1995년도 1기분 부가가치세를 금 54,468,250원으로 감액경정하였다(이하 위 당초의 1995년도 1기분 부가가치세 부과처분 중 이 감액경정결정에 의하여 감액되고 남은 부분과 위 1995년도 2기분 및 1996년도 1기분 부가가치세 부과처분을 이 사건 과세처분이라 한다).

2. 이 사건 과세처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는, 위 처분사유와 관계법령을 들어 이 사건 과세처분이 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는, 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제60조 제6항 이 규정하고 있는 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이라 함은 토지 그 자체를 조성하는 비용이나 토지의 형상을 개조하는 데 들인 비용을 말하는 것이지 토지조성을 하면서 토지와는 별개로 구축물을 만드는 데 들인 비용을 포함하는 것은 아니라 할 것인데, 위 부대시설은 ㅇㅇ농공단지내의 토지와는 물리적, 구조적으로 명확히 구분되어 있을 뿐 아니라, 농공단지개발사업 준공 후 ㅇㅇ군에 기부하도록 정하여져 있어 토지와는 별도로 소유권이 귀속되도록 되어 있으며, 법인세법령상 토지와 달리 감가상각 대상물로 규정되어 있는 등 법률상으로도 토지와 달리 취급되고 있는 점에 비추어 보면, 위 부대시설은 토지와는 구별되는 건축물 내지 구축물이라 해야 할 것이고, 따라서, 위 부대시설 설치공사에 관련된 매입세액은 건축물 내지 구축물의 조성에 관련된 매입세액일 뿐 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액에 해당한다 할 수 없으며, 나아가, 위 부대시설의 공급은 부가가치세법 제12조 소정의 부가가치세 면세대상에 해당하지 아니하는 과세대상사업이므로, 위 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항 에 의하여 공제대상 매입세액으로 인정되어야 할 것임에도 불구하고, 위 매입세액을 같은 법 제17조 제2항 제4호 소정의 불공제대상 매입세액에 해당된다고 본 피고의 이 사건 과세처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계법령

부가가치세법 제12조 제1항 은 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 하면서 제12호에서 토지를, 제18호에서 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역을 들고 있고, 제17조 제1항 은 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 납부세액이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 매출세액이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 매입세액이라 한다)을 공제한 금액으로 한다고 규정하면서, 제1호에 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액을 들고 있으며, 제2항은 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하면서, 제4호에서 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액을 들고 있고, 같은 법 시행령 60조 제6항 은 법 제17조 제2항 제4호 에서 대통령령이 정하는 토지관련매입세액이라 함은 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다고 규정하고 있다.

다. 사실관계

앞서 든 증거와 을 제7호증의 2, 3, 4, 을 제8호증, 을 제9호증의 1, 2, 3, 을 제10호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 ㅇㅇ농공단지 개발사업 시행자로 지정받은 후, 1994. 10. 27. ㅇㅇ군수로부터 그 실시계획승인을 받았는데, 그 승인에는, 조성된 농공단지내의 공장용지는 자가공장용지로 사용하거나 타에 분양하고, 부대시설은 산업입지및개발에관한법률 제26조 에 따라 ㅇㅇ군에 무상귀속되며, 한편 공장용지를 타에 분양하는 경우에는 같은 법 제38조 제1항 , 같은 법 시행령 제39조 제1항 에 따른 분양계획서를 작성하여 그 계획에 따라 분양하는 등( 같은 법 시행령 제40조 에 의하면, 분양가격은 토지조성원가에 적정이윤을 합한 금액으로 결정하도록 되어 있다)의 조건이 붙어 있는 사실, 그리고 위 법령 및 농공단지개발사업실시계획의 승인조건에 따라 ㅇㅇ군에 무상귀속될 위 부대시설은, 같은 법 시행령 제31조 소정의 공공시설로서, 이로 인하여, 조성된 농공단지 전체의 효율적 이용에 도움이 되고, 공장용지의 객관적 가치를 증대시키고 있는 사실을 인정할 수 있고, 반증 없다.

라. 판단

앞서 본 사실관계와 관계법령에 의하면, 위 부대시설이 토지와는 별개의 구축물에 해당한다 하더라도 그 설치공사는 ㅇㅇ농공단지내 공장용지 조성사업의 부대사업으로서 ㅇㅇ농공단지개발사업의 일환으로 이루어졌고, 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정에 의해 공사비 또는 기타비용으로서 공장용지의 분양가에 합산되도록 되어 있으며, 위 조성사업부지는 원래 그 대부분의 지목이 전 또는 답이었는데 위 부대시설이 설치됨과 아울러 향후 그 지목이 공장용지로 변경되게 됨으로써 그 가치가 현실적으로 증가하게 되었고 또 이 증가된 가치는 공장용지의 취득원가 및 분양가에 산입되므로, 위 부대시설 설치공사비는 부가가치세가 면세되는 사업인 토지공급사업에 부수하여 발생한 매입세액에 해당함과 아울러 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액에도 해당한다 할 것이고, 따라서, 이에 관련된 매입세액은 부가가치세법 제17 제2항 제4호 에 의하여 매입세액 공제를 할 수 없는 것이므로, 그 매입세액의 공제를 부인하고 환급세액을 추징한 피고의 이 사건 과세처분은 적법하다 할 것이어서, 원고의 주장은 이유 없다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 과세처분이 위법함을 전제로 하여 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하고, 소송비용은 패소자인 원고의 부담으로 하여, 주문과 같이 판결한다.

1998. 8. 12.

심급 사건

참조조문