법인세 경정처분은 원고의 나머지 주장에 나아가 살필 필요 없이 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한

다.

소속 임직원에 대하여 상여금을 지급하였다.

1) 임원 상여금

지급일자

지급액

지급내용

상여금명

2007. 12. 3.

96,666,600

월봉의 200%

성과수당

2007. 12. 31.

56,666,650

월봉의 100%

연말상여금

2008. 09. 10.

56,663,650

월봉의 100%

추석상여금

2008. 11. 14.

65,833,330

월봉의 150%

성과수당

2008. 12. 31.

64,249,990

월봉의 100%

연말상여금

2009. 12. 31.

118,500,000

월봉의 300%

연말상여금

2010. 09. 16.

64,000,000

월봉의 100%

추석상여금

2010. 12. 31.

109,150,000

월봉의 150%

연말상여금

2011. 07. 26.

14,000,000

월봉의 50%

성과수당

2011. 09. 08

67,200,000

월봉의 100%

추석상여금

2011. 12. 30

253,990,000

월봉의 200%

연말상여금

합 계

966,920,280

2) 직원 상여금

지급일

지급액

지급내용

상여금명

2007. 11. 13.

1,661,665,410

(임금협약 부속합의서)

2007. 12. 31.

772,333,350

기본급의 100%

연말상여금

2008. 02. 01.(2007년분)

542,357,720

차등성과수당(50% 범위내 차등)

연말성과수당

2007년 합계

2,976,356,480

2008. 9. 10.

946,947,520

기본급의 100%

추석상여금

2008. 11. 14.

1,023,293,370

(임금협약 잠정합의안)

2008. 12. 31.

1,497,076,990

연말상여금

2008. 12. 31.

66,227,200

차등성과수당(최우수 50%, 우수:20%)

연말성과수당

2008년 합계

3,533,545,080

2009. 09. 29.

1,127,644,360

기본급의 50%

추석상여금

2009. 12. 31.

2,317,740,700

기본급의 200%

연말상여금

2009. 12. 31.

550,770,440

차등성과수당(기본급의 50%)

연말성과수당

2010. 09. 16

1,213,642,310

기본급의 100%

추석상여금

2010. 12. 31.

1,912,478,840

기본급의 150%

연말성과금

2011. 07. 26.

701,645,130

기본급의 50%

성과수당

2011. 09. 08

1,413,052,280

기본급의 100%

추석상여금

2011. 12. 30.

3,385,644,350

기본급의 200% + 100만원

연말성과급

2009~2011 합계

12,622,618,410

다. 원고는 2007년부터 2011년까지 위와 같이 지급이 이루어진 임직원 상여금을 각

사업연도의 손금에 산입하여 각 법인세를 신고납부하였다.

라. 대전지방국세청은 2012. 4. 3.부터 2012. 5. 10.까지 원고에 대한 법인세 통합 세

무조사를 실시하고, 아래 표와 같은 2007년부터 2011년까지 임원 상여금 합계

966,920,220원(이하 '이 사건 임원 상여금'이라 한다), 2007년과 2008년의 직원상여금

합계 6,509,902,210원(이하 '이 사건 직원 상여금' 이라 한다) 총합계 7,476,822,430원은

사실상 법인세법 시행령1) 제43조 제1항 소정의 이익처분에 의한 상여금으로서 법인세

사업연도

임원 상여금

직원 상여금

연도별 합계

2007년

153,333,250

2,976,357,130

3,129,690,380

2008년

186,746,970

3,533,545,080

3,720,292,050

2009년

118,500,000

-

118,500,000

2010년

173,150,000

-

173,150,000

2011년

335,190,000

-

335,190,000

총합계

966,920,220

6,509,902,210

7,476,822,430

법상 손금에 해당하지 아니하고, 그 외에 국제활동비, 행사비 등도 손금에 해당하지 않

는다고 판단하고는, 피고에게 각 법인세의 과세표준 및 세액을 재산정할 것을 통보하

였다.

마. 피고는 위 조사 결과에 따라 이 사건 임원 상여금과 이 사건 직원 상여금(이하

'이 사건 임직원 상여금'이라 한다) 등을 손금불산입 처리하여 과세표준과 세액을 재산

정한 다음, 2012. 6. 11. 원고에게, 차감징수할 세액으로 2007사업연도 귀속 법인세

1,152,698,652원, 2008사업연도 귀속 법인세 1,381,525,356원, 2010사업연도 귀속 법인

세 44,010,367원, 2011사업연도 귀속 법인세 82,444,755원을 각 경정・고지하였다(이하

'이 사건 법인세 경정처분'이라 한다). 한편 2009사업연도 귀속 법인세는 과세표준 및

세액을 재산정한 결과, 차감징수할 세액이 없고 오히려 환급세액이 발생되어 이 사건

법인세 경정처분에서 제외되었다.

바. 원고는 2012. 9. 4. 위 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세

심판원은 2013. 4. 25. '이 사건 법인세 경정처분은 원고의 성과상여금 지급에 대한 급

여지급기준 존재여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다'는 내

용의 재조사결정을 하였다.

사. 피고는 위 결정에 따른 재조사를 실시한 후 2013. 6. 3. 원고에게 이 사건 법인

세 경정처분은 정당하다는 결과를 통지하였고, 이에 원고는 2013. 6. 7. 조세심판원에

재심판을 청구하였으나 2013. 10. 16. 기각결정을 받았다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 4호증(가지번호 있는 것은 각

가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 임직원 상여금을 손금불산입하여 이루어진 이 사건 법인세 경정처분은 아

래와 같은 이유로 위법하다.

1) 이익처분에 의한 상여금 아님

원고가 추석 및 연말에 계속적, 정기적으로 지급한 이 사건 임직원 상여금은 임금

보전, 복리후생을 목적으로 급여규정 또는 노동조합과의 임금협약 등에 터잡아 지급한

것으로서 이익처분에 의한 상여금이 아니라 인건비의 일종이므로 손금으로 인정되어야

한다.

2) 사전 서면 약정에 따른 성과배분상여금임

설령 이 사건 임직원 상여금이 이익처분에 의한 것이라도, 그 중 이 사건 직원 상

여금은 매년 1회 이상 상여금을 지급하도록 한 원고의 급여규정 6조, 인사고과기준을

규정한 원고의 인사고과규칙 및 원고와 사단법인 한국선급 전국공공연구노동조합 사이

의 단체협약 등에 근거한 것으로서 법인세법 제20조 제1호 단서, 법인세법 시행령 제

20조 제1항 제4호에 정한 '내국법인이 근로자와 성과 산정지표 및 그 목표, 성과의 측

정 및 배분방법 등에 대하여 사전에 서면으로 약정하고 이에 따라 그 근로자에게 지급

하는 성과배분상여금'으로서 손금에 산입되어야 한다.

3) 신뢰보호원칙 위반

사업연도 중에 임직원에게 지급되는 상여금은 과세하지 않는 비과세 관행이 확립

되어 있어 원고는 이를 신뢰하고 있었으므로 이 사건 법인세 경정처분은 신뢰보호의

원칙에도 반한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 임직원 상여금이 이익처분에 의한 상여금인지에 관하여

가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론

하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리

적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2011. 1.

27. 선고 2010도1191 판결 등 참조).

잉여금이란 법인의 순자산가액에서 자본금을 공제한 금액으로서 자본거래에서 발

생한 자본잉여금과 영업활동에서 발생한 이익잉여금을 말하고, 이중 이익잉여금만이

결산 후 주주총회 또는 이사회의 승인을 얻어 이익잉여금처분계산서에 의하여 배당 등

으로 처분되며, 통상 '이익처분'이라 함은 이러한 이익잉여금의 처분을 의미한다. 이익

잉여금의 처분은 이미 과세된 후의 금원을 법령 및 정관의 규정에 따라 주주 등에게

처분하는 것이므로, 이를 다시 당해 사업연도의 이익을 산출하기 위한 손금으로 취급

할 수는 없다.

이러한 이유에서 법인세법 제19조 제1항은 '잉여금의 처분'을 손금의 범위에서 원

칙적으로 제외하고, 다만 종업원의 복리증진을 위하여 제20조 제1호 단서, 법인세법

시행령 제20조 제1항 제4호로 '내국법인이 근로자[법인의 회장, 사장, 부사장, 이사장,

대표이사, 전무이사, 상무이사, 감사 등 임원은 제외한다]와 성과산정지표 및 그 목표,

성과의 측정 및 배분방법 등에 대하여 사전에 서면으로 약정하고 이에 따라 그 근로자

에게 지급하는 성과배분상여금'을 손금에 산입할 수 있도록 하고 있고, 법인세법 시행

령 제43조 제1항도 같은 취지에서 법인세법 시행령 제20조 제1항 제4호의 성과급 등

을 제외하고 '임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금'은 손금에 산

입하지 아니한다고 규정하고 있다.

다른 한편 근로기준법 시행령 제23조 제3호에 의하면 '1개월을 초과하는 기간에

걸친 사유에 따라 산정되는 상여금'은 임금에 해당하므로 이는 법인세법 시행령 제19

조 제3호의 '인건비'로서 원칙적으로 손금에 해당하고, 다만 법인이 임원에게 지급하는

상여금 중 정관・주주총회・사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기

준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우에는 그 초과금액은 법인세법 시행

령 제43조 제2항에 의하여 손금에 산입되지 않는다.

이와 같은 '이익처분'의 의미와 '상여금'의 성격 및 관련 규정의 형식과 문언, 체

계 등을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 법인세법 시행령 제43조 제1항의 '이익처분'은

원칙적으로 주주총회 또는 이사회결의에 의한 이익잉여금처분계산서의 승인 및 그에

따른 '이익잉여금의 처분'만을 의미하는 것으로 해석함이 상당하고, 이와 같은 형식이

갖추어지지 않았음에도 국세기본법 제14조 제2항의 실질과세원칙에 따라 실질상 '이익

처분에 의하여 지급하는 상여금'으로 보아 손금에 불산입하기 위해서는 적어도 상여금

을 지급받은 임원이나 사용인이 법인세법 시행령 제43조 제7항 소정의 법인의 지배주

주 등 법인의 실질적인 경영자에 해당하고 지급받은 상여금의 액수도 그 임원이나 사

용인의 업무 성과와 별다른 관계없이 과도하게 지급된 것이어서 실질적으로 '이익처분'

을 한 것과 마찬가지로 볼 수 있어야 한다.

나) 이 사건에서 보건대, 다음 사실은 다툼이 없거나 갑 제10, 18호증, 을 제1, 3,

7 내지 18, 20호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 이를 각 인정할 수 있다.

① 원고의 회원 자격은 해운업자, 조선 및 관련 공업자, 해상보험업자, 수산업자,

조선기술자, 해기기술자, 해사관계에 지식과 경험이 풍부한 자, 원고와 관련된 단체 대

표자 또는 대표자가 지명하는 임원과 원고의 직원으로 하고, 이사회의 의결로서 회원

으로 가입할 수 있는데, 그 중 관련 단체인 한국선주협회, 대한손해보험협회, 한국조선

공업협회, 한국해운조합의 대표자와 주무관청의 담당과장은 당연직 회원이다.

② 원고의 임원은 20명 이내의 이사와 2명 이내의 감사로 구성되는데(다만, 해운

업자, 조선 및 관련 공업자, 해상보험업자, 수산업자 중에서 선임된 이사는 총 이사수

의 2분의 1 이내로 한다), 그 중 상근임원은 2007년 당시 회장 1명과 상무이사 4명으

로 구성되어 있었다.

③ 상근임원을 포함하여 원고의 임원 전부로 구성되는 이사회는 '사업계획 및 예

산, 사업보고 및 결산, 기타 중요한 사항'을 의결하는데, 2007, 2008년도 회의시 임원

보수에 관하여 의결을 하는 때에는 상근임원과 원고 직원들이 퇴실한 상태에서 의결을

하였다.

④ 원고의 매회계년도의 사업계획과 예산, 사업보고와 결산은 회원총회의 의결을

거쳐 주무관청에 보고하여야 하고, 원고의 해산 시 재산처분은 주무관청의 허가를 받

아야 한다.

⑤ 원고는 선박등록 및 제조 검사, 선급선 계속 검사, 기자재 검사, 제조법 등 승

인, 기술 검토, 정부대행검사, 선박안전관련 검사 등의 용역사업을 통하여 수입을 얻는

데, 이러한 용역에 대한 원고의 수수료는 경쟁 선급사 수수료 대비 70% 정도임에도 원

고의 수입금액은 2007년도 약 678억 원, 2008년도 약 1,009억 원, 2009년도 1,068억

원, 2010년도 약 999억 원, 2011년도 1,149억 원으로 2배 가까이 증가하여 왔다.

⑥ 원고의 '임원보수 등에 관한 규정(2006. 2. 17. 개정된 것)' 제3조, 제4조는 상

근임원의 보수는 연봉제로 하고 그 보수 한도액은 총회에서 결정하며, 각 임원의 보수

는 이사회에서 결정하도록 하면서, 별표 1에서 임원 보수의 한도액을 8억 원으로 정하

고 있다.

⑦ 원고는 2007. 12. 12. 이사회를 개최하여 임원보수 한도액을 15억 원으로 하

여 임시총회에 상정하기로 하고, 임원의 연봉은 1억 3,000만 원, 회장의 연봉은 1억

6,000만 원으로 정하며, 임원성과급은 2007년도에는 월급여액의 200%를 지급하고,

2008년도에는 차등지급하는 것으로 의결하였으며, 추후 성과가 발생하는 부분은 1/3은

미래를 위해 투자하고, 1/3은 고객 서비스 강화를 위해 환원하고, 1/3은 직원들에게 배

분할 계획임을 논의하였다.

⑧ 원고는 2007. 12. 26. 임시총회를 개최하여 해운조선업계의 호황으로 발생한

초과수입을 임직원 노고 격려 및 노사간 단합을 위한 성과급에 활용하고, 퇴직급여 충

당금을 설정하며, 사내근로복지기금 출연을 확대하는 등으로 활용하는 2007년도 사업

계획 변경안 및 추경예산안을 논의하고, '임원보수 등에 관한 규정'을 개정하였다.

⑨ 개정된 원고의 '임원보수 등에 관한 규정(2008. 1. 1. 개정된 것)' 제3조, 제4조

는 상근임원의 보수는 연봉, 성과급 및 기타 업무수행 성과의 대가로 하고, 그 보수 한

도액은 총회에서 결정하며, 각 임원의 연봉은 이사회에서 결정하고, 성과급 및 기타 업

무수행의 대가는 임원보수 한도액 내에서 이사회에서 결정한 바에 따라 지급하도록 하

면서, 별표 1에서 임원 보수의 한도액을 15억 원으로 정하고 있다.

⑩ 원고는 이사회를 개최하여, 2009. 12. 2. 2009년도 임원 연봉은 동결하고 회장

의 성과급은 300%로 하며, 나머지 임원의 성과급은 300%의 범위 안에서 회장이 결정

하는 것으로 의결하였고, 2010. 12. 2. 2010년도 임원의 연봉을 5% 인상하고, 성과급은

연봉의 20%를 지급하는 것으로 의결하였다.

⑪ 원고의 '급여규정' 제6조는 직원에 대하여 업무성적에 따라 기본급을 기준으로

매년 1회 이상의 상여금을 지급한다고 규정하고 있다.

⑫ 원고는 전국공공연구노동조합과 사이에 각 임금협약을 체결하면서, 2007. 11.

8. 상여금은 기본급의 900%로 매월 균분하여 지급하고, 2007년도 성과급은 기본급의

200%를 지급하며, 2008. 11. 14. 상여금은 기본급의 900%로 매월 균분하여 지급하고,

2008년도 특별성과급은 기본급의 250%를 지급하며, 2009. 12. 31. 상여금은 기본급의

900%로 매월 균분하여 지급하고, 2009년도 특별성과급은 기본급의 200%는 일괄지급

하고, 50%는 차등지급하며, 2011. 12. 28. 2011년도 특별성과급으로 기본급의 200%와

100만 원을 차등지급하기로 각 합의하였다.

⑬ 임원과 직원의 상여금 지급비율(직원에 대하여는 2010년부터 연봉제가 확대실

시되었고 그 이전에는 기본급의 액수를 낮추는 대신 상여금 연 900%를 12개월로 나눈

금액을 기본급에 더하여 월급으로 지급하여 왔는데, 위 연 900%의 상여금을 제외하고

산정한 비율이다)은 2007년에 임원은 월봉의 300%, 직원은 기본급의 350~450%, 2008

년에 임원은 월봉의 350%, 직원은 기본급의 320~350%, 2009년에 임원은 월봉의

300%, 직원은 기본급의 300%, 2010년에 임원은 월봉의 250%, 직원은 기본급의 250%,

2011년에 임원은 월봉의 350%, 직원은 기본급의 250%로 큰 차이가 없었다. 또한, 임

원의 연봉은 2007년부터 2011년 사이에 회장이 1억 9,000만 원, 상근임원이 1억

3,000~1억 6,000만 원으로 상근임원의 경우 상위 일반직원들보다 적은 경우도 있었다.

⑭ 원고 직원들의 임금 수준은 영국이나 미국 등 다른 국가의 선급회사 소속 직

원의 임금수준보다 낮은 수준이었는데, 구체적으로는 원고의 직원으로서 2007년 및

2008년 타 선급사로 이직한 직원들의 이직 전년도 급여수준과 이직 후년도 급여수준

을 비교하여 보면, 대부분 이직 전에 원고로부터 받던 급여보다 이직 후 타선급사로부

터 받은 급여가 적게는 500여만 원, 많게는 3,000여만 원이 더 많았다.

다) 위 인정 사실로부터 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① 원고는 주무관청의

감독을 받는 비영리법인으로 소유지분이 있을 수 없고, 상여금이 지급된 원고의 임직

원은 원고와 위임관계 또는 고용관계에 있어 원고를 사실상 지배한다거나 특별한 관계

에 있다고 볼 수 없으며, 임원상여금에 관한 사항은 임원들이 퇴실한 상태에서 비상근

이사들에 의하여 결정되었고, 직원상여금에 관한 사항은 원고와 노동조합 사이의 임금

협약에 의해 대부분 결정된 점, ② 이 사건 임원 상여금은 원고의 임원보수규정에 따

라 이사회의 결의를 거치거나 이사회의 위임을 받은 이사회장에 의해 구체적 액수가

정해진 것으로 보이고, 이 사건 직원 상여금은 원고의 급여규정과 임금협약 등에 따라

구체적 액수가 정해진 것으로 보이는 점, ③ 원고의 2007년부터 2011년까지의 사업실

적에 비추어, 이 사건 임직원 상여금은 경쟁 선급사보다 낮은 수수료를 받으면서도 당

해 년도의 사업 수익 증가에 기여한 임직원의 근로에 대한 대가로서 지급된 것으로 보

이고, 다만 원고와 전국공공연구노동조합 사이의 임금협약이 매해 12월경에 체결됨으

로써 이 사건 임직원 상여금에 관한 이사회 결의나 지급이 주로 12월경에 이루어지게

된 것으로 보이는 점, ④ 이 사건 임직원 상여금은 월급여액의 250~450%로 그 성과에

비추어 액수가 과도하지 않고, 임원과 직원 사이의 지급비율도 별다른 차이가 없는 점

등을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 임직원 상여금은 당해 사업연도의 사

업성과에 대해 임직원을 격려하고 임금을 보전하기 위해 지급된 상여금으로서 법인세

법 제19조 제2항의 손비의 요건을 갖추었다고 할 것이므로, 법인세법 시행령 제43조

제1항이 정한 '이익처분에 의하여 지급하는 상여금'으로 보기는 어렵다.

2) 이 사건 법인세 경정처분이 위법한지에 관하여

따라서 이 사건 임직원 상여금이 이익처분에 의한 상여금임을 전제로 이루어진 이

1. 처분의 경위

가. 원고는 1960. 8. 23. 설립된 비영리법인으로서, 선박의 등록, 검사 등의 업무 및

선박안전법 등에 따라 국가로부터 위임받은 사무를 그 목적사업으로 하고 있다.

나. 원고는 2007년부터 2011년까지 사이에 다음 표 기재와 같이 각 사업연도 중에